【交流】甲基化：求重亚硫酸盐修饰后DNA碎裂的改进策略
2021-07-22
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zhouxiaoyu1984
用户
1、DNA被亚硫酸氢盐修饰后会成为单链，修饰以后的DNA肯定会比修饰之前的脆弱很多，但是不会影响你后面的试验，比如msp或者bsp。2、目前的亚硫酸氢盐修饰的kit应该都很成熟，不会有多大问题。我之前用过Methylamp? DNA Modification Kit（Base Catalog # P-1001），很好用啊。
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檐角明月
用户展开引用waterf21本人甲基化菜鸟，最近用的EpiTectBisulfiteKit（Qiagen）重亚硫酸盐试剂盒，修饰前OD260/OD280测得值1.8左右，DNA浓度10-20ng/ul，修饰后测得DNA浓度20-30ng/ul，并且OD260/OD280测得值大于3.0，考虑DNA碎裂，单核苷酸形成。各位对下述问题有何建议：1.怎样防止DNA碎裂（亚硫酸盐处理试验期间，DNA保护buffer有效）。2.什么公司的重亚硫酸盐修饰试剂盒处理后的DNA较稳定，可以继续后续试验。谢谢！......你好，想请教你几个问题：1、用EpiTectBisulfiteKit的最后一步，使用EB洗脱的，如果我想稀释，还是用EB吗？如果都用EN，那些EB试剂够用吗？2、修饰后浓度，吸光度值是不是都不准确了？那怎么确定浓度呢？吸光度值又能代表些什么呢？谢谢
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boy_87
用户展开引用zhouxiaoyu19841、DNA被亚硫酸氢盐修饰后会成为单链，修饰以后的DNA肯定会比修饰之前的脆弱很多，但是不会影响你后面的试验，比如msp或者bsp。2、目前的亚硫酸氢盐修饰的kit应该都很成熟，不会有多大问题。我之前用过Methylamp?DNAModificationKit（BaseCatalog#P-1001），很好用啊。......真幸福啊，还有试剂盒用，我们都是自己配溶液。。
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waterf21
用户boy_87真幸福啊，还有试剂盒用，我们都是自己配溶液。。你们实验室是不是常规做这些技术，小量的做还是试剂方便吧
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曾曾绒毛球
用户展开引用zhouxiaoyu19841、DNA被亚硫酸氢盐修饰后会成为单链，修饰以后的DNA肯定会比修饰之前的脆弱很多，但是不会影响你后面的试验，比如msp或者bsp。2、目前的亚硫酸氢盐修饰的kit应该都很成熟，不会有多大问题。我之前用过Methylamp?DNAModificationKit（BaseCatalog#P-1001），很好用啊。......您好，我目前也在做MSP，修饰后的纯度只有1.3了，您得意思是不是说这个纯度不影响之后的扩增呢
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waterf21
用户曾曾绒毛球您好，我目前也在做MSP，修饰后的纯度只有1.3了，您得意思是不是说这个纯度不影响之后的扩增呢个人认为是不影响的，主要还是在于引物和酶。
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曾曾绒毛球
用户waterf21个人认为是不影响的，主要还是在于引物和酶。您好，想再请教您一个问题。同一基因由不同人设计的甲基化引物，导致P出来的基因片段大小不同是对的吗
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waterf21
用户曾曾绒毛球您好，想再请教您一个问题。同一基因由不同人设计的甲基化引物，导致P出来的基因片段大小不同是对的吗是的。
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