excitationandemissionspectrumofCy3
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StorageConditions:storeat-20°C
Shorttermexposure(upto1weekcumulative)toambienttemperaturepossIBLe.
ShelfLife:12monthsafterdateofdelivery
MolecularFormula:C47H62N9O13PS2(freeacid)
MolecularWeight:1056.15g/mol(freeacid)
Purity:≥95%(HPLC)
Form:pinksolutioninwater
Concentration:1.0mM-1.1mM
pH:7.5±0.5
SpectroscopicProperties:λexc 550 nm,λem 570 nm,ε 150.0 L mmol-1 cm-1(Tris-HClpH7.5)
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与小分子siRNAs相比,尽管两者在分子特性、生物起源等方面是相似的,但也存在不少的差异.siRNAs是由dsDNA在Dicer酶切割下产生,而成熟miRNAs的产生要复杂一些,首先pri-miRNA在核内由一种称为Drosha酶处理后成为大约70nt的带有茎环结构的Precursor miRNAs (pre-miRNAs)(Denli et al.,2004; Gregory et al.,2004; Han et al.,2004)；这些pre-miRNAs在Exportin-5帮助下转运到细胞核外之后再由胞质Dicer酶进行处理,酶切后成为成熟的miRNAs(Lund et al.,2004; Yi et al.,2003).两者的作用机制上也存在差别,成熟的miRNAs则是通过与miRNP核蛋白体复合物结合,识别靶mRNA,并与之发生部分互补,从而阻遏靶mRNA的翻译.在动物中,成熟的单链miRNAs与蛋白质复合物miRNP结合,引导这种复合物通过部分互补结合到mRNA的3′UTR（非编码区域）,从而阻遏翻译.而在siRNA通路中,单链的siRNA结合到RISC复合物中,引导复合物与mRNA完全互补,通过其自身的解旋酶活性,解开siRNAs,通过反义siRNA链识别目的mRNA片段,通过内切酶活性切割目的片段,接着再通过细胞外切酶进一步降解目的片段.除此之外,miRNA也可以切割完全互补的mRNA,而siRNA也可以阻遏3′UTR具有短片断互补的mRNA的翻译.
这方面的新手还在看文献看帖学习阶段有个疑惑看到有的文章siRNA也会用到载体比如说pSUPERxx
Thecellsweretransientlytransfectedwith4mg(1:1)pSUPER.retroandpSilencer2.1-U6hygrovectors(vectorgroup),4mgHIF-1asiRNA-expressingplasmid(HIF-1asiRNAgroup),4mgVEGFsiRNA-expressing
plasmid(VEGFsiRNAgroup),or4mg(1:1)HIF-1asiRNA-andVEGFsiRNA-expressingplasmids(co-transfectiongroup)bytheLipofectamine2000(LF2K;Invitrogen,Carlsbad,CA)methodaccordingtothemanufacturer’sinstructions
但是我看各位前辈的说法
siRNA是化学合成的加发卡结构后shRNA才可以加载体构建质粒？然后可能在进一步构建病毒
为什么文章把siRNA插入到载体里面呢？我没理解错吧？它这种表述是不是有问题呢？
然后是构建了质粒载体之后可以再包装成病毒吗？那质粒载体可以直接用吗？
可能我表述的也不太清楚。。。希望有前辈简单回答！
②成熟的tRNA分子中有许多的稀有碱基，因此tRNA在甲基转移酶催化下，某些嘌呤生成甲基嘌呤如A→mA,G→mA。有些尿嘧啶还原为双氢尿嘧啶。尿嘧啶核苷转变不假尿嘧啶核苷。某些腺苷酸脱氨基为成为次黄嘌呤核苷酸（Ⅰ）
③3’末端加上CCA：在核苷酸转移酶作用下，3’--末端除去个别碱基后，换上tRNA分子统一的CCA-OH末端，完成tRNA分子中的氨基酸臂结构。
最近测序做了TRNAfragment，但是在验证测序结果上遇到了问题，TRF大小在30左右，按照mirna设计颈环引物跑PCR，结果测序为0的数据也能跑出来，后来师兄分析可能把成熟的TRNA也检测出来了，不知道有哪位大神可以指导下TRF的引物应该如何设计啊？
另外，最近测了些tRNA的二级结构，发现有部分不是三叶草结构，但是以前看文献上说tRNA都可以形成三叶草结构的，所以有些不解，望指点，非常感谢！
成功转染siRNA的细胞会产生目标基因表达下调，但未成功转染的细胞却不受影响，这时转染效率和总的细胞数量就很重要，一般细胞数量较少时转染效率高，一些试剂由于本身毒性的影响，太低的细胞数量时毒性明显，所以会要求较高的细胞密度（汇合度），顺便说一句，看一个转染试剂的毒性，看它要求转染时的细胞密度就知道了。siRNA的转染和DNA的转染不一样，DNA的转染是过量表达，死亡一些细胞对过量表达的蛋白本身来说影响不大，但siRNA的转染，死亡的细胞所有的基因表达（包括特定目标基因）都下降，将与siRNA造成的特定目标基因的表达下降现象是一致的，将大大影响实验结果。选用低细胞毒性的转染试剂其实很重要，比如engreen的Entranster-R4000.
由于siRNA沉默时效性的影响，转染后48小时才能进行进行qRT-PCR检测，转染后48-72小时才能进行蛋白检测。如果转染时铺板密度较高，细胞一方面转染效果不理想，直接影响沉默效果和数据可靠性，另一方面，48小时甚至更长时间后，沉默检测最佳点时，过于密集的细胞将影响细胞状态，从而影响实验结果。
siRNA (Small interfering RNA)，是一种小RNA分子（~21-25核苷酸），由Dicer（RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶）加工而成。SiRNA是siRISC的主要成员，激发与之互补的目标mRNA的沉默。
