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新兴的空间技术,包括空间转录组学和空间表观基因组学,正在成为分析细胞状态的强大工具在组织环境中。然而,目前的方法一次只能捕获一层组学信息,排除了检查分子生物学中心法则的机制关系的可能性。在这里,我们提出了两种技术,通过共测序染色质可及性和基因表达,或组蛋白修饰,对表观基因组和转录组进行空间分辨、全基因组联合分析ons(H3K27me3、H3K27ac 或 H3K4me3)和同一组织切片上的基因表达接近单细胞分辨率。这些被应用于胚胎和幼年小鼠大脑,以及成年人类大脑,以绘制表观遗传机制如何控制转录表型和细胞动力学组织。尽管通过空间表观基因组或空间转录组鉴定了高度一致的组织特征,但我们也观察到不同的模式,表明它们在定义细胞状态中的不同作用。逐个像素地将表观基因组与转录组联系起来,可以揭示组织结构中空间表观遗传启动、分化和基因调控的新见解。这些技术在生命科学和生物医学研究中引起了极大的兴趣。
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发表于 2023 年 4 月
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Diagenode.comPublicationsComprehensive epigenomic 分析揭示了疾病的程度... MielczarekOlgaand MiglioriniGabriele and CostantinoFélicie and Allcock Alice and DavidsonConnor and ElliottKatherine S. andFangHai and Lledó LaraAlicia and MartinAlice C. and OsgoodJulie A.a强直性脊柱炎 (AS) 是一种常见的疾病,以脊柱和骶髂关节附着点炎为特征的高度遗传性炎症性关节炎。全基因组关联研究 (GWAS) 揭示了 100 多个遗传关联,其功能影响在很大程度上仍未解决。在这里,我们展示了来自疾病相关血液免疫细胞亚群的全面转录组学和表观基因组图谱作为患者和健康对照。我们发现,虽然 CD14+ 单核细胞和 CD4+ 和 CD8+ T细胞在 RNA 水平上显示出疾病特异性差异,而表观基因组学差异仅在多组学整合时才明显。后者揭示了单核细胞中疾病相关位点的富集。我们使用高分辨率 Capture-C 在 10 个位点(包括 PTGER4 和 ETS1)将假定的功能性 SNP 与基因联系起来,并展示了如何将疾病特异性功能基因组数据与 GWAS 相结合以增强治疗靶标的发现。本研究将表观遗传学和转录分析与 GWAS 相结合,以确定与疾病相关的细胞类型和可能致病相关的基因调控,并确定药物靶点的优先级。
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2023 年 4 月发布
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