ProductHighlights:
PhiXControlv3isareliable,adapter-ligatedlibraryusedasacontrolforIlluminasequencingruns.Thelibraryisderivedfromthesmall,well-characterizedPhiXgenome,offeringseveralbenefitsforsequencingandalignment.
TheversatilePhiXControlv3isprovidedasaready-to-uselibrary,andcanbeutilizedindiverseapplicationstoaddvaluetoyourworkflowandincreaseconfidenceinyourresults.
ThePhiXlibraryprovidesaqualitycontrolforclustergeneration,sequencing,andalignment,andacalibrationcontrolforcross-talkmatrixgeneration,phasing,andprephasing.Itcanberapidlyalignedtoestimaterelevantsequencingbysynthesis(SBS)metricssuchasphasinganderrorrate.
- Asahigh-concentrationspike-incontrolforunbalancedsamples(genomeswithATorGCcontentoflessthan40%orgreaterthan60%)
- Asalow-concentrationspike-incontrolforalignmentcalculationsandquantificationefficiency
- Asadedicatedcontrollanealongsidelow-diversitysamples
- Asacontrolfortroubleshootingclustergenerationproblems,tohelpdeterminewhetheranerrorisrelatedtolibrarypreparation
Dependingontheapplication,PhiXControlv3mayalsobeutilized:
Specifications:
SystemCompatibility | MiSeq,GenomeAnalyzerIIx,HiSeq2000,HiSeqXTen,HiScanSQ,NextSeq550,HiSeq3000,HiSeqXFive,HiSeq1000,MiSeqDxinResearchMode,MiniSeq,HiSeq1500,NextSeq500,MiSeqFGxinResearchMode,HiSeq2500,NovaSeq6000,HiSeq4000 |
ReagentType | SequencingControl |
Technology | Sequencing |
ebiomall.com
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2016年02月01日发布
关于公布注册检验用体外诊断试剂国家标准品和参考品目录的通知
为配合《体外诊断试剂注册管理办法》(国家食品药品监督管理总局令第5号)的实施执行,现将供注册检验用体外诊断试剂国家标准品和参考品形成目录,公布如下。
注册检验用体外诊断试剂国家标准品和参考品目录(第一期)
序号名称品种编号供应情况1促甲状腺素(TSH)免疫测定用国家标准品150530正常供应2促黄体生成素(LH)免疫测定用国家标准品1505313人绒毛膜促性腺激素β亚单位(hCG-β)免疫测定用国家标准品1505354人胎盘泌乳素(HPL)免疫测定用国家标准品1505365甲胎蛋白(AFP)免疫测定用国家标准物质1505426前列腺特异性抗原(PSA)免疫测定用国家标准物质1505437游离前列腺特异性抗原(f-PSA)免疫测定用国家标准品1505448三碘甲腺原氨酸(T3)免疫测定用国家标准品1505509甲状腺素(T4)免疫测定用国家标准品15055110反三碘甲腺原氨酸(rT3)免疫测定用国家标准品15055211胰高血糖素(Glucagon)免疫测定用国家标准品15055412人绒毛膜促性腺激素(HCG)免疫测定用国家标准品15055513淋病PCR试剂盒质控参考品21001514结核分支杆菌PCR检测试剂盒用国家参考品23003015结核分支杆菌利福平耐药基因检测试剂用国家参考品23003316结核分枝杆菌异烟肼耐药基因检测试剂用国家参考品23003417测序仪性能评价用脱氧核糖核酸国家参考品36000718人脲原体核酸检测国家参考品36000919第一代H7N9禽流感病毒核酸参考品37000120EB病毒衣壳抗原IgA抗体国家参考品37000221甲型流感病毒抗原检测试剂国家参考品37000322乙型流感病毒抗原检测试剂国家参考品37000423甲/乙型流感病毒核酸检测试剂国家参考品37000624扎伊尔型埃博拉病毒核酸检测试剂国家参考品37001025甲型流感病毒核酸检测试剂国家参考品37001126乙型流感病毒核酸检测试剂国家参考品37001227甲/乙型流感病毒抗原检测试剂国家参考品37001328甲型H1N1流感病毒核酸检测试剂国家参考品37001429抗HTLV抗体国家参考品220