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PNA是一种人工合成的核酸的类似物，与核酸相似，它也是由携带ATGC四种碱基的四种单体首尾相连所构成的链状结构，从而保证这种物质能够像核酸一样靠碱基堆积力形成Watson-Crick碱基对，与DNA、RNA形成杂交分子PNA/DNA或PNA/RNA这就是PNA作为杂交探针的理论基础。所不同的是构成PNA骨架的单体不是通常的带负电的磷酸核糖而是N-(2-氨已基）-甘氨酸，单体之间靠酰胺键连接成长链。这种电中性的骨架结构赋予肽核酸探针优良的杂交特性。
首先PNA/DNA杂交分子的性质很稳定，从化学动力学角度看，PNA/DNA的结合常数有明显提高，一旦形成了双链，即使加入上百倍的寡核苷酸也不能使它解离。据报道，对于含有高度反向重复序列的超螺旋DNA，PNA/DNA杂交分子比DNA/DNA双链的结合常数提高了五万倍；从热力学角度看，PNA/DNA杂交分子的Tm也高于相同序列的DNA/DNA双链，通常，在100mmol/L的NaCl溶液中，PNA/DNA杂合子与相应的DNA/DNA双链相比，每个碱基对的Tm值要高出1℃。也就是说，15个碱基对的PNA/DNA平均Tm值约为70℃，比同样的DNA/DNA要高出15℃。从而使检测过程中的灵敏度大为提高。此外，中性骨架还使PNA与DNA的杂交摆脱了对杂交液盐度的依赖，这一重要性质不仅意味着杂交过程中省去了提高盐浓度的操作，更有意义的是，只要保证杂交体系足够低的离子强度，就能抑制非特异性的杂交和靶DNA序列的自身复性对灵敏度的损害。
不但如此，这种高度的灵敏度并没有像其他种类的探针一样引起特异性的下降，相反它对于碱基错配的容纳力更小。在16bp的PNA/DNA杂合子中，一个碱基的错配会导致Tm值下降15℃，而对于同样的DNA双链，Tm值只下降11℃
原文地址：http://tahepna.com/file_news_read.asp?id=59&class=%D1%D0%BE%BF%BD%F8%D5%B9&fo=4&flag=
补充，还有说常见的有丝氨酸水解酶家族，有文献提及赖氨酸。请问这些是如何选择的
最近测序做了TRNAfragment，但是在验证测序结果上遇到了问题，TRF大小在30左右，按照mirna设计颈环引物跑PCR，结果测序为0的数据也能跑出来，后来师兄分析可能把成熟的TRNA也检测出来了，不知道有哪位大神可以指导下TRF的引物应该如何设计啊？
二：主要功能：①运输功能②在逆转录作用中作为合成互补链DNA链的引物。③在细菌细胞壁、叶绿素、脂多糖和氨酰磷脂酰甘油的合成中都与某些tRNA的参与有关。
tRNA不是一条直的单链，而是弯曲的，呈现一个三叶草的形状。在弯曲的部位，tRNA自己的碱基跟自己的碱基互补配对连起来，碱基对中存在氢键。
其他的RNA一般为单链不存在氢链，但双链的由于碱基互补配对存在氢键。
探针就是DNA弹针。用于检测特定的DNA片段。
基因探针，即核酸探针，是一段带有检测标记，且顺序已知的，与目的基因互补的核酸序列(DNA或RNA)。基因探针通过分子杂交与目的基因结合，产生杂交信号，能从浩翰的基因组中把目的基因显示出来。根据杂交原理，作为探针的核酸序列至少必须具备以下两个条件：①应是单链，若为双链，必须先行变性处理。②应带有容易被检测的标记。它可以包括整个基因，也可以仅仅是基因的一部分；可以是DNA本身，也可以是由之转录而来的RNA。
进行分子突变需要大量的探针拷贝，后者一般是通过分子克隆（molecular cloning）获得的。克隆是指用无性繁殖方法获得同一个体、细胞或分子的大量复制品。当制备基因组DNA探针进，应先制备基因组文库，即把基因组DNA打断，或用限制性酶作不完全水解，得到许多大小不等的随机片段，将这些片段体外重组到运载体（噬菌体、质粒等）中去，再将后者转染适当的宿主细胞如大肠肝菌，这时在固体培养基上可以得到许多携带有不同DNA片段的克隆噬菌斑，通过原位杂交，从中可筛出含有目的基因片段的克隆，然后通过细胞扩增，制备出大量的探针。
为了制备cDNA 探针，首先需分离纯化相应mRNA，这从含有大量mRNA的组织、细胞中比较容易做到，如从造血细胞中制备α或β珠蛋白mRNA。有了mRNA作模板后，在逆转录酶的作用下，就可以合成与之互补的DNA(即cDNA)，cDNA与待测基因的编码区有完全相同的碱基顺序，但内含子已在加工过程中切除。
寡核苷酸探针是人工合成的，与已知基因DNA互补的，长度可从十几到几十个核苷酸的片段。如仅知蛋白质的氨基酸顺序量，也可以按氨基酸的密码推导出核苷酸序列，并用化学方法合成。
中文名为信使RNA，是由DNA的一条链作为模板转录而来的、携带遗传信息的能指导蛋白质合成的一类单链核糖核酸。mRNA作为蛋白质合成的模板，决定肽链的排列顺序。
tRNA
中文名为转运RNA，是具有携带并转运氨基酸功能的一类小分子核糖核酸。
rRNA
中文名为核糖体RNA，是最多的一类RNA，也是3类RNA（tRNA,mRNA,rRNA)中相对分子质量最大的一类RNA，它与蛋白质结合而形成核糖体，其功能是作为mRNA的支架，使mRNA分子在其上展开，形成肽链的合成。rRNA占RNA总量的82%左右。rRNA单独存在时不执行其功能，它与多种蛋白质结合成核糖体，作为蛋白质生物合成的“装配机”。
另外，最近测了些tRNA的二级结构，发现有部分不是三叶草结构，但是以前看文献上说tRNA都可以形成三叶草结构的，所以有些不解，望指点，非常感谢！
各种系统都可以使用，AlleleID7.0没搞的定
本软件只作为学习研究之用，研究完后马上删除，支持正版。。。
感谢ddd198599及其他司机的信息及启发
http://www.stemcell8.cn/thread-20673-1-1.html
AlleleID6破解版.rar(44952.85k)
