Overview:
TRIM32 or tripartite motif containing 32 is a member of the tripartite motif (TRIM) family whose members are involved in diverse cellular functions such as developmental patterning and oncogenesis. TRIM32 localizes to cytoplasmic bodies and nucleus, where it interacts with the activation domain of the HIV-1 Tat protein that activates transcription of HIV-1 genes. TRIM32 is a regulator of dysbindin and mutations in TRIM32 may impair substrate ubiquitination (1). Deficiency of TRIM32 may involve both neurogenic and myogenic characteristics (2).
Gene Aliases:
BBS11; HT2A; LGMD2H; TATIP
Genbank Number:
NM_012210
References:
1. Locke, M.et.al: TRIM32 is an E3 ubiquitin ligase for dysbindin. Hum. Molec. Genet. 18: 2344-2358, 2009. 2. Kudryashova, E.et.al: Deficiency of the E3 ubiquitin ligase TRIM32 in mice leads to a myopathy with a neurogenic component. Hum. Molec. Genet. 18: 1353-1367, 2009.
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大家都知道,提取RNA的时候,去除RNA酶污染,有时候是非常关键的。好多情况下,我们都是在用DEPC,但是DEPC有毒,又容易和Tris试剂中的巯基反应,没办法配制Tris试剂。
我看到过一些资料好像是说氢氧化钠配制的溶液也可以去除RNA酶,按照道理来讲,高浓度的碱可以使得蛋白变性,自然也可以使得RNA酶变性。
然后我试了试,我配制1Mol/L的氢氧化钠,这个浓度已经很高了,用配制的氢氧化钠去处理了一些吸管,烧杯,提取过程中要用到的东西。然后我又用无RNA酶水(这个实验室以前配制了不少)泡了泡这些氢氧化钠处理过的吸管烧杯之类的东西。自然,我也提取RNA试了试,似乎却没有成功。我发现最后提取的RNA浓度低,仅仅为20纳克/微升。虽然A260/A280,比值能到1.98,还不错。但是浓度很低。我跑电泳就能够猜到,没有看出来有条带。自然我后面做pcr的actin也没有结果。
虽然我这次用到的组织样,可能很少,只有小指甲的三分之一,但对于是否提取出来了RNA,我依然产生了怀疑。
幸亏我是做一个植物标本,我还有无限制的样本可以让我折腾。因此我想问的是,NaOH到底能不能去除RNA酶污染。
如果可以,该怎么用。该怎么用,该怎么用。
转录后修饰在生命体中广泛存在(已发现100多种),而假尿嘧啶RNA修饰就是其中最主要的一种。假尿嘧啶在多种非编码RNA(tRNA、rRNA、snRNA等)上的功能与机制已有较多研究;然而,对于信使RNA(messengerRNA,mRNA)上假尿嘧啶的分布和潜在生物学功能,目前知之甚少。最主要的难题,就是如何实现假尿嘧啶在mRNA上的精准定位。
为了研究哺乳动物转录组中的假尿嘧啶修饰,伊成器课题组首先利用高分辨质谱对mRNA中的假尿嘧啶修饰进行定量,发现其广泛存在于各种细胞系及小鼠的组织当中,并且在哺乳动物mRNA中丰度相当高。该研究继而通过化学生物学、高通量测序等手段,发展了“CeU-Seq”—一种利用小分子化合物实现特异性标记与富集的假尿嘧啶高通量测序技术。利用这一技术,该研究成功实现了人细胞系以及小鼠(大脑与肝脏组织)全转录组水平的单碱基分辨率假尿嘧啶检测,发现在数千个mRNA与长非编码RNA(lncRNA)上都含有假尿嘧啶修饰。该研究进一步确定了多个可以作用于mRNA上的假尿嘧啶合成酶(其中PUS1、DKC1两种酶之前被发现与线粒体肌病、先天性角化不良等人类疾病相关),并且发现转录组中假尿嘧啶的含量与分布均会受到各种环境刺激的调控,呈现出“刺激条件特异性”的诱导修饰。因此,该研究不但揭示了假尿嘧啶的广泛存在、绘制了转录组中假尿嘧啶RNA修饰的高清谱图,也为这一转录后修饰参与基因表达调控的研究提供了重要工具、为近年来兴起的“RNA表观遗传学”领域提供了崭新的研究方向。
