Background
Using synthetic biology methods, the Escherichia coli K-12 genome was reduced by making a series of planned, precise deletions. The multiple-deletion series (MDS™) strains (1), with genome reduction of up to 15%, were designed by identifying non-essential genes and sequences for elimination, including recombinogenic or mobile DNA and cryptic virulence genes, while preserving robust growth and protein production. Genome reduction also led to unanticipated beneficial properties, including high electroporation efficiency and accurate propagation of recombinant genes and plasmids that are unstable in other strains. Subsequent deletions and introduction of useful alleles produce strains suitable for many molecular biology applications.
Figures
Figure 1: Multiple Deletion Strains tolerate "deleterious” genes. A chimeric gene composed of VP60 of rabbit hemorrhagic disease virus fused to the B subunit of cholera toxin (CTX) was very unstable in E. coli. Individually, both genes were stable in E. coli HB101, C600 and DH10B, but pCTXVP60 carrying the fusion gene in the same hosts did not produce fusion protein and was recovered in low yields. All recovered plasmids contained mutations in the CTXVP60 open reading frame, virtually all resulting from IS insertions. In contrast, the recombinant plasmid was completely stable in MDS™; normal yields of plasmid DNA were obtained. Representative restriction patterns of pCTXVP60. (A) Plasmid DNA from MDS™42 was transformed and propagated in the indicated host, then digested with NcoI and EcoRI. A representative of each restriction pattern was purified and sequenced. M, molecular weight marker, 1 kbp ladder; 1, MDS™41, no insertion; 2, MDS™42, no insertion; 3, DH10B, IS10 insertion; 4, DH10B, IS10 insertion/deletion; 5, C600, IS5 insertion; 6, C600, IS1 insertion; 7, C600, IS1 insertion. (B) Relative position of the IS element insertion sites in the CTXVP60 reading frame determined for the five examples presented. Figure 2: Plasmid stability in different host strains. Left: during four subcultures of pT-ITR, a plasmid with viral LTR segments; Lane 0, isolated plasmid DNA before subculture, lanes 1-4, successive subcultures. Plasmid DNA was digested with restriction enzymes and analyzed by agarose gel electrophoresis. KpnI cuts the plasmid at a single site, but in MG1655 two bands indicate a deletion in the plasmid. MscI cuts at two locations, but in MG1655 a third intermediate band confirms that the plasmid is deleted. Right: Stability of four variants of a Lentiviral expression plasmid in MDS™42 ΔrecA and Stbl3™ (Life Technologies), showing the proportion of transformants containing intact plasmids (Table 2 BioTechniques 43:466-470 (October 2007))(2).
Specifications
Kit Components MDS™42 ΔrecA Blue Chemically Competent Cells pUC19 Control DNA (10 pg/µl) SOC Medium Genotypes MG1655 multiple-deletion strain (1) The recA 1819 mutation is a complete deletion of ΔrecA. The lacZ M15 deletion has been created in the genome to allow blue/white screening of inserts in plasmids using the α-complementing fragment of β-galactosidase. Quality Control Transformation efficiency is tested using pUC19 control DNA, performed in duplicate. Transformed cells are plated on LB plates containing 50 μg/ml carbenicillin. Transformation efficiency is =1x108 cfu/μg DNA. Storage Conditions Store components at –80°C. Do not store cells in liquid nitrogen.
Related Products
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Support
Product Manuals MDS™42 ΔrecA Blue Chemically Competent Cell Kit Reports E. coli Host Case Study ScarabXpress®-1 (T7 lac) Yields 12X More Protein Than BL21(DE3) Papers
- Pósfai G, et al., (2006) Emergent properties of reduced-genome Escherichia coli. Science 312:1044-6.
- Chacko S. Chakiath, CS & Esposito, D (2007): Improved recombinational stability of lentiviral expression vectors using reduced-genome Escherichia coli. BioTechniques 43:466-470.
