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琼脂糖凝胶电泳是常用的分离和检测方法，琼脂是最常用的载体支持物，核酸分子具有电荷效应和分子筛效应，利用此特性可达到分离检测的目的。
　　一、琼脂糖凝胶的特点
　　天然琼脂(agar)是一种多聚糖，主要由琼脂糖(agarose，约占80%)及琼脂胶(agaropectin)组成。琼脂糖是由半乳糖及其衍生物构成的中性物质，不带电荷，而琼脂胶是一种含硫酸根和羧基的强酸性多糖，由于这些基团带有电荷，在电场作用下能产生较强的电渗现象，加之硫酸根可与某些蛋白质作用而影响电泳速度及分离效果。因此，目前多用琼脂糖为电泳支持物进行平板电泳，其优点如下。
　　1. 琼脂糖凝胶电泳操作简单，电泳速度快，样品不需事先处理就可以进行电泳。
　　2. 琼脂糖凝胶结构均匀，含水量大(约占98%~99%)，近似自由电泳，样品扩散较自由电流，对样品吸附极微，因此电泳图谱清晰，分辨率高，重复性好。
　　3. 琼脂糖透明无紫外吸收，电泳过程和结果可直接用紫外光灯检测及定量测定。
　　4. 电泳后区带易染色，样品极易洗脱，便于定量测定。制成干膜可长期保存。
　　目前，常用琼脂糖作为电泳支持物，分离蛋白质和同工酶。将琼脂糖电泳与免疫化学相结合，发展成免疫电泳技术，能鉴别其他方法不能鉴别的复杂体系，由于建立了超微量技术，0.1ug蛋白质就可检出。
　　琼脂糖凝胶电泳也常用于分离、鉴定核酸，如DNA鉴定，DNA限制性内切核酸酶图谱制作等。由于这种方法操作方便，设备简单，需样品量少，分辨能力高，已成为基因工程研究中常用实验方法之一。
　　二、DNA的琼脂糖凝胶电泳
　　琼脂糖凝胶电泳对核酸的分离作用主要是依据它们的相对分子量质量及分子构型，同时与凝胶的浓度也有密切关系。
　　1、核酸分子大小与琼脂糖浓度的关系
　　① DNA分子的大小 在凝胶中，DNA片段迁移距离(迁移率)与碱基对的对数成反比，因此通过已知大小的标准物移动的距离与未知片段的移动距离时行比较，便可测出未知片段的大小。但是当DNA分子大小超过20kb时，普通琼脂糖凝胶就很难将它们分开。此时电泳的迁移率不再依赖于分子大小，因此，就用琼脂糖凝胶电泳分离DNA时，分子大小不宜超过此值。
　　② 琼脂脂糖的浓度 如下表所示，不同大小的DNA需要用不同浓度的琼脂糖凝胶进行电泳分离。
　　表 琼脂糖浓度与DNA分离范围琼脂糖浓度/%0.30.60.70.91.21.52.0线状DNA大小/kb60-520-110-0.87-0.56-0.44-0.23-0.1
　　2、核酸构型与琼脂糖凝胶电泳分离的关系
　　不同构型DNA的移动速度次序为：供价闭环DNA(covalently closed circular，cccDNA)>直线DNA>开环的双链环状DNA。当琼脂糖浓度太高时，环状DNA(一般为球形)不能进入胶中，相对迁移率为0(Rm=0)，而同等大小的直线双链DNA(刚性棒状)则可以长轴方向前进(Rm>0)，由此可见，这三种构型的相对迁移率主要取决于凝胶浓度，但同时，也受到电流强度、缓冲液离子强度等的影响。
　　3、电泳方法
　　① 凝胶类型
　　用于分离核酸的琼脂糖凝胶电泳可分为垂直型及水平型(平板型)。水平型电泳时，凝胶板完全浸泡在电极缓冲液下1-2mm，故又称为潜水式。目前更多用的是后者，因为它制胶和加样比较方便，电泳槽简单，易于制作，又可以根据需要制备不同规格的凝胶板，节约凝胶，因而较受欢迎。
　　② 缓冲液系统
　　缺少离子时，电流太小，DNA迁移慢;相反，高离子强度的缓冲液由于电流太大会大量产热，严重时，会造成胶熔化和DNA的变性。
　　常用的电泳缓冲液有EDTA(pH8.0)和Tris-乙酸(TEA)，Tris-硼酸(TBE)或Tris-磷酸(TPE)等，浓度约为50mmol/L(pH7.5~7.8)。电泳缓冲液一般都配制成浓的贮备液，临用时稀释到所需倍数。
　　TAE缓冲能力较低，后两者有足够高的缓冲能力，因此更常用。TBE浓溶液长期贮存会出现沉淀，为避免此缺点，室温下贮存5×溶液，用时稀释10倍0.5×工作溶液即能提供足够缓冲能力。
　　③ 凝胶的制备
　　以稀释的电极缓冲液为溶剂，用沸水浴或微波炉配制一定浓度的溶胶，灌入水平胶框或垂直胶膜，插入梳子，自然冷却。
　　④ 样品配制与加样
　　DNA样品用适量Tris-EDTA缓冲液溶解，缓冲液内含有0.25%溴酚蓝或其他指示染料，含有10%-15%蔗糖或5%~10%甘油，以增加其比重，使样品集中。为避免蔗糖或甘油可能使电泳结果产生U形条带，可改用2.5%Ficoll(聚蔗糖)代替蔗糖或甘油。
　　⑤ 电泳
　　琼脂糖凝胶分离大分子DNA实验条件的研究结果表明，在低浓度、低电压下，分离效果较好。在低电压条件下，线性DNA分子的电泳迁移率与所用的电压呈正比。但是，在电场强度增加时，较大的DNA片段迁移率的增加相对较小。因此随着电压的增高，电泳分辨率反而下降，为了获得电泳分离DNA片段的最大分辨率，电场强度不宜高于5V/cm。
　　电泳系统的温度对于DNA在琼脂糖凝胶中的电泳行为没有显著的影响。通常在室温下进行电泳，只有当凝胶浓度低于0.5%时，为增加凝胶硬度，可在4℃进行电泳。
　　⑥ 染色和拍照
　　常用荧光染料溴乙锭(EB)染色，在紫外光下观察DNA条带，用紫外分析仪拍照，或用凝胶成像系统输出照片，并进行有关的数据分析。
　　注意事项：电泳中所使用的染料EB是致癌物质，一定要小心，避免其接触皮肤等，进行电泳操作的时候一定要带手套，手套要及时更换，现在也除了一些EB的替代物，如Goldview等。