北京大学生科院博士生李笑雨(PTN-BBS联合培养项目)、生命中心博士生朱平、博士生马士清是这篇论文的并列第一作者,生命科学学院伊成器研究员是该论文的通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、科技部973计划和北大清华生命科学联合中心的资助。
原文链接:http://www.nature.com/nchembio/journal/vaop/ncurrent/full/nchembio.1836.html
真核生物中有3种依赖DNA的RNA聚合酶,即RNA聚合酶I 、II、 III。RNA聚合酶I主要负责转录rRNA,RNA聚合酶II负责催化合成mRNA。
遗传信息从DNA分子转录到RNA分子中的过程称为转录(transcription)。在真核生物中,最初转录生成的RNA称为不均一核RNA(heterogeneous nuclear RNA,hnRNA)。核内不均一RNA 为存在于真核生物细胞核中的不稳定、大小不均的一组高分子RNA(分子量约为105~2×107,沉降系数约为30-100S)之总称。占细胞全部RNA之百分之几,在核内主要存在于核仁的外侧。认为hnRNA多属信使RNA(messenger ribonucleic acid,mRNA)之前体,包括各种基因的转录产物及其成为mRNA前的各中间阶段的分子,在5'末端多附有间隙结构,而3'的末端附有多聚腺苷酸聚合酶分子。这些hn-RNA在受到加工之后,移至细胞质,作为mRNA而发挥其功能。大部分的hnRNA在核内与各种特异的蛋白质形成复合体而存在着。
前信使RNA(英语:Precursor mRNA,简称为前mRNA)是一种未成熟的单链信使核糖核酸(mRNA)。前mRNA是从细胞核中的DNA模板通过转录而合成的。前mRNA构成了不均一核RNA(或称为核内异质RNA或核内不均一RNA,简称为hnRNA)数量上的主体。hnRNA这一术语通常被用作为前mRNA的同义词,尽管,在严格的意义上说,hnRNA可以包含那些并不最终成为胞浆中mRNA的细胞核RNA转录物。一旦前信使RNA被完全加工完成,他就被叫做“成熟信使RNA”、“成熟mRNA”或被称为“mRNA”。真核前信使RNA在其被加工成为mRNA之前仅短暂地存在。前信使RNA包含有两种片段,外显子与内含子。外显子是在最终的mRNA之中被保留下来的片段,然而内含子则在一步称为剪接的过程中被除去,这一步由剪接体实行(自剪接内含子除外)。
对于真核前信使RNA,附加了对5'与3'修饰的追加加工步骤。其中包括了加上7-甲基鸟苷的5'端帽以及多腺苷酸化。此外,由核小核糖核蛋白颗粒组成的剪接体也会切除真核前信使RNA的内含子。
当一条前信使RNA链被正确地加工为一条信使RNA序列时,它被细胞核输出并最终被翻译成为蛋白质,这是一个由核糖体协力完成的过程。
在原核细胞中,剪接是通过自身催化或内分解切割而完成的。并不涉及蛋白质的自身催化切割仅仅保留用作编码rRNA的那部分,而内分解切割针对于tRNA前体。
人们已经发现:HIV的Rev蛋白募集细胞转运因子Crm1来转运HIV-1的一些必须mRNA。而宿主mRNA的转运主要依赖另一个转运因子:theTap–Nxt1dimer。另外宿主mRNA的转运还需要另一个的酶——Dbp5的参与。Dbp5是含DEAD-box的解旋酶家族的一个成员。DEAD-box解旋酶利用ATP释放的能量来伸展RNA结构,游离RNA-蛋白质复合体。这个蛋白家族被认为和RNA的每一个步骤都有关系包括:前mRNA的剪切,mRNA的转运,核糖体的组装,mRNA的翻译等。Dbp5首先再酵母中被鉴定发现——积聚的核边缘的胞浆蛋白,对核mRNA的转运是必须的。后来的研究还发现其与核孔复合体(NPCs)有特异的association。最近的实验还发现Dbp5在核和胞浆之间穿梭。
给青蛙卵注射突变的Dbp5(不能利用ATP)可以阻断细胞mRNA的转运,而不影响Rev-Crm1介导的HIV-1的mRNA的转运!这有两种可能性:1,Rev-Crm1介导的mRNA不需要remodelling;2,它依赖其他的解旋酶。
Yedavalli等发现DEAD家族的另一个成员:DDX3,证实了后一种假设。——过表达的DDX3可以特异的增强Rev-Crm1依赖的核mRNA转录;抑制DDX3则相反。且DDX3可以与Crm1和Rev在体内特异的结合。所以作者认为这可能是HIV治疗的又一靶点。但这仍存有疑问:进化中DDX3不可能只为了HIVmRNA的转运而存在,抑制它可能会有不可预测或有害的后果。
