
本人刚接触二代测序不久,因此对于测序定量这方面存在一些问题,希望大神们能帮助解一下,谢谢!!
我们使用的仪器是Illumina公司的nextseq500。在混样前会先进行荧光定量PCR(ABI7500),我一般是将文库稀释到4ng左右,稀释10000倍进行定量
1.同一批构建的同一种类型的文库,在定量时会有个别文库定量结果不准,复孔没问题(依据是我已将文库稀释到同样的ng数进行定量,所以得到的pm数应该在一个接近的范围内,但有的样本差异比较大),这种情况我一般会根据qubit定量将定量不准的个别样本参考其他样本的浓度进行稀释,下机数据量确实与校准的结果一致,说明应该是荧光定量的问题,这种情况在几种类型的文库中都有发生,文库一般在400bp左右。想问下这种情况是属于定量的问题还是文库自身的问题。
2.按照荧光定量的结果进行混样然后上机,每次我们混合后的文库都会进行qubit定量,大概会有一个上机参考值
(前提是不含有大片段的文库),但qubit值接近的文库上机的clusterdensity却相差很大,这是什么原因造成的?不同项目的文库会有影响,但我们文库的片段大小基本一致。有什么好的办法解决么?
3.最近按照荧光定量的浓度混合的文库上机,数据量总会超过预期很多,致使Q30很低,影响数据质量,采用的是7500机器,KAPA的定量试剂盒,机器才校准过,会不会是测序仪自身的问题?如果不是我们应该如何解决?
4.我们一般采用中通量测序盒子,大概每次上机在30个文库左右,数据量分配有时差别比较大(500M-8G),这样分配数据量可以完全按照荧光定量的结果分配么,数据量大的文库会不会成簇效率更高一些,使数据量小的文库得不到相应的数据量了?
5.除了2100和荧光定量这两种方法,还有什么其他的方法可以评价文库质量么?
6.现在上机文库得到的数据量有时与预期偏差较大,问题都在定量混合这块么?还有什么其他地方可能有问题么?

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