Patents & Disclaimers
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目前主流的活细胞成像系统从原理上可以分为两大类:
基于宽场反卷积技术
基于共聚焦技术
两种技术作为目前最流行的活细胞成像技术,均可以实现在维持细胞存活的情况下,快速获取单一焦平面的信号,在具体性能上则各有擅长。
宽场反卷积技术
对光线进行反卷积运算是光学成像领域的成熟技术,最早由美国国家航空航天局开发并成为观察微弱天体信号的标准技术。去卷积和共聚焦技术是光学显微镜领域获得单一焦平面光线的两大主流技术(J.M.Murray, live cell imaging, 2010)。通过将非焦平面的光线还原至焦平面上,大大提高了样品信号的强度以及图像的信噪比。由于去卷积技术设计到大量的后期运算,因此在高性能计算机发明以前,一直受制于运算能力,没有得到大规模的推广。随着近年来计算机性能的大幅提升和价格的下降,去卷积技术逐渐成为光学显微镜的主流技术。一个点光源经过显微镜的光路,由于镜片对光线的衍射和散射,最终呈现在观察者面前的是一个模糊的点,所以点光源变成模糊的点的过程即为卷积。反卷积就是把模糊的点还原成点光源的过程。
以API 公司的DeltaVision 系统为例,其反卷积过程经历以下几步:
1)首先通过无数的计算和实验,得到点光源经过显微镜物镜后变模糊的规律,建立模型。
2)选择完美的物镜,保证样品信号经过物镜后变模糊的规律符合步骤一中得到的模型。
3)将通过显微镜光路的所有的光信号进行收集,因为点光源经过显微镜光路后会变成一个空间中的倒圆锥形,所以在收集信号的时候需要很准确的记录信号的Z 轴信息。
4)对收集到的所有光信号按照步骤一中的模型进行还原,最终将模糊的点还原成清晰的点,客观反映它在空间的位置和强度。
目前去卷积技术越来越广泛地应用于生物学图像的研究中。
共聚焦技术
共聚焦显微镜它采用点光源(point lightsource) 照射标本,在焦平面上形成了一个轮廓分明的小的光点(light spot ) ,该点被照射后发出的荧光被物镜收集,并沿原照射光路回送到探测器。探测器前方有一个针孔(pinhole) ,几何尺寸可调。这样,来自焦平面的光,可以会聚在探测针孔范围之内,而其它来自焦平面上方或下方的散射光,都被挡在探测针孔之外而不能成象。光束扫描器又分为单光束、多光束或狭缝扫描器几种。其中单光束扫描获得的图像质量最好,狭缝扫描器虽然产生图像的速率很高(可达实时水平) ,但其图像信噪比低于单光束扫描,这是因为从狭缝长轴来的漫射光不能被有效遮挡。多光束扫描如碟片式共聚焦是由电动马达驱动Nipkow 盘旋转而实现的,其荧光量较低,速率一般较高。
宽场反卷积技术与共聚焦技术比较表
二、API 高分辨活细胞成像系统的主要特点
DeltaVision 活细胞成像系统有以下优势:
1)高灵敏:得益于精密和高效的光路,以及领先的还原型反卷积技术,DeltaVision 将宽场显微镜的灵敏度和分辨率提高到新的水平,标准配置下最低可以探测到13个GFP 分子,成为目前为止最灵敏的光学显微系统之一。
HIV 病毒通过DC 细胞和T 细胞的接触侵染T 细胞,绿色颗粒为HIV 病毒
2)高速:标配下可达到 21 帧/秒(512×512)的成像速度。当配备EM-CCD 后,最高可达到224 帧/秒(64×64),可用于囊泡运动和钙火花等快速的生理生化过程观察。
3)低光毒性:得益于灵敏度的显著提高,即使微弱的荧光,也可以收集到足够的信号,因此激发光的强度和时间可以大幅度减少。光损伤和光淬灭不再是活细胞和微弱荧光观察的障碍。
4)智能:焦点漂移和细胞脱离视野是活细胞观察的梦魇。DeltaVision 特有的自动对焦(autofocus)和细胞跟踪(cell tracking)功能,不仅可以自动维持焦平面的稳定,而且能够跟踪移动的细胞,使这些问题迎刃而解,长时间连续的活细胞观察不再困难。
通过对荧光信号和细胞轮廓的识别,DeltaVision 可以精确的跟踪需要观察的细胞。
5)免维护:整个系统无易损易耗部件,光源寿命在 5000 小时以上,可正常使用7-10年以上,无需更换光源和校准光路。。系统控制和图形处理基于Linux 操作系统,更适合多线程控制和数据处理,不仅大幅度降低了数据处理时间,也避免了在数据传输过程中感染病毒的危险。人性化的softWoRX软件简单易用,一个对话框内即可完成所有的控制操作。
三、API 高分辨活细胞成像系统的主要功能与应用领域
1)多维成像
目前可以做到六维(XYZ 三维,时间,不同点,不同波长)成像。通过光学切片(optical section)技术,实现对样品的3D 观察,构建样品的立体结构。
经过3D 重建的肿瘤细胞:A 为正面,B 为旋转30 度后,C 为旋转90 度后。
2)3D 还原型反卷积处理
