蚂蚁淘(ebiomall)是苏州蚂蚁淘生物科技有限公司旗下的生物医学科研用品跨境直采（平行进口）平台，自营B2B电商。客户在蚂蚁淘搜索全球产品信息，找到合适的产品后再蚂蚁淘下单，然后蚂蚁淘的海外办事处进行跨境采购、运输到中国口岸，最后由蚂蚁淘国内团队清关并发货给客户
我们部分客户
1 : 经销商代表---国药化试，飞世尔，SIGMA等1000家左右的经销商
2 : 学校代表---北京大学，清华大学，上海交通大学，复旦大学，武汉大学，厦门大学.....等200所左右大学及100多家附属医院
3 : 制药公司代表 : 罗氏，阿斯利康，诺和诺德，和记黄埔，东阳光科......
4 : CRO公司代表 : 睿智化学，药明康德，桑迪亚，美迪西......
shRNA比siRNA的优势包括能够使用病毒载体进行转染，克服了某些类型的细胞不能转染的难题，能选择使用诱导型启动子控制shRNA表达，能够与报告基因共表达。此外，它们能减少脱靶效应（在下面进一步讨论）。
许多实验室已发表了用于转染的长双链RNA的合成方案。但是，每种方法的效力是依赖于整个系统的。此外，长双链RNA会激活先天免疫反应，导致细胞死亡。影响shRNA活性的因素，包括环结构，发夹结构热力学性质，二级结构以及周围序列。siRNA和shRNA之间进行选择时，要考虑的一个重要因素是实验时间的长短。siRNA在细胞中瞬时表达的，而shRNA可以通过病毒介导的转导保持稳定。
siRNA/shRNA设计指导在主要RNAi产品制造商那里都能获得
- 19-29个核苷酸的siRNA序列通常是最有效的。长于30个核苷酸可导致非特异性沉默。
- 识别的理想位点包括靶mRNA序列中的AA二核苷酸区和3'端19个核苷酸的位点。通常情况下，siRNA与3’端为dUdU或者dTdT的游离碱基的mRNA结合效率更高。较新的数据表明，其他种类的二核苷酸也可保持活性，但siRNA能够被核糖核酸酶在单链的G残基处裂解，因此应避免GG结构。
- 由于mRNA往往高度折叠并于调控蛋白结合的，应该要在不同位点选择至少2-4个靶序列。避免设计含有4-6个poly（T）的序列，因为它会作为RNA合成酶III的终止信号。
- 检查以确保您的siRNA序列与其他编码序列没有同源性。
- 序列中的G/C含量应该在35-55％之间。
| 公司/组织 | 程序名称 | 描述 | 链接 |
|---|---|---|---|
| Thermo Scientific | siDESIGN | 方便使用的siRNA设计工具。允许选择siRNA识别的区域（5’或3’ UTR或ORF区），G/C百分比，可通过BLAST搜索序列。 | 链接 |
| Naito et al. | siDirect | 根据核苷酸序列识别目标，提供了序列内的位置，可供选择双链的熔解温度，脱靶序列的不匹配的最小数目。 | 链接 |
| Invitrogen | BLOCK-IT RNAi Designer | 在核算序列内识别siRNA, shRNA和miRNA目标。也可将siRNA序列转化为shRNA序列。 | 链接 |
| InvivoGen | siRNA Wizard | 可搜索一段编码序列作为siRNA序列，可根据您的siRNA序列设计加扰序列和发夹插入。 | 链接 |
| IDT | shRNA设计工具 | shRNA设计工具能允许您在四个环序列中选择或者输入一段定制序列，也可以指定5’端和3‘端的酶切位点。 | 链接 |
| Gene Link | shRNA设计工具 | shRNA设计工具能允许您在三个环序列中选择或者输入一段定制序列，也可以指定5’端和3‘端的酶切位点，设计GC含量和长度。 | 链接 |
shRNA应包含正义和反义序列（每个为19-21个核苷酸的长度）由环结构分隔，以及5'端AAAA的游离片段。设计环结构时，Ambion的科学家和其他人建议使用9 nt的空白间隔（TTCAAGAGA），而Invivogen在某些载体中采用了长度为7 nt的环（TCAAGAG），这可根据您的系统变化。3〜9个核苷酸长度的环序列被证明是有效的。此外，当创建shRNA盒时，正义链首先合成，然后是间隔序列，最后是反义链。 shRNA结构中5'端游离应避免，因为它们可能会导致shRNA的沉默。除了手动设计siRNA或shRNA，也有一些设计程序可供使用。他们中有几个包含在表二中了。此外，多个公司提供预制的siRNA和shRNA序列（代表性例子见表三）。
