刘小乐XIAOLESHIRLEYLIU

xsliu@jimmy.harvard.ed

http://liulab.dfci.harvard.edu/

哈佛大学与Dana-Farber癌症研究所，教授同济大学，长江讲座教授,千人计划

http://i.bio360.net/MEET/2018Genome/lxl.html

2018年6月9日上午09:50-10:20主题报告

ComputationalandExperimentalDevelopmentforCRISPRScreens

CRISPRscreenisapowerfultechniqueforsystematicgeneticanalysistoidentifykeygenesfortumOrigenesisandprogression,bioMarkersofdrugresponse,andmechanismsunderlyingdrugresistance.However,therearestillmanycomputationalanalysischallengesforexperimentalBIOLOGiststoadoptthetechnology,includinghowtodesignagoodgRNAlibrary,howtoanalyzetheCRISPRscreendata,howtoprioritizetheCRISPRscreenhitsforfunctionalvalidation,andhowtomodelandvisualizescreenresultsinmultipleconditions.Iwilldiscussanumberofcomputationalmethodswedevelopedtoovercomethesechallenges.Iwillalsodiscussourexperimentaleffortsusingprimaryandsecondaryscreenstoidentifysyntheticlethalgenesandunderstandthemechanismunderlyingthehormone-independentgrowthandmetastasisofbreastcancer,andusingpairedgRNAstoscreenforfunctionalnon-codingelementsinthegenome.

刘小乐教授——基因编辑相关及代表性文章：

NatBiotechnol:建立长非编码RNA的高通量功能性筛选新方法

ZhuS,LiW,LiuJ,ChenC-H,LiaoQ,XuP,XuH,XiaoT,CaoZ,PengJ,YuanP,BrownM,LiuXS*&WeiW*.(2016)Genome-scaledeletionscreeningofhumanlongnon-codingRNAsusingapaired-guideRNACRISPRlibrary.NatBiotechnoldoi:10.1038/nbt.3715.

刘小乐（ShirleyLiu）研究组与北大魏文胜研究组合作，建立了paired-guideRNA（pgRNA）文库的构建方法，通过pgRNA引入的基因组大片段删除来破坏lncRNA表达及功能，并由慢病毒介导在多个癌细胞系中实现了功能筛选，从～12,000pgRNA的CRISPR文库中成功鉴定出正向及负向调控癌细胞增殖的lncRNA。论文通过多种遗传学手段验证了候选lncRNA的功能，并通过生物信息分析和表达谱测序探究了其发挥作用的机制。有趣的是，通过分析候选lncRNA在肿瘤细胞发展不同阶段的表达水平，发现筛选得到的正向调控细胞增殖的lncRNA发挥致癌作用，而负向调控细胞增殖的lncRNA发挥抑癌作用。这是首次实现对于非编码元件的基因组水平的功能筛选，这一高通量技术平台的建立不仅有助于人们研究影响细胞增殖的非编码元件，还可以用于筛选发挥其他重要作用的非编码元件或者基因组中的功能未注释区域。