显微镜的分辨率和图像的对比度取决于物镜收集的光学信息。显微镜光路中衍射和折射现象的存在,使得样品信号的位置和强度都发生了变化,降低了系统的分辨率和图像的质量。API 作为对图像数据进行反卷积处理最早的实践者,将显微镜的硬件设计和后期软件处理完美的结合在一起,通过对光学信号的3D 还原型反卷积处理,大大提高了显微镜的灵敏度和分辨率。
原始图像和经过3D 反卷积处理后图像的对比:A,B 为处理前,C,D 为处理后。
经过反卷积处理后,信号的强度和图像对比度得到很大提升。
3)延时摄影
通过软件精确的控制,拍摄的时间间隔从数秒到数小时不等,在长时间拍摄下也不会造成荧光信号的淬灭。根据实验需求的不同,无论单一层面还是3 维结构,都可以获得良好的效果。
正在分裂的Hela 细胞,其中绿色标记微管蛋白,红色标记染色体
4)高速离子成像
结合高速 CCD 和高效的光路,在512×512 像素下仍然可以实现21 帧/秒的成像速度。对于快速的离子浓度的变化,最快可以50-100 帧/秒的速度获取图像。
细胞间钙信号的传递。使用Fluo‐3 标记胞内的钙离子,并给予荧光信号对钙离子的强度进
5.荧光共定位分析
通过比较多个荧光通道的定位情况,即可知道他们在空间上和时间上的分布信息,进而得到相应的荧光信号是否存在相互作用、协同运动、定向运输等。
体外重组的病毒颗粒侵染细胞,绿色标记病毒的壳蛋白,红色标记病毒的RNA结合蛋白。病毒入侵前,由于病毒颗粒完整,绿色信号和红色信号共定位。病毒入侵细胞后,脱掉表面的壳蛋白,绿色信号和红色信号分离。
6)荧光共振能量转移(FRET)
DeltaVision 特制的活细胞滤片组保证CFP/YFP,GFP/mcherry(RFP)荧光强度的精确记录,并进一步计算出蛋白对之间精确的能量转移系数。
计算不同荧光通道荧光信号的强度,进一步可得到能量转移系数。
主要应用领域:
1)细胞迁移与细胞骨架;
2)细胞分裂与细胞周期;
3)细胞信号转导;
4)组织分化与发育;
5)囊泡和蛋白运输;
6)生理学和神经科学;
7)钙离子信号研究;
8)蛋白质与DNA 的相互作用;
9)宿主与病原体相互作用;
10)癌症研究;
11)药理研究;
12)生物物理研究。
为了提高活体细胞的显微图像分辨率虽然有多种方法,然而至今还未找到一种公认的处理所有活体细胞图像方法。本文采用伪彩色处理与多种图像处理方法结合处理50幅原始图像,并比较处理前后的卵母细胞图像 ,使用SPSS10.0统计软件包加以处理 ,探讨处理活体细胞是否能提高图像的分辨率及系统是否适用于活体细胞的图像处理 ,为今后临床和科研研究活体细胞创造条件。
像素组合(Binning),可以方便的用1×1,2×2,3×3,4×4,5×5等像素组合方式预览荧光图象,极大提高荧光图象预览速度。
Binning factor的用途解释是:“该参数决定每条光谱的数据点数目。信号强度正比于该值,但是数据点数目和光谱分辨率相应地要正比例减少。”
参考:www.opticres.com- 基于7个网页
H x V : 276 x 208, Binning Factor:5 x 5.
344 x 260 ,4 x 4.
460 x 344 ,3 x 3 ...(见下面所引用资料)
从中可以看出,H x V 选得越高,Binning Factor就相应地降低。
在激光拉曼光谱仪、红外光谱、圆二色光谱等成像显示器件中,每条谱峰,其实都是有很多个像素点组成,这些像素点就是数据点。Binning factor像素组合因子决定每幅光谱的数据点数目。仪器的显示像素数据点越多,显示分辨率设置就越高,谱峰描绘的就越精细精确,这一点和电视荧光屏显示器的特性是一致的。但Binning Factor像素组合因子与像素点数目是反变化的。
下面的数据是一个采购招标中的描述。其中,第39项“高分辨率数码冷CCD”有:
【Selectable Resolution:(选择分辨率)
H x V Binning Factor
276 x 208 5 x 5
344 x 260 4 x 4
460 x 344 3 x 3
692 x 520 2 x 2
1388 x 1040 1 x 1
Live帧频(取决于硬件和软件的配置)
H x V Binning Factor Frame Rate@20ms
1388 x 1040 1 11
692 x 520 2 21
460 x 344 3 31
连续时间记录在AxioVision 4 Module的最大帧频
"Fast Acquisition" (快捕取决于特殊的软件)
H x V Binning Factor Frame Rate
1388 x 1040 1 14
692 x 520 2 26
460 x 344 3 35
344 x 260 4 43
276 x 208 5 50 】
下面是这一段相关的资料:
Stereo Investigator and Neurolucida System (体视学细胞自动计数系统 ) 1套
三.显微成像系统
