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MoBiTec/Isolation of circulating and EV-associated DNA from urine and cell culture media/Exosome Research/HBM-EXO-DNAc-UC-20
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MoBiTecGmbH是一家私人控股公司,由StephanDiekmann教授于1987年创立。与Max-Planck学会的密切关系以及德国领先的研究中心之一哥廷根的所在地促进了与某些研究中心的密切合作。德国最具创造力的科学家。此外,MoBiTec一直与欧洲和北美的科学家广泛合作,包括法国巴斯德研究所和荷兰Vrije大学的科学家。通过将许多研究人员的精彩创意商业化,MoBiTec能够提供一系列独特的高质量产品和简化的协议,使实验室生活更轻松,并为实际研究留出更多时间。MoBiTec的产品包括e。G。用于体内检测蛋白质-蛋白质或DNA-蛋白质相互作用的双杂交系统,用于筛选特定肽配体的噬菌粒展示系统和选择具有特异性结合特性的新蛋白质,方便的LamBDaPS基因组文库用于克隆的多功能DNA载体,表达和分析靶基因,有效表达和纯化重组蛋白试剂盒细胞转染试剂和细胞培养工具,固定化和可溶性酶,许多用于基因组学和蛋白质组学研究的产品(例如用于PCR,核酸和蛋白质纯化和分析),众多抗体细胞因子生长因子和重组蛋白,优质荧光试剂和试剂盒(如蛋白标记试剂盒,标记抗体,细胞染色试剂,柱和凝胶电泳附件)。与其自有产品线并行,MoBiTec分销德国多家国际公司的产品,包括荧光探针和研究化学品(AnaSpec,TEFLabs),量子点,各种DNA纯化试剂盒DNA聚合酶(EdgeBio),诊断工具(ZJBioTech)),凝胶电泳配件(Amresco,ClareChemical),糖生物学产品(DextraLaboratories,Sumitomo),细胞转染试剂(Mirus)以及抗体,蛋白质,底物,精细化学品和分子和细胞生物学试剂盒 -特别是病毒学,免疫学,神经生物学,细胞凋亡,信号转导,细胞增殖,细胞毒性和癌症研究(MBLI,AGScientific,Amresco,AdarBiotech,AnaSpec,Echelon)。MoBiTec提供全面的服务,从清晰完整的产品文档开始,为客户提供个性化的建议和技术服务。MoBiTec产品通过MoBiTec的总部在德国分销,在其他国家由分销商分销。此外,MoBiTec不断寻求新产品和可销售的许可技术,因此对科学合作非常感兴趣,以开发创新的产品理念。


MoBiTec拥有来自欧洲和北美的研究人员,包括法国的Pasteur研究中心和荷兰的Vrije大学的科学家。MoBiTec公司能提供独一无二的高质量产品,从而简化实验设计,而留出更多更宝贵的时间用于实际的研究。产品包括:双杂交和单杂交系统——体内蛋白-蛋白和DNA-蛋白关系,噬菌体展示系统——筛选特殊的多肽配体和选择具有特异性结合特性的新的蛋白质,LamdaPS基因文库,用于克隆的多功能DNA载体,靶基因的表达与分析,重组蛋白质高效表达和纯化试剂盒,细胞转染试剂和细胞培养工具,各种固体和溶解状态的酶,基因组学和蛋白组学研究产品(PCR,核酸,蛋白质纯化分析),各种抗体、细胞因子、生长因子、重组蛋白质,高级荧光试剂和试剂盒(蛋白质标记试剂盒,标记抗体,细胞染色试剂,钙指示器),亲和层析仪,凝胶分析工具——凝胶柱和凝胶电泳附件。



