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生命科学价格优惠 Molport

来者：Molport

苏州蚂蚁淘生物科技有限公司是专业从事生物技术产品销售的高科技企业，是国内生物试剂、仪器、消耗品领域的知名企业之一。起发公司自成立以来，连续2年高速成长。公司的发展目标是建成专业从事生物技术产品销售、生产与开发的一流公司。

20 年 5 月，MolPort 与 BioAscent 的成功合作宣布成功完成了 100 个项目。通过合作努力，两家公司通过以一致的格式和时间提供化合物、减少可变性并简化全球科学家的采购挑战，显着增强了客户服务。

该合作伙伴关系成立于 2016 年，将 MolPort 的在线化合物采购平台（由多个优质化合物供应商、详细的产品信息及其项目管理能力组成）与 BioAscent 的科学家专家团队相结合，提供按需、自动化、质量控制的服务。化合物溶解和定制的重新格式化服务。MolPort 从供应商处收到多种形式的样品，包括固体、干膜和小瓶或多孔板中的溶液。通过与 BioAscent 合作，交付是定制设计的，以便客户以指定的、随时可用的格式和布局接收所有化合物。

MolPort 和 BioAscent 在化合物采购和管理方面的合作伙伴关系
达到 100 个项目的里程碑意味着成功满足客户的各种要求。从大型项目到相对较小的项目规模、不同级别的项目复杂性和不同的时间框架，MolPort 和 BioAscent 量身定制了他们的支持，以满足客户的需求。

在合作伙伴关系最大的合作项目之一中，两家公司成功地交付了来自 17 个不同供应商的 143,531 种化合物的大量订单，管理了所有供应商沟通、化合物重新格式化和项目物流。这一切都在八周内完成——从最初的想法购买化合物库到将化合物发送到 BioAscent 进行重新格式化和管理。客户只需要一个单一的联系点，协作确保产品按时交付，从而按计划进行筛选。查看所有案例研究。

BioAscent 的首席运营官 Sylviane Boucharens 补充说：“我们珍视与 MolPort 的高度成功关系，并很高兴达到这一重要里程碑。我们一起可以提供端到端服务，包括化合物搜索、采购、获取、自定义格式、交付和安全存储。这种合作使得充分利用 BioAscent 最先进的化合物管理、自动化液体处理、电镀、QC 和分配功能。凭借我们的 IT 能力，我们能够确保所有样品和化合物处理和电镀活动完全可跟踪和可审计。”

“我们非常高兴与我们的药物开发服务合作伙伴 BioAscent 完成我们的第 100 个项目，帮助客户解决他们的化合物供应和物流挑战，”MolPort 首席执行官 Imants Zudans 说。“我们的长期合作帮助客户选择最可靠和最具成本效益的供应商，享受完整化合物库的准时和预算交付，并接收根据其精确和复杂要求格式化的样品 - 准备好立即筛选。我们的工作消除了管理开销，节省了客户的时间和金钱，使他们可以将所有注意力集中在实际的科学本身上。”

MolPort 涵盖订购的许多方面，包括访问市售化合物数据，客户沟通和复合获取。客户可以使用 MolPort 的综合数据库从主要供应商提供的超过 760 万种化合物中进行选择，该数据库具有不断更新的化合物信息，例如溶解度数据，以指导客户选择合适的化合物进行研究。在与客户密切合作时，强调了提供溶解度数据的重要性，客户表示缺乏化合物溶解度信息会给制药行业带来挑战，尤其是在化合物筛选过程中。
MolPort 和 BioAscent 的合作使任何进行化合物筛选的实验室的先导发现过程变得更加高效和简单。这种伙伴关系不仅有利于生物制药公司，也有利于世界各地的研究机构、大学和生物技术公司。

筛选化合物样品重新格式化

作为我们全周期小型化合物采购服务的一部分，MolPort 提供重新称重和重新格式化服务。

MolPort 化学样品重新格式化

从 6 家供应商处收到 18 种化合物

MolPort 化学样品重新格式化

从 MolPort

以下是使用称重服务时的一些常见场景：

转移到标准化皮重	从许多供应商处订购时，您会收到不同尺寸、类型和标签小瓶的化合物。我们可以将它们转移到您预先称重的小瓶或 MolPort 提供的一系列其他皮重中。
样品拆分	订购更大量的样品，取一份用于制备测试溶液，另一份用于 QC，并将剩余样品转移到标准化皮重。当需要将样品运送到多个地点时，此服务也适用于财团或内部订单。
溶解	当您需要样品的固定浓度 DMSO（或其他）溶液时。
标准化	使用统一的方法和设备对所有化合物进行精确称量指定量的样品。

