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琼脂和琼脂糖不光中文叫法有点区别，它们的英文名字也是不同的。先来说说琼脂，它的英文名为agar。这个词来源于马来语的agar-agar，意思是胶状物。而琼脂糖的英文名为agarose，天然琼脂agar由琼脂糖(agarose)和琼脂果胶(agaropectin)组成。
琼脂糖是线性的多聚物，基本结构是1,3连结的β-D-半乳呋喃糖和1,4连结的3,6-脱水α-L-半乳呋喃糖。琼脂果胶是由许多更小的分子组成的异质混合物。它们的结构相似，但带硫酸根和羧基组分，凝胶能力差。
琼脂糖（Agarose）的特性详细介绍可以登录生物帮看看， http://www.bio1000.com/news/cp/ 生物产品,生物学新技术,生物研发,生物产业,生命科学创新产品。

琼脂糖凝胶是依靠糖链之间的次级链如氢键来维持网状结构，网状结构的疏密依靠琼脂糖的浓度。一般情况下，它的结构是稳定的，可以在许多条件下使用（如水，pH4-9范围内的盐溶液）。琼脂糖凝胶在40℃以上开始融化，也不能高压消毒，可用化学灭菌活处理。
交联琼脂糖凝胶是生物分离中常用的色谱基质,利用不同的功能基对其表面的羟基进行修饰,进而制备出疏水色谱、离子交换色谱和亲和色谱等商业填料,这些填料在生物大分子的分离纯化中得到了广泛应用。对于修饰凝胶的分离性能,很多研究者都给予了广泛的关注,但凝胶本身的性状如耐压能力以及其微观结构的改变并未受到应有的重视。而这些性状的改变必然影响修饰后材料的应用范围且与其分离性能存在内在的联系,因此本文以羰基二咪唑(CDI)这种常见的羟基活化剂活化交联琼脂糖凝胶,键合不同功能基,考察修饰后凝胶其耐压能力和微观结构的变化,寻找其中的规律,为以交联琼脂糖凝胶为基质的色谱填料的应用提供参考。

应该是交联度吧。对不同分子量得蛋白质进行凝胶色谱柱时，要选择不同的交联度。固定化细胞，根据细胞大小也要选择。

琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃时形成良好的半固体状的凝胶，这是它具有多种用途的主要特征和基础。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示。强度越高，凝胶性能越好。质量较好的琼脂糖强度通常在1200克/cm2以上（1%胶浓度）。琼脂糖的凝胶性是由存在的氢键所致，凡是能破坏氢键的因素都能导致凝胶性的破坏。琼脂糖具有亲水性，并几乎完全不存在带电基团，对敏感的生物大分子极少引起变性和吸附，是理想的惰性载体。在琼脂糖制备过程中需要把琼脂果胶尽量去除，否则琼脂糖有可能存在极微量硫酸根和丙酮酸取代电离基团，就会造成电内渗（EEO），电内渗对质点的移动产生影响。质量较好的琼脂糖硫酸根含量比较低，通常在0.2%以下，电内渗比较小，通常在0.13以下。这也就是琼脂糖比琼脂贵那么多的原因了。
1937年荒木第一次从琼脂中分离出琼脂糖，但直到1961年Hjertin首先发现了琼脂糖优异的使用性能后才引起了越来越多的关注，并开始工业生产。琼脂糖广泛应用于临床化验、生化分析和生物大分子物质的分离等领域。

