资源库特色文章用于治疗性 RNAi 应用的替代 miRNA 设计用于治疗性 RNAi 应用的替代 miRNA 设计

体内 miRNA 工具的设计和性能影响

正如体内 siRNA 分子的性能很大程度上取决于其设计一样，miRNA 抑制剂和 miRNA 模拟物的设计必须针对应用进行优化。在这里，我们将讨论 miRNA 模拟分子的稳定性和效力的设计考虑因素。我们发现，与我们的标准 miRNA 模拟分子相比，稳定的 miRNA 模拟分子失去了功能，部分原因是稳定的过客链作为 miRNA 抑制剂的活性。我们讨论了错配如何影响稳定 miRNA 模拟物的活性，可能是通过生成作为抑制剂分子功能较弱的过客链。

下载海报 - 用于治疗性 RNAi 应用的替代 miRNA 设计（PDF，575KB）

Dharmacon 科学家每年都会参加许多科学会议。我们从这些活动中精选海报和演示文稿，因为它们具有科学和教育价值。

详细了解这些用于 microRNA 研究的领先工具miRNA 应用miRIDIAN microRNA MimicsmiRIDIAN microRNA 发夹抑制剂SMARTchoice shMIMIC 慢病毒 miRNA订购和计算工具订购多个单链 DNA 订购多个单链 DNA

在一个便捷的界面中订购具有相同设计标准的多个仅 DNA 寡核苷酸；只需输入您的序列并选择适用于所有 DNA 寡核苷酸的标准。此页面用于订购定制 DNA。从此处订购单链 RNA 和 DNA-RNA 嵌合体。

订购指南

合成规模

在线订购的最大 DNA 长度1

0.05 µmol

150

1.0 µmol

150

1对于所列范围之外的 DNA 查询，请联系技术支持

请注意：

合成规模并不代表最终产量。较长的长度、修饰和纯化将导致 DNA 产量下降。使用 HPLC 纯化的 0.05 µmol 级寡核苷酸，特别是如果长度超过 80 个碱基，将导致总 nmol 产量较低。

订购和计算工具多种 ASO 订购工具多种 ASO 订购工具

此页面用于订购多种反义寡核苷酸 (ASO)。 ASO 的长度必须在 15-35 个核苷酸之间，对于超出此范围的寡核苷酸，请使用这些链接订购定制 RNA 或定制 DNA。

请注意：合成规模并不代表最终产量。长度、修改和加工选项将导致寡核苷酸产量下降。强烈建议对修饰过的 RNA 请求进行纯化。请联系科学支持以获得产量估计或针对您的特定需求的推荐处理。

订购和计算工具单一 ASO 订购工具单一 ASO 订购工具

此页面用于订购单一反义寡核苷酸 (ASO)。 ASO 的长度必须在 15-35 个核苷酸之间，对于超出此范围的寡核苷酸，请使用这些链接订购定制 RNA 或定制 DNA。

请注意：合成规模并不代表最终产量。长度、修改和加工选项将导致寡核苷酸产量下降。强烈建议对修饰过的 RNA 请求进行纯化。请联系科学支持以获得产量估计或针对您的特定需求的推荐处理。

产品订购和计算工具siDESIGN CentersiDESIGN Center

siDESIGN Center 是一种先进的、用户友好的siRNA 设计工具，可显着提高识别功能性siRNA 的可能性。独一无二的选项可用于增强靶标特异性并调整 siRNA 设计以实现更复杂的实验设计。

查看在线用户指南以获取使用 siDESIGN Center 工具的帮助。

订购和计算工具Custom SMARTpoolCustom SMARTpool

为了补充我们预先设计的 siRNA 系列并支持广泛的 RNAi 实验，我们的 siRNA 设计专家可以提供针对我们全基因组产品之外的基因的定制 SMARTpool 试剂，例如特定同工型和剪接变体或替代物种。