003限制供应,每企业只供应2套/年30HIV抗体国家参考品22000931SARS病毒抗体IgM国家参考品22001032SARS病毒抗体(总抗体或IgG)国家参考品22001133HIV-1RNA国家参考品22001734HIV-1耐药性分析试剂国家参考品22001835HIV抗体尿液快速检测试剂国家参考品22002036乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)国家参考品30000337乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)国家参考品30000538乙型肝炎病毒e抗体(HBeAb)国家参考品30000639乙型肝炎病毒核心抗体(Anti-HBcAb)国家参考品30000740戊型肝炎病毒IgM抗体国家参考品30001141戊型肝炎病毒IgG抗体国家参考品30001442丙型肝炎病毒抗体国家参考品300010限制供应,每企业只供应1套/年
注:1.相关品种电子版说明书可到中国食品药品检定研究院网站http://www.nifdc.org.cn/bzwz/CL0481/,点击目录查询,进行在线浏览。
2.限制供应是指仅供给相关体外诊断试剂生产企业。
二〇一六年二月一日
二代测序技术给生命科学领域带来了彻底的改变,而NGS领域本身也在经历着某种意义上的变革。本文对二代测序领域的最新进展做了小结,其涉及的公司包括454LifeSciences,Illumina,LifeTechnologies,PacificBiosciences,OxfordNanopore等。
自从哈佛大学遗传学家GeorgeChurch和454LifeSciences公司JonathanRothberg掀起二代测序NGS的**以来,已经过去了将近十年。毫不夸张地说,这段时间以来NGS技术已经发生了翻天覆地的变化,在测序通量突飞猛进的同时,测序成本直线下降。
想当年454LifeSciences公司测序580-kb的细菌基因组,需要四小时的工作循环。而今年一月份Illumina公司发布的HiSeqX?Ten测序系统,能够以千元成本测序完整的人类基因组,最多每天能测序600billionbp。
如今,二代测序技术给生命科学领域带来了彻底的改变。而NGS领域本身也在经历着某种意义上的变革。正因如此,基因组学ArchonX奖(ArchonGenomicsXPrize)不得不于去年八月宣布取消,因为测序成本的直线下降已经使竞赛变得毫无意义。
Church的团队是该竞赛仅有的两只报名队伍之一,他认为参赛者们是否能够完成竞赛任务还很难预料。但无论如何,既然竞赛已经启动,总得让人家比完吧。
言归正传,二代测序领域的2013年既忙碌又喧嚣,在开年之际让我们对这一领域发生的最新进展做个小结吧。
454LifeSciences
去年十月,454LifeSciences宣布将于2016年中旬逐步淘汰其焦磷酸测序仪器,GSJunior和GSFLX+。据该公司介绍,从扩展性和成本角度看,454平台作为首个商业化的NGS系统已经基本上走到尽头,很难再对其进行升级和改良。Roche的BethButton指出,公司正在寻求新的测序合作伙伴。2013年9月,该公司宣布与昔日的竞争对手PacificBiosciences合作,拟基于PacBio公司的SMRT技术进行诊断产品的开发。
Illumina
今年一月Illumina公司发布了两个以Solexa测序技术为基础的新测序平台,HiSeqXTen和NextSeq?500。
据该公司的新闻稿介绍,定价$250,000的台式NextSeq500兼具了样品制备和测序功能。“它按钮式的操作,可以在许多常见测序应用之间切换。该系统能够在一天内测序整个人类基因组和多达16个外显子组。”NextSeq500运行75个测序循环只需12小时。
HiSeqXTen系统以10台仪器为单位销售,据称可以实现千元成本的人类基因组测序。该系统现定价1000万美元,能够在三天时间内生成1.8terabases的数据,相当于每天约600Gb,比HiSeq2500强十倍。
华盛顿大学的ElaineMardis表示,HiSeqXTen系统针对的应该是提供人类基因组测序的服务产业,因为很少有研究机构能用到如此高的通量。“要想实现千元成本,就需要正确的样本量,”她说。当然,高通量还意味着更为复杂的数据分析。
Mardis的团队曾作过计算,为了跟上HiSeqXTen他们可能需要花费八百万美元在信息学设施上。此外,实现千元成本意味着每年需要测序18,000到20,000个基因组。“我要测序许多肿瘤基因组,”她说。“但数量还远远不够。”
LifeTechnologies
已被ThermoFisher收购的LifeTechnologies拥有两款NGS平台,SOLiD和IonTorrent。据Thermo的AndyFelton介绍,公司已经将工作的重心放在后者身上。“绝大多数研发工作已经转移到Ion上,”他说。
目前的IonPGM系统可使用最新的Ion318芯片,产出多达6million400bp的读取,也就是说四小时运行的产量能达到2Gb。而新IonProton?使用IonPI?芯片,能够产出80million200bp的读取,即每次运行产量达到10Gb至14Gb。
据介绍,今年公司将会推出用于转录组测序的新IonPII芯片,每张这样的芯片可产出300million100bp的读取,随着系统改良甚至可能达到200bp。