什么是琼脂糖，由什么构成
琼脂糖凝胶电泳是常用的分离和检测方法，琼脂是最常用的载体支持物，核酸分子具有电荷效应和分子筛效应，利用此特性可达到分离检测的目的。
一、琼脂糖凝胶的特点
天然琼脂(agar)是一种多聚糖，主要由琼脂糖(agarose，约占80%)及琼脂胶(agaropectin)组成。琼脂糖是由半乳糖及其衍生物构成的中性物质，不带电荷，而琼脂胶是一种含硫酸根和羧基的强酸性多糖，由于这些基团带有电荷，在电场作用下能产生较强的电渗现象，加之硫酸根可与某些蛋白质作用而影响电泳速度及分离效果。因此，目前多用琼脂糖为电泳支持物进行平板电泳，其优点如下。
1. 琼脂糖凝胶电泳操作简单，电泳速度快，样品不需事先处理就可以进行电泳。
2. 琼脂糖凝胶结构均匀，含水量大(约占98%~99%)，近似自由电泳，样品扩散较自由电流，对样品吸附极微，因此电泳图谱清晰，分辨率高，重复性好。
3. 琼脂糖透明无紫外吸收，电泳过程和结果可直接用紫外光灯检测及定量测定。
4. 电泳后区带易染色，样品极易洗脱，便于定量测定。制成干膜可长期保存。
目前，常用琼脂糖作为电泳支持物，分离蛋白质和同工酶。将琼脂糖电泳与免疫化学相结合，发展成免疫电泳技术，能鉴别其他方法不能鉴别的复杂体系，由于建立了超微量技术，0.1ug蛋白质就可检出。
琼脂糖凝胶电泳也常用于分离、鉴定核酸，如DNA鉴定，DNA限制性内切核酸酶图谱制作等。由于这种方法操作方便，设备简单，需样品量少，分辨能力高，已成为基因工程研究中常用实验方法之一。
二、DNA的琼脂糖凝胶电泳
琼脂糖凝胶电泳对核酸的分离作用主要是依据它们的相对分子量质量及分子构型，同时与凝胶的浓度也有密切关系。
1、核酸分子大小与琼脂糖浓度的关系
① DNA分子的大小 在凝胶中，DNA片段迁移距离(迁移率)与碱基对的对数成反比，因此通过已知大小的标准物移动的距离与未知片段的移动距离时行比较，便可测出未知片段的大小。但是当DNA分子大小超过20kb时，普通琼脂糖凝胶就很难将它们分开。此时电泳的迁移率不再依赖于分子大小，因此，就用琼脂糖凝胶电泳分离DNA时，分子大小不宜超过此值。
② 琼脂脂糖的浓度 如下表所示，不同大小的DNA需要用不同浓度的琼脂糖凝胶进行电泳分离。
表 琼脂糖浓度与DNA分离范围琼脂糖浓度/%0.30.60.70.91.21.52.0线状DNA大小/kb60-520-110-0.87-0.56-0.44-0.23-0.1
2、核酸构型与琼脂糖凝胶电泳分离的关系
不同构型DNA的移动速度次序为：供价闭环DNA(covalently closed circular，cccDNA)>直线DNA>开环的双链环状DNA。当琼脂糖浓度太高时，环状DNA(一般为球形)不能进入胶中，相对迁移率为0(Rm=0)，而同等大小的直线双链DNA(刚性棒状)则可以长轴方向前进(Rm>0)，由此可见，这三种构型的相对迁移率主要取决于凝胶浓度，但同时，也受到电流强度、缓冲液离子强度等的影响。
3、电泳方法
① 凝胶类型
用于分离核酸的琼脂糖凝胶电泳可分为垂直型及水平型(平板型)。水平型电泳时，凝胶板完全浸泡在电极缓冲液下1-2mm，故又称为潜水式。目前更多用的是后者，因为它制胶和加样比较方便，电泳槽简单，易于制作，又可以根据需要制备不同规格的凝胶板，节约凝胶，因而较受欢迎。
② 缓冲液系统
缺少离子时，电流太小，DNA迁移慢;相反，高离子强度的缓冲液由于电流太大会大量产热，严重时，会造成胶熔化和DNA的变性。
常用的电泳缓冲液有EDTA(pH8.0)和Tris-乙酸(TEA)，Tris-硼酸(TBE)或Tris-磷酸(TPE)等，浓度约为50mmol/L(pH7.5~7.8)。电泳缓冲液一般都配制成浓的贮备液，临用时稀释到所需倍数。
TAE缓冲能力较低，后两者有足够高的缓冲能力，因此更常用。TBE浓溶液长期贮存会出现沉淀，为避免此缺点，室温下贮存5×溶液，用时稀释10倍0.5×工作溶液即能提供足够缓冲能力。
③ 凝胶的制备
以稀释的电极缓冲液为溶剂，用沸水浴或微波炉配制一定浓度的溶胶，灌入水平胶框或垂直胶膜，插入梳子，自然冷却。
④ 样品配制与加样
DNA样品用适量Tris-EDTA缓冲液溶解，缓冲液内含有0.25%溴酚蓝或其他指示染料，含有10%-15%蔗糖或5%~10%甘油，以增加其比重，使样品集中。为避免蔗糖或甘油可能使电泳结果产生U形条带，可改用2.5%Ficoll(聚蔗糖)代替蔗糖或甘油。
⑤ 电泳
琼脂糖凝胶分离大分子DNA实验条件的研究结果表明，在低浓度、低电压下，分离效果较好。在低电压条件下，线性DNA分子的电泳迁移率与所用的电压呈正比。但是，在电场强度增加时，较大的DNA片段迁移率的增加相对较小。因此随着电压的增高，电泳分辨率反而下降，为了获得电泳分离DNA片段的最大分辨率，电场强度不宜高于5V/cm。
电泳系统的温度对于DNA在琼脂糖凝胶中的电泳行为没有显著的影响。通常在室温下进行电泳，只有当凝胶浓度低于0.5%时，为增加凝胶硬度，可在4℃进行电泳。
⑥ 染色和拍照
常用荧光染料溴乙锭(EB)染色，在紫外光下观察DNA条带，用紫外分析仪拍照，或用凝胶成像系统输出照片，并进行有关的数据分析。
注意事项：电泳中所使用的染料EB是致癌物质，一定要小心，避免其接触皮肤等，进行电泳操作的时候一定要带手套，手套要及时更换，现在也除了一些EB的替代物，如Goldview等。

25微升体系总是出现下面的状况，心好累，恳求指导

手提的斑马鱼RNA再反转录得到CDNA作为模板进行primestar,p的是斑马鱼的全长，但是全长p出来总是带有拖带的情况，有一个情况较好的图是这样的（mark左边的那一条）

我就用这个pcr的产物作为模板又做了一次，结果如下

求大神赐教！！！

怎么配置1%琼脂糖胶

琼脂糖凝胶电泳的时候不同的样品电流电压设置怎么设置呢？

电流电压设置值的依据是什么呢？如何确定电泳的电压电压值？

电泳仪是恒压还是恒流呢？设置电压和电流了，不应该功率就定了没，怎么还要设置功率？

跑电泳的时候起初电压还基本满足设定值，但是随后就一直降低，这是怎么回事？

最近在跑琼脂糖凝胶电泳的时候，经常出现如下图所示的问题：

我用的是1%的琼脂糖，0.5XTBE缓冲液，上样体系是5ulRNA样本＋1ul6*loADIngbuffer，跑胶电压110V，时间30min。想请教各位大神为什么会出现这样的拖带现象？

谢谢！

染色剂用的是EB

同一块gel，有的样品条带很明亮，有的却很暗淡。

求大神告知。

1倍或者0.5倍的TBE溶解，TBE成分为：Tris、硼酸、EDTA的缩写。
TBE作为电泳缓冲液，其中的离子可以导电。并且TE作为DNA的储存液，可以保证DNA免受DNA酶的降解，其中的离子也可以稳定DNA的存在。