Overview:
SMADs are essential intracellular components for the signal transduction of TGFbeta family members. SMAD2 is an intracellular mediator of TGFbeta family and activin type 1 receptor (1). SMAD2 mediate TGFbeta signaling to regulate cell growth and differentiation. SMAD2 is released from cytoplasmic retention by TGFbeta receptor-mediated phosphorylation. The phosphorylated SMAD2 then forms a heterodimeric complex with SMAD4, and this complex translocates from cytoplasm into nucleus. By interacting with DNA-binding proteins, SMAD2 complexes then positively or negatively regulate the transcription of target genes. Inactivating mutations in SMAD2 have been found in various cancers (2).
Gene Aliases:
JV18, MADH2, MADR2, JV18-1, hMAD-2, hSMAD2, MGC22139, MGC34440
Genbank Number:
NM_001003652
References:
1. Masayuki, F. et al: Identification and Characterization of Constitutively Active Smad2 Mutants: Evaluation of Formation of Smad Complex and Subcellular Distribution. Molecular Endocrinol. 2000; 14 (10): 1583-1591.2. Eppert, K. et al: MADR2 maps to 18q21 and encodes a TGF-beta-regulated MAD-related protein that is functionally mutated in colorectal carcinoma. Cell. 1996; 86: 543-552.
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【2】加入裂解液后可以加用超声破碎细胞。
【3】提完细胞的器具可以在显微镜下看一下,剩余的细胞还多不多。如果还多,说明细胞提取的不彻底,还要改进方法,争取提取的细胞彻底一些。
(仅供参考)
A.优点:
多重分析——一次分析可以检测16种干细胞相关的TF
定量比较——二个样本的差异可以定量分析和比较
步骤简单——探针温育、柱分离、板杂交和HRP检测
无需贵重仪器——无需如Luminex那样的贵重仪器
B.原理:
干细胞转录因子活性多重检测阵列试剂用于同时检测多种TF活性。该技术中,基于TFDNA结合位点的一致性序列,制备一系列生物素标记的探针。当探针混合物与核提取物一起温育时,每个探针寻找相应的TF,形成TF/探针复合物,通过柱离心纯化可以很容易与游离探针分开。结合的探针从混合物中分离出来,通过板杂交分析。板孔中预包被上与探针互补的特异序列,捕获的DNA探针进一步用链酶亲和素-HRP检测,化学发光检测仪测定发光强度(RLUs)。
一、机械裂解法主要有以下两中:
1.热休克(Thermal shock),既反复冻溶法,是一种常用的机械裂解方式比,通常由冷冻和解冻两部分组成(freezing and thawing),.原理:由于细胞内冰粒形成和剩余细胞液的盐浓度增高引起溶胀,使细胞结构破碎.冷冻通常在液氮或-20°C冰上进行,解冻可以在37、50、65 或100℃水浴中进热休克比化学裂解温和,但是很有效,有资料表明用热休克和溶菌酶与SDS的方法获得了90%的细胞裂解率.
2.超声波处理(Ultrasonication)既利用超声加热的方法,把细胞破碎.但这种处理会导致DNA 的断裂,所以加热不宜过剧烈,要设定好超声时间和间隙时间,一般超声时间不超过5秒,间隙时间最好大于超声时间,这些都有利于保护酶的活性.bead-beating 也是常用的机械处理方式,有报道指出bead-beating 比热休克和化学裂解的细胞裂解效果更好 虽然DNA产量较高,但通常得到的DNA片段较小.
二、 化学裂解和酶裂解法(在提核酸时联合使用)
主要是裂解液处理法,细胞裂解液的主要目的有以下几种:(1)利用去污剂破坏脂质双分子层,破裂细胞;(2)溶解蛋白;(3)蛋白变性使其稳定;(4)抑制蛋白酶活性.
主要根据不同的目的,裂解液的组成有所不同,主要有提取核酸和蛋白两中.在提取RNA或DNA时,我们主要是要充分裂解细胞,得到更多的核酸;如果我们的目的是蛋白,那要根据蛋白的位置、特性等因素考虑裂解液,在提取蛋白后,再根据实验需要复性蛋白等.以下是细胞裂解中常用试剂和其作用:
50 mM Tris-HCl pH 7.4(缓冲体系),150 mM NaCl(等渗体系),1 mM PMSF (强大的蛋白酶抑制剂),1 mM EDTA(变性剂和稳定剂),5 μg/ml Aprotinin(蛋白酶抑制剂),5 μg/ml Leupeptin(蛋白酶抑制剂),1% Triton x-100(破坏细胞),1% Sodium deoxycholate(中度变性剂和蛋白溶解剂),0.1% SDS(强变性剂和蛋白溶解剂).7M 尿素,2M硫脲(可以提高膜蛋白的融解),蛋白酶K等.
