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琼脂糖 的分子量 630.5471

中文名称:琼脂糖中文别名:琼脂糖ME英文名称:Agarose英文别名:Agarose, medium EEO, Molecular Biology Grade; agarose, mixture; Agaroseforelectrophoresisofmacromolecules;agarose for molecular biology; agarose 6 B for chromatography; Agarose LE; sepharose(R) 4B for chromatography;CAS:9012-36-6;62610-50-8EINECS:232-731-8分子式:C24H38O19分子量:630.5471安全术语:S24/25:Avoid contact with skin and eyes.;

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什么是琼脂糖，由什么构成
琼脂糖凝胶电泳是常用的分离和检测方法，琼脂是最常用的载体支持物，核酸分子具有电荷效应和分子筛效应，利用此特性可达到分离检测的目的。
一、琼脂糖凝胶的特点
天然琼脂(agar)是一种多聚糖，主要由琼脂糖(agarose，约占80%)及琼脂胶(agaropectin)组成。琼脂糖是由半乳糖及其衍生物构成的中性物质，不带电荷，而琼脂胶是一种含硫酸根和羧基的强酸性多糖，由于这些基团带有电荷，在电场作用下能产生较强的电渗现象，加之硫酸根可与某些蛋白质作用而影响电泳速度及分离效果。因此，目前多用琼脂糖为电泳支持物进行平板电泳，其优点如下。
1. 琼脂糖凝胶电泳操作简单，电泳速度快，样品不需事先处理就可以进行电泳。
2. 琼脂糖凝胶结构均匀，含水量大(约占98%~99%)，近似自由电泳，样品扩散较自由电流，对样品吸附极微，因此电泳图谱清晰，分辨率高，重复性好。
3. 琼脂糖透明无紫外吸收，电泳过程和结果可直接用紫外光灯检测及定量测定。
4. 电泳后区带易染色，样品极易洗脱，便于定量测定。制成干膜可长期保存。
目前，常用琼脂糖作为电泳支持物，分离蛋白质和同工酶。将琼脂糖电泳与免疫化学相结合，发展成免疫电泳技术，能鉴别其他方法不能鉴别的复杂体系，由于建立了超微量技术，0.1ug蛋白质就可检出。
琼脂糖凝胶电泳也常用于分离、鉴定核酸，如DNA鉴定，DNA限制性内切核酸酶图谱制作等。由于这种方法操作方便，设备简单，需样品量少，分辨能力高，已成为基因工程研究中常用实验方法之一。
二、DNA的琼脂糖凝胶电泳
琼脂糖凝胶电泳对核酸的分离作用主要是依据它们的相对分子量质量及分子构型，同时与凝胶的浓度也有密切关系。
1、核酸分子大小与琼脂糖浓度的关系
① DNA分子的大小 在凝胶中，DNA片段迁移距离(迁移率)与碱基对的对数成反比，因此通过已知大小的标准物移动的距离与未知片段的移动距离时行比较，便可测出未知片段的大小。但是当DNA分子大小超过20kb时，普通琼脂糖凝胶就很难将它们分开。此时电泳的迁移率不再依赖于分子大小，因此，就用琼脂糖凝胶电泳分离DNA时，分子大小不宜超过此值。
② 琼脂脂糖的浓度 如下表所示，不同大小的DNA需要用不同浓度的琼脂糖凝胶进行电泳分离。
表 琼脂糖浓度与DNA分离范围琼脂糖浓度/%0.30.60.70.91.21.52.0线状DNA大小/kb60-520-110-0.87-0.56-0.44-0.23-0.1
2、核酸构型与琼脂糖凝胶电泳分离的关系
不同构型DNA的移动速度次序为：供价闭环DNA(covalently closed circular，cccDNA)>直线DNA>开环的双链环状DNA。当琼脂糖浓度太高时，环状DNA(一般为球形)不能进入胶中，相对迁移率为0(Rm=0)，而同等大小的直线双链DNA(刚性棒状)则可以长轴方向前进(Rm>0)，由此可见，这三种构型的相对迁移率主要取决于凝胶浓度，但同时，也受到电流强度、缓冲液离子强度等的影响。
3、电泳方法
① 凝胶类型
用于分离核酸的琼脂糖凝胶电泳可分为垂直型及水平型(平板型)。水平型电泳时，凝胶板完全浸泡在电极缓冲液下1-2mm，故又称为潜水式。目前更多用的是后者，因为它制胶和加样比较方便，电泳槽简单，易于制作，又可以根据需要制备不同规格的凝胶板，节约凝胶，因而较受欢迎。
② 缓冲液系统
缺少离子时，电流太小，DNA迁移慢;相反，高离子强度的缓冲液由于电流太大会大量产热，严重时，会造成胶熔化和DNA的变性。
常用的电泳缓冲液有EDTA(pH8.0)和Tris-乙酸(TEA)，Tris-硼酸(TBE)或Tris-磷酸(TPE)等，浓度约为50mmol/L(pH7.5~7.8)。电泳缓冲液一般都配制成浓的贮备液，临用时稀释到所需倍数。
TAE缓冲能力较低，后两者有足够高的缓冲能力，因此更常用。TBE浓溶液长期贮存会出现沉淀，为避免此缺点，室温下贮存5×溶液，用时稀释10倍0.5×工作溶液即能提供足够缓冲能力。
③ 凝胶的制备
以稀释的电极缓冲液为溶剂，用沸水浴或微波炉配制一定浓度的溶胶，灌入水平胶框或垂直胶膜，插入梳子，自然冷却。
④ 样品配制与加样
DNA样品用适量Tris-EDTA缓冲液溶解，缓冲液内含有0.25%溴酚蓝或其他指示染料，含有10%-15%蔗糖或5%~10%甘油，以增加其比重，使样品集中。为避免蔗糖或甘油可能使电泳结果产生U形条带，可改用2.5%Ficoll(聚蔗糖)代替蔗糖或甘油。
⑤ 电泳
琼脂糖凝胶分离大分子DNA实验条件的研究结果表明，在低浓度、低电压下，分离效果较好。在低电压条件下，线性DNA分子的电泳迁移率与所用的电压呈正比。但是，在电场强度增加时，较大的DNA片段迁移率的增加相对较小。因此随着电压的增高，电泳分辨率反而下降，为了获得电泳分离DNA片段的最大分辨率，电场强度不宜高于5V/cm。
电泳系统的温度对于DNA在琼脂糖凝胶中的电泳行为没有显著的影响。通常在室温下进行电泳，只有当凝胶浓度低于0.5%时，为增加凝胶硬度，可在4℃进行电泳。
⑥ 染色和拍照
常用荧光染料溴乙锭(EB)染色，在紫外光下观察DNA条带，用紫外分析仪拍照，或用凝胶成像系统输出照片，并进行有关的数据分析。
注意事项：电泳中所使用的染料EB是致癌物质，一定要小心，避免其接触皮肤等，进行电泳操作的时候一定要带手套，手套要及时更换，现在也除了一些EB的替代物，如Goldview等。

