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1、RNA提取为什么用异丙醇,而且是等体积的?
2、为什么用氯仿,RNA为什么在上清中,中间和下层分别有什么?
3、RNA提取最后为什么用75%乙醇洗,而且为什么使用的是75%乙醇而不用无水乙醇来洗。还有有人建议用完75%乙醇后用无水乙醇洗,会使水分快速蒸发,可行吗?
谢谢大家啦,帮帮忙。
总RNA提取试剂盒(TRIzol法)
RIpure试剂是直接从细胞或组织中提取总RNA的试剂。它在破碎和溶解细胞时能保持RNA的完整性。加入氯仿后离心,样品分成水样层和有机层。RNA存在于水样层中。收集上面的的水样层后,RNA可以通过异丙醇沉淀来还原。在除去水样层后,样品中的DNA和蛋白也能相继以沉淀的方式还原。乙醇沉淀能析出中间层的DNA,在有机层中加入异丙醇能沉淀出蛋白。共纯化DNA对于样品间标准化RNA的产量十分有用。
无论是人、动物、植物还是细菌组织,该方法对少量的组织(50-100mg)和细胞(5×106)以及大量的组织(≥1g)和细胞(>107)均有较好的分离效果。TRIPURE试剂操作上的简单性允许同时处理多个的样品。所有的操作可以在一小时内完成。TRIPURE抽提的总RNA能够避免DNA和蛋白的污染。故而能够作RNA印迹分析、斑点杂交、poly(A)+选择、体外翻译、RNA酶保护分析和分子克隆。如果是用于PCR,当两条引物位于单一外显子内时,建议用扩增级的DNase I来处理抽提的总RNA。
TRIpure试剂能促进不同种属不同分子量大小的多种RNA的析出。例如,从大鼠肝脏抽提的RNA琼脂糖凝胶电泳并用溴化乙啶染色,可见许多介于7 kb和15 kb之间不连续的高分子量条带(mRNA和hnRNA成分),两条优势核糖体~5 kb (28S)和~2 kb(18S),低分子量RNA介于0.1和0.3 kb之间 (tRNA, 5S)。当抽提的RNA用TE稀释时其A260/A280比值≥1.8。
动物体内RNA转染试剂,核酸和转染试剂混合后注射,轻松进行RNA干扰,基因敲除、沉默实验,3天可得出结果。下面以50μg的核酸与25μl转染试剂,总注射体积200μl,20g小鼠尾静脉注射为例说明。局部注射不用稀释,直接根据需要把核酸和转染试剂混合即可使用。
1.核酸的稀释。将50μg核酸用适量无内毒素纯水稀释成1μg/μl,加入10%葡萄糖溶液(w/v)50μl,使葡萄糖终浓度为5%,终体积为100μl,充分混匀。
2.转染试剂的稀释。取25μl的Entranster-invivo试剂用50μl的10%葡萄糖溶液稀释,并用纯水25μl补足,得到葡萄糖终浓度为5%,终体积为100μl液体,充分混匀。
3.转染复合物形成。立即将稀释后的转染试剂加入到稀释后的核酸溶液中,立即充分振荡混匀。
4.室温静置15分钟。配制好的转染复合物请即配即用,不宜长期存放。
5.动物注射。
说明:1).尾静脉注射时请掌握注射技巧,一般选用远端1/3处静脉注射,如感觉到阻力和轻微隆起,请停止注射,重新寻找静脉进行操作,不要强力推注,否则容易将药液注射在尾部,导致尾部溃烂。注射完成后移去针头,按压针孔10秒以上,防止药液流出。2).2.5mg/kg的给药剂量是起始给药剂量,如果动物可以耐受,可以按比例增加剂量,这样效果更好。3).局部注射,尽可能多注射药液,有利于提高转染效果。
6.基因表达检测。一般来说,根据注射方法和靶器官的差异,12-48小时后基因表达效果较好。
