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제품특징
RiboGone-Mammalian kit는 human, mouse, rat의 total RNA 샘플로부터 5S, 5.8S, 18S, 28S nuclear rRNA (Ribosomal RNA) 뿐만아니라 12S mtRNA (mitochondrialRNA)를 제거하는 시약이다. 특히, RiboGone은 FFPE 샘플과 같이 degradation된 샘플뿐만 아니라낮은 quality의 RNA 샘플에도 적용 가능하다. RiboGone-Mammalian Kit는 random-primed cDNAsynthesis와 RNA-seq 또는transcriptom분석 실험 전, sample preparation 과정에 적합하다(including the SMARTer Stranded RNA-Seq Kit(634836), the SMARTer Universal Low Input RNA Kit for Sequencing(634938),and the SMARTer Universal Low Input RNA Library Prep Kit (634947))(그림 1).
그림1. RiboGone - Mammalian is specifically designed to work with low input RNAsamples containing between 10-100 ngof full-length or degraded total RNA. Samples processed using the RiboGone kit are ready for cDNAsynthesis with anyrandom-primed SMARTer RNA-Seq kit (including the SMARTerStranded RNA-Seq Kit, the SMARTer Universal Low Input RNA Kit for Sequencing,and the SMARTer Universal Low Input RNA Library Prep Kit).
□ 특징
● Effective rRNA removal - rRNA removalmethod for human, mouse and rat total RNA samples - depletes ≥95% of
ribosomalRNA sequences
● Suitable for any quality RNA - designedto work with any quality starting RNA, including degraded material like
FFPEsamples
● Low input RNA working range - 10 ng -100ng starting material
● Works seamlessly with downstreamrandom-primed cDNA synthesis kit like the Stranded RNA-Seq Kit or SMARTer
Universal Low Input RNA Library Prep Kit
그림2. Comparison of Human Universal Reference RNA and Human Brain Reference RNAsequencing alignment metrics for 10 ng of RNAtreated with the RiboGone - Mammalian kit and the SMARTer Stranded RNA-Seq Kitshow that RiboGone efficiently degrades rRNA from small total RNA samples.
그림3. Sequencing data of RiboGone - Mammalian treatedRNA samples highly correlate with MAQC qPCRdata for the same reference RNA.The high level of correlation between the RNA-Seq and MAQC data (R=0.860) showsthat depletion of rRNA with RiboGone does not interfere with detection of othergenes by RNA-seq.
□ 적용
Removal of rRNA from small total RNA samples prior to random-primed cDNA synthesis
□ 구성품
5X RiboGone Hyb BufferRNaseH (5 U/ul)DNaseI (5 U/ul)RNase Inhibitor (40 U/ul)Nuclease-Free Water
