
The Glass Hybridization Chamber is specifically designed for use with glass microarrays. This chamber is easier to set up than coverslip hybridizations and provides a more uniform hybridization with less nonspecific binding. The chamber can be used with probes generated from poly A+ or total RNA. The chamber can also be used for other applications that involve microscope slides and require sample volumes to be reduced below standard staining techniques.
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发展起各种双杂交系统Fields等建立系统基础些新系统主要报道基、诱饵表达载体及猎物表达载体等做些改进其重要改进引入额外报道基广泛采用HIS3基经改造带HIS3报道基酵母细胞HIS3启表达才能缺乏组氨酸选择性培养基HIS3报道基转录表达由诱饵猎物相互作用所启数双杂交系统往往同使用两甚至三报道基其 LacZ些改造基启区相同转录激结合位点相同转录激(述Gal4蛋白)激通种双重或重选择既提高检测灵敏度减少假阳性现象其针诱饵或猎物表达载体等所作改进详述
双杂交鉴定程要经两转化工作量相特别寻找新作用蛋白质候尤其且酵母细胞转化效率比细菌要低约4数量级转化步骤双杂交技术瓶颈Bendixen等通酵母接合型引用避免两转化操作同提高双杂交效率酵母性殖程涉及两种配合类型:a接合型α接合型两种单倍体间接合(mating)能形二倍体a接合型细胞间或α接合型细胞间能接合形二倍体根据酵母性殖特点文库质粒转化α接合型酵母细胞诱饵表达载体转化a接合型细胞别铺筛选平板使细胞菌苔(lawn)再两种菌苔复印同三重筛选平板原则诱饵靶蛋白发相互作用二倍体细胞才能平板单倍体细胞或虽二倍体细胞BD融合蛋白AD融合蛋白相互作用都淘汰克隆进步通β-半乳糖苷酶力进行鉴定项改进仅简化实验操作且提高双杂交筛选效率
发展起各种双杂交系统Fields等建立系统基础些新系统主要报道基、诱饵表达载体及猎物表达载体等做些改进其重要改进引入额外报道基广泛采用HIS3基经改造带HIS3报道基酵母细胞HIS3启表达才能缺乏组氨酸选择性培养基HIS3报道基转录表达由诱饵猎物相互作用所启数双杂交系统往往同使用两甚至三报道基其 LacZ些改造基启区相同转录激结合位点相同转录激(述Gal4蛋白)激通种双重或重选择既提高检测灵敏度减少假阳性现象其针诱饵或猎物表达载体等所作改进详述
双杂交鉴定程要经两转化工作量相特别寻找新作用蛋白质候尤其且酵母细胞转化效率比细菌要低约4数量级转化步骤双杂交技术瓶颈Bendixen等通酵母接合型引用避免两转化操作同提高双杂交效率酵母性殖程涉及两种配合类型:a接合型α接合型两种单倍体间接合(mating)能形二倍体a接合型细胞间或α接合型细胞间能接合形二倍体根据酵母性殖特点文库质粒转化α接合型酵母细胞诱饵表达载体转化a接合型细胞别铺筛选平板使细胞菌苔(lawn)再两种菌苔复印同三重筛选平板原则诱饵靶蛋白发相互作用二倍体细胞才能平板单倍体细胞或虽二倍体细胞BD融合蛋白AD融合蛋白相互作用都淘汰克隆进步通β-半乳糖苷酶力进行鉴定项改进仅简化实验操作且提高双杂交筛选效率
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二、噬菌体展示技术:编码噬菌体外壳蛋白基连接单克隆抗体DNA序列噬菌体表面表达相应单抗再噬菌体柱柱若含目蛋白与相应抗体特异性结合称噬菌体展示技术技术主要用于研究蛋白质间相互作用仅高通量及简便特点具直接基、高选择性筛选复杂混合物、筛选程通适改变条件直接评价相互结合特异性等优点目前用优化噬菌体展示技术已经展示鼠两种特殊细胞系cdna文库并离皮信号传导途径信号