"Axio Imager.Z1" 显微镜(TFT控制)
"Axio Imager.Z1"电动驱动支持和TFT监控组件
1.-电动驱动调焦,行距10nm
- 显象管适配器
- 电动灯光控制,USB,RS232 和TCP/IP接口
-外部电源单位12V DC 100W,稳定的,240V AC/50...60Hz/230VA,
- USB电缆和针对中国的电缆线 数量 1
2.载物台与聚光镜架固定在一起构成"Axio Imager" 数量 1
3.Z轴驱动器的操纵台,扁平的,靠右
扁平的,符合人体工程学的控制旋钮,在右边
建议与光导或者载物台相连接,靠右 数量 1
4. 6位物镜转换器,HD DIC M27 cod. 数量 1
5.偏转相机在左边, 60N界面
2个转换位置与60N滑动器连接
pos. 1 = 100% vis,
pos. 2 for the optional mounting of path-deflecting mirror 100% =
100% doc or beam splitter 50% = 50% vis : 50% doc 数量 1
6.偏转相机的100%偏转镜,34x46x4 mm 数量 1
7. "Axio Imager"透射光源
包括带有滤光轮滤孔的的光视野光圈 数量 1
8.投射光源的快门
转换时间< 200 ms
最大转换频率. 2 Hz 数量 1
9.滤片轮
含有四个位置,每个位置都有中性密度滤光片和其他25mm滤光片;
用于投射光,并反映光设备形态。 数量 1
10 中性密度滤光器, D/A, d=25
含有6个中性密度的滤光器,变速器为50%,2×25%,12 和1.5%,整合在滤光轮,滤光器是分开的, 数量 1
11.照相镜座15°/25 (100:0/0:100),垂直翻转图像,可调停,相机端口有60N接口
数量 1
12, "Axio Imager"扫描台130x85 STEP (D)
-1mm锭距的马达驱动
-与驱动控制器相连
-扫描范围130 mm x 85 mm
-最大速度200 mm/s
-分辨率:0.1um
-重复性:<1um
-绝对精密度:+/-5um
-装备架:160 x 116 mm
数量 1
13.Ludl MAC 5000基本控制系统
周围单位的Ludl 控制模块
包含:
-230/110V供给电源的基本体系,自动开关
-与模块连接的RS-232电脑主机,串联电缆接口
数量 1
14.Lual MAC5000Xystage 步进控制器 incl. Joystick (D)
控制带有电动步进器的Maerzhaeuser XY-Stages 的外围单位
标准组件包括下面的零件:
-电源供给为230V/110V的基础体系,自动开关
-RS-232的电脑主机与模块相连。串联电缆接口
-X轴和Y轴的的2个电动步进控制器
-两轴操纵杆
-带有步进电机的Maerzhaeuser stages 的2个电动机电缆
数量 1
15.滑动联接架76 x 26 (D),-架子大小160x116 数量1
16 防尘器L,包含有防尘盖 (L670xW460xH775 mm),目镜盖和光源的视场光阑的保护帽 数量1
17."Axio Imager"的FL和HD反射光/荧光照明器, 带有手动停止滑轮和滤光轮的开关。透射范围为340nm-1000nm 包括340nm和1100nm~40%. 数量1
18.反射光照明的高速度的shutter,开关时间<20ms,开关最高频率:5 Hz 数量1
19.FLEC P&C反射组件,滤光反射器(避免倾斜安装),滤光器最大厚度:5mm. 数量3
20. Filter set 38 HE eGFP shift free,EX BP 470/40, BS FT 495, EM BP 525/50
(38 HE eGFP自由转换荧光滤色镜套) 数量1
21.Filter set 43 HE Cy 3 shift free,EX BP 550/25, BS FT 570, EM BP 605/70
(43 HE Cy 3自由转换荧光滤色镜套), 数量 1
22.Filter set 49 DAPI shift free,EX G 365, BS FT 395, EM BP 445/50
(49 DAPI自由转换荧光滤色镜套), 数量 1
23.HAL100带灯箱和加热反射滤色的光源, 数量 1
24.单端卤素灯12V 100W, 数量 2
25. HXP 120 (D)光源,包含内置光源模块和红外荧光光源综合带有trigg
capability (5V TTL)的开关,用于步进电动控制,快而且无震动, 数量 1
26.Lightguide HXP 120 with liquid fill, 2m (D),3mm x 2000mm,带有流体填充的HXP 120光导,2m (D) 3mm x 2000mm, 数量 1
27.带有HXP 120 和X-Cite 120光导的光源适配器, 数量 1