作为盐，它可以液化凝胶。凝胶都是氢键盐键等次级键交联成的，会被离液序列高的盐破坏掉，加盐酸胍也能起到这个作用，不一定是碘化钠。
其实加入碘化钠最主要的作用是高离序盐，让DNA和它结合以后和柱子里的凝胶充分充分地，结合起来！！
洗涤那步很重要，如果洗不干净高离序盐，会抑制酶切，有些酶很敏感的。

25微升体系总是出现下面的状况，心好累，恳求指导

一般来说,DNA片段越小,胶的浓度需要大些,原因就是胶的浓度越低,形成的孔径就越小,这样才能将各种不同小片段的DNA分离开来,并达到一定的精确度.分子生物学实验手册有对应的表格：

琼脂糖
1、α-琼脂糖酶及其生产方法
2、磁性琼脂糖复合微球的制备方法
3、高容量大孔琼脂糖凝胶介质的制备方法
4、一种新琼四、六糖的制造方法
5、一种制造新琼八糖、新琼十糖和新琼十二糖的方法
6、油水两相法制备磁性琼脂糖凝胶微球的方法

大家好，本人是实验新手一枚，目前在学做琼脂糖电泳，我是提取基因组DNA，然后以500ngDNA为模板，按照以下反应体系PCR:Q5高保真热启动2Xmastermix12.5UL;上下游引物终浓度0.5uM,DNA模板500ng，加水补支总体积25ul,反应程序，98℃30s，98℃5S,62℃10s,72℃20s，35或者40个循环，72℃2min,4℃保存，PCR产物取5UL行2%琼脂糖电泳，EB染色，50ul琼脂糖胶加入10mg/mlEB染液5ul，但是结果几乎看不到条带，但是Marker很清晰。最后我把PCR产物用分光光度计测量浓度，发现浓度在400-600ng/ul之间，260/280接近1.80,我想知道我哪里做错了，才导致看不到条带呢？请园子里的老师指教，在此，我首先感谢大家了！

染色剂用的是EB

同一块gel，有的样品条带很明亮，有的却很暗淡。

求大神告知。

最近在做小鼠基因型鉴定，之前做出来的效果很好，没有杂带，只有明显的目的条带，但是最近几次老是出现很多杂带，但是还是看得清目的条带，不影响判断。想请问一下有经验的朋友，这可能是什么原因引起的呢？该怎么避免？谢谢！

