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제품특징
□ 특징
● Picogram 수준의 극소량 샘플 적용: 250 pg - 10 ng total RNA (Human, mouse, rat)
● Versatile: FFPE, LCM 샘플을 포함한 다양한 종류의 Sample 적용 가능
● Stranded information: 매우 높은 정확성으로 transcript strand information 유지
● Fast, streamlined protocol: 5시간 내 NGS Library 제작 완료
● Seamless integration with Illumina sequencing
SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammlian은 Picogram 수준의 total RNA (250 pg - 10ng)로부터 Illumina sequencing library를 효율적으로 제작할 수 있다.또한 high-quality, partially degraded RNA 뿐만 아니라 low quality total RNA (FFPE 또는 LCM 샘플등)로부터도 NGS library 제작이 가능하다. 본 제품은 strand information을 정확하게 유지할 수있을 뿐 아니라 cDNA 합성 이후 별도의 librarypreparation 과정 없이 역전사과정과 PCR 증폭과정에서 Illumina sequencing 분석용 index와 adaptor를 부착할 수 있다. Ribosomal RNA (rRNA)는 total RNA의 약 90%를 차지하는 RNA로써 NGSlibrary 제작 전, rRNA를 제거(depletion)함으로써제작비용을 절감할 수 있을 뿐만 아니라 mapping statistics 또한 향상시킬 수 있다. 하지만 매우 극소량의 Total RNA를 이용할 경우 일반적인 방법의 rRNA depletion은 NGS library 제조하는 데 필요한양에 미치지 못 하게 된다. 본 제품에 사용된 기술은 mammalianrRNA와 mitochondrial RNA 특이적인Probe를 이용하여 rRNA derived cDNA를 제거한다. High-troughput version인 SMARTer StrandedTotal RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635007)은96개의 index library 제작을 위한 12개의 reverse primer와 8개의 forward primer를 포함하고 있다.
□ Alternate kits forother input amounts:
- For 10-100 ng total RNA, we recommend the SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalian (Code 634861)
- For 100 ng-1 μg total RNA, we recommend the SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian (Code 634873)
그림1. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian 원리 This workflow allows users to generateIllumina-compatible libraries for RNA-seq experiments. After librarypreparation and purification, the total time from input RNA to RNA-seq libraryis approximately five hours.
그림2. Human tissue로부터 전사체 분석 결과와 exon mapping 결과 Distribution of reads in libraries preparedwith the SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian in theabsence (-) or presence (+) of R-Probes, using 250 pg of hum an total RNA.Sequences corresponding to 1 million paired-end reads per library wereanalyzed.
그림3. FFPE, LCM 샘플과 같은 degraded RNA로부터 capture 결과 Distribution of insert sizes are shownfor libraries generated from 250 pg of high-quality (RIN 8) or highlydegraded (RIN 2.5) human total RNA using the SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit- Pico Input Mammalian with a 4 min shearing time (RIN 8) or with the alternateno-shearing protocol (RIN 2.5). RNA-seq libraries were sequenced on an IlluminaMiSeq instrument in paired-end mode. The number of mapped fragments with anygiven insert size was normalized to the total number of fragments in thelibrary. Fragments mapping to rRNA or the mitochondrial genome were excluded.
그림4. Ribosomal cDNA depletion에 유무에 따른 Highreproducibility Comparison of FPKMs from librariesgenerated with 250 pg human brain or heart total RNA with (+) or without (-)ribosomal cDNA depletion (i.e., with or without R-Probes, respectively) usingthe SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian. FPKM values areshown on a Log10 scale. Transcripts represented in only one librarycan be seen along the x- and y-axes of the scatter plots.