7.长期给药。一次给药检测的最佳时间是注射后12-48小时。如果需要维持长期效果,可以采用多次注射的方法,注射频度一般为每间隔2-3天一次,也可以根据实验情况适当延长至每7天一次。
这里有关于miRNA专题报道,可以看看
在样品用液氮瞬间冻结之后,应该储存在-80°C,千万不能解冻。即使是置于含有胍盐的裂解液中作匀浆前的短暂解冻,也会导致RNA的降解和损失。瞬间冻结的组织应该首先在超低温条件下先研磨成粉,然后置于裂解液中进行匀浆。
RNAfixer使样品储存更为便利。储存在RNAfixer中的细胞或组织可在室温下稳定保存长达1个星期,在4°C可稳定保存长达1个月,或永久保存在-20°C。
2. 消除环境RNase的污染
为了得到完整的、高品质RNA,在整个RNA制备过程中,当RNA离开强蛋白变性剂(如离液裂解液或酚)的保护时,避免引入新的RNase污染就非常关键。由于RNase几乎是无所不在,所以必须确保与纯化的RNA接触的每一样东西都是无RNase污染的。所有的表面,包括移液器、工作台、玻璃器皿和制胶设备,都必须用表面去污净化溶液如RNase喷雾清除剂 来处理过,去除各种溶液或者反应缓冲液中可能存在的RNase污染,可以用RNAsafe。必须保证一直使用无RNase的枪头、试管和溶液,手套也应经常更换。
3.迅速灭活内源的RNA酶,以防止RNA降解。
以下3个方法均可有效使内源RNA酶失活:
1)、用含离液(如胍盐)的细胞裂解液收获样品,并立即匀浆。
2)、用液氮瞬间冻结样品。值得特别注意的是:组织块必须保证足够小,在浸入液氮的瞬间就能冻结,以确保瞬间令RNA酶失活。
3)、立即将样品置于RNAfixer无液氮RNA样品储存液中。它是一种水相、无毒的收集试剂,能立即稳定并保护完整、未冻结的组织和细胞样品中的RNA。关键要点是组织样品切片一定要够薄(<0.5 cm),这样RNAfixer才能在RNase破坏RNA之前迅速渗入组织块中。
4. 选择合适破壁方法
细胞或组织的彻底匀浆对RNA提取来说,是一个很关键的步骤,它能够防止RNA的损失和降解。匀浆的方法应根据细胞或组织的类型来选择。大部分培养的细胞可以置于细胞裂解液中,通过简单的涡旋震荡来匀浆;而动物组织、植物组织、酵母和细菌、真菌则常常需要更加剧烈的方法,通常用液氮研磨。比如说细菌(特别是革兰氏阳性菌)的细胞壁,就需要溶菌酶消化来实现彻底的细胞裂解和RNA的最大回收,酵母提取时加入破壁酶帮助破壁,再用TRIpure或RNApure进行提取。
5. RNA提取少走弯路——不同材料如何选择最适RNA提取试剂
现有众多的RNA分离方法也许令人难以取舍。目前最简单也是最安全的方法是柱式分离,如RNApure 因为操作简单,时间短,纯度高而受到大家的喜爱,RNApure不需要DNA酶消化DNA,节省了时间,避免RNA的降解,从而提高了产量;相对非柱式分离(如TRIzol),去除蛋白及其他杂质干净,提高了纯度,对于细胞、组织、一般植物均非常适合。植物RNA的提取比较难抉择,植物RNA提取受酚、多糖、蛋白杂质、次生代谢物含量的影响,一般用TRIzol提取纯度不高,而且很多植物用TRIzol提取不出来。
这时候可以选择多糖多酚植物总RNA提取试剂盒(水仙、辣椒、胡萝卜、玉米、百合、小麦、西红柿、花菜、油菜等)和通用植物RNA提取试剂盒(适合绝大多数植物提取,包括:各种中草药、植物种子、苹果、葡萄、草莓、香蕉、龙眼、荔枝、草坪植物、松树、杉树、白桦、紫松果、彩叶草、一品红、夹竹桃、垂叶榕、紫罗兰、月季、天竺蓝、牵牛花等);非常值得一提的是血液(包括血清、血浆、脑脊液、各种拭子或其他液体含量高的样本)RNA的提取用TRIzol和红细胞裂解的方法效果都不好,因为红细胞裂解液不含有RNA酶的抑制成分,这个过程RNA很容易降解,推荐使用TRIpure LS (RP1101)或者血液总RNA提取试剂盒(RP4001),该方法适用于表达谱芯片实验中RNA的提取。