影响核酸电泳迁移率的几个因素

1、核酸分子大小

在一定浓度的琼脂糖凝胶中，DNA片段迁移距离和其含有的碱基对数量成反比，因此可以通过与标准条带迁移距离进行比较，由此得出目的条带的大小，但这仅对双链线性的DNA比较准确（DNAMarker一般为双链线状DNA），且对大于20kb的DNA不适用（普通琼脂糖凝胶很难将其分开）。

2、核酸分子构象

DNA分子在电场中的迁移速度不仅和分子量有关，还和它本身的构象有关。相同分子量的线状、开环和超螺旋DNA在琼脂糖凝胶中的移动速度不一样，移动速度次序为：共价闭环DNA>线性DNA>开环DNA。当琼脂糖浓度太大时，环状的DNA一般不能进入胶内（停留在孔中）。

3、琼脂糖浓度

同样的线状DNA分子在不同浓度的琼脂糖凝胶中的迁移速度不同，DNA电泳迁移率的对数和琼脂糖凝胶浓度呈线性关系，凝胶浓度的选择取决于DNA分子的大小。

琼脂糖凝胶浓度与线性DNA分辨范围

凝胶浓度（%）线性DNA长度（bp）

0.51000~30000

0.7800~12000

1.0500~10000

1.2400~7000

1.5200~3000

2.050~2000

4、电源电压

在低电压时，线状DNA片段的迁移速率和所加电压成正比。但电压增加，琼脂糖凝胶的有效分离范围将缩小。要使大于2kb的DNA片段的分离率达到最大，所使用的电压不得超过5V/cm。

