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一是使人体正常菌群失调:抗生素杀灭人体病菌的同时，也杀灭其他非致病菌（包括一些益生菌），从而破坏了人体内正常菌群的平衡，造成了菌群紊乱，引起不敏感的细菌或真菌大量繁殖，可导致葡萄球菌肠炎、念珠菌群病、败血症等继发性感染。二是使病菌产生抗药性:当不该使用抗生素的时候使用抗生素，可以使一些病菌逐渐产生对抗生素的抵抗力，即抗药性，一旦确定必须使用抗生素时，就不得不加大剂量才能有效，甚至加大剂量也无效。三是毒性反应:如链霉菌对前庭与耳蜗神经的损害，可出现眩晕、平衡失调、耳鸣、听力减退、耳聋等；氯霉菌对骨髓的毒性，抑制骨髓造血机能，可致白细胞及血小板减少，严重可引起再生障碍性贫血；四环素、红霉素酯化剂、二性梅素B、灰黄酶素等都能损害肝脏，造成肝功能不全或原有肝损加重；庆大酶素、卡那酶素、新酶素、巴龙酶素、先锋酶素等对肾脏可有较大损害。四是过敏反应:如常用的青酶素其发生率约为百分之一到百分之八，轻者有关节痛、淋巴结肿大、发热等，较重者发生血管神经性水肿、脑水肿或喉头水肿，最严重的为过敏性休克，如不及时抢救将会死亡。抗生素的上述危害，除过敏反应外，其余均具有渐进性、累积性，病人自己很难察觉，因此易发生危险。因此，患者应在医生指导下使用抗生素，以免受到更大的伤害。
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