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DS MODELER教程发布，请学员登陆创腾学院子网下载！
2025-07-05
为了方便广大学员的持续学习，我公司工程师将编辑一系列软件模块的基础教程，并定期发布到“创腾学院”子网，欢迎学员登陆 “创腾学院子网—学员服务—学员资源”栏目中自行下载学习。
Discovery Studio 为用户提供了一整套利用Homology Modeling 方法自动预测蛋白质空间结构的工具。用户只需要提供蛋白质的氨基酸序列就可以轻松完成同源模型的构建及模型可信度评估的工作。DS 的Homology Modeling 主要基于MODELER 程序。目前MODELER已成为使用最为广泛，预测最为准确的同源建模工具之一。其主要的建模步骤包括：
1. 使用序列相似性搜索工具 BLAST 或PSI-BLAST 搜寻目标序列的模板2. 使用结构比对方法将模板进行比对、叠合3. 使用序列比对方法将目标序列与模板结构的序列进行比对4. 使用 MODELLER 产生目标序列的模型5. 模型的评估在识别目标序列的模板以及比对目标序列和模板结构的序列时，具体采用何种策略依赖于目标序列和模板序列间的同源性高低：当序列同源性很高（一般大于 60%）时，BLAST 可以轻易识别出正确的模板，并且序列间的比对结果也很好。当序列同源性不是很高，但仍在模糊区之上（一般介于25%和60%之间）时，BLAST仍能够有效地识别出正确的模板，但是，简单的序列比对可能不能为同源建模产生最优的比对结果。在该情况下，序列比对结果可以通过利用无冗余序列库（non-redundant sequence database）中的同源序列创建sequence profile 来改善。该方法是最为常见的流程，该教程也会给出相应的例子来介绍该方法。当序列同源性非常低（低于25%）时，采用迭代搜索方法（PSI-BLAST）来搜寻模板，并且利用sequence profile 来比对序列。本教程中，以一个胞外淀粉酶的同源模建过程为例子，展示如何在DS 中采用上面介绍的第二种方法来为该淀粉酶自动构建同源模型，并对所构建的模型进行评估，帮助大家获得Homology Modeling 最直观的结果。本教程包括以下步骤：♦ 模板识别
♦目标序列和模板序列的比对
♦3D 模型的构建（MODELER）
♦3D 结构可靠性的评估
学员可点击立即下载
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