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昆士兰大学的研究人员发现了DNA修饰,增强了我们消除恐惧的能力。该研究结果发表在“ 自然神经科学 ”杂志上,可以帮助指导恐惧相关焦虑症新疗法的开发。昆士兰大学昆士兰脑研究所(QBI)的Timothy Bredy教授说,虽然恐惧是一种重要的生存机制,它利用环境中的线索来促使某些反应,但是当不再需要恐惧时,抑制恐惧的能力也是如此。“你仍然希望记住那里有危险的东西,我要小心,但你不希望它损害你正常运作的能力,”布雷迪教授说。恐惧灭绝可以起到抵抗 查看更多>
RNA加工修饰,主要加工方式是切断和碱基修饰,真核生物tRNA前体一般无生物学特性,需要进行加工修饰。... 查看更多>
路德维希癌症研究科学家在当前的Nature Biotechnology杂志上报道了一种新的改进方法,用于检测DNA的化学修饰。这些修饰或“表观遗传”标记有助于控制基因表达及其在基因组中的异常分布。在牛津大学路德维希癌症研究所助理成员Chunxiao Song和Benjamin Schuster-Boeckler的带领下,该研究表明他们的方法,称为TET辅助吡啶硼烷测序,或TAPS,是一种损害较小,效率更高的替代品。亚硫酸氢盐测序,目前用于绘制DNA 表观遗传修饰 查看更多>
埃默里大学的科学家们发现了一个函数,一个神秘的DNA修饰在果蝇的大脑发育,这可能为它的作用在人类提供线索。研究结果将发表在分子细胞。表观遗传学可能意味着“以上基因”,但很多领域的焦点是DNA甲基化,DNA本身的化学改性。DNA甲基化并不改变实际的字母(A、C、G和T),但它确实改变细胞DNA是如何处理的。一般来说,基因关闭,对细胞分化至关重要。最常见形式的DNA甲基化的研究出现在DNA字母C(胞嘧啶)。果蝇,尽管是一个有用的遗传模型的发展,很少有这种形式的DNA 查看更多>
一种新型测序技术或能高效检测癌症相关的DNA修饰 近日,一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究报告中,来自美国路德维希癌症研究所的科学家们通过研究开发了一种新方法来检 查看更多>
RNA加工修饰,主要加工方式是切断和碱基修饰,真核生物tRNA前体一般无生物学特性,需要进行加工修饰。... 查看更多>
DNA由四种核苷制成,每种核苷都有自己的字母-A,G,C和T.然而,由于DNA的结构在1953年被破译,科学家们发现了其他几种常被添加到DNA序列中的变体。替换通常的四个字母之一。这些变体可以是传统核苷的修饰形式,通常有助于细胞控制哪些基因被打开和关闭,并且在DNA中被称为“表观遗传标记”。在细菌中,它们还可以保护DNA免受其他生物如病毒的侵袭。到目前为止,这些DNA修饰是偶然发现的,因为科学家在DNA的化学分析中发现了意想不到的信号。然而,麻省理工学院,佛罗里 查看更多>
DNA活性可以改变而不改变DNA片段本身的序列。基因激活和失活可以是物种如何产生独特个体的基础。在模式物种的背景下,很好地理解了一些改变基因活性的过程。然而,科学家仍在努力解决一些过程,如DNA甲基化,如何改变许多不同生物体中的基因活性。考虑到地球上的自然变异量,适用于所有物种的更广泛的理论已被证明是难以捉摸的。现在,一组科学家发表了一项关于自然生态学和进化的研究,比较和关联40种不同真菌物种的DNA甲基化。该论文是开发统一DNA甲基化理论的一项更大努力的一部分,开始填补与DNA甲基化 查看更多>
核酶(ribozyme)是具有催化功能的RNA分子,是生物催化剂,可降解特异的mRNA序列。核酶又称核酸类酶、酶RNA、 核酶类酶RNA。 它的发现打破了酶是蛋白质的传统观念。有一些RNA分子同样具有催化功能。核酶(ribozyme)是一类具有催化活性的RNA分子,通过催化靶位点RNA链中磷酸二酯键的断裂,特异性地剪切... 查看更多>
RNA剪接(RNA splicing):从DNA模板链转录出的最初转录产物中除去内含子,并将外显子连接起来形成一个连续的RNA分子的过程。... 查看更多>
聚合酶(polymerase)又称DNA聚合酶。是专门生物催化合成脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)的一类酶的统称。1957年,美国科学家阿瑟·科恩伯格(Arthur Kornberg)发现。... 查看更多>
埃默里科学家已经确定了果蝇大脑发育中神秘DNA修饰的功能,这可能会提示其在人类中的作用。结果计划在Molecular Cell上发表。表观遗传学可能意味着“高于基因”,但该领域的许多重点是DNA甲基化,DNA本身的化学修饰。甲基化不会改变实际的DNA字母(A,C,G和T),但它确实改变了细胞处理DNA的方式。通常,它会关闭基因并对细胞分化至关重要。 最常研究的DNA甲基化形式出现在DNA字母C(胞嘧啶)上。果蝇尽管是一种有用的遗传发育模型,却几乎没有这种形式的D 查看更多>