RiboGone Purification Buffer
ebiomall.com
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(1)异种抗原(xenoantigen)──来自另一物种的抗原。如微生物及其代谢产物、异种血清等。
(2)同种异型抗原(alloantigen)──来自同种系而基因类型不同的个体的抗原。如人类血型抗原 、主要组织相容性抗原等。
(3)自身抗原(autoantigen)──能引起自身免疫应答的自身组织成分。
(4)肿瘤抗原──细胞在癌变过程中出现的具有抗原性的一些大分子物质。
比如该厂家的WB抗体，如果是1mg/ml的抗体，一般做WB的时候要求抗体工作液的浓度是1ug/ml，也就是说1mg/ml的抗体是可以按照1:1000的比例进行稀释。当然，根据抗体亲和力不同，这个浓度也是可以变化的。所以abcam的WB抗体稀释浓度一般是1ug/ml
我们自身的细胞，蛋白也是抗原，但是自体在正常情况下没有针对自身的抗体。抗体产生的过程很复杂，我简单说一下：抗体由B细胞产生。本质是蛋白质。B细胞在成熟的过程中，编码抗体抗原识别区的那段基因会发生随机组合，这样就有可能会产生无数种抗体。但是如果一个B细胞产生了针对自身的抗体，那这个细胞就会和抚养它的细胞发生过于紧密的接触，被杀死。如果一个B细胞产生的抗体还不能识别任何抗原，那它就得不到足够的生长刺激，所以也不能存活。最后成熟的免疫细胞只占很小一部分。只有那些可以识别外源抗体的B细胞才能得到刺激，大量增殖。然后体内的抗体就增高了。
所以你的最后一句话不对。并不是人人都可以对任何抗原产生抗体的。比如青霉素过敏，过敏的人就是因为体内有针对青霉素的抗体IgE。而其他人就没有抗体。
洛斯阿拉莫斯国家实验室(Los Alamos National Laboratory)研究员Andrew Bradbury说：“我们提出，就像基因一样，抗体也应由它们的序列来定义，并且它们应该是在细胞系中重组生成。”
根据编码各种亚基的序列来参考每次检测所用的抗体，它们的浓度和标准化实验缓冲液，可以让全世界的研究人员能够在相同条件下使用具有相同亲和力的抗体。
一种抗体或结合试剂的序列，是该试剂的最终“条形码”，其确保了每个人都能够使用相同的试剂来检测同一目标。导出这一条形码涉及到从体外文库中挑选出一些抗体，或是克隆及测序来自杂交瘤的抗体基因等工作。这将要求对抗体供应的模式作出重大的改变。
抗体是可以帮助机体识别与中和细菌、以及对免疫系统发起的其他攻击的一类特殊蛋白质，科学家们一直利用它们来作为特异的结合试剂。抗体质量控制和精确识别是那些有着序列测定和重组表达需求的研究者们一直努力寻求解决的问题。Bradbury指出，不同于基因、寡核苷酸、质粒、重组蛋白等，抗体是生物学研究中唯一没有在序列水平上进行定义的广泛应用试剂。
研究人员注意到，所有抗体的质量因制造商不同而存在巨大的差异，大多数抗体很少进行验证，批次间差异极为常见。
并且，批量产品附带的证明文件质量同样差异巨大;甚至提供的证明文件往往并不对应提供的批次。
“为了杜绝由于缺乏验证和鉴定所造成的对材料、研究人员时间以及金钱的巨大浪费，必须要根据它们的序列来定义抗体，并且要在标准条件下进行重新生产，”作者们指出。这里的“重新”生产是指采用一些不涉及动物免疫的方法来从头生成抗体或其他结合试剂，而非基于免疫接种生成的克隆抗体。
例如，多克隆抗体的生产是通过将一种蛋白质注射到动物体内，然后提取出响应这一免疫蛋白动物血液中生成并携带着的抗体。各种各样的抗体并非高精度，只有0.5-5%的产物是想得到的抗体，可对初始目标产生反应。其余的都是原本存在于动物血流中的抗体，表明了动物以往的免疫应激。漫无目的地收获如此多错误的抗体，使得生成了一些特异性较差的抗体，由此造成了研究领域的浪费。
“我们建议，借助一种体外方法来生成抗体，这样根本不需要使用动物，重要的是还将直接生成具有已知序列的分子，”Bradbury说。
抗体（Antibody），又称免疫球蛋白（Immunoglobulin，简称 Ig），是一种由B细胞分泌，被免疫系统用来鉴别与中和外来物质如细菌、病毒等的大型Y形蛋白质，仅被发现存在于脊椎动物的血液等体液中，及其B细胞的细胞膜表面。
抗体是具有4条多肽链的对称结构，其中2条较长、相对分子量较大的相同的重链（H链）；2条较短、相对分子量较小的相同的轻链（L链）。链间由二硫键和非共价键联结形成一个由4条多肽链构成的单体分子。轻链有κ和λ两种，重链有μ、δ、γ、ε和α五种。 整个抗体分子可分为恒定区和可变区两部分。在给定的物种中，不同抗体分子的恒定区都具有相同的或几乎相同的氨基酸序列。可变区位于"Y"的两臂末端。在可变区内有一小部分氨基酸残基变化特别强烈，这些氨基酸的残基组成和排列顺序更易发生变异区域称高变区。高变区位于分子表面，最多由17个氨基酸残基构成，少则只有2 —— 3个。高变区氨基酸序列决定了该抗体结合抗原抗原的特异性。一个抗体分子上的两个抗原结合部位是相同的，位于两臂末端称抗原结合片段（antigen-binding fragment, Fab）。"Y"的柄部称结晶片段（crystalline fragment,FC），糖结合在FC 上。
