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Signalchem/CaMKPase siRNA Set I/5 nmol/P06-911-05
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Signalchem/CaMKPase siRNA Set I/5 nmol/P06-911-05
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Signalchem
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P06-911-05
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Overview:

CaMKPase is a member of the PP2C family of Ser/Thr protein phosphatases that dephosphorylate and regulate the multifunctional Ca2+/calmodulin-dependent protein kinases (CaMKs) (1). The multifunctional CaMKs mediate cellular responses induced by increases in second messenger Ca2+ and have been implicated in the control of synaptic transmission, gene transcription, cell growth and contraction of cardiac and smooth muscles (2). Overexpression of CaMKPase has been shown to mediate caspase-dependent apoptosis. CaMKPase can also interact with the Rho guanine nucleotide exchange factors (PIX) thereby blocking the effects of p21-activated kinase 1 (PAK1).

Gene Aliases:

PPM1F, FEM-2, hFEM-2, KIAA0015, POPX2

Genbank Number:

NM_014634

References:

1. Isamu, K. et al: Phosphorylation and activation of Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase phosphatase by Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase II. FEBS Letters,1999; 456: 249-252.. 2. Ishida, A. et al: Stimulation of Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase phosphatase by polycations. Archives of Biochemistry and Biophysics, 2002; 408:229-238.