□ 적용
● Robust NGS library generation that retains strand information
● Use for RNA-seq on Illumina platforms
● Captures coding and non-coding information from total mammalian RNA
□ 구성품
SMARTerStranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635005)
- SMARTer Stranded Total RNA-SeqKit - Pico Input Mammalian Components
- Indexing Primer Set HT for Illumina - 12
SMARTerStranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635006)
- SMARTer Stranded Total RNA-SeqKit - Pico Input Mammalian Components
- Indexing Primer Set HT for Illumina - 48A
SMARTerStranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian (Code 635007)
- SMARTer Stranded Total RNA-SeqKit - Pico Input Mammalian Components
- Indexing Primer Set HT for Illumina
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无管道型：内置高效活性碳过滤器，可直接排放到室内。
补风型：从室外补充空气，减轻实验室空调的负荷。
连体型：扩大实验空间，为大型仪器提供方便。
桌上型：装在实验台上的通风柜
两面型：从两面可以操作
落地型：适用于大型实验装置向左转|向右转
1、有放射性物质、过氯酸实验、使用带热源的设备时，要考虑通风机的功率大小及通风柜的进风风速；
2、使用的药品也是要有所考虑的，因为使用有机物或其他特殊试剂实验时，要充分考虑控制风速；
3、在有空调房间内应采用补风形通风柜或选择带有风量控制的通风柜；
4、用大型设备进行实验时：要考虑内部的尺寸，为排风留出必要的空间；
玻璃钢管道是一种轻质、高强、耐腐蚀的非金属管道。它是具有树脂基体重的玻璃纤维按工艺要求逐层缠绕在旋转的芯模上，并在纤维之间远距离均匀地铺上石英砂作为夹砂层。其管壁结构合理先进，能充分发挥材料的作用，在满足使用强度的前题下，提高了钢度，保证了产品的稳定性和可靠性。玻璃钢夹砂管以其优异的耐化学腐蚀、轻质高强，不结垢，抗震性强，与普通钢管比较使用寿命长，综合造价低，安装快捷，安全可靠等优点，被广大用户所接受。
刚对实验室的通风柜做了个气流流向测试，报告出来了不知道该怎么管理这个文件了，当做设备确认方案？感觉不是很合理。放公司的安环部门？他们也没有档案室。我该怎么保存这个文件呢？
一连串的涨工资,补助等等跟钱相关的郁闷事就不好在这里说了,总之我估计,虽然都比以前多了,但是真正没几个心里舒服的,原因,就问那些有奇怪想法的决策人吧.表面上看,我应该开心,但实际也没觉得应该开心到哪去.
提及本人那"恐怖"的工作,想必看过有关"通风橱"日志的朋友们应该相对了解的多一些,恩,药物合成.电视上都看过实验室瓶瓶罐罐的吧,本人工作环境虽赶不上那么高端,但实质都是这些东西.最近呢,为之困扰的是这次项目中的一个试剂,属于剧**类试剂,含巯基化合物,搞化学的人都知道,巯基可是不得了的,毒性咋先不说,单是这味道,是很不好闻的,臭,都臭不明白!用某些人的话说,臭,都不是个正宗的臭味,结果上网一查,该化合物的嗅觉最低阈值是相当的低,解释起来就是说,极少的极微量的液体就会引起很大的气味.
味,咱做合成的人,倒不怕.用过那么多试剂了,比这吓人的,"化肉化骨水"之类的都用着跟玩似的了,也没什么.可是这东西不同寻常啊,它太臭了做一次实验,如果真的不带防护措施的话,我一天的饭都不想吃,想起了就想吐,所以必须,跟领导提出买全套防毒设施.包括防毒面具和防护服.
领导还算重视,特批,买!
结果呢?跟采购提了计划,本以为这东西,如果上个心,不难买的,谁知道呢,采购也是隔行如隔山,怎么说也不懂,怎么给找网上的图片也不行.也是我自己用,没人着急,今天到早上扫完雪我就跑去做实验,一直站到下午3点,腿都软了,跑回办公室还得查这些,不单是查销售厂家,还得打电话询问,可是除我之外没人着急,可是除我之外没人闻味了
这些呢,也不算什么,累就累点儿,也都是给自己干活儿,谁让咱是个认真的人!结果呢!上网一查才知道,如果达到我所形容的防护级别,也就是全身防护,且尽量不闻到任何气味,就需要那种背氧气瓶的全套密闭装备,钱贵不说,得至少1万,就这套设备穿身上也够我戗了,工作不便捷,我自己也不想.无奈,只能退而求其次,结果各种选择都不太能两全其美,本来这边买防护设施着急,我那边实验还得有人做,做的不顺利也着急,那会儿真想放弃,我自己都打心眼里不想买什么防护设施了,不就是毒么?我这么累这么忙,我还得象求着谁了似的,我图个什么啊!就觉得太委屈了!加之前一阵子各种跟钱有关的风波,那就不能想了,再想只是给自己添烦恼了.
其实困难最主要在于,我从来没接触过这些防毒设施,对于各个样式的防护服和防毒面具,不知道其防护特点是否正是我所需要的.网上图片毕竟是太平面化,跟实际物品的差距很大.而身边也没有参考和推荐,时间有限,感觉,很懊恼.
实际上,可以自己做项目的感觉很好,起码是给自己一个锻炼的机会,当然,也是对自己负责任,可是一连串的事件实在是给我冲击很大,心理的困难很重.这样的情况下,人会觉得太过于失衡.自己知道,同样的劳动报酬下,工作量不同,不是在我这个年龄应该去比的,或者你多做的,也是多得的.但是别往我这工作的激情与热情上面泼冷水吧!,,,无奈,,,
允许我暂时的牢骚,可能明天的我,又会开始象没受过"伤害"一样辛勤的奋战在我的"有毒战场",也希望大家不要一闻着臭的东西就来追问是不是我又开始做实验,最好别因此而隔离我,阿门.
PS.如果真的有哪位行家,用过可以防毒气(主要是防味)的防护设施,可以留言跟我推荐,不胜感激.