三、等离共振技术:表面等离共振技术(Surface Plasmon ResonanceSPR)已蛋白质相互作用研究新手段原理利用种纳米级薄膜吸附诱饵蛋白待测蛋白与诱饵蛋白结合薄膜共振性质发改变通检测便知两种蛋白结合情况SPR技术优点需标记物或染料反应程实监控测定快速且安全用于检测蛋白核酸及其物间相互作用
四、荧光能量转移技术:荧光共振能量转移(FRET )广泛用于研究间距离及其相互作用; 与荧光显微镜结合定量获取关物体内蛋白质、脂类、DNA RNA 空信息随着绿色荧光蛋白(GFP)发展FRET 荧光显微镜能实测量体细胞内态性质提种定量测量FRET效率及供体与受体间距离简单仅需使用组滤光片测量比值利用供体受体发射谱消除光谱间串扰该简单快速实定量测量FRET 效率供体与受体间距离尤其适用于基于GFP 供体受体
五、抗体与蛋白质阵列技术:蛋白芯片技术现给蛋白质组研究带新思路蛋白质组研究主要内容研究同理状态蛋白水平量变微型化集化高通量化抗体芯片非研究工具芯片发展快芯片且技术已经益熟些抗体芯片已经向临床应用发展比肿瘤标志物抗体芯片等已经应用再眼各领域
六、免疫共沉淀技术:免疫共沉淀主要用研究蛋白质与蛋白质相互作用种技术其基本原理细胞裂解液加入抗兴趣蛋白抗体孵育再加入与抗体特异结合结合于Pansobin珠金黄色葡萄球菌蛋白A(SPA)若细胞与兴趣蛋白结合目蛋白形种复合物:目蛋白—兴趣蛋白—抗兴趣蛋白抗体—SPA|PansobinSPA|Pansobin比较复合物离离经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳复合物四组经Western blotting用抗体检测目蛋白否预测蛋白种目蛋白细胞内与兴趣蛋白结合符合体内实际情况蛋白信度高种两缺陷:两种蛋白质结合能直接结合能第三者间起桥梁作用;二必须实验前预测目蛋白选择检测抗体所若预测确实验结本身具冒险性
七、pull-down技术:蛋白质相互作用类型牢固型相互作用暂型相互作用两种牢固型相互作用亚基蛋白复合体见通免疫共沉淀(Co-IP) 、Pull-down技术或Far-western研究Pull-down技术用固相化、已标记饵蛋白或标签蛋白(物素-、PolyHis-或GST-)细胞裂解液钓与相互作用蛋白通Pull-down技术确定已知蛋白与钓蛋白或已纯化相关蛋白间相互作用关系体外传路或翻译体系检测蛋白相互作用关系
用pGBKT7酵母双杂交系统交换
SOSRAS募集系统 (SRS and RRS)Ras信号通路转录旁路(are bypassing the transcriptional readout by using the Ras signalling pathway)酵母细胞哺乳物相似Ras定位质膜通酵母Cdc25或哺乳物Son of sevenless (SOS)脒基交换进行GDP-GTP转换Ras激引发游信号转导途径处描述Y2H系统使用Cdc25-2温度敏型酵母菌株Cdc25-2没性能激Ras信号转导途径导致菌株高温(36 ℃)能通Y2H系统选择性激Ras使其温度敏表型消失
SCINEX-P系统(胞外蛋白间互作筛选)由Urech等于2003发布使我析ER内氧化环境蛋白互作该系统利用酵母未折叠蛋白反应(UPR)信号途径ER错误折叠蛋白积累诱导酵母ER I类跨膜蛋白(Ire1p)形二聚体者诱导Hac1p转录其产物激伴侣转录SCINEX-P系统目蛋白与缺少位于腔内N末端寡聚化结构域Ire1p突变蛋白(ΔIre1p)融合两种杂合蛋白互作引起Ire1p蛋白二聚体重构激UPR游信号转导程检测蛋白互作Hac1p UPR元件引入报告基启Y2H系统功用于析蛋白质二硫键异构酶ERp57与钙联蛋白间(两蛋白都ER折叠)、抗原与抗体间互作