光学配置
28.物镜"Fluar" 2.5x/0.12 M27 (WD=6.3mm), 数量 1
29.增强反差型平场荧光物镜10x/0.3 M27(WD=5.2mm), 数量 1
30.增强反差型平场荧光物镜20x/0.50 M27(WD=2.0mm). 数量 1
31.增强反差型平场荧光物镜40x/0.75 M27(WD=0.71mm), 数量 1
32.物镜"Plan-Apochromat" 100x/1.40 Oil DIC M27 (WD=0.17mm), incl.,"Immersol" 518 F, oiler 20 ml, 数量 1
33.目镜PL 10x/23 Br. foc. 数量 2
34.目镜罩, 数量 2
35.电动多功能聚光器0.9 H D Ph DIC, mot,带有motorized前透镜,光圈和转动架,
带有中心Ph1, Ph2, Ph3 和 D 光圈,3头与油密度指示控制器连接,1个单独用于明场。目镜的扩大倍数1.0x-100x, WD=1.4mm, 数量 1
36 .适应器60N - T2 1.0x, 数量 2
37.转接镜头T2-C 1" 1.0x, 数量 1
38.转接镜头T2-C 1" 1.0x;可调整的(x,y,z 轴和旋转功能), 数量 1
39
高分辨率数码冷CCD
带有AxioVision驱动,火线/ IEEE1394 interface incl
电缆和IR barrier filter BG40(enclose)
画素数:1388 (H) x 1040 (V) = 1.4 Mega pixel
像素大小:6.45 um x 6.45 um
芯片大小:8.7 mm x 6.9 mm equivalent to 2/3"
光谱范围:保护玻璃制品的穿透范围 360-1000nm
IR barrier filter app. 350-700 nm
NIR-Mode: 增强IR最大敏感性
含有很好的容量:大约17.000 e
Selectable Resolution:(选择分辨率)
H x V Binning Factor
276 x 208 5 x 5
344 x 260 4 x 4
460 x 344 3 x 3
692 x 520 2 x 2
1388 x 1040 1 x 1
Live帧频(取决于硬件和软件的配置)
H x V Binning Factor Frame Rate@20ms
1388 x 1040 1 11
692 x 520 2 21
460 x 344 3 31
连续时间记录在AxioVision 4 Module的最大帧频
"Fast Acquisition" (快捕取决于特殊的软件)
H x V Binning Factor Frame Rate
1388 x 1040 1 14
692 x 520 2 26
460 x 344 3 35
344 x 260 4 43
276 x 208 5 50
微传感器读卡器("ROI"):可调适的
数字化:12 Bit / 24.57 MHz pixel clock
动力学范围:Typical >2200 : 1 (>66.8 dB) at < 7.7 e readout noise
暗电流:ca. 0.7 e/p/s
时间积分:1 ms to 60 s
冷却:One stage Peltier cooling
控制信号:TTL输出控制
接口: FireWire / IEEE1394 interface, 6 pin jack, cable 5 m,400MBit/s
光学接口: C-Mount
目镜螺纹深度: 最大 5 mm
每张图像最大文档大小: About 2.8 MB at 1388 x 1040 @ 1 x 12 Bit
尺寸/重量: App. 11 cm x 8 cm x 4.5 cm (2.3" x 3.2" x 1.7") / 370 g
机架: 蓝色阳性铝电镀,含有散热装置
1/4" photo thread for tripod mount
注册: CE, cUL
电源: 10-33 V, DC, 4W, power supply provided by FireWire bus
环境条件: 5-35℃,10-80%相对空气湿度,不冷凝,要求通风
数量 1
40
高分辨率显微摄像头AxioCam MRc Rev. 3 F
Mid Range Color
带有AxioVision驱动,火线/ IEEE1394 interface incl
电缆和IR barrier filter BG40
画素数: 1388 (H) x 1040 (V) = 1.4 Mega pixel
象素大小: 6.45 |m x 6.45 |ì
芯片大小: 8.9 mm x 6.7 mm equivalent to 2/3"
光谱范围: 含 IR barrier filter app. 400 nm to 700 nm Max.