6. 低浓度RNA的沉淀
纯化得到的RNA可能需要通过沉淀来浓缩,以满足一些下游应用的需要。醋酸铵(NH4OAc) 沉淀(加0.1体积的5M 醋酸铵、2-2.5体积的无水乙醇,-20°C放置25分钟以上)可以很好地回收RNA。如果需要定量回收低浓度的RNA(ng/ml),可以采用共沉淀(如linear acrylamide糖原glycogen,、酵母yeast RNA )的方法。核酸助沉剂是linear acrylamide,当RNA用于RT-PCR分析时,线性的丙烯酰胺和DNase处理的糖原都可以作为理想的共沉淀剂,因为它们都不含DNA污染,糖原含量高会抑制PCR反应,应注意控制浓度,核酸助沉剂对PCR无影响,成为病毒核酸提取的首选。酵母RNA和未处理的糖原会给样品带来核酸污染,有可能影响RT-PCR的结果。沉淀后,注意避免RNA沉淀过分干燥,因为这可能导致很难重新溶解。
7. 提取好的RNA如何储存
如果只是短期储存,重悬的RNA应放置于-20°C;如果是长期储存的话,就应该放置于-80°C。储存RNA时,可以加入少量的RNA酶抑制剂(RP5601),避免RNA的降解,RNA可以直接做下游实验。如果要长期保存RNA,可以加入RNAlong。我们推荐将RNA溶液分装在几支管中。这会避免反复冻融损伤RNA,并预防偶然的RNase污染。
步骤
A. 真核细胞和组织
自己需要的材料:
β-巯基乙醇、70%乙醇(DEPC水配置)、除RNase的枪头和EP管。
材料的最佳量
想得到最佳的产量和好的Hibind RNA柱的纯化效果,选用正确的细胞和组织量是最重要的。Hibind RNA柱的最大处理量是可变的,根据细胞和组织的类型。最大的结合能力是100ug的RNA。TRK裂解缓冲液的最大裂解能力是1*107个细胞或30mg的组织。
细胞的步骤
1. 用500ul的TRK裂解缓冲液裂解细胞(≤1*107),使细胞团松散,轻轻弹EP管或者用枪头吹旋,再用漩涡振荡混匀。
a) 使用前每1ml TRK裂解缓冲液加入20ul的β-巯基乙醇。
b) 如果是单层的组织培养细胞(成纤维细胞,内皮细胞等),可以直接在细胞培养器里裂解细胞。完全吸去培养基后直接加TRK裂解缓冲液至细胞中。加700ul的TRK到T35细颈瓶或250px的培养皿中,更小的培养器加500ul的TRK。将液体布满整个器皿表面,确保细胞裂解完全。将裂解产物转移至1.5mlEP管中。
c) 如果细胞是悬液培养,收集细胞(≤1,500rpm or 400*g)*5min,弃上清,加入TRK裂解液,漩涡振荡混匀,转移到1.5ml EP管中,进行步骤2。
2. 匀浆化裂解产物
“裂解和匀浆化样品”-第四页有详细的说明,如果细胞≤1*105,漩涡振荡1min。不完全使样品匀浆化会显著的减少RNA的产量还容易造成柱子堵塞。
a) 用匀浆器30 s,使样品匀浆化。
b) 用钝的针头的注射器(0.9mm直径),至少吹打5次是样品匀浆化。注射器要除RNase。
3. 将匀浆后的裂解产物转移至Homogenization Spin Column中,离心,≥1,4000*g, 3min,室温。将离心收集的流出液转移到新的EP管中。转到总RNA分离中第4步。
组织的步骤:
