NEDD8 E1 Activating Enzyme Inhibitor (NAE Inhibitor) MLN4924 Summary
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- Inhibiting ubiquitination causes an accumulation of SUMOylated newly synthesized nuclear proteins at PML bodiesAuthors: Z Sha, T Blyszcz, R González-P, ACO Vertegaal, AL GoldbergJ. Biol. Chem., 2019;0(0):.2019
- Nedd8 hydrolysis by UCH proteases in Plasmodium parasitesAuthors: M Karpiyevic, S Adjalley, M Mol, DB Ascher, B Mason, GJ van der He, H Laman, H Ovaa, MCS Lee, K Artavanis-PLoS Pathog., 2019;15(10):e1008086.2019
- DNA damage-induced Degradation of EXO1 Limits DNA End Resection to Ensure Accurate DNA RepairAuthors: N Tomimatsu, B Mukherjee, JL Harris, FL Boffo, M Hardebeck, PR Potts, KK Khanna, S BurmaJ. Biol. Chem., 2017;0(0):.2017
- PCNA-Dependent Cleavage and Degradation of SDE2 Regulates Response to Replication StressPLoS Genet, 2016;12(12):e1006465.2016
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科学家发现,细菌在遭遇噬菌体等病毒侵染之后,可以获得其部分DNA(脱氧核糖核酸)片段并整合进基因组形成记忆,当再次遭到入侵时,转录出相应的RNA(核糖核酸),利用其中的“定位信息”引导Cas蛋白复合物定位和切割、彻底地摧毁入侵病毒的DNA。CRISPR/Cas9技术就是利用这一原理,用一种定制的RNA引导Cas,对预设DNA位点进行切割,造成DNA断裂,启动细胞内基因组修复机制,实现基因敲除、特异突变的修复或引入和定点转基因等。
类,其中Ⅰ类和Ⅲ类需要多种CRISPR相关蛋白(Cas蛋白)共同发挥作用,而Ⅱ类系统
只需要一种Cas蛋白即可,这为其能够广泛应用提供了便利条件。
目前,来自Streptococcuspyogenes的CRISPR-Cas9系统应用最为广泛。Cas9蛋白(含
有两个核酸酶结构域,可以分别切割DNA两条单链。Cas9首先与crRNA及tracrRNA结合
成复合物,然后通过PAM序列结合并侵入DNA,形成RNA-DNA复合结构,进而对目的
DNA双链进行切割,使DNA双链断裂。
由于PAM序列结构简单(5’-NGG-3’),几乎可以在所有的基因中找到大量靶点,因此得到广泛的应用。CRISPR-Cas9系统已经成功应用于植物、细菌、酵母、鱼类及哺乳动物细胞,是目前最高效的基因组编辑系统。
是不是CRISPRall-in-one只能设置一个sgRNA?
http://www.nature.com/nature/journal/v520/n7546/full/nature14299.html
缺点:质粒仍然较大,转染难度相对较大。具有碱基识别偏好性,局限了基因编辑的运用范围,而且会导致不同基因位点编辑效率不同。筛选仍然需要较大工作量。
通过敲除来研究基因的功能,所谓的敲除不外乎有三种情况:1)单交换插入抗性基因使原基因失活;2)抗性基因双交换替换掉原基因;3)同框缺失即完整的使原基因敲除掉。
第三种情况得到的突变株比较好但筛选工作量很大,前两种情况因为插入了抗性基因比较好筛选突变子,但是由于外源的插入了抗性基因容易引起polar effect,所以拿到突变株后要做回补实验来排除是由polar effect引起的,如果是第三种情况得到的突变株不做回补也没关系,做了会更好。
CRISPR/Cas9作为一种基因敲除工具来说,比现有的基因敲除工具cre-loxpsystem,它的优越性在哪儿,有没有大神可以告诉我一下,感谢!感谢!
我想问一个基础问题啊,用CRISPR/cas系统敲除某个基因后,如果突变株表型没法通过肉眼分辨,怎么把突变株找出来?要用到什么Marker吗?还是需要对细胞逐个测序检测?
如果是逐个检测,那就涉及到效率问题了,当效率比较低的时候,岂不是工作量很大?
还有cas9基因会残留在细胞里吗?