容量: 大约. 17.000 e
Selectable Resolution(选择分辨率):
H x V Binning Factor
272 x 208 5 x 5, Color
344 x 260 4 x 4, Monochrome
460 x 344 3 x 3, Color
692 x 520 2 x 2, Monochrome
1388 x 1040 1 x 1, Single Shot
彩色插值: "High Speed Color" or "High Quality Color"selectable
Live帧频(取决于硬件和软件的配置)
H x V Binning Factor Frame Rate@20ms
1388 x 1040 1 11
460 x 344 3 26
276 x 208 5 38
Frame rates for time series recording in AxioVision 4 Module
"Fast Acquisition" (快捕取决于特殊的软件)
H x V Binning Factor Frame Rate
1388 x 1040 1 14
692 x 520 2 26
460 x 344 3 35
344 x 260 4 42
276 x 208 5 48
微传感器读卡器("ROI"):可调适的
数字化:12 Bit / 24.57 MHz pixel clock
动力学范围:Typical >2200 : 1 (>66.8 dB) at < 7.7 e readout noise
暗电流:ca. 0.7 e/p/s
时间积分:1 ms to 60 s
冷却:One stage Peltier cooling
控制信号:TTL输出控制
接口: FireWire / IEEE1394 interface, 6 pin jack, cable 5 m,400MBit/s
光学接口: C-Mount
目镜螺纹深度: 最大 5 mm
每张图像最大文档大小: About 8.6 MB at 1388 x 1040 @ 3 x 12 Bit
尺寸/重量: App. 11 cm x 8 cm x 4.5 cm (2.3" x 3.2" x 1.7") / 370 g
机架: 蓝色阳性铝电镀,含有散热装置
1/4" photo thread for tripod mount
注册: CE, cUL
电源: 10-33 V, DC, 4W, power supply provided by FireWire bus
环境条件: 5-35℃,10-80%相对空气湿度,不冷凝,要求通风
数量 1
41 .软件核站点: AxioVision Rel. 4.7, 数量 1
四、Virtual Slice Module
从显微镜创建你自己分析的材料的真实切片的图片,不同放大倍率相对应,真正的无缝拼接,快速而实用
五、Solid Modeling Module
1.显示特征:实体网格轮廓 ,实体或网格的分枝结构 ,OpenGL为基础 ,有层次的观看跟踪模型 ,复杂分枝结构 .
2.光照特征:背光 /直光/闪亮的表面
3.透明度特征:使用者定义透明度 /标记透明度 /分枝结构的透明度 /轮廓透明度
4.Navigation Features:放大缩小 /平移 /穿越 /自动旋转展开
目前人们可以获得大量的治疗方法如乳膏和药物来促进头发脱落,但是没有方法非常有效地促进头发生长。已知毛囊干细胞发送信号来指示毛囊和自然头发再生。人们使用一种被称作生物发光的分子成像技术来在细胞水平上展示这些再生过程。生物发生信号是在特异性的化学底物上产生的。这些信号容易被非常灵敏的光学成像系统识别,因而可以观察到在最小的地方(即毛囊干细胞)中正在发生的事情。
韩国庆北大学医学院核医学部门主任和教授Byeong-Cheol Ahn博士说,“利用毛囊干细胞进行头发再生是一种新兴的有望治疗头发脱落的方法。分子成像能够加速这种疗法的开发。这项研究是第一次利用体内分子成像技术来研究毛囊再生。”
当前的研究涉及将毛囊干细胞移植到模式动物中来观察它们是否能够像正常细胞那样生长和增殖。
利用生物发光报告基因的表达产物作用于特定底物发光来非侵入式地追踪毛囊干细胞的治疗过程。目前有来源于萤火虫、甲虫和其他生物发光有机体中的几种生物发光报告基因供人们选择。利用生物发光报告基因进行追踪的策略对干细胞研究是比较理想的,这是因为生物发光只在活细胞中发挥作用。
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实验室新建立细胞实验室,需要购买相关仪器,但是品牌选择不确定,大家帮忙讨论一下。
