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2014年10月生命科学新增案例
2025-06-30
尊敬的客户，您好！
为了给客户提供更便捷的技术服务，创腾科技将会定期推出应用案例，供大家参考学习！
10月份共新增9个应用案例：
一、基于球形马拉色菌脂肪酶SMG1晶体结构研究结构功能关系和底物专一性二、BPTI对登革热病毒NS2B-NS3蛋白酶抑制模型的研究三、KT-18618抑制JAKSTAT通路的机制研究四、拟南芥HDR催化机制的研究五、如何针对特殊孔板数据格式自定义生成reader组件六、基于Pipeline Pilot整合FlexScreen的高通量虚拟筛选网络服务七、PP中提取近红外光谱图的谱峰信息并进行聚类分析八、抗癌药物HMJ38双靶标抑制剂的设计九、基于结构预测抗体可变区的天冬氨酸与天冬酰胺的降解位点具体案例简介及查看链接：| 案例名称 | 基于球形马拉色菌脂肪酶SMG1晶体结构研究结构功能关系和底物专一性 |
| 参考文献 | Journal of Structural Biology 178 (2012) 363–369 IF=3.369 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 计算生物学 |
| 简 介 | 脂肪酶可以催化天然底物油脂水解，是重要的工业酶制剂品种之一。本文基于球形马拉色菌脂肪酶SMG1晶体结构，以及同源建模和分子对接技术，解释了SMG1底物专一性机理。 |
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| 案例名称 | BPTI对登革热病毒NS2B-NS3蛋白酶抑制模型的研究 |
| 参考文献 | FEBS Lett. (2014), IF=3.341 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 计算生物学 |
| 简 介 | NS2B-NS3蛋白酶是目前治疗登革热病毒感染的重要靶点之一，本文采用同源建模技术获取了NS2B-NS3p-BPTI的抑制模型，该结构为后续理性设计DENV抑制剂提供了研究的结构基础。 |
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| 案例名称 | KT-18618抑制JAKSTAT通路的机制研究 |
| 参考文献 | Biochemical Pharmacology 89 (2014) 62–73 ，IF=4.65 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 药物设计 |
| 简 介 | 信号传导子及转录激活子（STAT3）参与各种生物过程，比如通过调节JAK/STAT传导通路控制免疫应答和细胞生长调节。在哺乳动物癌细胞系中，STAT3活化增强癌细胞的生长、加强血管生长、逃避免疫系统、抵抗癌细胞凋亡。JAK/STAT信号通路是新的靶标对于治疗癌症的扩散，因为这个信号通路与白血病和淋巴瘤的活化有关。在本篇文章中，通过采用双荧光素酶测定的方法，识别STAT3的抑制剂，然后使用生物模拟的方法，识别小分子抑制剂的抑制机制。 |
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| 案例名称 | 拟南芥HDR催化机制的研究 |
| 参考文献 | Plant Physiology, September 2014, Vol. 166, pp. 57–69, IF=7.394 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 药物设计 |
| 简 介 | 萜类是天然产物中发现最大的基团，所有的萜类均是源于五碳单元---异戊烯二膦酸盐（IPP）和二甲基烯丙基二膦酸盐（DMPAPP）。植物的HDR催化甲基赤藻糖醇磷酸盐途径，合成五碳单元IPP和DMPAPP。在本文中，我们使用包含HDR启动子的基因组去形成转基因拟南芥，一些转基因植物显示白化、杂色或仓绿色的性状，说明拟南芥HDR基因可以非常有效的触发转基因诱导的基因沉默。为了了解反应机制，我们使用E.coil的ISPH作为模板构建了HDR的三级结构。进一步将含有羟基的底物HMBPP和FE-S簇对接到蛋白质模型中，识别了重要的氨基酸残基，对于上述得到的氨基酸残基通过定点突变的方式进行验证。 |