cell上Yedavalli等发表的该文章的全文:http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSN-4DN8MNH-9&_coverDate=10%2F29%2F2004&_alid=235528316&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_qd=1&_cdi=7051&_sort=d&view=c&_acct=C000053666&_version=1&_urlVersion=0&_userid=1553337&md5=7cf4d401bba6145b024a32f3309cc453
Nature上对该文章的一篇评述:NuclearRNAexportunwound——ThewaysinwhichHIVcansubvertcellularprocessesforitsownendsseemboundless.Thelatestdiscovery—acellularenzymethathelpstoexportHIVRNAfromthenucleus—revealsapossIBLedrugtarget。
不过这种类似的RNA酶清除剂是一种广泛的蛋白灭活剂,如果你配置处理的溶液要用于类似一些酶蛋白的溶液体系,那就不可以用RNA酶清除剂来处理了,否则会影响需要用到的酶的活性
有DNase、RNase、核酸酶S1等,可水解相应的DNA和RNA,核酸酶S1可降解单链DNA和RNA,用量增大也可降解双链核酸。它可用于切去ds-cDNA合成中产生的发夹环。
(2)修饰酶
有些酶可在其他酶的作用下,将酶的结构进行共价修饰,使该酶活性发生改变,
核酶的催化功能与其空间结构有密切关系。
不同的核酶可分为两类:
1 剪切型核酶:只剪不接,如M1 RNA。
2 剪接型核酶:该酶具有序列特异的内切核酸酶、RNA连接酶等多种酶活性。
加工场所在生物体细胞质(或相关实验设备中)。
https://www.nature.com/articles/ni.3830.epdf?referrer_access_token=-Pjl2rt1nZv_1Z8JIoznz9RgN0jAjWel9jnR3ZoTv0PyprITrhfI0J5ucCRfVO-aui0xL-EVR7N2JR4xNKbXmYtj4yXphjh43zAiP6r70OSxNUbkTgT9CKdP6rhb181-RAaL3nGfbbFavHe89R525v6eyOP-tI8-8kcwVAVmKJT1UwT0dPSmOENdZt03DCnok55kvZGMawTEwNU1ehYjDg%3D%3D&tracking_referrer=news.sciencenet.cn
针对DDX家族成员在RNA识别和代谢及其在调控抗病毒天然免疫应答中发挥的重要功能,通过筛选多种DDX家族成员在病毒感染巨噬细胞天然免疫应答中的作用,发现了DDX46能显著抑制病毒感染诱导的干扰素表达
DDX46能结合到抗病毒效应分子mRNA的CCGGUU保守基序上,当病毒感染时DDX46与m6A去甲基化酶ALKBH5结合增加,使得与DDX46结合的抗病毒效应分子mRNA发生去甲基化修饰而导致其核滞留,阻滞了这些抗病毒效应分子的蛋白表达从而降低干扰素产生,最终抑制了抗病毒天然免疫应答反应
从地球形成之初的一片混沌到第一个生命的出现,期间究竟发生了哪些事情一直是许多科学家想知道的事情。藉由巴斯德对于自然发生说的驳斥到达尔文的天择说,我们对于生命的起源这个大问题(BigQuestion)的答案也慢慢有越来越多的认识,而透过具有催化功能之RNA的发现,“RNA世界(RNAworld)”的假说也渐渐成为目前解释生命起源里最主流的说法。
尽管RNA同时具有可携带遗传讯息与催化的能力,使其被认为最适合作为早期的生命物质,但在RNA之前的生命物质为何、RNA如何将携带遗传讯息的能力传给目前的DNA及如何将酶催化等功能移转给蛋白质等问题却一直缺乏有力的假说。特别是功能(例如酶活性),由于其系取决于三度空间之排列方式,功能并无法如遗传讯息般,可经由配对(base-pairing)方式有效地在DNA与RNA之间以线性方式传递,造成生物分子间的功能传递机制始终不明。
藉由活体外演化的技术,来自ScrippsResearchInstitute的研究人员成功证明了两种系统间除了遗传讯息可透过一对一对应之方式转移,在一定次数的突变下,功能也有可能在两系统间进行转移。于其实验中,研究人员以R3CRNA连接(由57个核酸所组成的RNA酶)为基础先合成了相对应的DNA序列,如所预期,初合成之DNA序列并不具任何催化活性。然而,在透过一定循环的活体外演化技术后,科学家成功地在试管中发现了一段具有和原始之RNA连接?活性相当的DNA序列,这证明了以核酸为基础之遗传讯息系统之间,除了遗传讯息可透过线性的方式进行传递,在一定次数的突变之下,功能也可以同样的方式在两系统间进行转移。
原学术论文:
NatashaPaul,GregSpringsteen,andGeraldF.Joyce,2006,ConversionofaRibozymetoaDeoxyribozymethroughInVitroEvolution,Chemistry&BIOLOGy,13,p.329–338