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这是因为做细胞周期的时候要用荧光染料染DNA,一次判断细胞DNA的相对含量。这些荧光染料,比如PI,可以染核酸,无法特异性的分别DNA和RNA。只有用RNA酶消化掉RNA后,才能消除RNA的干扰。不然DNA和RNA都会被染色。
六大类化学修饰:甲基化;去氨基化,硫代(S代替碱基的O分子),碱基的同分异构化(尿嘧啶变构生成假尿嘧啶);二价键的饱和化;核苷酸的替代(用不常见的核苷酸替换常见的核苷酸)核酶
核酶(ribozyme)是指一类具有催化功能的RNA分子,通过催化靶位点RNA链中磷酸二酯键的断裂,特异性地剪切底物RNA分子,从而阻断基因的表达.
核酶的催化功能与其空间结构有密切关系,目前已知有多种特殊结构的核酶:
RNaseP的RNA碱基(M1 RNA)、锤头型、发夹型丁型肝炎病毒RNA、1类内含子和2类内含子,大多有hammerhead structure。
不同的核酶可分为两类:
1 剪切型核酶:只剪不接,如M1 RNA
2 剪接型核酶:该酶具有序列特异的内切核酸酶、RNA连接酶等多种酶活性,如1类和2类内含子向左转|向右转
相关疾病:肿瘤类癌综合征癌症卵巢癌文章来源:http://www.impactjournals.com/oncotarget/index.php?journal=oncotarget&page=article&op=view&path[]=5029&pubmed-linkout=1Keywords:
相关疾病:心力衰竭与传统的提供较长时间蛋白表达的传统DNA投递方法相比,一种采用修饰RNA的治疗方法通过限制治疗蛋白表...
DNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
RNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
DNA解旋酶的作用位点:DNA中互补碱基之间的氢键
相同点:都能以DNA为模板,从5'向3'进行核苷酸或脱氧核苷酸的聚合反应。不同点:DNA聚合酶识别脱氧核糖核苷酸,在DNA复制中起作用;而RNA聚合酶聚合的是核糖核苷酸,在转录中起作用。
来自瑞士日内瓦大学的J?rgMorf及其同事发现冷诱导的RNA结合蛋白(CIRP)的周期性积累会受到体温的调控,他们还发现CIRP赋予了昼夜节律振荡器的健壮性。
详情:
http://www.bioku.cn/201212/science-cirp-circADIan-gene-clip-posttranscriptional-modification-fibroblast/
在哺乳动物组织中,节律基因的表达受到局部的振荡器或视交叉上核中生物钟主钟控制的系统信号的调控。本研究发现是受刺激的体温循环而不是外周振荡器,控制纤维母细胞中的冷诱导RNA结合蛋白(CIRP)的节律性表达。反过来,功能缺失性实验表明CIRP是高振幅的节奏基因表达所需的。利用基于生物素-链亲和素的交联和免疫沉淀反应(CLIP),本研究对CIRP结合的RNA进行了全转录组分析,发现了一些编码昼夜节律振荡器蛋白的转录物,包括CLOCK蛋白。此外,在CIRP缺失的纤维母细胞中,CLOCK的含量大大减少。因为在这些细胞中,CLOCK的异位表达提高了节律基因的表达水平,因此我们猜测CIRP通过调节CLOCK的表达水平赋予了昼夜节奏振荡器的健壮性。
RNA提取后有没有必要用DNA酶处理主要和你的用途有关。如果仅仅是扩某个基因,那就无所谓。如果是定量RT-PCR,则最好DNA酶处理一下,或者引物需跨exon.
比如用QIAGEN的RNase-free的DNase处理的,不是加了DNase就结束了,为了去除DNase(蛋白)和buffer等可能影响到后期操作的因素,所以酶解了DNA后必须纯化RNA(QIAGEN的纯化柱),这样得到的RNA才用于定量实验。即使这样,在做real-time PCR时都要加一管仅加RNA的作为阴性对照(排除DNA的污染)。
并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶,辅因子的需求切位与作用方式,可将限制酶分为三种类型,简称限制酶,分别是第一型(Type I)。根据限制酶的结构、第二型(Type II)及第三型(Type III)不能,又催化非甲基化的DNA的水解。限制酶又称限制性核酸内切酶,专一对DNA起作用。限制性核酸内切酶是可以识别特定的核苷酸序列。III型限制性内切酶同时具有修饰及认知切割的作用。Ⅰ型限制性内切酶既能催化宿主DNA的甲基化;而Ⅱ型限制性内切酶只催化非甲基化的DNA的水解
在哺乳动物细胞,RNA的转录在核内,而翻译在胞质中,所以需要一个RNA从核到胞质的转运过程。这种情况同样适用于HIV——整合到宿主的病毒基因在转录后也需要这一过程。

