LncRNA特指长度大于200nt的非编码RNA，部分具有和mRNA相似的poly(A)结构，部分不具poly(A)尾，且不具蛋白编码能力。长期以来，人们普遍认为非编码RNA(ncRNA)不编码蛋白质。然而，随着深度核糖体测序（Ribo-Seq）、Ribo taper、ORF-RATER、PhyloCS和质谱等技术的发展，越来越多的研究表明，一些非编码RNA(LncRNA、circRNA和pri-miRNA)编码的小肽或蛋白真实存在，并且通常不到100个氨基酸。例如下面几篇文章都是以前被定义为非编码RNA的，现在发现其具有编码小肽的功能。如下图A中所示，长链非编码RNA HOXB-AS3可以编码HOXB-AS3 peptide，HOXB-AS3 peptide可以通过拮抗hnRNP A1来调控PKM1的可变剪接，进而调控肿瘤细胞能量代谢。LINC00961编码的短肽SPAR（small regulatory polypeptide of amino acid response）可以与溶酶体的v-ATPase相互作用，进而抑制了mTORC1的活力。如下图B中所示，circRNA FBXW7也可以编码与肿瘤相关的蛋白FBXW7-185aa，FBXW7-185aa可以拮抗usp28诱导的c-myc蛋白的稳定性，从而降低c-myc蛋白的半衰期；circ-SHPRH编码的短肽SHPRH-146aa可以介导PCNA的泛素化和降解。如上图C中所示，miR-200a和miR-200b的初级前体pri-miRNA可以编码miPEP-200a和miPEP-200b两个短肽，短肽可以影响前列腺癌细胞的EMT过程。LncRNA编码能力预测看了上面这些内容后，作为一个研究LncRNA的科研狗是不是很好奇自己心爱的LncRNA究竟能不能编码蛋白，首先我们需要知道LncRNA是否具有开放阅读框ORF，我们可以使用NCBI网站的ORF Finder功能进行确定，网址为：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/。另外也可以使用网站CPAT(Coding PotentialAssessment Tool)来进行编码能力的预测，网址为：http://lilab.research.bcm.edu/cpat/。我们以长链非编码RNASNHG5为例，预测其是否具有smORFs和编码能力，按下图所示输入其序列，物种选择“Human”：我们得到如下结果：分析结果显示长链非编码RNASNHG5有一个201bp的开放阅读框，但其却不具有编码能力。实验验证LncRNA编码能力当然，这只是预测的结果，为了进一步用实验检验其是否具有编码能力，我们可以构建相关载体，看其在体内是否表达出相应蛋白。我们将以发表在Molecular Cell上的题为“A Peptide Encoded by a Putative LncRNA HOXB-AS3 Suppresses Colon Cancer Growth”为例学习一下作者的验证过程。如下图所示，为了得到更加可靠的实验结果，作者设计了严谨的实验，分别构建了ORF C端融合GFP或Flag标签的载体，同时将ORF的起始密码子ATG突变成ATT作为阴性对照。作者将构建好的载体瞬时转染HeLa细胞24h，分别通过GFP荧光和Flag抗体免疫荧光染色观察其是否表达，同时为了实验的严谨性，作者同时利用公司制作的HOXB-AS3 peptide抗体做免疫荧光实验，结果如下：这些图都表明了LncRNAHOXB-AS3的ORF具有编码peptide的能力。同时，Western Blotting实验也同时使用GFP/Flag和HOXB-AS3抗体验证其表达，结果也在其预测大小位置观察到了相应的蛋白条带。综上，作者证明了被定义为长链非编码RNA的HOXB-AS3能够编码小肽。怎么样，学会了如何预测和验证LncRNA是否具有编码小肽的能力了吗？赶紧照着教程验证一下自己关心的LncRNA吧！参考文献： J.Z. Huang, M. Chen, Chen, X.C. Gao, S. Zhu, H.Huang, M. Hu, H. Zhu, G.R. Yan, A Peptide Encoded by a Putative LncRNA HOXB-AS3Suppresses Colon Cancer Growth, Molecular cell, 2017: 68(1):171-184. 本站是提供个人知识管理的网络存储空间，所有内容均由用户发布，不代表本站观点。请注意甄别内容中的联系方式、诱导购买等信息，谨防诈骗。如发现有害或侵权内容，请点击一键举报。 恭喜你成为个图VIP！ 在打印前，点击“下一步”观看2个提示下一步 全部 全站无广告全屏阅读全站电子书免费读VIP专属标识 微信支付查找“商户单号”方法： 1.打开微信app，点击消息列表中和“微信支付”的对话 2.找到扫码支付给360doc个人图书馆的账单，点击“查看账单详情” 3.在“账单详情”页，找到“商户单号” 4.将“商户单号”填入下方输入框，点击“恢复VIP特权”，等待系统校验完成即可。 支付宝查找“商户订单号”方法： 1.打开支付宝app，点击“我的”-“账单” 2.找到扫码支付给个人图书馆的账单，点击进入“账单详情”页 3.在“账单详情”页，找到“商家订单号” 4.将“商家订单号”填入下方输入框，点击“恢复VIP特权”，等待系统校验完成即可。 请通过以下步骤，尝试恢复VIP特权 第1步在下方输入你支付的微信“商户单号”或支付宝“商家订单号” 第2步点击“恢复VIP特权”，等待系统校验完成即可 如何查找商户单号？ 订单号过期！ 该订单于2020/09/09 23:59:59支付，VIP有效期：2020/09/09 23:59:59至2020/09/11 23:59:59！如需使用VIP功能，建议重新开通VIP 返回上一页