某些设计请求可能无法为四个 siRNA 的设计提供足够的序列空间。如果是这种情况，我们将在合成前就设计状态与您联系。

自定义 SMARTpool

数量

总计 80 nmol （siGENOME、ON-TARGETplus）或 120 总 nmol (Accell)，使用 SMARTselection siRNA 技术选择的 4 种 siRNA 混合物

序列信息

已提供

交付时间

10 个工作日。对于超过 10 个定制 SMARTpool 试剂的订单，周转时间将在下订单时确认。

条款和条件

请参考完整的条款和条件了解详细信息。此处提供摘要：

仅供研究使用，不得商业化，仅限内部使用的载体开发，不得向第三方出售或分发该产品受美国专利号 US US 5889136、6008400、6111086、6590093 以及其他国家颁发的相应专利的保护国家。订购和计算工具定制 siRNA 定制 siRNA 轻松在线订购标准、Dharmacon 增强和修改的 siRNA。能够合并不匹配和内部修改，但受 Dharmacon 专利修改限制且不允许更改基础内容的位置除外。siRNA targeted sequence is usually 21 nt in length. Avoid regions within 50-100 bp of the start codon and the termination codon Avoid intron regions Avoid stretches of 4 or more bases such as AAAA, CCCC Avoid regions with GC content 30% or 60%. Avoid repeats and low complex sequence Avoid single nucleotide polymorphism (SNP) sites Perform BLAST homology search to avoid off-target effects on other genes or sequences Always design negative controls by scrambling targeted siRNA sequence. The control RNA should have the same length and nucleotide composition as the siRNA but have at least 4-5 bases mismatched to the siRNA. Make sure the scrambling will not create new homology to other genes. Tom Tuschl\'s rules Select targeted region from a given cDNA sequence beginning 50-100 nt downstream of start condon First search for 23-nt sequence motif AA(N sub 19). If no suitable sequence is found, then, Search for 23-nt sequence motif NA(N sub 21) and convert the 3\' end of the sense siRNA to TT Or search for NAR(N sub 17)YNN Target sequence should have a GC content of around 50% A = Adenine; T = Thymine; R = Adenine or Guanine (Purines); Y = Thymine or Cytosine (Pyrimidines); N = Any. Rational siRNA design By experimentally analyzing the silencing efficiency of 180 siRNAs targeting the mRNA of two genes and correlating it with various sequence features of individual siRNAs, Reynolds et al at Dharmacon, Inc identified eight characteristics associated with siRNA functionality. These characteristics are used by rational siRNA design algorithm to evaluate potential targeted sequences and assign scores to them. Sequences with higher scores will have higher chance of success in RNAi. The table below lists the 8 criteria and the methods of score assignment. A sum score of 6 defines the cutoff for selecting siRNAs. All siRNAs scoring higher than 6 are acceptable candidates. *Tm = 79.8 + 18.5*log sub 10([Na+]) + (58.4 * GC%/100) + (11.8 * (GC%/100)2) - (820/Length) For example, the Tm can be calculated as follows for the siRNA UUCUCCAGCUUCUAAAAUA Tm = 79.8 + 18.5*log sub 10(0.05) + (58.4 * 31.6/100) + (11.8 * (31.6/100)2) - (820/19) Tm = 32.19 There are two siRNA design tools which implement this siRNA design algorithm: one is offered by Dharmacon, Inc; the other is a downloadable Excel template, written by Maurice Ho at http://boz094.ust.hk/RNAi/siRNA.References Elbashir SM et al. (2001) Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells. Nature. 411:494-498. Elbahir SM et al. (2001). Functional anatomy of siRNAs for mediating efficient RNAi in Drosophila melanogaster embryo lysate. EMBO J. 20:6877-6888. Elbashir SM et al. (2002). Analysis of gene function in somatic mammalian cells using small interfering RNAs. Methods. 26:199-213. Reynolds A, Leake D, Boese Q, Scaringe S, Marshall WS, Khvorova A. Rational siRNA design for RNA interference. Nat Biotechnol. 2004 Mar;22(3):326-30. http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html Maurice Ho,Rational siRNA Design