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RT-nPCR实际叫做反转录-巢式PCR，反转录PCR就是把RNA提取后反转录成cDNA，并以其为模板进行的PCR反应，通常用于检测某种RNA是否被表达，或者比较其相对表达水平巢式PCR（nested PCR），是指利用两套PCR引物（巢式引物）对进行两轮PCR扩增反应。在第一轮扩增中，外引物用以产生扩增产物，此产物在在内引物的存在下进行第二轮扩增。由于巢式PCR反应有两次PCR扩增，从而降低了扩增多个靶位点的可能性（因为与两套引物都互补的引物很少）增加了检测的敏感性；又有两对PCR引物与检测模板的配对，增加了检测的可靠性。所以反转录-巢式PCR就是以cDNA为模板进行的巢式PCR，它和简单的反转录PCR一样是用于检测某种RNA是否被表达，或者比较其相对表达水平，但是特异性更高，可靠性更强。
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