多数shRNA通过载体转录而来。表达最常见的是由聚合酶III U6启动子驱动，它驱动高水平的组成型表达，或由较弱的H1启动子驱动。与siRNA系统相比，shRNA的一个主要优点是，shRNA可设计为诱导性的。有商品化的四环素-开和四环素-关诱导系统，以及结构含有改良的U6启动子由昆虫蜕皮类固醇性激素蜕皮激素诱导。一个Cre-Lox重组系统已被用来实现小鼠体内的可控制表达。也有合成的shRNA可用，它不像病毒载体递送分子，可以通过如上所述的siRNA分子一样，能够通过化学修饰影响其活性和稳定性。
| 公司/机构 | 程序名称 | 他们能提供什么 | Link |
|---|---|---|---|
| The Broad Institute （可通过Sigma-Aldrich和Thermo-Fisher Scientific进入） | RNAi联营（TRC） | 通过公共-私人的努力，目的是创造一个经验证的shRNA文库和可用于确定人和小鼠基因功能的关联工具 |
链接 链接到RNAi联营shRNA文库: 链接 |
| Sigma-Aldrich | 功能基因组&RNAi（与TRC协同） | 提供细菌甘油存储、质粒DNA和慢病毒形式的TRC shRNA | 链接 |
| Thermo-Fisher Scientific | SMARTchoice, GIPZ, TRIPZ Inducible, 和TRC慢病毒shRNA选项 | 提供细菌甘油存储和慢病毒形式的TRC shRNA。 | 链接 |
为确保RNA干扰（RNAi）处理后观察到的效应是基因沉默的结果，而不是仅仅因为引入的siRNA/shRNA，或由于RNA干扰途径激活造成的，很重要的一点在于设置相应的对照组（表三）。两种最常见的对照是加扰对照（Scrambled Control）和非识别对照（Non-targeting Control）。加扰对照正像它听起来的那样，包含获取siRNA或shRNA序列然后随机重新排列其核苷酸序列。非识别对照，在另一方面，也是一个siRNA/shRNA序列，它被设计成不能锚定靶生物的任何已知的基因。这些对照激活了RNAi机制，使得导入的双链RNA对基因表达有基本的影响。然而，应该指出的是，即使是非识别siRNA对照也会诱导细胞内的应激反应。虽然这两种类型的对照序列都将被纳入Dicer并激活RNAi途径，但加扰对照可能会针对一个预料不到的mRNA。因此，在设计加扰对照序列的时候要特别小心，以确保遵循上述原则，且不会锚定其他的mRNA序列。
对于shRNA，另一个重要的对照包括空载体对照，它不包含任何shRNA插入，却能保证转染/转导对基因表达的影响以及细胞的反应。最后，未经处理的细胞（无转染或转导）可作为参照比较其他细胞。这能允许您确定特定的siRNA转运方法的细胞毒性。
| 公司/机构 | 描述 |
|---|---|
| Sigma-Aldrich | shRNA非识别对照 |
| 空载体对照 | |
| Thermo Scientific | shRNA阳性对照（识别eGFP） |
| 空载体对照 | |
| Invitrogen | 加扰siRNA对照 |
| 肌动蛋白, GAPDH, 或GFP阳性对照 |
确切的siRNA或shRNA转运方案取决于您正在使用的细胞类型，因为不同类型的细胞核酸摄取的敏感性不同，包括您是否利用siRNA或shRNA介导的沉默，以及您正在做的实验的时间长度。转染、电穿孔、以及某些病毒转运方法是瞬时的，而慢病毒或逆转录病毒转导可将shRNA稳定整合到细胞基因组中实现持续表达。
转染和电穿孔是其中最常见的核酸转运方式。转染涉及核酸与载体分子复合物的形成，使它们能够穿过细胞膜。 质粒编码的siRNA，有时也有shRNA，通常使用这种方法进入到细胞。商品化的转染试剂可以购买或在实验室自己制备。
- 脂质转染。具有长疏水链头部带正电荷基团的阳离子脂质体与带负电荷的siRNA相互作用，在脂双分子层环绕siRNA，随后被细胞内吞。
- 基于阳离子聚合物的纳米粒子。
- 这可降低毒性，提高效率，并且能够转运修饰的siRNA。
- 脂质或细胞穿透肽（CPP）结合。这涉及到siRNA与疏水性基团（如胆固醇）或阳离子CCP（如转运蛋白或pentatratin）的结合，能够促进向靶细胞的转运。