裂化泛素系统由JohnssonVarshavsky于1994设计用于测定细胞质基质蛋白间互作检测;扩展膜蛋白间互作筛选泛素类蛋白于细胞错误折叠蛋白十重要蛋白通与聚泛素蛋白链共价结合标记蛋白酶体降解象该链泛素特异性蛋白酶(USP)首先蛋白降解裂泛素化Y2H技术基于泛素裂两独立片段已研究显示泛素裂N端(Nub)及C端(Cub)并且片段间亲性能自发形与原泛素类似蛋白通Nub(NubG, NubA)点突变(I13G or I13A )使NubCub自发组装进行
两种突变体两部由于NubG/ACub互作拉足够接近距离才能发效结合重构裂化泛素USPs识别切掉与Cub C端融合报告蛋白初系统使用二氢叶酸原酶作报告基者产物通SDS-PAGE检测由于需要使用免疫共沉淀电泳离阳性克隆鉴定十便
膜反式转录激裂泛素(MbY2H)系统使用工转录(LexA-VP16)作与泛素相连水解报告蛋白析ER膜蛋白间相互作用旦泛素重组LexA-VP16释放核并激报告基转录(HIS3LacZ)种转录激式放蛋白互作反应瞬互作检更敏、更便系统已功用于检测同种类膜蛋白间互作反应裂泛素系统已广泛应用于cDNA文库筛选规模矩阵
近期改进适用于胞质蛋白互作筛选MbY2H系统已发布改进案诱饵载体包括Cub转录并且由于融合ER膜蛋白Ost4p使融合蛋白锚定ER膜图" class="ikqb_img_alink">
(1)酵母双杂交照设定 规酵母双杂交操作般设定阳性照、阴性照及显色系统照三种照MATCHMAKER GAL4酵母双杂交筛选系统例:
阳性照:pGADT7-T + pGBKT7-53其T蛋白53蛋白已经明确酵母细胞内能够发结合并启报告基表达两种蛋白
阴性照:pGADT7-T + pGBKT7-lam其已经明确T蛋白lam蛋白酵母细胞内能发结合 系统显色照pGADT7-Pcl1该表达质粒转入酵母细胞能引起-半乳糖苷酶-半乳糖苷酶泌检测显色系统否问题
(2)假阳性现象种原能造假阳性结见三种:
筛文库蛋白自身具转录性能够启报告基表达——种情况需要筛候选蛋白进行自激验证
酵母细胞内能同含止种文库蛋白其种文库蛋白与诱饵蛋白相互及结合
种情况需要阳性克隆再划板2~3确保每酵母克隆含种文库蛋白诱饵蛋白;另外划板数宜否则现蛋白表达质粒丢失情况 其些明原造假阳性—种情况需要筛候选文库质粒表达诱饵蛋白质粒重新共转入酵母细胞或者通酵母杂交式重新验证必要pGADT7-cDNA质粒与pGBKT7-bait质粒载体调构建pGADT7-bait与pGBKT7-cDNA并重新酵母细胞验证真阳性结合调能酵母细胞做阳性结
(3)见问题及参考案 转化效率低—尽量使用新鲜培养基及新鲜、且直径2~3 mm左右酵母克隆确保酵母力;用于转化质粒使用前进行乙醇沉淀提高质粒纯度浓度
杂交效率偏低—能由于表达融合蛋白酵母细胞毒性某些情况液体培养基酵母换琼脂糖固体培养板比较种情况采用共转化进行试验;或者单转酵母克隆别铺5块10 mm培养板待克隆刮取所克隆于5 mL 0.5×YPDA重悬再按照规杂交操作步骤进行操作 背景高—使用HIS3作报告基由于HIS3基具定程度泄漏表达能现背景高情况使用适量HIS3蛋白竞争性抑制剂3-AT(3-amino-1,2,4-triazole)降低背景;或者再增加种更加严格报告基筛选Ade
诱饵蛋白具自激现象——采用克隆突变产自激段氨基酸序列敲除或突变种能破坏两蛋白间相互作用
双杂交系统另重要元件报道株报道株指经改造、含报道基(reporter gene)重组质粒宿主细胞用酵母细胞 酵母细胞作报道株酵母双杂交系统具许优点: 〈1〉 易于转化、便于收扩增质粒〈2〉具直接进行选择标记基特征性报道基〈3〉酵母内源性蛋白易同源于哺乳物蛋白结合激结构域融合基转入表达结合结构域融合基酵母细胞系 蛋白间作用使转录重建导致相邻报道基表达(lacZ) 析蛋白间结合作用
酵母双杂交系统能体内测定蛋白质结合作用 具高度敏性主要由于:①采用高拷贝强启表达载体使杂合蛋白量表达②信号测定自平衡浓度条件进行 免疫共沉淀等物理达条件需进行洗涤降低信号强度③杂交蛋白间稳定度激结构域结合结构域结合形转录起始复合物增强 者与启DNA结合 三元复合体使其各组结合趋于稳定④通mRNA产种稳定酶使信号放同 酵母表型 X-Gal及HIS3蛋白表达等检测均敏图" class="ikqb_img_alink">