随着机器人液体处理方法的改进，更少量的样品可能足以满足您的需求。但是，您需要考虑称量精度如何影响您的实验结果。例如，MolPort 数据库中筛选化合物的中值分子量为 365 道尔顿。要制备 100 µL 10 mM 此类典型化合物溶液，需要 0.365 mg 样品。这超出了有时用于此类样品制备的分析天平的能力。请参考下表以选择合适的天平。

适当的平衡建议

余额类型	可读性	标准差	最小重量*，95%	最小重量*，90%
分析天平	0.01 毫克	0.05 毫克	2毫克	1毫克
微量天平	0.001 毫克	0.005 毫克	0.2 毫克	0.1 毫克

* 根据 USP 指南，针对相应所需精度的最小推荐重量。

为什么选择使用微量天平称量？

当需要更高的精度时。
当重新加权/重新格式化的数量小于 2mg 时。

市售化合物数据库访问

MolPort 数据库包含超过 700 万种可从库存购买的化合物和超过 2000 万种定制化合物的数据和价格。我们在molport.com上的化学智能和电子商务支持的在线市场提供灵活的搜索选项来定位所需的化合物、查看其商业数据、进行选择和下订单。

根据您的研究需求，您或您的同事可能希望更精细地访问 MolPort 数据库，以便更深入地分析化合物集以增强化合物选择，例如：

过滤
多样性分析
聚类
虚拟筛选
虚拟对接

例如，采购部门可能想要评估批量折扣、运输成本和交货时间；设计化合物库的计算化学家可能希望将子结构搜索与可用的最小数量相结合；筛选组可能希望找到非常相似的结构类似物来填补 96 孔 HTS 板中的一些空白。

这种更深入的分析最好通过下载所需的数据并使用内部、开源或商业可视化和分析工具在本地进行处理来完成，并且 MolPort 向注册用户免费下载其数据，并提供多种选择选择最佳数据集。

概括

从 MolPort 数据库下载数据之前，用户应考虑可用选项并决定以下内容：

哪些化合物？（查看详细信息）
各种子集可用。

所有库存化合物（筛选化合物和构建块）
所有股票筛选化合物
所有库存积木
完整的数据库（以上所有加上售罄的化合物，以及没有价格或特定供应商的化合物）

哪些数据？（查看详细信息）

除了结构、MolPort ID 和在线数据库中记录的链接之外，还需要哪些其他数据字段（例如包装尺寸、交货时间、价格范围、InChI/InChI Key、IUPAC 名称等）？请注意，并非所有数据字段都适用于每种格式。

哪种格式？（查看详细信息）

结构可用作 SDfiles 和 SMILES 字符串。我们还包括使用化学开发套件生成的规范 SMILES。
其他数据嵌入在 SD 文件中或保存在包含 SMILES 字符串的制表符分隔的文本文件中。

更新频率？（查看详细信息）

虽然在线数据库每天更新，但可用的下载文件每月更新一次。初始下载后，每月更新文件会列出添加的化合物（SDfile/SMILES、MolPort ID 和库存量）和删除的化合物。
通过使用化学搜索 API（见下文）查询在线 MolPort 数据库，可以获得更多最新数据。

访问方法？（查看详细信息）

Chemical Search API通过 KNIME 节点、Pipeline Pilot 协议和 Microsoft Excel 模板提供访问。我们还提供了基于 Java、JavaScript、C# 和 Python 的示例。
Full Molecule Load API允许以 JSON 格式下载特定分子的完整供应商数据。
注册用户可以免费使用标准 FTP 下载（仅限于公司和大学电子邮件地址），并提供 Open Access Files 中的所有数据以及诸如库存数量、包装尺寸、交货时间和价格范围等数据元素。这些文件通过每月更新文件每月更新。
可以通过 FTP、HTTP、使用KNIME、Web 服务 API等特殊工具下载以及通过其他第三方平台访问 MolPort 数据库。
HTTP 访问提供与标准 FTP 下载相同的数据，但每个数据库子集只有一个文件可供下载。
使用特殊工具下载：下载过程可以使用脚本、自动下载或工作流自动化工具自动化。此示例显示如何使用 KNIME 自动执行下载过程。
Web 服务 API提供对在线 MolPort 数据库的直接编程访问，以检查最新的库存状态。
其他第三方平台： MolPort 数据也可通过以下平台获得： Binding DB（子集）、 ChemSpider、 Optibrium StarDrop（API 即时访问）、 PubChem、 Schrödinger、 Zinc（包括 API 即时访问）、 ZINCPharmer