目前主流的活细胞成像系统从原理上可以分为两大类:
基于宽场反卷积技术
基于共聚焦技术
两种技术作为目前最流行的活细胞成像技术,均可以实现在维持细胞存活的情况下,快速获取单一焦平面的信号,在具体性能上则各有擅长。
宽场反卷积技术
对光线进行反卷积运算是光学成像领域的成熟技术,最早由美国国家航空航天局开发并成为观察微弱天体信号的标准技术。去卷积和共聚焦技术是光学显微镜领域获得单一焦平面光线的两大主流技术(J.M.Murray, live cell imaging, 2010)。通过将非焦平面的光线还原至焦平面上,大大提高了样品信号的强度以及图像的信噪比。由于去卷积技术设计到大量的后期运算,因此在高性能计算机发明以前,一直受制于运算能力,没有得到大规模的推广。随着近年来计算机性能的大幅提升和价格的下降,去卷积技术逐渐成为光学显微镜的主流技术。一个点光源经过显微镜的光路,由于镜片对光线的衍射和散射,最终呈现在观察者面前的是一个模糊的点,所以点光源变成模糊的点的过程即为卷积。反卷积就是把模糊的点还原成点光源的过程。
以API 公司的DeltaVision 系统为例,其反卷积过程经历以下几步:
1)首先通过无数的计算和实验,得到点光源经过显微镜物镜后变模糊的规律,建立模型。
2)选择完美的物镜,保证样品信号经过物镜后变模糊的规律符合步骤一中得到的模型。
3)将通过显微镜光路的所有的光信号进行收集,因为点光源经过显微镜光路后会变成一个空间中的倒圆锥形,所以在收集信号的时候需要很准确的记录信号的Z 轴信息。
4)对收集到的所有光信号按照步骤一中的模型进行还原,最终将模糊的点还原成清晰的点,客观反映它在空间的位置和强度。
目前去卷积技术越来越广泛地应用于生物学图像的研究中。
共聚焦技术
共聚焦显微镜它采用点光源(point lightsource) 照射标本,在焦平面上形成了一个轮廓分明的小的光点(light spot ) ,该点被照射后发出的荧光被物镜收集,并沿原照射光路回送到探测器。探测器前方有一个针孔(pinhole) ,几何尺寸可调。这样,来自焦平面的光,可以会聚在探测针孔范围之内,而其它来自焦平面上方或下方的散射光,都被挡在探测针孔之外而不能成象。光束扫描器又分为单光束、多光束或狭缝扫描器几种。其中单光束扫描获得的图像质量最好,狭缝扫描器虽然产生图像的速率很高(可达实时水平) ,但其图像信噪比低于单光束扫描,这是因为从狭缝长轴来的漫射光不能被有效遮挡。多光束扫描如碟片式共聚焦是由电动马达驱动Nipkow 盘旋转而实现的,其荧光量较低,速率一般较高。
宽场反卷积技术与共聚焦技术比较表
二、API 高分辨活细胞成像系统的主要特点
DeltaVision 活细胞成像系统有以下优势:
1)高灵敏:得益于精密和高效的光路,以及领先的还原型反卷积技术,DeltaVision 将宽场显微镜的灵敏度和分辨率提高到新的水平,标准配置下最低可以探测到13个GFP 分子,成为目前为止最灵敏的光学显微系统之一。
HIV 病毒通过DC 细胞和T 细胞的接触侵染T 细胞,绿色颗粒为HIV 病毒
2)高速:标配下可达到 21 帧/秒(512×512)的成像速度。当配备EM-CCD 后,最高可达到224 帧/秒(64×64),可用于囊泡运动和钙火花等快速的生理生化过程观察。
3)低光毒性:得益于灵敏度的显著提高,即使微弱的荧光,也可以收集到足够的信号,因此激发光的强度和时间可以大幅度减少。光损伤和光淬灭不再是活细胞和微弱荧光观察的障碍。
4)智能:焦点漂移和细胞脱离视野是活细胞观察的梦魇。DeltaVision 特有的自动对焦(autofocus)和细胞跟踪(cell tracking)功能,不仅可以自动维持焦平面的稳定,而且能够跟踪移动的细胞,使这些问题迎刃而解,长时间连续的活细胞观察不再困难。
通过对荧光信号和细胞轮廓的识别,DeltaVision 可以精确的跟踪需要观察的细胞。
5)免维护:整个系统无易损易耗部件,光源寿命在 5000 小时以上,可正常使用7-10年以上,无需更换光源和校准光路。。系统控制和图形处理基于Linux 操作系统,更适合多线程控制和数据处理,不仅大幅度降低了数据处理时间,也避免了在数据传输过程中感染病毒的危险。人性化的softWoRX软件简单易用,一个对话框内即可完成所有的控制操作。
三、API 高分辨活细胞成像系统的主要功能与应用领域
1)多维成像
目前可以做到六维(XYZ 三维,时间,不同点,不同波长)成像。通过光学切片(optical section)技术,实现对样品的3D 观察,构建样品的立体结构。
经过3D 重建的肿瘤细胞:A 为正面,B 为旋转30 度后,C 为旋转90 度后。
2)3D 还原型反卷积处理