什么是琼脂糖，由什么构成
琼脂糖凝胶电泳是常用的分离和检测方法，琼脂是最常用的载体支持物，核酸分子具有电荷效应和分子筛效应，利用此特性可达到分离检测的目的。
一、琼脂糖凝胶的特点
天然琼脂(agar)是一种多聚糖，主要由琼脂糖(agarose，约占80%)及琼脂胶(agaropectin)组成。琼脂糖是由半乳糖及其衍生物构成的中性物质，不带电荷，而琼脂胶是一种含硫酸根和羧基的强酸性多糖，由于这些基团带有电荷，在电场作用下能产生较强的电渗现象，加之硫酸根可与某些蛋白质作用而影响电泳速度及分离效果。因此，目前多用琼脂糖为电泳支持物进行平板电泳，其优点如下。
1. 琼脂糖凝胶电泳操作简单，电泳速度快，样品不需事先处理就可以进行电泳。
2. 琼脂糖凝胶结构均匀，含水量大(约占98%~99%)，近似自由电泳，样品扩散较自由电流，对样品吸附极微，因此电泳图谱清晰，分辨率高，重复性好。
3. 琼脂糖透明无紫外吸收，电泳过程和结果可直接用紫外光灯检测及定量测定。
4. 电泳后区带易染色，样品极易洗脱，便于定量测定。制成干膜可长期保存。
目前，常用琼脂糖作为电泳支持物，分离蛋白质和同工酶。将琼脂糖电泳与免疫化学相结合，发展成免疫电泳技术，能鉴别其他方法不能鉴别的复杂体系，由于建立了超微量技术，0.1ug蛋白质就可检出。
琼脂糖凝胶电泳也常用于分离、鉴定核酸，如DNA鉴定，DNA限制性内切核酸酶图谱制作等。由于这种方法操作方便，设备简单，需样品量少，分辨能力高，已成为基因工程研究中常用实验方法之一。
二、DNA的琼脂糖凝胶电泳
琼脂糖凝胶电泳对核酸的分离作用主要是依据它们的相对分子量质量及分子构型，同时与凝胶的浓度也有密切关系。
1、核酸分子大小与琼脂糖浓度的关系
① DNA分子的大小 在凝胶中，DNA片段迁移距离(迁移率)与碱基对的对数成反比，因此通过已知大小的标准物移动的距离与未知片段的移动距离时行比较，便可测出未知片段的大小。但是当DNA分子大小超过20kb时，普通琼脂糖凝胶就很难将它们分开。此时电泳的迁移率不再依赖于分子大小，因此，就用琼脂糖凝胶电泳分离DNA时，分子大小不宜超过此值。
② 琼脂脂糖的浓度 如下表所示，不同大小的DNA需要用不同浓度的琼脂糖凝胶进行电泳分离。
表 琼脂糖浓度与DNA分离范围琼脂糖浓度/%0.30.60.70.91.21.52.0线状DNA大小/kb60-520-110-0.87-0.56-0.44-0.23-0.1
2、核酸构型与琼脂糖凝胶电泳分离的关系
不同构型DNA的移动速度次序为：供价闭环DNA(covalently closed circular，cccDNA)>直线DNA>开环的双链环状DNA。当琼脂糖浓度太高时，环状DNA(一般为球形)不能进入胶中，相对迁移率为0(Rm=0)，而同等大小的直线双链DNA(刚性棒状)则可以长轴方向前进(Rm>0)，由此可见，这三种构型的相对迁移率主要取决于凝胶浓度，但同时，也受到电流强度、缓冲液离子强度等的影响。
3、电泳方法
① 凝胶类型
用于分离核酸的琼脂糖凝胶电泳可分为垂直型及水平型(平板型)。水平型电泳时，凝胶板完全浸泡在电极缓冲液下1-2mm，故又称为潜水式。目前更多用的是后者，因为它制胶和加样比较方便，电泳槽简单，易于制作，又可以根据需要制备不同规格的凝胶板，节约凝胶，因而较受欢迎。
② 缓冲液系统
缺少离子时，电流太小，DNA迁移慢;相反，高离子强度的缓冲液由于电流太大会大量产热，严重时，会造成胶熔化和DNA的变性。
常用的电泳缓冲液有EDTA(pH8.0)和Tris-乙酸(TEA)，Tris-硼酸(TBE)或Tris-磷酸(TPE)等，浓度约为50mmol/L(pH7.5~7.8)。电泳缓冲液一般都配制成浓的贮备液，临用时稀释到所需倍数。
TAE缓冲能力较低，后两者有足够高的缓冲能力，因此更常用。TBE浓溶液长期贮存会出现沉淀，为避免此缺点，室温下贮存5×溶液，用时稀释10倍0.5×工作溶液即能提供足够缓冲能力。
③ 凝胶的制备
以稀释的电极缓冲液为溶剂，用沸水浴或微波炉配制一定浓度的溶胶，灌入水平胶框或垂直胶膜，插入梳子，自然冷却。
④ 样品配制与加样
DNA样品用适量Tris-EDTA缓冲液溶解，缓冲液内含有0.25%溴酚蓝或其他指示染料，含有10%-15%蔗糖或5%~10%甘油，以增加其比重，使样品集中。为避免蔗糖或甘油可能使电泳结果产生U形条带，可改用2.5%Ficoll(聚蔗糖)代替蔗糖或甘油。
⑤ 电泳
琼脂糖凝胶分离大分子DNA实验条件的研究结果表明，在低浓度、低电压下，分离效果较好。在低电压条件下，线性DNA分子的电泳迁移率与所用的电压呈正比。但是，在电场强度增加时，较大的DNA片段迁移率的增加相对较小。因此随着电压的增高，电泳分辨率反而下降，为了获得电泳分离DNA片段的最大分辨率，电场强度不宜高于5V/cm。
电泳系统的温度对于DNA在琼脂糖凝胶中的电泳行为没有显著的影响。通常在室温下进行电泳，只有当凝胶浓度低于0.5%时，为增加凝胶硬度，可在4℃进行电泳。
⑥ 染色和拍照
常用荧光染料溴乙锭(EB)染色，在紫外光下观察DNA条带，用紫外分析仪拍照，或用凝胶成像系统输出照片，并进行有关的数据分析。
注意事项：电泳中所使用的染料EB是致癌物质，一定要小心，避免其接触皮肤等，进行电泳操作的时候一定要带手套，手套要及时更换，现在也除了一些EB的替代物，如Goldview等。