更多细节

哪些化合物？

以下数据库子集可供下载，具体取决于您的项目要求：

数据库

所有库存化合物

该子集包含可在两周或更短时间内交付的库存产品的信息。这些文件结合了筛选化合物和构建块，并根据类型进行了标记。

FTP 文件夹名称：“所有库存化合物”
文件名开头：“IIS”

所有股票筛选化合物

所有库存化合物的这个子集包含通常以毫克量提供的筛选化合物。通过 H-NMR 或 LCMS，超过 99% 的储备筛选化合物具有超过 90% 的保证纯度。

FTP 文件夹名称：“筛选化合物”
文件名开头：“IISSC”

所有股票构建块

All Stock Compounds 的这个子集包含有关所有股票构建块的数据。构建块通常比筛选化合物的可用量更大。它们可以具有更高的纯度或更好的特性，并且它们的交货时间通常更短。积木通常具有一个或多个活性官能团，因此它们可用于在特定化学反应中产生新化合物。

FTP 文件夹名称：“构建块”
文件名开头：“IISBB”

完整数据库

该套装结合了库存和定制化合物。这些文件还包含有关已售罄、未定义价格或当前未指定特定供应商的产品的所有历史信息。该集合总共包含超过 4000 万个化学结构。数据仅以 SMILES 格式提供。

FTP 文件夹名称：“完整数据库”
文件名以：“fulldb”开头

哪个数据？

MolPort 数据库中化合物的其他属性在属性文件中提供，这些文件是压缩的、制表符分隔的文本文件，带有 MolPort ID 和下表中列出的其他分子属性，可用于 FTP/HTTP 下载和 API 访问。其他数据包括库存量、交货时间和价格范围等信息。您可以使用这些文件来附加包含在 Open Access Files 或 SMILES 文件中的信息。请注意，某些可下载文件中并非所有数据字段都可用。

	FTP SDF (2D) 文件	FTP 微笑文件	FTP 属性文件	FTP 每月更新文件 (SDF/ SMILES)	HTTP 下载（SDF/微笑）	Chemical Search API（也通过 Excel KNIME、Pipeline Pilot）	全分子加载API
数据更新频率	每月	每月	每月	每月	每月	日常的	日常的
结构	是	是	N	是	是	是	是
端口号	是	是	是	是	是	是	是
与供应商核实的最大库存量	是	N	是	是	是/否	是	N
最大未验证数量（作为包裹尺寸）	是	N	是	是	是/否	是	N
可用作筛选化合物吗？	是	N	是	是	是/否	N	N
是积木吗？	是	N	是	是	是/否	N	N
最佳交货期	是	是	是	是	是	N	N
1mg 的价格范围	是	是	是	是	是	N	N
5mg 的价格范围	是	是	是	是	是	N	N
50mg 的价格范围	是	是	是	是	是	N	N
质量控制方法	是	N	是	是	是/否	N	N
复合状态	是	N	是	是	是/否	N	N
英智	N	是	是	N	是/否	N	N
英奇钥匙	N	是	是	N	是/否	N	N
IUPAC 名称	N	N	是	N	N	N	是

直接链接到分子页面	是	N	是	是	是/否	是	是
下载大小（压缩存档）	~2Gb	~500Mb	~500Mb	~30-50Mb	2Gb/500Mb	0	0
完整文件大小	~20Gb	~2Gb	~2Gb	300-500Mb	20Gb/2Gb	0	0
文件数	15	15	1	3*	2 个（每种类型 1 个）	0	0

供应商	N	N	N	N	N	N	是
目录号	N	N	N	N	N	N	是
价格	N	N	N	N	N	N	是
包装尺寸	N	N	N	N	N	N	是
运输费	N	N	N	N	N	N	是

