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Kapa biosystems/KAPA hgDNA Quantification and QC Kit/KK4960/300 x 20 µL reactions
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Kapa biosystems/KAPA hgDNA Quantification and QC Kit/KK4960/300 x 20 µL reactions
品牌 / 
kapabiosystems
货号 / 
KK4960
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Description:

qPCRMasterMix(Universal)

KAPAhgDNAQuantificationandQCKit

Qualitymatters.

KAPAhgDNAQuantificationandQCKitscontainallthereagentsneededfortheqPCR-basedquantificationandqualityassessmentofhumangenomicDNAsamplespriortoNGSlibraryconstruction.

KitscontainKAPASYBR®FASTqPCRMasterMix,optimizedforhigh-performanceSYBRGreenI-basedqPCR,aswellasapre-dilutedsetofDNAstandardsandprimerpremixestargetingdifferentportionsofahighlyconservedsingle-copyhumanlocus.Absolutequantificationisachievedwiththeprimerpairdefiningtheshortestfragment,whereastheadditionalprimersareusedtoderiveinformationabouttheamountofamplifiabletemplateintheDNAsample.Qualityscores(orQ-ratios)generatedwiththekitmaybeusedtopredicttheoutcomeoflibraryconstruction,ortailorworkflowsforsamplesofvariablequality,particularlyFFPEDNA.

ThemethodiseasytoautomateandcanbeappliedtoanyprocessorworkflowthatrequiresaccuratequantificationofdiluteDNAsamples,orsamplesthatmaycontainahighproportionofDNAthatisrecalcitranttoPCRamplification.

Downloadour KAPAhgDNAQuantificationandQCDataAnalysisTemplate.

ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.

ProductHighlights

Principle of the hgDNA Quantification and QC assay. A single set of DNA standards is used to generate up to three standard curves using three different primer pairs that amplify targets of 41 bp, 129 bp or 305 bp within a conserved, single-copy human locus. The 41 bp assay is used for absolute quantification of DNA samples. For an assessment of DNA quality, standard curves are generated and samples assayed with the 129 bp and/or 305 bp primer premix(es). Since poor DNA quality has a greater impact on the amplification of longer targets, the relative quality of a DNA sample can be inferred by normalizing the concentration obtained using the 129 bp or 305 bp assay against the concentration obtained from the 41 bp assay. This normalization generates a Q-ratio (with a value between 0 and 1) that is indicative of DNA quality, or the amount of amplifiable material in a DNA sample. Data on file.

Obtainconcentrationandqualityinformationwithasingleassay

  • AllowsforaccuratequantificationofdiluteDNAsamples
  • QuantificationwithanadditionalprimerpairprovidesaQ-ratiothatisindicativeofsamplequality
Conversion rates (% input DNA converted to adapter-ligated library) for libraries prepared for targeted re-sequencing on the Illumina platform. Libraries were prepared in duplicate from 80 – 100 ng FFPE DNA of variable quality (orange) or a commercial hgDNA preparation (grey), using the KAPA LTP Library Preparation Kit. FFPE DNA samples were assessed with the KAPA hgDNA Quantification and QC assay prior to Covaris shearing. Q-ratios were as indicated. The amount of fragmented DNA (average size ~180 bp) used for library construction was determined using the Qubit HS dsDNA assay (Life Technologies), whereas adapter-ligated libraries were quantified using the qPCR-based KAPA Library Quantification Kit. Results indicated that conversion rates for FFPE samples were significantly lower than for high-quality DNA. This limits the diversity of FFPE libraries, and necessitates more cycles of library amplification to generate sufficient material for target capture. This results in higher duplication rates and lower target coverage for FFPE libraries. Data on file.

Employqualityscores intheanalysisofNGSlibraryconstructionworkflows

  • Q-ratioscanprovidevaluableinsightsintothebottlenecksinNGSlibraryconstructionworkflows
  • ForFFPEsamples,libraryandsequencequalityisprimarilylimitedbyinefficientconversionofinputDNAtoadapter-ligatedlibrary

Obtainactionabledataforsamplepreparation

  • Q-ratioscorrelatewithkeysequencingmetricssuchasduplicationratesandmeantargetcoverage
  • FFPEsampleswithaQscore>0.4yieldlibrariesofacceptablequalitywhenprocessedinstandardsamplepreparationsfortargetcapture

Applications:

Applications
  • FFPEsamples
  • Free-circulatingDNAfromplasmaorserum
  • Samplesobtainedbylaser-capturemicrodissectionoffresh,frozenorFFPEtissue
  • Forensicsamples
  • Cellscollectedbyflowcytometry
  • Anyotherlimitingorpreciousclinicalsample

KitSpecificationsandContents/Storage:

KitSpecificationsandContents/Storage

Kitscanbestoredforupto12months at-20˚C.

Complete(MasterMix)kitsincludeKAPASYBRFASTqPCRMasterMix(2X),PrimerPremix(41bp,129bpand305bp,10X)andasetof5DNAStandards.PrimerPremixesandDNAStandardsarealsosoldseparately.