此外,LifeTechnologies公司正在研发一种新的聚合酶,Hi-Q。据Felton介绍,Hi-Q能“显著提高精确性”,减少90%的插入/缺失误差。这种酶将于今年的中旬实现全面商业化。
PacificBiosciences
PacificBiosciences公司以长读取的二代测序技术著称。据该公司的创始人SteveTurner介绍,在新测序化学P5-C3的帮助下,如今PacificBio的测序读长已经达到了8.5kb。P5-C3“提供了一个保护性的支架”,可以阻止酶和荧光团之间发生身体接触,避免酶受到潜在的光学损伤。
“我们已经很大程度上减少了系统中的光学损伤,我们相信现在测序读长受到的限制,只来自于样品本身,”Turner说。样品本身的限制是指,读长越长就越难生成不含损伤位点或缺口的测序模板,而这样的缺口会导致测序过早中止。
目前PacBio®RSII和SMRTCell系统,每次运行可产出50,000个读取(约400millionbp)。这一数字会在接下来的一年中继续增涨,Turner说。“我们预计在2014年内,令测序读长再增加50%,并于2015年达到20,000bp。”
最近研究人员发表文章向人们展示,在新装配方法HGAP的帮助下(hierarchicalgenome-assemblyprocess),可以实现只利用PacBio化学法对真核基因组进行从头装配。一月份,该公司公布了对黑腹果蝇(Drosophilamelanogaster)进行的完整二倍体基因组装配,生成了长达24.6Mb的重叠群(contigs),N50值为15.2Mb(N50值反映了重叠群的长度)。就在上周,PacBio公司又公布了一个54x覆盖度的单倍体人类基因组装配,生成了“3.25Gb的基因组装配,重叠群N50值为4.38Mb,其中最长的重叠群达到44Mb。”
OxfordNanopore
OxfordNanopore公司无疑是纳米孔测序的领导者,这一技术也被称为第三代测序。该公司去年十月份宣布,将在2014年年初推出USB大小的MinION?测序仪,为客户提供先期体验(early-access)。
与其他类似先期体验项目不同的是,OxfordNanopore公司不会局限于传统的测序中心,而是向广大的个人用户敞开大门。该公司准备在接下来的一周发出邀请。
OxfordNanopore公司强调,不是每个MinIONAccessProgram(MAP)申请者都会在第一轮受到邀请,而且公司提供的MinION数量也可能少于申请者的要求。这些仪器将在六周内进行发送。
2012年,OxfordNanopore公司在AGBT上描述了两个测序系统,MinION就是其中之一,另一个产品是GridION?。据公司发言人称,MinION的大小使其更容易受到人们的关注,它的灵活性和测序能力将推动NGS进一步迈向普罗大众。
OxfordNanopore公司希望通过MinIONAccessProgram评估测序系统的实用性、对不同应用的适应性、数据分析、以及公司的物流运输和试剂分配等。这些数据将有助于未来开展的GridION先期体验项目,不过该公司还未公布这一项目的具体启动时间。
广泛的应用前景
在二代测序技术不断进步的同时,它的应用也越来越广泛。据Mardis介绍,二代测序在临床领域的应用快速增涨。越来越多的研究者选择二代测序的多基因panel对肿瘤进行研究,或者通过外显子测序鉴定潜在的药物靶点。在诊断儿童遗传学疾病时,人们也逐渐抛开了传统的诊断方法,转而使用全外显子组测序。
Mardis补充到,NGS检测有两大优势,它既可以帮助人们确定治疗方案,也可以为患儿父母评估他们未来子女患同样疾病的风险。实际上Church认为,用二代测序进行(致病基因)携带者筛查,是NGS的“杀手锏”。
“任何考虑使用辅助生殖手段的人…都应当知道精子捐献者是否携带与严重疾病有关的隐性等位基因,”他说。“人们已经发现了数百个能够预测疾病的基因,现在也有不少服务可以对它们进行准确的检测。”
最近,Church作为共同作者发表了一项新研究。据他介绍,这是首次发表用NGS进行携带者筛查的文章,他们的方法“充分提高了质量并且降低了成本”。研究团队使用padlock探针,在194个细胞系中抽出并测序了15个有临床意义的基因,其中55个细胞系来自于携带上述基因突变的个体。
二代测序的另一个新兴的应用领域是单细胞RNA测序。“单细胞RNA测序能向我们展示,相同细胞中RNA表达的天然随机性,这一点非常吸引人。”Mardis说。
Church介绍到,他即将发表的一篇文章描述了一种新的测序方案,称为荧光原位测序(fluorescentinsitusequencing)。这一技术将荧光原位杂交和RNA-Seq结合起来,能够计数并确定不同转录本在组织切片中的空间定位。
Church的团队通过荧光原位测序证实,转录本会依据伤口的愈合情况在成纤维细胞中呈不对称分布。(Science禁止透露进一步的细节)
这样的数据在十年前简直难以想象。同样,我们也很难想象NGS在未来十年又会发生怎样的翻天覆地的变化。
来源:生物探索
正向测不通,可能是因为:
1、你的模板比较困难,比如GC含量局部比较高,形成发夹结构,或出现连续的G、C,也可能是连续的C、T。而生工一板要做384或96个反应,用的PCR条件是统一的,不可能兼顾到你的序列的特殊情况,因此你的序列PCR不出来
2、PCR纯化试剂盒有问题,可以考虑换纯化试剂盒。
3、测序时进样太多或太少
解决方法:
1、你可以试试用载体上的通用引物进行测序
2、已经设计出来的序列上设计一段引物,进行walking
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