Background
Using synthetic biology methods, the Escherichia coli K-12 genome was reduced by making a series of planned, precise deletions. The multiple-deletion series (MDS™) strains (1), with genome reduction of up to 15%, were designed by identifying non-essential genes and sequences for elimination, including recombinogenic or mobile DNA and cryptic virulence genes, while preserving robust growth and protein production. Genome reduction also led to unanticipated beneficial properties, including high electroporation efficiency and accurate propagation of recombinant genes and plasmids that are unstable in other strains. Subsequent deletions and introduction of useful alleles produce strains suitable for many molecular biology applications.
Figures
Figure 1: Multiple Deletion Strains tolerate "deleterious” genes. A chimeric gene composed of VP60 of rabbit hemorrhagic disease virus fused to the B subunit of cholera toxin (CTX) was very unstable in E. coli. Individually, both genes were stable in E. coli HB101, C600 and DH10B, but pCTXVP60 carrying the fusion gene in the same hosts did not produce fusion protein and was recovered in low yields. All recovered plasmids contained mutations in the CTXVP60 open reading frame, virtually all resulting from IS insertions. In contrast, the recombinant plasmid was completely stable in MDS™; normal yields of plasmid DNA were obtained. Representative restriction patterns of pCTXVP60. (A) Plasmid DNA from MDS™42 was transformed and propagated in the indicated host, then digested with NcoI and EcoRI. A representative of each restriction pattern was purified and sequenced. M, molecular weight marker, 1 kbp ladder; 1, MDS™41, no insertion; 2, MDS™42, no insertion; 3, DH10B, IS10 insertion; 4, DH10B, IS10 insertion/deletion; 5, C600, IS5 insertion; 6, C600, IS1 insertion; 7, C600, IS1 insertion. (B) Relative position of the IS element insertion sites in the CTXVP60 reading frame determined for the five examples presented.
Specifications
Kit Components MDS™42 ΔrecA Blue Electrocompetent Cells pUC19 Control DNA (10 pg/µl) SOC Medium Genotypes MG1655 multiple-deletion strain (1), ΔrecA, lacZ M15-. The lacZ M15 deletion has been created in the genome to allow blue/white screening of inserts in plasmids using the α-complementing fragment of β-galactosidase. Quality Control Transformation efficiency is tested using pUC19 control DNA, performed in duplicate. Transformed cells are plated on LB plates containing 50 µg/ml carbenicillin. Transformation efficiency is > 5 x 109 cfu/µg DNA. Storage Conditions Store components at –80°C. Do not store cells in liquid nitrogen.
Related Products
White Glove IS Detection Kit
Support
Product Manuals MDS™42 ΔrecA Blue Electrocompetent Cell Kit Papers
- Pósfai G, et al., (2006) Emergent properties of reduced-genome Escherichia coli. Science 312:1044-6.
- Chacko S. Chakiath, CS & Esposito, D (2007): Improved recombinational stability of lentiviral expression vectors using reduced-genome Escherichia coli. BioTechniques 43:466-470.
Patents & Disclaimers
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细胞凋亡是细胞程序化死亡的一种,是指细胞在凋亡因子刺激下发生的受基因调控的细胞自杀性行为。本文威正翔禹/缔一生物为您分析什么是细胞凋亡?它与细胞坏死有什么区别?
细胞凋亡存在于正常生理情况下,是在个体发育、多细胞生物体平衡和疾病发生中起重要作用的一种细胞死亡形式。细胞凋亡有别于细胞死亡的另一种方式——细胞坏死(necrosis)。
细胞坏死与细胞凋亡的区别首先在于外观形态上变化不同,坏死的细胞表现为体积胀大,细胞膜失去了完整性,易被染料(如台盼蓝)所透过;而凋亡的细胞则表现为细胞体积变小。
细胞凋亡是一个受基因严密调控的生物过程,而细胞坏死则通常是偶然因素,如受热和药物损伤等引起溶酶体的颗粒内容物释放失控引起;坏死细胞会引发炎症初期的免疫反应,而凋亡细胞在通常情况下并不诱导抗炎症反应。然而,细胞坏死和细胞凋亡的区别也不是绝对的,同一种诱导因素(如局部缺血、H202)可能引发凋亡或坏死,取决于诱导因素的强弱和损伤的严重性。
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本文转自:威正翔禹/缔一生物官方网站:http://www.viansaga.com/h-col-124.html
请教各位前辈:流式细胞分析技术检测细胞周期和细胞凋亡的变化,是不是一般都是用AnnexinV-PI试剂的?据说这个比较贵是吗?有其他的可以代替吗?