哪种格式？

下载的化学结构以 SDfiles 或 SMILES 字符串形式提供。

SD文件

一个SDfile或结构数据文件是具有存储化学数据的预定义格式的文本文件。它是最流行的存储分子 2D 结构的标准格式，列出每个原子的坐标和原子/原子键的连接表。每个分子都在分子块之后存储其属性。大多数化学软件可以直接使用 SDfiles 或使用内置导入过程将它们转换为内部表示。

微笑

SMILES是“Simplified Molecular Input Line Entry Specification”的首字母缩写词。这种格式包括原子类型和连接性，但如果需要，必须通过软件即时生成 2D 结构。SMILES 更紧凑，更适合存储在标准数据库、文本字段或电子表格中，因为每个结构都是一个紧凑的文本字符串。大多数现代化学软件也可以使用这种格式。SMILES 的最新正式版本是OpenSMILES。

根据起始原子，可以通过多种方式使用 SMILES 对单个结构进行编码。为了使用 SMILES 匹配相同的分子，应用一组算法规则来标准化表示并获得所谓的Canonical SMILES。请注意，获取某些结构的规范 SMILES 可能会失败，并且规范化规则可能因软件包而异。我们的 SMILES 文件是制表符分隔的文本列文件。它们包含 SMILES 结构（带有ChemAxon SMILES 扩展，在需要时，Canonical SMILES（使用化学开发工具包创建）)、MolPort ID 和其他属性。第一行包含列标题。如果您的化学数据软件无法在文本文件中导入或打开 SMILES，您可能需要将文件扩展名更改为“.smi”或“.smiles”。还可以使用基本文本编辑器或 Microsoft Excel 打开文件以供查看。

更新频率？

虽然在线数据库每天更新，但可用的下载文件每月更新一次。初始下载后，每月更新文件会列出添加的化合物（SDfile/SMILES、MolPort ID 和库存量）和删除的化合物。

通过使用化学搜索 API（见下文）查询在线 MolPort 数据库，可以获得更多最新数据。

访问方法？

您可以通过 FTP、HTTP、特殊工具和 Web 服务 API 下载 MolPort 数据库文件，并且 MolPort 数据也可以通过多个第三方平台获得。

FTP下载

标准 FTP 下载

想要访问高级数据的用户可以使用上述文件的扩展版本。获得登录名和密码后，可以免费访问这些文件。请填写此表格接收您的凭据。然后，您将收到下载文件的说明。注意：只有拥有公司/大学电子邮件地址的用户才能收到有效凭据。我们 FTP 服务器上的文件存储在每月创建并相应命名的文件夹中，例如“2018-04”。任何选定的子集（见下文 [链接到：下载数据子集]）将包含一个压缩文件列表，其中每个文件将包含 500,000 个 SDfile 或 SMILES 格式的化合物以及相关数据。较旧的文件夹包含将数据更新到当前版本所需的信息（见下文）。

每月更新文件

每个月我们都会创建一个特殊文件夹 - “自上次更新以来的更改”，其中包含有关添加的化合物（SDfile 和 SMILES 文件）和删除的化合物（带有 MolPort ID 的纯文本文件）的数据。文件夹“Amount Data”包含带有 MolPort ID 和库存数量的制表符分隔文本文件。这允许您更新先前获取的信息。

HTTP 下载

如果 FTP 访问不是理想的选择，您也可以通过 HTTP 访问数据。使用此协议获得的文件是 FTP 下载的副本，有一个区别 - 每个数据子集只有一个文件要下载。联系我们以获取使用此选项的凭据。

使用特殊工具下载

下载过程可以使用脚本、自动下载或工作流自动化工具自动化。例如，这篇博文展示了如何使用KNIME自动执行MolPort文件的下载过程。

接口访问

Web 服务 API 提供对 MolPort 数据库的编程访问以获取最新信息。

化学检索API

我们尽可能频繁地与化学品供应商同步数据，每天更新 80% 的库存化合物库存数据。这些更改会立即反映在我们的网站上。但是，可下载文件每月仅更新一次。MolPort Web 服务 API 允许您以编程方式检查最新库存。访问此页面以了解更多信息。为了通过 Web Sservices 访问数据，我们提供了 KNIME 节点、Pipeline Pilot 协议、Microsoft Excel 模板以及基于 Java、JavaScript、C# 和 Python 编程语言的示例。