(1)1×107细胞重悬,其来源可为新鲜样品或贮存于-80℃1mol冰冻清洗缓冲液中
的无DMSO的样品,冰冻缓冲液包括10mMHEPES(pH7.5),1.5mMMgCl2,10mMKCl,
1mM二硫苏糖醇(DTT),然后离心(16000rpm、4℃、1min)。
(2)重悬细胞团于100ul冰冻裂解缓冲液,其包含10mMTris-HCl(pH7.5),1mMMgCl2,1mMEGTA,0.1mM苯甲基磺酰氟(DMSF),5mMB2巯基乙醇,0.5%CHAPs(Pierce)和10%甘油。
(3)冰育30分,然后在超速离心机中离心30分钟。
(4)去上清,液氮速冻沉淀,裂解细胞于-80℃保存。
二、扩增
(1)在微量管中冻干0.1ug荧光标记的cx反转引物,蜡封(5′CCCTTACCCTTACCC
TTACCCTTA3′)。
(2)于蜡界之上加50ulTRAP反应物,包括Tris-Cl(pH8.3)20mM,1.5mMMgCl2,
63mMKCl,0.005%,TWeen20,1mMEGTA,50mM三磷酸脱氧核苷,0.1ug荧光标记
TS前导引物(5′AATCCGTCGAGCAGAGTT3′),1ugT4基因32蛋白,牛血清白蛋白0.1mg/ml,2UTaqNDA聚合酶(Takara,shyzou)和5ugCHAPs细胞提取液。荧光标记TS引物可由市场购得。扩增前5ug提取物与1ugRNA酶37℃水浴20分钟,为了端粒酶活性的标准化,运用体内端粒酶活性标准(TTAS):TS重叠引物和CX重叠引物(TS:5′AATCCGTCGAGCAGAGTTGTGAATGAGGCCTTC3′及CX:5′CCCTTACCCTTACCCTTACCCTTATAGGCGCTCAATGTA3′)TS(18bp)和CX(24bp)序列为普通型,下划线标出的为成肌素序列(每个15bp)。成肌素CDNA通过这些引物扩
增产生了150bp的产物,它可用与ITAS扩增端粒酶梯度相同的TS引物和CX引物进行
再扩增。每一项测定用25attogram以显现I-TAS,它并不干扰TRAP测量。
(3)置于22℃10分钟,作为TS引物由端粒酶介导的延伸。90℃热灭活反应物90秒。
(4)PCR扩增,条件94℃30S,50℃30S,72℃1.5min;共27循环。
三、分析
(1)制备8%的变性胶(longRanger,ATBiochem)含6M尿素。
(2)加电泳缓冲液(1×TBE)于电泳槽。
(3)上样缓冲液与产物各1ul混合后上样,上样缓冲液含90%甲酰胺和10%蓝葡聚
糖(Bluedertian)。
(4)95℃预发性4分钟,速冷,上样,运用100bp,150bp,200bp大小荧光标记物。
(5)测序
(6)测序结果由FiagmuntManager程序自动分析,每一荧光峰根据大小、高度、面积定
量。因为过量扩增的产物会产生不可信的面积值,一部分PCR产物应在蒸馏水稀释后再分析
. 50 mM Tris-HCl pH 7.4 缓冲体系 · 150 mM NaCl 等渗体系
· 1 mM PMSF 强大的蛋白酶抑制剂 · 1 mM EDTA 变性剂和稳定剂
· 5 µg/ml Aprotinin 蛋白酶抑制剂 · 5 µg/ml Leupeptin 蛋白酶抑制剂 · 1% Triton x-100 破坏细胞
·1% Sodium deoxycholate 中度变性剂和蛋白溶解剂 ·0.1% SDS 强变性剂和蛋白溶解剂
组织裂解液和细胞裂解液如何配制
http://wenku.baidu.com/link?url=wSb7SK6U6DwRWnh4oq2PWLhYpcVp1BZQA42ybzcNGDB0xXR1HJCmuREp-ikc--tOmNYvKu-vRHAHjFz_D0eB3IZ_uEYz1AAU9X4BkluWIZW
一、机械裂解法主要有以下两中:
1.热休克(Thermal shock),既反复冻溶法,是一种常用的机械裂解方式比,通常由冷冻和解冻两部分组成(freezing and thawing),.原理:由于细胞内冰粒形成和剩余细胞液的盐浓度增高引起溶胀,使细胞结构破碎.冷冻通常在液氮或-20°C冰上进行,解冻可以在37、50、65 或100℃水浴中进热休克比化学裂解温和,但是很有效,有资料表明用热休克和溶菌酶与SDS的方法获得了90%的细胞裂解率.
2.超声波处理(Ultrasonication)既利用超声加热的方法,把细胞破碎.但这种处理会导致DNA 的断裂,所以加热不宜过剧烈,要设定好超声时间和间隙时间,一般超声时间不超过5秒,间隙时间最好大于超声时间,这些都有利于保护酶的活性.bead-beating 也是常用的机械处理方式,有报道指出bead-beating 比热休克和化学裂解的细胞裂解效果更好 虽然DNA产量较高,但通常得到的DNA片段较小.
二、 化学裂解和酶裂解法(在提核酸时联合使用)
主要是裂解液处理法,细胞裂解液的主要目的有以下几种:(1)利用去污剂破坏脂质双分子层,破裂细胞;(2)溶解蛋白;(3)蛋白变性使其稳定;(4)抑制蛋白酶活性.
主要根据不同的目的,裂解液的组成有所不同,主要有提取核酸和蛋白两中.在提取RNA或DNA时,我们主要是要充分裂解细胞,得到更多的核酸;如果我们的目的是蛋白,那要根据蛋白的位置、特性等因素考虑裂解液,在提取蛋白后,再根据实验需要复性蛋白等.以下是细胞裂解中常用试剂和其作用:
50 mM Tris-HCl pH 7.4(缓冲体系),150 mM NaCl(等渗体系),1 mM PMSF (强大的蛋白酶抑制剂),1 mM EDTA(变性剂和稳定剂),5 μg/ml Aprotinin(蛋白酶抑制剂),5 μg/ml Leupeptin(蛋白酶抑制剂),1% Triton x-100(破坏细胞),1% Sodium deoxycholate(中度变性剂和蛋白溶解剂),0.1% SDS(强变性剂和蛋白溶解剂).7M 尿素,2M硫脲(可以提高膜蛋白的融解),蛋白酶K等.