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埃默里科学家已经确定了果蝇大脑发育中神秘DNA修饰的功能,这可能会提示其在人类中的作用。结果计划在Molecular Cell上发表。表观遗传学可能意味着“高于基因”,但该领域的许多重点是DNA甲基化,DNA本身的化学修饰。甲基化不会改变实际的DNA字母(A,C,G和T),但它确实改变了细胞处理DNA的方式。通常,它会关闭基因并对细胞分化至关重要。 最常研究的DNA甲基化形式出现在DNA字母C(胞嘧啶)上。果蝇尽管是一种有用的遗传发育模型,却几乎没有这种形式的D 查看更多>
5月2日,国际权威学术期刊《自然》在线发表了来自中科院上海生物化学与细胞生物学研究所徐国良院士联合复旦大学唐惠儒教授和中科院武汉水生生物研究所黄开耀研究员等多个课题组合作完成的研究成果“A vitamin-C-derived DNA modification catalysed by an algal TET homologue”。该研究首次在莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)这种单细胞真核生物中鉴定到一种新... 查看更多>
消除恐惧记忆的灵活度来自DNA修饰 昆士兰大学脑研究所的Timothy Bredy教授说,恐惧是一种重要的生存机制,利用环境中的暗示来激发某些身体反应,反过来,在不再需要它时,这种能力 查看更多>
RNA加工修饰,主要加工方式是切断和碱基修饰,真核生物tRNA前体一般无生物学特性,需要进行加工修饰。... 查看更多>
埃默里科学家已经确定了果蝇大脑发育中神秘DNA修饰的功能,这可能会提示其在人类中的作用。结果计划在Molecular Cell上发表。表观遗传学可能意味着“高于基因”,但该领域的许多重点是DNA甲基化,DNA本身的化学修饰。甲基化不会改变实际的DNA字母(A,C,G和T),但它确实改变了细胞处理DNA的方式。通常,它关闭基因并且对于细胞分化是必需的。最常研究的DNA甲基化形式出现在DNA字母C(胞嘧啶)上。果蝇尽管是一种有用的遗传发育模型,却几乎没有这种形式的DNA甲基化 查看更多>
昆士兰大学的研究人员发现了DNA修饰,增强了我们消除恐惧的能力。该研究结果发表在“ 自然神经科学 ”杂志上,可以帮助指导恐惧相关焦虑症新疗法的开发。昆士兰大学昆士兰脑研究所(QBI)的Timothy Bredy教授说,虽然恐惧是一种重要的生存机制,它利用环境中的线索来促使某些反应,但是当不再需要恐惧时,抑制恐惧的能力也是如此。“你仍然希望记住那里有危险的东西,我要小心,但你不希望它损害你正常运作的能力,”布雷迪教授说。恐惧灭绝可以起到抵抗 查看更多>
RNA加工修饰,主要加工方式是切断和碱基修饰,真核生物tRNA前体一般无生物学特性,需要进行加工修饰。... 查看更多>
8 月 10 日,来自耶鲁大学医学院,暨南大学,斯坦福大学的研究人员发表了题为「m6A mRNA methylation controls T cell homeostasis by targeting the IL-7/STAT5/SOCS pathways」的文章,首次报道了 m6A mRNA 修饰在哺乳动物免疫细胞中的生理功能。该项研究发现,m6A 通过靶向 Naive CD4 T 细胞中 IL-7/STAT5/SOCS 信号通路中的信号分子 mRNA 来调控 Naive CD4 T 细胞的分化,从 查看更多>
聚合酶(polymerase)又称DNA聚合酶。是专门生物催化合成脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)的一类酶的统称。1957年,美国科学家阿瑟·科恩伯格(Arthur Kornberg)发现。... 查看更多>
DNA活性可以改变而不改变DNA片段本身的序列。基因激活和失活可以是物种如何产生独特个体的基础。在模式物种的背景下,很好地理解了一些改变基因活性的过程。然而,科学家仍在努力解决一些过程,如DNA甲基化,如何改变许多不同生物体中的基因活性。考虑到地球上的自然变异量,适用于所有物种的更广泛的理论已被证明是难以捉摸的。现在,一组科学家发表了一项关于自然生态学和进化的研究,比较和关联40种不同真菌物种的DNA甲基化。该论文是开发统一DNA甲基化理论的一项更大努力的一部分,开始填补与DNA甲基化 查看更多>
路德维希癌症研究科学家在当前的Nature Biotechnology杂志上报道了一种新的改进方法,用于检测DNA的化学修饰。这些修饰或“表观遗传”标记有助于控制基因表达及其在基因组中的异常分布。在牛津大学路德维希癌症研究所助理成员Chunxiao Song和Benjamin Schuster-Boeckler的带领下,该研究表明他们的方法,称为TET辅助吡啶硼烷测序,或TAPS,是一种损害较小,效率更高的替代品。亚硫酸氢盐测序,目前用于绘制DNA 表观遗传修饰 查看更多>
DNA由四种核苷制成,每种核苷都有自己的字母-A,G,C和T.然而,由于DNA的结构在1953年被破译,科学家们发现了其他几种常被添加到DNA序列中的变体。替换通常的四个字母之一。这些变体可以是传统核苷的修饰形式,通常有助于细胞控制哪些基因被打开和关闭,并且在DNA中被称为“表观遗传标记”。在细菌中,它们还可以保护DNA免受其他生物如病毒的侵袭。到目前为止,这些DNA修饰是偶然发现的,因为科学家在DNA的化学分析中发现了意想不到的信号。然而,麻省理工学院,佛罗里 查看更多>
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(1)核酸酶
有DNase、RNase、核酸酶S1等,可水解相应的DNA和RNA,核酸酶S1可降解单链DNA和RNA,用量增大也可降解双链核酸。它可用于切去ds-cDNA合成中产生的发夹环。
(2)修饰酶
有些酶可在其他酶的作用下,将酶的结构进行共价修饰,使该酶活性发生改变,
核酶的催化功能与其空间结构有密切关系。
不同的核酶可分为两类:
1 剪切型核酶:只剪不接,如M1 RNA。
2 剪接型核酶:该酶具有序列特异的内切核酸酶、RNA连接酶等多种酶活性。
加工场所在生物体细胞质(或相关实验设备中)。

