如何blast检索自己的cDNA文库
2021-08-10
问题描述：
我们建立了一个CDNA文库，有8000多条有效的EST序列，希望用条已知序列对这个文库进行blast比对，以找出所有的相似序列。请问有什么现成的工具可以实现这个功能呢？
多谢了！
文库数据可以用excel表格打开，具体格式如下：
>zsbca0_007230.z1.scf
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
>zsbca0_001638.z1.scf
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
>zsbca0_010217.z1.scf
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
………………
*请输入10-500个字符
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belindaqin
用户
下载NCBI blast package好像直接解压就可以用了formatdb -i cDNAlib.fastablastall -i knownseq.fasta -d cDNAlib.fasta -p blastn -o out.blast
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monking
用户belindaqin下载NCBIblastpackage好像直接解压就可以用了formatdb-iCDNAlib.fastablastall-iknownseq.fasta-dcDNAlib.fasta-pblastn-oout.blast我在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/上面看了一下，不知道该下哪个程序，而且有个说明书就好了！有人知道吗？多谢！！！
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duziteng
用户blast-2.2.20-ia32-win32.exe
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belindaqin
用户这要看你的系统是什么的吧
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belindaqin
用户你的系统是ia32才会用ia32的用uname-a可以看得到
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junbio
用户同意二楼
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monking
用户belindaqin下载NCBIblastpackage好像直接解压就可以用了formatdb-iCDNAlib.fastablastall-iknownseq.fasta-dcDNAlib.fasta-pblastn-oout.blast谢谢各位的建议，我按照上面的做了，生成了一个out.blast的文件，但里面没有比对结果，只是：BLASTN2.2.20[Feb-08-2009]Reference:Altschul,StephenF.,ThomasL.Madden,AlejandroA.Schaffer,JinghuiZhang,ZhengZhang,WebbMiller,andDavidJ.Lipman(1997),"GappedBLASTandPSI-BLAST:anewgenerationofproteindatabasesearchprograms,NucleicAcidsRes.25:3389-3402."Query=zs.CleanEST.seq.Contig47比对结果在哪能看到呢？另外，我还下载了两个程序：ncbiz.exe和ncbi.tar.gz，不知这两个程序是干什么的？
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belindaqin
用户你确定已经跑完了吗？如果是的话，就算什么都没有找到，应该至少还有几行的Database:ST51575_N1_E1.faa4254sequences;1,367,397totallettersSearching..................................................done
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monking
用户belindaqin你确定已经跑完了吗？如果是的话，就算什么都没有找到，应该至少还有几行的Database:ST51575_N1_E1.faa4254sequences;1,367,397totallettersSearching..................................................done是呀，跑完了，什么结果都没看到（我把结果放在附件里）out.blast(0.35k)
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belindaqin
用户是不是重复了还是一样？
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monking
用户顶一下！有高人帮忙吗？
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monking
用户无语了……
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monking
用户问题已经解决，谢谢
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