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| 案例名称 | 如何针对特殊孔板数据格式自定义生成reader组件 |
| 参考文献 | - |
| 软 件 | Pipeline Pilot |
| 研究方向 | 化学信息学 |
| 简 介 | 以各类孔板为载体的实验是生物医药研发实验过程中常用的技术手段，由于实验仪器（工作站）的多样性和实验人员记录实验数据方式的差异，造成了孔板数据文件格式的千差万别。已知Pipeline Pilot中已有功能组件能够读取和处理绝大多数通用格式和尺寸的孔板数据文件，能够很好的解决孔板实验数据格式多样的问题。本文则介绍如何在PP中自定义不同格式的孔板数据的读取，从而进一步拓展PP对孔板实验数据的格式的兼容性。 |
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| 案例名称 | 基于Pipeline Pilot整合FlexScreen的高通量虚拟筛选网络服务 |
| 参考文献 | - |
| 软 件 | Pipeline Pilot |
| 研究方向 | 药物设计 |
| 简 介 | 药物虚拟筛选对计算资源的要求越来越大，虚拟筛选常常要在高性能计算机上进行。为了让用户更方便地使用高性能计算机进行科学计算，同时也提高资源的利用率，作者用Pipeline Pilot整合分子对接软件FlexScreen，并将其开发成一个基于SOAP的网络服务，方便其他用户通过网络进行药物的虚拟筛选。 |
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| 案例名称 | PP中提取近红外光谱图的谱峰信息并进行聚类分析 |
| 参考文献 | - |
| 软 件 | Pipeline Pilot |
| 研究方向 | 化学信息学 |
| 简 介 | 近红外光谱是780－2526nm范围内的电磁波，对应的主要是分子振动的倍频及合频吸收。与常规分析技术不同，近红外光谱是一种间接分析技术，一般是通过化学计量学方法建立校正模型来实现对未知样品的定性或定量分析。本文介绍如何在PP中通过提取近红外光谱的谱峰信息来建立光谱的聚类分析模型。其中，本文所描述的光谱聚类分析方法和流程同样适用于其他类型的谱图（拉曼光谱、紫外光谱和色谱等）。 |
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| 案例名称 | 抗癌药物HMJ38双靶标抑制剂的设计 |
| 参考文献 | British Journal of Pharmacology (2013) 169 1574–1586，IF=4.99 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 药物设计 |
| 简 介 | 我们前期的研究表明，6-吡咯烷-2-（3-甲氧苯基）喹唑啉-4[HMJ38]具有潜在的抗微管生成能力，本文以HMJ38为先导化合物，通过改造提高其抗癌的化合物活性。通过计算机辅助药物设计，在HMJ38的C2和C6的位置，引入适当的取代基后进行合成和设计MJ系列化合物。然后使用台盼蓝拒染实验检测MJ系列化合物抗人癌症细胞的化合物的毒性。化合物MJ65-70展示了很强的抗癌细胞增殖的效应，研究表明，MJ65-70是双靶标----结合微管和JNK激酶的抗癌抑制剂药物，抗癌的机制为上调JNK激酶的表达和扰乱微管蛋白形成。 |
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| 案例名称 | 基于结构预测抗体可变区的天冬氨酸与天冬酰胺的降解位点 |
| 参考文献 | British Journal of Pharmacology (2013) 169 1574–1586，IF=4.99 |
| 软 件 | Discovery Studio |
| 研究方向 | 抗体工程 |
| 简 介 | 抗体工程过程中，抗体的稳定性是必须要考虑的因素。抗体在体内体外容易降解，其中天冬酰胺和天冬氨酸的化学降解是最常见的降解反应之一。然而，该降解反应的影响因素目前仍知之甚少。本文通过构建抗体药物的3D结构模型，研究结构参数与降解性质（由液质联用方法实验测得）的关系，构建预测分类模型，以实现基于计算机的抗体稳定性预测。 |
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