Components

Specifications

Spec
Description
CompatIBLePlatform
AllNGSplatforms
CompatibleSamples
HumangenomicDNA
Samplesources
FFPEtissueCellscollectedbylaser-capturemicrodissectionFlow-sortedcellsFree-circulatingDNAfromplasmaorserumForensicsamplesClinicalsamples
Standardcurveconcentrationrange
2.5ng/µL–10pg/µLor3,080–12copies
SequencingApplications
WholeGenomeSequencingWholeExomeSequencingTargetedSequencing(custompanels)AmpliconSequencing
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公司介绍
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Steve HahnLast modified Fri, Oct 16, 1998Before trying this method, try rapid protein prep which involves boiling yeast in SDS PAGE buffer1. Grow 100 ml yeast 查看更多>
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金唯智-GENEWIZ在发布的靶向测序/目标区域测序供应信息,浏览与靶向测序/目标区域测序相关的产品或在搜索更多与靶向测序/目标区域测序相关的内容。 查看更多>
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近年来,结直肠癌的发病率在我国呈现快速增长趋势,其中很多新发患者为转移性结直肠癌。瑞戈非尼是治疗转移性结直肠癌的首个口服靶向药物,为广大的结直肠癌患者带来了福音。蚂蚁淘近期采访了院肿瘤医学部专家教授,给我们详细介绍了瑞戈非尼的作用机制、研究数据解读以及结直肠癌治疗研究进展,并认为免疫治疗、抗血管靶向药物和化疗的相互联合将在未来使结 查看更多>
微液滴数字PCR在靶向测序建库中的应用 查看更多>
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默瑞(上海)生物科技有限公司,Leica显微系统,Merk Millipore实验室纯水超纯水仪,Roche实时定量PCR仪,Partec流式细胞仪,RPA,TwistDx 代理商,Echelon代理商,Jackson代理商,KAPA,enzymatics经销商等,莫纳生物集团企业。 查看更多>
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肺癌患者,想做一下基因检测,好知道用什么靶向治疗药物。另求告知一稳妥可信检测机构。谢谢
生物试剂盒采用经典的SDS碱裂解法结合二氧化硅磁球特异性吸附核酸的优点快速纯化质粒DNA,该试剂盒适合从1-4mL的大肠杆菌菌液中提取多至25μg的高纯度质粒DNA,可用于测序、酶切、转化等具体的可以查询药智网,回答满意请您采纳,谢谢。
我想问一下目前有商业化的应用于二代测序平台的试剂盒吗?
各位师兄师姐,可否介绍一下国内做基因测序和分析的哪些学校和老师比较牛。还有想问一下基因测序结束后需要和可以做哪些工作。哪些公司试剂盒比较好用…………
不可以,测序用的酶和Taq酶是有区别的。
Sanger 测序试剂盒和试剂支持感兴趣区的 PCR 扩增、循环测序和反应纯化。 下一代测序试剂盒和试剂可用于靶选择、文库构建和模板制备。 请浏览下面的章节,了解我们每个测序平台进行样本制备的测序所需要的试剂盒及试剂的更多信息。
用TAKARA16srDNAPCR试剂盒扩增细菌的16srDN***段,上T载体测序后,在NCBI上blust,结果发现除了引物之外的中间的那部分跟NCBI的数据相符,不知道TAKARA给的用于测序的引物是不是就是PCR用的引物。这样的测序结果应该怎么分析合适呢?是去掉引物序列分析呢还是带上引物序列分析呢?
你用来干嘛都不讲,怎么给你推荐试剂盒?

亲子鉴定?

ID,promega.我们实验室主要用的是这两种,由于怕有突变还会备有凯杰的。

如果测序的话,那么就是AB的bigdye吧?

有什么问题我们可以交流。
1、目标序列靶向测序是一种对感兴趣的基因组区域进行富集测序的研究策略。目标区域测序的主要优势在于可针对特定区域进行测序,有效降低了测序成本,提高了测序深度,能够更为经济有效地研究特定区域的遗传变异。
2 单细胞测序是指单个细胞水平上对基因组进行测序。
3、靶向测序步骤为 样品准备、探针/引物设计、目标序列捕获、文库制备、上机测序、数据分析。
4、单细胞的分离--DNA/RNA的提取和扩增(全基因组扩增和全转录组扩增)---测序以及后续的分析和应用。
相同:使用二代测序
不同:样本处理,文库构建,检测的区域,数据分析流程
用QuikChange试剂盒做单点突变,对照质粒都能正常的出结果,但是目的质粒测序3次都没有突变。

说明书上写的可以扩14000bp以内的质粒,我的质粒长度7800bp,引物是32bp,说明书上要求tm值大于78,CG值大于40,按说明书上的算法我的算出来是tm81,CG值是59。


请问是不是我的质粒太大啦?要不我先把目的片段切下来连到T载体(加目的片段有4500bp)上?和我CG值太高也有关系吗?

做了两个月都没成功,急死我了,拜托大家给点意见谢谢啦!!!
求助做蓝白斑筛选后小提质粒用于测序试剂盒