人们已经发现:HIV的Rev蛋白募集细胞转运因子Crm1来转运HIV-1的一些必须mRNA。而宿主mRNA的转运主要依赖另一个转运因子:theTap–Nxt1dimer。另外宿主mRNA的转运还需要另一个的酶——Dbp5的参与。Dbp5是含DEAD-box的解旋酶家族的一个成员。DEAD-box解旋酶利用ATP释放的能量来伸展RNA结构,游离RNA-蛋白质复合体。这个蛋白家族被认为和RNA的每一个步骤都有关系包括:前mRNA的剪切,mRNA的转运,核糖体的组装,mRNA的翻译等。Dbp5首先再酵母中被鉴定发现——积聚的核边缘的胞浆蛋白,对核mRNA的转运是必须的。后来的研究还发现其与核孔复合体(NPCs)有特异的association。最近的实验还发现Dbp5在核和胞浆之间穿梭。

给青蛙卵注射突变的Dbp5(不能利用ATP)可以阻断细胞mRNA的转运,而不影响Rev-Crm1介导的HIV-1的mRNA的转运!这有两种可能性:1,Rev-Crm1介导的mRNA不需要remodelling;2,它依赖其他的解旋酶。

Yedavalli等发现DEAD家族的另一个成员:DDX3,证实了后一种假设。——过表达的DDX3可以特异的增强Rev-Crm1依赖的核mRNA转录;抑制DDX3则相反。且DDX3可以与Crm1和Rev在体内特异的结合。所以作者认为这可能是HIV治疗的又一靶点。但这仍存有疑问:进化中DDX3不可能只为了HIVmRNA的转运而存在,抑制它可能会有不可预测或有害的后果。