大家都知道,提取RNA的时候,去除RNA酶污染,有时候是非常关键的。好多情况下,我们都是在用DEPC,但是DEPC有毒,又容易和Tris试剂中的巯基反应,没办法配制Tris试剂。
我看到过一些资料好像是说氢氧化钠配制的溶液也可以去除RNA酶,按照道理来讲,高浓度的碱可以使得蛋白变性,自然也可以使得RNA酶变性。
然后我试了试,我配制1Mol/L的氢氧化钠,这个浓度已经很高了,用配制的氢氧化钠去处理了一些吸管,烧杯,提取过程中要用到的东西。然后我又用无RNA酶水(这个实验室以前配制了不少)泡了泡这些氢氧化钠处理过的吸管烧杯之类的东西。自然,我也提取RNA试了试,似乎却没有成功。我发现最后提取的RNA浓度低,仅仅为20纳克/微升。虽然A260/A280,比值能到1.98,还不错。但是浓度很低。我跑电泳就能够猜到,没有看出来有条带。自然我后面做pcr的actin也没有结果。
虽然我这次用到的组织样,可能很少,只有小指甲的三分之一,但对于是否提取出来了RNA,我依然产生了怀疑。
幸亏我是做一个植物标本,我还有无限制的样本可以让我折腾。因此我想问的是,NaOH到底能不能去除RNA酶污染。
如果可以,该怎么用。该怎么用,该怎么用。

RNA酶抑制剂的分类 123
潇潇2糶2017-11-27
1、焦碳酸二乙酯(DEPC):是一种强烈但不彻底的RNA酶抑制剂,他通过和RNA酶的活性基因团组氨酸的咪唑环结合使蛋白质变性,从而抑制酶的活性。
2、异硫氰酸胍:目前认为是最有效的RNA酶抑制剂,它在裂解组织的同时也使RNA酶失活,它既可破坏细胞结构使核酸从核蛋白中解离出来,又对RNA酶有强烈的变性作用。
3、氧钒核糖核苷复合物:由氧化钒离子和核苷形成的复合物,它和RNA酶结合形式过渡类物质,几乎能完全抑制RNA酶的活性。
4、RNA酶的蛋白质抑制剂(RNasin):从大鼠肝或人胚盘中提取得来的酸性糖蛋白.Rnasin是RNA酶的一种非竞争性抑制剂,可以和多种RNA酶结合,使其失活。
5、其他:SDS、尿素、硅藻土等对RNA酶也有一定的抑制作用。
这是因为做细胞周期的时候要用荧光染料染DNA,一次判断细胞DNA的相对含量。这些荧光染料,比如PI,可以染核酸,无法特异性的分别DNA和RNA。只有用RNA酶消化掉RNA后,才能消除RNA的干扰。不然DNA和RNA都会被染色。
于生命起源的各种假说中,至今日仍无有力的结果可说明功能是如何在不同的系统间进行传承。然而,利用活体外演化技术将RNA酶(ribozyme)转换成DNA酶(deoxyribozyme),研究人员不但证明两种相似序列的巨分子系统间功能转移的可能性,也为难解的生命起源之谜提供了些许的线索。

从地球形成之初的一片混沌到第一个生命的出现,期间究竟发生了哪些事情一直是许多科学家想知道的事情。藉由巴斯德对于自然发生说的驳斥到达尔文的天择说,我们对于生命的起源这个大问题(BigQuestion)的答案也慢慢有越来越多的认识,而透过具有催化功能之RNA的发现,“RNA世界(RNAworld)”的假说也渐渐成为目前解释生命起源里最主流的说法。

尽管RNA同时具有可携带遗传讯息与催化的能力,使其被认为最适合作为早期的生命物质,但在RNA之前的生命物质为何、RNA如何将携带遗传讯息的能力传给目前的DNA及如何将酶催化等功能移转给蛋白质等问题却一直缺乏有力的假说。特别是功能(例如酶活性),由于其系取决于三度空间之排列方式,功能并无法如遗传讯息般,可经由配对(base-pairing)方式有效地在DNA与RNA之间以线性方式传递,造成生物分子间的功能传递机制始终不明。

