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双向电泳就是等电聚焦电泳和SDS-PAGE的组合。先进行等电聚焦电泳（按照蛋白等电点pI分离）：在胶中加入双性电解质溶液，加上电场后建立稳定PH梯度，蛋白质溶液加入后建立电场，蛋白以不同PI分离开来。2.然后再进行SDS-PAGE（按照分子大小）：将上一步的胶加上横向电场，同一PI中聚集的蛋白，由于分子量不同而分开。经染色（一般是银染）得到的电泳图是个二维分布的蛋白质图。二维电泳使用于蛋白组学研究，对大批量蛋白筛选鉴定中存在很大优势，通过不同胶做对比，把不同处的胶割出来单独鉴定。
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