cell上Yedavalli等发表的该文章的全文:http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSN-4DN8MNH-9&_coverDate=10%2F29%2F2004&_alid=235528316&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_qd=1&_cdi=7051&_sort=d&view=c&_acct=C000053666&_version=1&_urlVersion=0&_userid=1553337&md5=7cf4d401bba6145b024a32f3309cc453
Nature上对该文章的一篇评述:NuclearRNAexportunwound——ThewaysinwhichHIVcansubvertcellularprocessesforitsownendsseemboundless.Thelatestdiscovery—acellularenzymethathelpstoexportHIVRNAfromthenucleus—revealsapossIBLedrugtarget。
真核细胞RNA聚合酶II的转录产物是hnRNA(mRNA前体)。
  真核生物中有3种依赖DNA的RNA聚合酶,即RNA聚合酶I 、II、 III。RNA聚合酶I主要负责转录rRNA,RNA聚合酶II负责催化合成mRNA。
  遗传信息从DNA分子转录到RNA分子中的过程称为转录(transcription)。在真核生物中,最初转录生成的RNA称为不均一核RNA(heterogeneous nuclear RNA,hnRNA)。核内不均一RNA 为存在于真核生物细胞核中的不稳定、大小不均的一组高分子RNA(分子量约为105~2×107,沉降系数约为30-100S)之总称。占细胞全部RNA之百分之几,在核内主要存在于核仁的外侧。认为hnRNA多属信使RNA(messenger ribonucleic acid,mRNA)之前体,包括各种基因的转录产物及其成为mRNA前的各中间阶段的分子,在5'末端多附有间隙结构,而3'的末端附有多聚腺苷酸聚合酶分子。这些hn-RNA在受到加工之后,移至细胞质,作为mRNA而发挥其功能。大部分的hnRNA在核内与各种特异的蛋白质形成复合体而存在着。
  前信使RNA(英语:Precursor mRNA,简称为前mRNA)是一种未成熟的单链信使核糖核酸(mRNA)。前mRNA是从细胞核中的DNA模板通过转录而合成的。前mRNA构成了不均一核RNA(或称为核内异质RNA或核内不均一RNA,简称为hnRNA)数量上的主体。hnRNA这一术语通常被用作为前mRNA的同义词,尽管,在严格的意义上说,hnRNA可以包含那些并不最终成为胞浆中mRNA的细胞核RNA转录物。一旦前信使RNA被完全加工完成,他就被叫做“成熟信使RNA”、“成熟mRNA”或被称为“mRNA”。真核前信使RNA在其被加工成为mRNA之前仅短暂地存在。前信使RNA包含有两种片段,外显子与内含子。外显子是在最终的mRNA之中被保留下来的片段,然而内含子则在一步称为剪接的过程中被除去,这一步由剪接体实行(自剪接内含子除外)。
  对于真核前信使RNA,附加了对5'与3'修饰的追加加工步骤。其中包括了加上7-甲基鸟苷的5'端帽以及多腺苷酸化。此外,由核小核糖核蛋白颗粒组成的剪接体也会切除真核前信使RNA的内含子。
  当一条前信使RNA链被正确地加工为一条信使RNA序列时,它被细胞核输出并最终被翻译成为蛋白质,这是一个由核糖体协力完成的过程。
  在原核细胞中,剪接是通过自身催化或内分解切割而完成的。并不涉及蛋白质的自身催化切割仅仅保留用作编码rRNA的那部分,而内分解切割针对于tRNA前体。

https://www.nature.com/articles/ni.3830.epdf?referrer_access_token=-Pjl2rt1nZv_1Z8JIoznz9RgN0jAjWel9jnR3ZoTv0PyprITrhfI0J5ucCRfVO-aui0xL-EVR7N2JR4xNKbXmYtj4yXphjh43zAiP6r70OSxNUbkTgT9CKdP6rhb181-RAaL3nGfbbFavHe89R525v6eyOP-tI8-8kcwVAVmKJT1UwT0dPSmOENdZt03DCnok55kvZGMawTEwNU1ehYjDg%3D%3D&tracking_referrer=news.sciencenet.cn

针对DDX家族成员在RNA识别和代谢及其在调控抗病毒天然免疫应答中发挥的重要功能,通过筛选多种DDX家族成员在病毒感染巨噬细胞天然免疫应答中的作用,发现了DDX46能显著抑制病毒感染诱导的干扰素表达

DDX46能结合到抗病毒效应分子mRNA的CCGGUU保守基序上,当病毒感染时DDX46与m6A去甲基化酶ALKBH5结合增加,使得与DDX46结合的抗病毒效应分子mRNA发生去甲基化修饰而导致其核滞留,阻滞了这些抗病毒效应分子的蛋白表达从而降低干扰素产生,最终抑制了抗病毒天然免疫应答反应

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