细胞程序性死亡(programmed cell death,PCD)是一种基因指导的细胞自我消亡方式。PCD和细胞凋亡的区别在以下方面:PCD是功能性概念,凋亡是形态学概念;PCD的最终结果是细胞凋亡,但细胞凋亡并非都是程序化的;PCD存在于胚胎发育过程中。
凋亡虽是自主的但一般有外界因素刺激,致使信号传导,近而控制基因表达
生物性状是外界环境与基因共同决定的
比如,正常的杨树在北方到秋天会落叶,这是细胞凋亡,程序化的。但是,在南方,它不会在秋天凋亡.因此,细胞凋亡受环境影响。
细胞凋亡与坏死是两种完全不同的细胞凋亡形式,根据死亡细胞在形态学、生物化学和分子生物学上的差别,可以将二者区别开来。细胞凋亡的检测方法有很多,下面介绍几种常用的测定方法。
一、细胞凋亡的形态学检测
根据凋亡细胞固有的形态特征,人们已经设计了许多不同的细胞凋亡形态学检测方法。
1光学显微镜和倒置显微镜
(1)未染色细胞:凋亡细胞的体积变小、变形,细胞膜完整但出现发泡现象,细胞凋亡晚期可见凋亡小体。
贴壁细胞出现皱缩、变圆、脱落。
(2)染色细胞:常用姬姆萨染色、瑞氏染色等。凋亡细胞的染色质浓缩、边缘化,核膜裂解、染色质分割
成块状和凋亡小体等典型的凋亡形态。
2荧光显微镜和共聚焦激光扫描显微镜
一般以细胞核染色质的形态学改变为指标来评判细胞凋亡的进展情况。
常用的DNA特异性染料有:HO33342(Hoechst33342),HO33258(Hoechst33258),DAPI。三种染料与 DNA的结合是非嵌入式的,主要结合在DNA的A-T碱基区。紫外光激发时发射明亮的蓝色荧光。
Hoechst是与DNA特异结合的活性染料,储存液用蒸馏水配成1mg/ml的浓度,使用时用PBS稀释成终浓度为2~5mg/ml。
DAPI为半通透性,用于常规固定细胞的染色。储存液用蒸馏水配成1mg/ml的浓度,使用终浓度一般为0.5~1mg/ml。
结果评判:细胞凋亡过程中细胞核染色质的形态学改变分为三期:Ⅰ期的细胞核呈波纹状(rippled)或呈折缝样(creased),部分染色质出现浓缩状态;Ⅱa期细胞核的染色质高度凝聚、边缘化;Ⅱb期的细胞核裂解为碎块,产生凋亡小体(图1)。
3透射电子显微镜观察
结果评判:凋亡细胞体积变小,细胞质浓缩。凋亡Ⅰ期(pro-apoptosisnuclei)的细胞核内染色质高度盘绕,出现许多称为气穴现象(cavitations)的空泡结构(图2);Ⅱa期细胞核的染色质高度凝聚、边缘化;细胞凋亡的晚期,细胞核裂解为碎块,产生凋亡小体。
接受凋亡信号→凋亡调控分子间的相互作用→蛋白水解酶的活化(Caspase)→进入连续反应过程 细胞凋亡的启动是细胞在感受到相应的信号刺激后胞内一系列控制开关的开启或关闭,不同的外界因素启动凋亡的方式不同,所引起的信号转导也不相同,客观上说对细胞凋亡过程中信号传递系统的认识还是不全面的,比较清楚的通路主要有:
1)细胞凋亡的膜受体通路:各种外界因素是细胞凋亡的启动剂,它们可以通过不同的信号传递系统传递凋亡信号,引起细胞凋亡,我们以Fas -FasL为例:
Fas是一种跨膜蛋白,属于肿瘤坏死因子受体超家族成员,它与FasL结合可以启动凋亡信号的转导引起细胞凋亡。它的活化包括一系列步骤:首先配体诱导受体三聚体化,然后在细胞膜上形成凋亡诱导复合物,这个复合物中包括带有死亡结构域的Fas相关蛋白FADD。Fas又称CD95,是由325个氨基酸组成的受体分子,Fas一旦和配体FasL结合,可通过Fas分子启动致死性信号转导,最终引起细胞一系列特征性变化,使细胞死亡。Fas作为一种普遍表达的受体分子,可出现于多种细胞表面,但FasL的表达却有其特点,通常只出现于活化的T细胞和NK细胞,因而已被活化的杀伤性免疫细胞,往往能够最有效地以凋亡途径置靶细胞于死地。Fas分子胞内段带有特殊的死亡结构域(DD,death domain)。三聚化的Fas和FasL结合后,使三个Fas分子的死亡结构域相聚成簇,吸引了胞浆中另一种带有相同死亡结构域的蛋白FADD。FADD是死亡信号转录中的一个连接蛋白,它由两部分组成:C端(DD结构域)和N端(DED)部分。DD结构域负责和Fas分子胞内段上的DD结构域结合,该蛋白再以DED连接另一个带有DED的后续成分,由此引起N段DED随即与无活性的半胱氨酸蛋白酶8(caspase8)酶原发生同嗜性交联,聚合多个caspase8的分子,caspase8分子遂由单链酶原转成有活性的双链蛋白,进而引起随后的级联反应,即Caspases,后者作为酶原而被激活,引起下面的级联反应。细胞发生凋亡。因而TNF诱导的细胞凋亡途径与此类似