如图，用的是1%的琼脂糖，微波炉中低火加热至完全溶解，静置至凝固，跑胶30min，染胶10min，Marker没问题，求指教。

1倍或者0.5倍的TBE溶解，TBE成分为：Tris、硼酸、EDTA的缩写。
TBE作为电泳缓冲液，其中的离子可以导电。并且TE作为DNA的储存液，可以保证DNA免受DNA酶的降解，其中的离子也可以稳定DNA的存在。

影响核酸电泳迁移率的几个因素

1、核酸分子大小

在一定浓度的琼脂糖凝胶中，DNA片段迁移距离和其含有的碱基对数量成反比，因此可以通过与标准条带迁移距离进行比较，由此得出目的条带的大小，但这仅对双链线性的DNA比较准确（DNAMarker一般为双链线状DNA），且对大于20kb的DNA不适用（普通琼脂糖凝胶很难将其分开）。

2、核酸分子构象

DNA分子在电场中的迁移速度不仅和分子量有关，还和它本身的构象有关。相同分子量的线状、开环和超螺旋DNA在琼脂糖凝胶中的移动速度不一样，移动速度次序为：共价闭环DNA>线性DNA>开环DNA。当琼脂糖浓度太大时，环状的DNA一般不能进入胶内（停留在孔中）。

3、琼脂糖浓度

同样的线状DNA分子在不同浓度的琼脂糖凝胶中的迁移速度不同，DNA电泳迁移率的对数和琼脂糖凝胶浓度呈线性关系，凝胶浓度的选择取决于DNA分子的大小。

琼脂糖凝胶浓度与线性DNA分辨范围

凝胶浓度（%）线性DNA长度（bp）

0.51000~30000

0.7800~12000

1.0500~10000

1.2400~7000

1.5200~3000

2.050~2000

4、电源电压

在低电压时，线状DNA片段的迁移速率和所加电压成正比。但电压增加，琼脂糖凝胶的有效分离范围将缩小。要使大于2kb的DNA片段的分离率达到最大，所使用的电压不得超过5V/cm。

5、电泳方式

用于分离核酸的琼脂糖凝胶电泳可分为垂直型及水平型(平板型)。垂直型电泳，一般用聚丙烯酰胺凝胶做为支撑物。水平型电泳时，凝胶板完全浸泡在电极缓冲液下1-2mm，故又称为潜水式。目前更多用的是后者，因为它制胶和加样比较方便，电泳槽简单，易于制作，又可以根据需要制备不同规格的凝胶板，节约凝胶，因而较受欢迎。

6、嵌入染料的存在

常用的荧光染料EB可以嵌入到堆积的碱基对之间，使其刚性更强，并使其迁移速率有所下降。

7、电泳缓冲液的离子强度

电泳缓冲液的组成和离子强度也能影响DNA的迁移速度。在离子存在很少的情况下（如无用蒸馏水配制凝胶），电导率最小，DNA几乎不移动；在高离子强度的缓冲液中（如误用10×电泳缓冲液），则电导率很高并产热明显，严重时能引起凝胶融化或DNA变性。