显微镜的分辨率和图像的对比度取决于物镜收集的光学信息。显微镜光路中衍射和折射现象的存在,使得样品信号的位置和强度都发生了变化,降低了系统的分辨率和图像的质量。API 作为对图像数据进行反卷积处理最早的实践者,将显微镜的硬件设计和后期软件处理完美的结合在一起,通过对光学信号的3D 还原型反卷积处理,大大提高了显微镜的灵敏度和分辨率。
原始图像和经过3D 反卷积处理后图像的对比:A,B 为处理前,C,D 为处理后。
经过反卷积处理后,信号的强度和图像对比度得到很大提升。
3)延时摄影
通过软件精确的控制,拍摄的时间间隔从数秒到数小时不等,在长时间拍摄下也不会造成荧光信号的淬灭。根据实验需求的不同,无论单一层面还是3 维结构,都可以获得良好的效果。
正在分裂的Hela 细胞,其中绿色标记微管蛋白,红色标记染色体
4)高速离子成像
结合高速 CCD 和高效的光路,在512×512 像素下仍然可以实现21 帧/秒的成像速度。对于快速的离子浓度的变化,最快可以50-100 帧/秒的速度获取图像。
细胞间钙信号的传递。使用Fluo‐3 标记胞内的钙离子,并给予荧光信号对钙离子的强度进
5.荧光共定位分析
通过比较多个荧光通道的定位情况,即可知道他们在空间上和时间上的分布信息,进而得到相应的荧光信号是否存在相互作用、协同运动、定向运输等。
体外重组的病毒颗粒侵染细胞,绿色标记病毒的壳蛋白,红色标记病毒的RNA结合蛋白。病毒入侵前,由于病毒颗粒完整,绿色信号和红色信号共定位。病毒入侵细胞后,脱掉表面的壳蛋白,绿色信号和红色信号分离。
6)荧光共振能量转移(FRET)
DeltaVision 特制的活细胞滤片组保证CFP/YFP,GFP/mcherry(RFP)荧光强度的精确记录,并进一步计算出蛋白对之间精确的能量转移系数。
计算不同荧光通道荧光信号的强度,进一步可得到能量转移系数。
主要应用领域:
1)细胞迁移与细胞骨架;
2)细胞分裂与细胞周期;
3)细胞信号转导;
4)组织分化与发育;
5)囊泡和蛋白运输;
6)生理学和神经科学;
7)钙离子信号研究;
8)蛋白质与DNA 的相互作用;
9)宿主与病原体相互作用;
10)癌症研究;
11)药理研究;
12)生物物理研究。
荧光高分子在生物成像中的应用;摘要:生物荧光成像技术在生命科学、医学及相关交叉;关键词:荧光高分子生物成像生物标记;直接在活体细胞内研究细胞内分子或器官的生物意义是;1荧光材料简介;荧光材料主要分为三类:无机荧光纳米粒子、有机荧光;新型荧光高分子材料是当前材料学科研究的热点;相对荧光小分子而言,荧光高分子作为一种新型功能材;生色团以化学键结合在高分子中,不容
荧光高分子在生物成像中的应用
摘要:生物荧光成像技术在生命科学、医学及相关交叉领域具有重要应用与广阔前景。荧光材料主要分为无机纳米荧光材料、有机小分子荧光材料和有机高分子荧光材料。目前,这三类荧光材料在生物成像方面均有一定的研究与使用,比如Zn2+型探针、荧光共振能量转移(Fluorescence
Resonance Energy Transfer, FRET)探针、荧光蛋白等[1]。本文将对有机高分子荧光材料及其在生物成像中的应用进行介绍。
关键词:荧光 高分子 生物成像 生物标记
直接在活体细胞内研究细胞内分子或器官的生物意义是后基因组时代的一个巨大挑战。如果可以将细胞内的分子或体内器官进行可视化,则可以直接研究其生化活动与功能。生物成像技术(Biological
Imaging)是近年来发展起来的一项分子、基因表达的分析检测系统。利用荧光探针(Fluorescent
Probe),对特定分子或器官进行标记,利用灵敏的检测方法,让研究人员能够直接监控活体生物体内肿瘤的生长及转移、感染性疾病发展过程、特定基因的表达等生物学过程。传统的动物实验方法需要在不同的时间点宰杀实验动物以获得数据,得到多个时间点的实验结果。相比之下,可见光体内成像通过对同一组实验对象在不同时间点进行记录,跟踪同一观察目标(标记细胞及基因)的移动及变化,所得的数据更加真实可信。因其操作极其简单、所得结果直观、灵敏度高等特点,已广泛应用于生命科学、医学研究及药物开发等方面。
DNAzure蓝色核酸凝胶染料是一种超敏感试剂,用于在琼脂或聚丙烯酰胺凝胶中可见的dsDNA染色。这种染色的灵敏度和市场上普遍的核酸荧光染料相当。检测下限能达到1ng。这项技术的关键是这种DNA结合染料在强光下能从无色变成深蓝色
DNAzure特点:
在白炽灯强光或蓝光照射下,20分钟可见深蓝色带
超灵敏检测,检测下限能到1ngDNA
简化DNA带的割胶过程,不会造成紫外线下的DNA损伤
兼容后续的测序和克隆
不需要用到昂贵的凝胶成像系统,方便在简陋条件下的核酸研究
染色后的凝胶和条带可以长期储存