藉由活体外演化的技术,来自ScrippsResearchInstitute的研究人员成功证明了两种系统间除了遗传讯息可透过一对一对应之方式转移,在一定次数的突变下,功能也有可能在两系统间进行转移。于其实验中,研究人员以R3CRNA连接(由57个核酸所组成的RNA酶)为基础先合成了相对应的DNA序列,如所预期,初合成之DNA序列并不具任何催化活性。然而,在透过一定循环的活体外演化技术后,科学家成功地在试管中发现了一段具有和原始之RNA连接?活性相当的DNA序列,这证明了以核酸为基础之遗传讯息系统之间,除了遗传讯息可透过线性的方式进行传递,在一定次数的突变之下,功能也可以同样的方式在两系统间进行转移。

原学术论文:
NatashaPaul,GregSpringsteen,andGeraldF.Joyce,2006,ConversionofaRibozymetoaDeoxyribozymethroughInVitroEvolution,Chemistry&BIOLOGy,13,p.329–338
DNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
RNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
DNA解旋酶的作用位点:DNA中互补碱基之间的氢键
六大类化学修饰:甲基化;去氨基化,硫代(S代替碱基的O分子),碱基的同分异构化(尿嘧啶变构生成假尿嘧啶);二价键的饱和化;核苷酸的替代(用不常见的核苷酸替换常见的核苷酸)核酶
核酶(ribozyme)是指一类具有催化功能的RNA分子,通过催化靶位点RNA链中磷酸二酯键的断裂,特异性地剪切底物RNA分子,从而阻断基因的表达.
核酶的催化功能与其空间结构有密切关系,目前已知有多种特殊结构的核酶:
RNaseP的RNA碱基(M1 RNA)、锤头型、发夹型丁型肝炎病毒RNA、1类内含子和2类内含子,大多有hammerhead structure。
不同的核酶可分为两类:
1 剪切型核酶:只剪不接,如M1 RNA
2 剪接型核酶:该酶具有序列特异的内切核酸酶、RNA连接酶等多种酶活性,如1类和2类内含子向左转|向右转

https://www.nature.com/articles/ni.3830.epdf?referrer_access_token=-Pjl2rt1nZv_1Z8JIoznz9RgN0jAjWel9jnR3ZoTv0PyprITrhfI0J5ucCRfVO-aui0xL-EVR7N2JR4xNKbXmYtj4yXphjh43zAiP6r70OSxNUbkTgT9CKdP6rhb181-RAaL3nGfbbFavHe89R525v6eyOP-tI8-8kcwVAVmKJT1UwT0dPSmOENdZt03DCnok55kvZGMawTEwNU1ehYjDg%3D%3D&tracking_referrer=news.sciencenet.cn

针对DDX家族成员在RNA识别和代谢及其在调控抗病毒天然免疫应答中发挥的重要功能,通过筛选多种DDX家族成员在病毒感染巨噬细胞天然免疫应答中的作用,发现了DDX46能显著抑制病毒感染诱导的干扰素表达

DDX46能结合到抗病毒效应分子mRNA的CCGGUU保守基序上,当病毒感染时DDX46与m6A去甲基化酶ALKBH5结合增加,使得与DDX46结合的抗病毒效应分子mRNA发生去甲基化修饰而导致其核滞留,阻滞了这些抗病毒效应分子的蛋白表达从而降低干扰素产生,最终抑制了抗病毒天然免疫应答反应

要收集临床病人的血清做mRNA,每天收集然后集中检测,问题来了:保存的EP管要用DEPC处理过的吗,就算保存时用的无RNA酶的管子,可是抽血的真空管也没处理过啊。我现在就用普通的管子冻在-70了,请教大家这样行不行啊?

相关疾病:肿瘤类癌综合征癌症卵巢癌文章来源:http://www.impactjournals.com/oncotarget/index.php?journal=oncotarget&page=article&op=view&path[]=5029&pubmed-linkout=1Keywords:
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DNA合成RNA需要转录酶,RNA合成DNA需要逆转录酶