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并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶，辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，简称限制酶，分别是第一型（Type I）。根据限制酶的结构、第二型（Type II）及第三型（Type III）不能，又催化非甲基化的DNA的水解。限制酶又称限制性核酸内切酶，专一对DNA起作用。限制性核酸内切酶是可以识别特定的核苷酸序列。III型限制性内切酶同时具有修饰及认知切割的作用。Ⅰ型限制性内切酶既能催化宿主DNA的甲基化；而Ⅱ型限制性内切酶只催化非甲基化的DNA的水解
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