
Description:
KAPAmRNAHyperPrepKitKAPAmRNAHyperPrepKits
Single-DayRNA
TheKAPAmRNAHyperPrepKitsutilizenovelchemistrythatenablesthecombinationofenzymaticstepsandfewerreactionpurifications,resultinginatrulystreamlinedsolutionforthepreparationofhigh-qualitymRNA-seqlibraries.mRNAcapturebeadsareusedpriortolibrarypreparation,whichenrichesformaturemRNAovernon-polyadenylatedspecies,suchasribosomal,precursor,andnoncodingRNAs.
Thestrand-specificworkflowisflexIBLe–supportinglibraryconstructionfromlower-inputamountsanddegradedsamples.KitscontainallreagentsrequiredformRNAcaptureandlibrarypreparation,withtheexceptionofKAPAAdapters(availableseparately).Benefitsinclude:
- single-daylibraryconstruction,inclusiveofmRNAcapture
- reducedhands-onandoveralltimethroughfewerenzymaticandreactioncleanups
- flexibleinputof50ng–1µgtotalRNA*
- maintainover99%strandspecificity*
- KAPAPureBeadsincludedforreactionpurifications
KAPARNAHyperPrepKits
KAPARNAHyperPrepKitsleveragethesameCDNAsynthesisandlibrarypreparationworkflowimprovementsasoutlinedfortheKAPAmRNAHyperPrepKits.KAPARNAHyperPrepKitsincludeallenzymesandbuffersrequiredforcDNAlibrarypreparation,butdonotcontainmRNAcapturereagentsorKAPAAdapters.Kitscanbeusedtopreparelibrariesfrom1ng–100ngoftotal,poly(A)-selected,orrRNA-depletedRNA.

NEW!KAPADual-IndexedAdapterKitsarenowavailable. FormoreinformationonKAPAAdapterKits,scrolldowntotheOrderingsection,ordownloadtheKAPAAdapter andBeadCalculator.
DownloadourAdapterandBeadCalculator
*Dataonfile.
ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.
ProductHighlights
Sequencewhatmatters
- WastefewerreadsduetothecombinationofrRNAcarryoverandPCRduplicates
- Identifymoreuniquetranscriptsandgeneswithequivalentsequencing
Achievesuperiorcoverageuniformity
- Obtainmoreuniformdistributionofreadsacrosstranscripts
- ImprovecoverageofdifficultGC-richtranscripts
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Applications:
Applications- Geneexpressionanalysis
- Detectionofgenefusions,isoforms,andotherstructuralvariants
- Noveltranscriptidentification,includingnoncodingtranscripts
- SNVdiscovery
- Wholetranscriptome(KAPARNAHyperPrepKitsonly)
- Targetedtranscriptome(KAPARNAHyperPrepKitsonly)
KitSpecificationsandContents/Storage:
KitSpecificationsandContents/StorageEnzymesandbuffersforrRNAdepletion,cDNAsynthesis,andlibrarypreparationcanbestoredforupto10monthsat-20°C.mRNAcapturereagentsandKAPAPureBeadscanbestoredforupto10monthsat4°C.(USonly)
KitsincludereagentsforRNAfragmentation,cDNAsynthesis,andlibrarypreparation.KitswithreagentsformRNAcapturearealsoavailable.
Specifications
- SpecDescription
- CompatibilityPlatformIlluminaHiSeq,NextSeq,andMiSeq
- LibraryTypeRNA