2)细胞色素C释放和Caspases激活的生物化学途径
线粒体是细胞生命活动控制中心,它不仅是细胞呼吸链和氧化磷酸化的中心,而且是细胞凋亡调控中心。实验表明了细胞色素C从线粒体释放是细胞凋亡的关键步骤。释放到细胞浆的细胞色素C在dATP存在的条件下能与凋亡相关因子1(Apaf-1)结合,使其形成多聚体,并促使caspase-9与其结合形成凋亡小体,caspase-9被激活,被激活的caspase-9能激活其它的caspase如caspase-3等,从而诱导细胞凋亡。此外,线粒体还释放凋亡诱导因子,如AIF,参与激活caspase。可见,细胞凋亡小体的相关组份存在于正常细胞的不同部位。促凋亡因子能诱导细胞色素C释放和凋亡小体的形成。很显然,细胞色素C从线粒体释放的调节是细胞凋亡分子机理研究的关键问题。多数凋亡刺激因子通过线粒体激活细胞凋亡途经。有人认为受体介导的凋亡途经也有细胞色素C从线粒体的释放。如对Fas应答的细胞中,一类细胞(type1)中含有足够的胱解酶8 (caspase8)可被死亡受体活化从而导致细胞凋亡。在这类细胞中高表达Bcl-2并不能抑制Fas诱导的细胞凋亡。在另一类细胞(type2)如肝细胞中,Fas受体介导的胱解酶8活化不能达到很高的水平。因此这类细胞中的凋亡信号需要借助凋亡的线粒体途经来放大,而Bid -- 一种仅含有BH3结构域的Bcl-2家族蛋白是将凋亡信号从胱解酶8向线粒体传递的信使。 尽管凋亡过程的详细机制尚不完全清楚,但是已经确定Caspase即半胱天冬蛋白酶在凋亡过程中是起着必不可少的作用,细胞凋亡的过程实际上是Caspase不可逆有限水解底物的级联放大反应过程,到目前为止,至少已有14种Caspase被发现,Caspase分子间的同源性很高,结构相似,都是半胱氨酸家族蛋白酶,根据功能可把Caspase基本分为二类:一类参与细胞的加工,如Pro-IL-1β和Pro-IL-1δ,形成有活性的IL-1β和IL-1δ;第二类参与细胞凋亡,包括caspase2,3,6,7,8,9.10。Caspase家族一般具有以下特征:
1)C端同源区存在半胱氨酸激活位点,此激活位点结构域为QACR/QG。
2)通常以酶原的形式存在,相对分子质量29000-49000(29-49KD),在受到激活后其内部保守的天冬氨酸残基经水解形成大(P20)小(P10)两个亚单位,并进而形成两两组成的有活性的四聚体,其中,每个P20/P10异二聚体可来源于同一前体分子也可来源于两个不同的前体分子。
3)末端具有一个小的或大的原结构域。
参与诱导凋亡的Caspase分成两大类:启动酶(inititaor)和效应酶(effector)它们分别在死亡信号转导的上游和下游发挥作用。向左转|向右转
凋亡是多基因严格控制的过程。这些基因在种属之间非常保守,如Bcl-2家族、caspase家族、癌基因如C-myc、抑癌基因P53等,随着分子生物学技术的发展对多种细胞凋亡的过程有了相当的认识,但是迄今为止凋亡过程确切机制尚不完全清楚。而凋亡过程的紊乱可能与许多疾病的发生有直接或间接的关系。如肿瘤、自身免疫性疾病等,能够诱发细胞凋亡的因素很多,如射线、药物等。
其实从严格的词学意义上来说,细胞程序性死亡(PCD)与细胞凋亡是有很大区别的。细胞程序性死亡的概念是1956年提出的,PCD是个功能性概念,描述在一个多细胞生物体中某些细胞死亡是个体发育中的一个预定的,并受到严格程序控制的正常组成部分。例如蝌蚪变成青蛙,其变态过程中尾部的消失伴随大量细胞死亡,高等哺乳类动物指间蹼的消失、颚融合、视网膜发育以及免疫系统的正常发育都必须有细胞死亡的参与。这些形形色色的在机体发育过程中出现的细胞死亡有一个共同特征:即散在的、逐个地从正常组织中死亡和消失,机体无炎症反应,而且对整个机体的发育是有利和必须的。因此认为动物发育过程中存在的细胞程序性死亡是一个发育学概念,而细胞凋亡则是一个形态学的概念,描述一件有着一整套形态学特征的与坏死完全不同的细胞死亡形式。但是一般认为凋亡和程序性死亡两个概念可以交互使用,具有同等意义。细胞凋亡是细胞的一种基本生物学现象,在多细胞生物去除不需要的或异常的细胞中起着必要的作用。它在生物体的进化、内环境的稳定以及多个系统的发育中起着重要的作用。细胞凋亡不仅是一种特殊的细胞死亡类型,而且具有重要的生物学意义及复杂的分子生物学机制。