5、电泳方式

用于分离核酸的琼脂糖凝胶电泳可分为垂直型及水平型(平板型)。垂直型电泳，一般用聚丙烯酰胺凝胶做为支撑物。水平型电泳时，凝胶板完全浸泡在电极缓冲液下1-2mm，故又称为潜水式。目前更多用的是后者，因为它制胶和加样比较方便，电泳槽简单，易于制作，又可以根据需要制备不同规格的凝胶板，节约凝胶，因而较受欢迎。

6、嵌入染料的存在

常用的荧光染料EB可以嵌入到堆积的碱基对之间，使其刚性更强，并使其迁移速率有所下降。

7、电泳缓冲液的离子强度

电泳缓冲液的组成和离子强度也能影响DNA的迁移速度。在离子存在很少的情况下（如无用蒸馏水配制凝胶），电导率最小，DNA几乎不移动；在高离子强度的缓冲液中（如误用10×电泳缓冲液），则电导率很高并产热明显，严重时能引起凝胶融化或DNA变性。

有没有大佬帮忙看看，新手跑DNALadder的琼脂糖凝胶电泳，但跑出来的Marker条带很扭曲，样品条带也感觉ladder没跑出来，是样品的问题还是胶的问题，很急，最近希望能够做出点结果来是用TBE制的胶，1.5%，80V。求大佬指点

25微升体系总是出现下面的状况，心好累，恳求指导

应该是交联度吧。对不同分子量得蛋白质进行凝胶色谱柱时，要选择不同的交联度。固定化细胞，根据细胞大小也要选择。

琼脂和琼脂糖不光中文叫法有点区别，它们的英文名字也是不同的。先来说说琼脂，它的英文名为agar。这个词来源于马来语的agar-agar，意思是胶状物。而琼脂糖的英文名为agarose，天然琼脂agar由琼脂糖(agarose)和琼脂果胶(agaropectin)组成。
琼脂糖是线性的多聚物，基本结构是1,3连结的β-D-半乳呋喃糖和1,4连结的3,6-脱水α-L-半乳呋喃糖。琼脂果胶是由许多更小的分子组成的异质混合物。它们的结构相似，但带硫酸根和羧基组分，凝胶能力差。
琼脂糖（Agarose）的特性详细介绍可以登录生物帮看看， http://www.bio1000.com/news/cp/ 生物产品,生物学新技术,生物研发,生物产业,生命科学创新产品。

用试剂盒提取质粒好多次，几次提的浓度在60~160ng/μl不等，A260有峰值，但是用提出来的质粒跑琼脂糖凝胶电泳时均跑不出条带，求助大神解答！

琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃时形成良好的半固体状的凝胶，这是它具有多种用途的主要特征和基础。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示。强度越高，凝胶性能越好。质量较好的琼脂糖强度通常在1200克/cm2以上（1%胶浓度）。琼脂糖的凝胶性是由存在的氢键所致，凡是能破坏氢键的因素都能导致凝胶性的破坏。琼脂糖具有亲水性，并几乎完全不存在带电基团，对敏感的生物大分子极少引起变性和吸附，是理想的惰性载体。在琼脂糖制备过程中需要把琼脂果胶尽量去除，否则琼脂糖有可能存在极微量硫酸根和丙酮酸取代电离基团，就会造成电内渗（EEO），电内渗对质点的移动产生影响。质量较好的琼脂糖硫酸根含量比较低，通常在0.2%以下，电内渗比较小，通常在0.13以下。这也就是琼脂糖比琼脂贵那么多的原因了。
1937年荒木第一次从琼脂中分离出琼脂糖，但直到1961年Hjertin首先发现了琼脂糖优异的使用性能后才引起了越来越多的关注，并开始工业生产。琼脂糖广泛应用于临床化验、生化分析和生物大分子物质的分离等领域。

请问各位大神，配制琼脂糖胶的电泳浓度是怎么设定，比如百分之1或百分之1.5的浓度是怎么设置，是1.5g的琼脂糖粉加100g的TAE麽？

手提的斑马鱼RNA再反转录得到CDNA作为模板进行primestar,p的是斑马鱼的全长，但是全长p出来总是带有拖带的情况，有一个情况较好的图是这样的（mark左边的那一条）

我就用这个pcr的产物作为模板又做了一次，结果如下

求大神赐教！！！

染色剂用的是EB

同一块gel，有的样品条带很明亮，有的却很暗淡。

求大神告知。