- StartingMaterialRNAHyperPrepKit:High-qualitytotalRNA,mRNA,orrRNA-depletedRNA;mRNAHyperPrepKit:High-qualitytotalRNA
- StartingMaterialRNAHyperPrepKit:1ng–100ng;mRNAHyperPrepKit:25ng–1µg
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各种tRNA的一级结构互不相同,但它们的二级结构都呈三叶草形。这种三叶草形结构的主要特征是,含有四个螺旋区、三个环和一个附加叉。四个螺旋区构成四个臂,其中含有3′末端的螺旋区称为氨基酸臂,因为此臂的3′-末端都是C-C-A-OH序列,可与氨基酸连接。三个环分别用Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ表示。环Ⅰ含有5,6二氢尿嘧啶,称为二氢尿嘧啶环(DHU环)。环Ⅱ顶端含有由三个碱基组成的反密码子,称为反密码环;反密码子可识别mRNA分子上的密码子,在蛋白质生物合成中起重要的翻译作用。环Ⅲ含有胸苷(T)、假尿苷(ψ)、胞苷(C),称为TψC环;此环可能与结合核糖体有关。tRNA在二级结构的基础上进一步折叠成为倒“L”字母形的三级结构(图3-2-6)。
tRNA分子中稀有碱基的数量是所有核酸分子中比例最高的,这些稀有碱基的来源是转录之后经过加工修饰形成的。
tRNA共有61种,对应61种氨基酸的密码子(64种密码子中,2个是起始密码子,且对应一定氨基酸;3个是终止密码子,不对应氨基酸)
RNA制备过程中究竟有哪些问题需要注意,又有哪些工具可以助我们一臂之力呢,且听下文分解。
RNA制备的四大祸害碱性条件、金属离子和高温都会促使RNA分子水解。因此,RNA操作一般在0°C-4°C的中性或微酸性缓冲液中进行,人们也常常在其中添加螯合剂,比如0.1mMEDTA。有些应用不允许EDTA的存在,这时可以通过离子交换树脂来去除阳离子。
在制备RNA时,RNase一直是个令人头疼的大问题,因为这种酶基本上无处不在。生物样品本来就含有RNase,它们存在于细胞的小隔间里,当细胞被裂解时这些RNase就释放出来。另外,实验室操作也很容易引入RNase。“这种酶到处都是,我们皮肤细胞上就有。如果你戴着手套接触了脸或者手臂,也会沾到一些RNase,”Promega公司的产品经理EricVincent提醒道。
在收获组织或细胞时,“提取RNA要越快越好,或者就想办法令RNase失活,”NEB公司的RNA研究带头人BretRobb指出。
如果不能立刻提取RNA,就应当通过速冻来稳定样本,或者将样本储存在特殊的RNA保存液中,比如AllProtectTissueReagent、RNAlater。此外,PreAnalytiX公司的PAXgeneBloodRNATube也很适合保存这样的样本,“不仅能确保RNA的安全,而且让细胞不会因为温度或缓冲液条件的改变表达任何转录本,”Qiagen公司的MartinSchlumpberger介绍道。PreAnalytiX是BD和QIAGEN的一个合资公司。
绝大多数RNA分离试剂盒中的裂解缓冲液(例如Qiagen公司的RNAEasy),“可以失活任何样本所带的RNAse,”Schlumpberger解释道。“这些产品对于RNA来说是相当安全的。”如果你更喜欢自己DIY,那么异硫氰酸胍、酚/氯仿和SDS都能帮你保护样本中的RNA。
据介绍,RNA纯化之后对环境中的RNAse最为敏感,这个时候需要特别注意预防RNAse的污染。
可不可以做到万无一失如何才能保证RNA实验的成功,这已经是一个老生常谈的问题了。RNA操作时应该戴上一次性手套,并且在专门的空间里进行,尤其要与质粒制备和细菌操作分开。操作者尽量不要接触洁净度不能令人百分百放心的物品。
我们来看看NEB公司是如何做到万无一失的。NEB公司的RNA实验室统一使用RNA专用的一次性耗材。他们认为高压灭菌会使溶液中的微生物释放出RNase,而这些RNase会在灭菌之后复性。因此NEB公司只信任经过认证的无RNAse器皿,抛弃了高压灭菌过程。Robb介绍道,目前市面上有许多经过认证的RNA专用产品(试剂盒、试剂和耗材),进行RNA实验已经比十几年前容易得多了。
“过去人们在配制溶液的时候总是胆战心惊,恨不得屏住呼吸进行称量和搅拌,以免把RNase带到样本中去,”他解释道。而现在,你可以很方面的买到各种无RNAse的试剂,从水、1MTris到5MNaCl。“使用这些试剂可以为RNA实验提供额外的保障。”
许多无核酶的塑料产品都经过了第三方的检测和认证,MoBioLaboratories就提供这样的服务。“我们可以帮助制造商建立始终如一的无污染生产线,”培训操作者如何识别和消除污染源,MoBio公司的CarlTsang介绍道。
我国大多数实验室还是使用玻璃器皿,这些器皿至少需要在180°C的条件下烘烤几个小时,才能确保将RNAse永久性地摧毁。之后,研究者们可以通过商业化的试剂盒进行RNAse检测,比如NEB公司的RNAse污染分析试剂盒。
添加剂的使用DEPC(Diethylpyrocarbonate)一直被用于处理水和溶液,失活其中的RNAse。“多余的DEPC可以在高压锅中去除,因为DEPC在高温下很不稳定,会释放出CO2然后消失,”Schlumpberger说。不过许多人并不爱和这种可能致癌的化合物打交道,Schlumpberger强调,如果没有正确处理,残余的DEPC也会使RNA失活。
对于那些不能高压灭菌的器物,我们可以用RNaseAway试剂处理,然而将其浸泡在无RNAse的水里。
Vincent指出,RNAse抑制剂的使用应当成为常规。以Promega公司的RNAsin为例,RNAse抑制剂能够特异性结合并抑制实验室中常见的RNAse,包括RNAseA、B、C和人胎盘RNAse。“等你发现引入了RNAse时往往已经太迟了,多加一层保险是很有必要的,”他说。
只要我们了解威胁RNA的主要因素(高pH、高温、金属离子和内切酶),就能够想办法一一化解。这时你会发现,RNA制备其实并没有那么难。
http://seq.cn/article-10584-1.html