1. 用500ul的TRK裂解缓冲液裂解细胞(≤30mg),使用前每1ml TRK裂解缓冲液加入20ul的β-巯基乙醇。
500ulTRK裂解液最大裂解能力30mg,难破碎的组织大于20mg就用700ul的TRK裂解液。当组织量超出建议的最大量时,也不要超过40mg。
组织样品匀浆化参照第四页选择一种方法只用,除非是使用液氮,
2. 离心,≥1,5000*g, 5min, 室温。
3. 转移上清至,Homogenization Spin Column中,离心,≥1,3000*g, 3min,室温。将离心收集的流出液转移到新的EP管中。
总RNA分离:
4. 在裂解产物中加入50%体积(250ul-350ul)的无水乙醇(96%-100%)混匀,漩涡振荡20s。
5. 样品转移到Hibind RNA Mini column上,离心管的最大容量为750ul,加完乙醇后可能会形成沉淀。所以要充分振荡将所有的混合液加入到柱子上。室温离心,10,000*g,0.5-1min。弃去流出液(透过柱子流出到离心管里的液体)。
6. 将柱子放在一个新的2ml收集管中,加上300ul RNA wash buffer I。室温离心,10,000*g, 0.5-1min。同样弃掉流出液。
7. DNase I 消化(选择性)
在我的实验中没有做这一步。
8. 将柱子再放到一个新的2ml收集管中,加入400ul RNA wash buffer I, 室温离心,10,000*g, 30s,弃流出液。
9. 将柱子放到2ml收集管中,加入500ul RNA wash buffer II(乙醇稀释过的),室温离心,10,000*g, 30s,弃流出液。注意:使用前RNA wash buffer II 必须要用无水乙醇稀释(48ml),按照标签上的说明。
10. 用500ul RNA wash buffer II洗涤一次柱子,同上一步骤一样。室温离心,10,000*g, 30s,弃流出液。然后在空收集管中,以最大转速离心柱子,≥12,000*g, 2min, 室温,使的HiBind 基质完全干燥。
11. 转移柱子到一个新的1.5ml的Ep管中,(试剂盒中没有提供),加入50-100ul的DEPC水洗脱柱子(试剂盒中提供)。确保水直接加到了柱子的基质上。10,000*, 1min, 室温。如果RNA的总量大于30ug,可以进行二次洗脱。
注意:可以选择性地,用大一点的体积洗脱RNA。如果进行二次洗脱,总RNA的量会增加,但是浓度会降低,因为80%以上的RNA会在第一次时被回收。在加柱子前将水加热到65℃并室温孵育柱子5min会增加产量。
--本来,看好丹麦Exiqon公司,Qiagen的两个试剂盒,无奈经费有限,这两个盒子很不错,价格也不菲,有米的兄弟姐妹可以买。
--另外查询到国产上海诺伦公司的血液(血清/血浆)总RNA抽提试剂盒--广州这边用的人不多,不知道上海那边的兄弟姐妹有什么经验?
---还有,北京康为世纪公司的游离RNA(血清血浆尿液)提取试剂,货号:CW2281,也比较便宜,但是俺心中也没有底,请大家给点意见。
---已经订购了LIFETECHNOLOGY的TrizolLS专门提取体液RNA的试剂(100毫升2000元人民币,也不菲),准备预试验看看提取RNA的质量。(Lifetechnology公司的AM1556也不错,但是也不便宜,每个盒子40次/2590元)
----但是还是希望有试剂盒,比较简单,快捷,最重要的是样本量太大,要分离400份左右的血清。
Trizol法和试剂盒提取组织中的RNA,哪个方法更可靠和精确呢?谢谢!

