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Signalchem/CDKL2 siRNA Set I/20 nmol/C44-911-20
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Signalchem/CDKL2 siRNA Set I/20 nmol/C44-911-20
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Signalchem
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C44-911-20
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Overview:

CDKL2 or cyclin-dependent kinase-like 2 is a member of a large family of CDC2-related serine/threonine protein kinases that is postnatally expressed in various brain regions. The extremely high CDKL2 expression in brain regions suggests that it has a role in cognition and emotion. CDKL2 transcripts increase in the deep cerebellar nuclei of the rabbit after eyeblink conditioning, a model of associative learning and memory CDKL2, also known as p56 KKIAMRE, accumulates primarily in the cytoplasm with lower levels in the nucleus (1). CDKL2 or p56, and the related protein kinase had a similar pattern of mRNA expression except in the reproductive organs. CDKL2 is expressed in several human tissues, with the highest expression in testis and kidney (2).

Gene Aliases:

KKIAMRE; P56

Genbank Number:

NM_003949

References:

1. Meyerson, M.et.al: A family of human cdc2-related protein kinases. EMBO J. 11: 2909-2917, 1992. 2. Taglienti, C. A. et.al: Molecular cloning of the epidermal growth factor-stimulated protein kinase p56 KKIAMRE. Oncogene 13: 2563-2574, 1996

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核酶(ribozyme)是具有催化功能的RNA分子,是生物催化剂,可降解特异的mRNA序列。核酶又称核酸类酶、酶RNA、 核酶类酶RNA。 它的发现打破了酶是蛋白质的传统观念。有一些RNA分子同样具有催化功能。核酶(ribozyme)是一类具有催化活性的RNA分子,通过催化靶位点RNA链中磷酸二酯键的断裂,特异性地剪切... 查看更多>
RNA加工修饰,主要加工方式是切断和碱基修饰,真核生物tRNA前体一般无生物学特性,需要进行加工修饰。... 查看更多>
5月2日,国际权威学术期刊《自然》在线发表了来自中科院上海生物化学与细胞生物学研究所徐国良院士联合复旦大学唐惠儒教授和中科院武汉水生生物研究所黄开耀研究员等多个课题组合作完成的研究成果“A vitamin-C-derived DNA modification catalysed by an algal TET homologue”。该研究首次在莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)这种单细胞真核生物中鉴定到一种新... 查看更多>
昆士兰大学的研究人员发现了DNA修饰,增强了我们消除恐惧的能力。该研究结果发表在“ 自然神经科学 ”杂志上,可以帮助指导恐惧相关焦虑症新疗法的开发。昆士兰大学昆士兰脑研究所(QBI)的Timothy Bredy教授说,虽然恐惧是一种重要的生存机制,它利用环境中的线索来促使某些反应,但是当不再需要恐惧时,抑制恐惧的能力也是如此。“你仍然希望记住那里有危险的东西,我要小心,但你不希望它损害你正常运作的能力,”布雷迪教授说。恐惧灭绝可以起到抵抗 查看更多>
埃默里科学家已经确定了果蝇大脑发育中神秘DNA修饰的功能,这可能会提示其在人类中的作用。结果计划在Molecular Cell上发表。表观遗传学可能意味着“高于基因”,但该领域的许多重点是DNA甲基化,DNA本身的化学修饰。甲基化不会改变实际的DNA字母(A,C,G和T),但它确实改变了细胞处理DNA的方式。通常,它会关闭基因并对细胞分化至关重要。 最常研究的DNA甲基化形式出现在DNA字母C(胞嘧啶)上。果蝇尽管是一种有用的遗传发育模型,却几乎没有这种形式的D 查看更多>
RNA加工修饰,主要加工方式是切断和碱基修饰,真核生物tRNA前体一般无生物学特性,需要进行加工修饰。... 查看更多>
埃默里科学家已经确定了果蝇大脑发育中神秘DNA修饰的功能,这可能会提示其在人类中的作用。结果计划在Molecular Cell上发表。表观遗传学可能意味着“高于基因”,但该领域的许多重点是DNA甲基化,DNA本身的化学修饰。甲基化不会改变实际的DNA字母(A,C,G和T),但它确实改变了细胞处理DNA的方式。通常,它关闭基因并且对于细胞分化是必需的。最常研究的DNA甲基化形式出现在DNA字母C(胞嘧啶)上。果蝇尽管是一种有用的遗传发育模型,却几乎没有这种形式的DNA甲基化 查看更多>
路德维希癌症研究科学家在当前的Nature Biotechnology杂志上报道了一种新的改进方法,用于检测DNA的化学修饰。这些修饰或“表观遗传”标记有助于控制基因表达及其在基因组中的异常分布。在牛津大学路德维希癌症研究所助理成员Chunxiao Song和Benjamin Schuster-Boeckler的带领下,该研究表明他们的方法,称为TET辅助吡啶硼烷测序,或TAPS,是一种损害较小,效率更高的替代品。亚硫酸氢盐测序,目前用于绘制DNA 表观遗传修饰 查看更多>
DNA由四种核苷制成,每种核苷都有自己的字母-A,G,C和T.然而,由于DNA的结构在1953年被破译,科学家们发现了其他几种常被添加到DNA序列中的变体。替换通常的四个字母之一。这些变体可以是传统核苷的修饰形式,通常有助于细胞控制哪些基因被打开和关闭,并且在DNA中被称为“表观遗传标记”。在细菌中,它们还可以保护DNA免受其他生物如病毒的侵袭。到目前为止,这些DNA修饰是偶然发现的,因为科学家在DNA的化学分析中发现了意想不到的信号。然而,麻省理工学院,佛罗里 查看更多>
RNA剪接(RNA splicing):从DNA模板链转录出的最初转录产物中除去内含子,并将外显子连接起来形成一个连续的RNA分子的过程。... 查看更多>
一种新型测序技术或能高效检测癌症相关的DNA修饰 近日,一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究报告中,来自美国路德维希癌症研究所的科学家们通过研究开发了一种新方法来检 查看更多>
2021-09-22
埃默里大学的科学家们发现了一个函数,一个神秘的DNA修饰在果蝇的大脑发育,这可能为它的作用在人类提供线索。研究结果将发表在分子细胞。表观遗传学可能意味着“以上基因”,但很多领域的焦点是DNA甲基化,DNA本身的化学改性。DNA甲基化并不改变实际的字母(A、C、G和T),但它确实改变细胞DNA是如何处理的。一般来说,基因关闭,对细胞分化至关重要。最常见形式的DNA甲基化的研究出现在DNA字母C(胞嘧啶)。果蝇,尽管是一个有用的遗传模型的发展,很少有这种形式的DNA 查看更多>
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这是因为做细胞周期的时候要用荧光染料染DNA,一次判断细胞DNA的相对含量。这些荧光染料,比如PI,可以染核酸,无法特异性的分别DNA和RNA。只有用RNA酶消化掉RNA后,才能消除RNA的干扰。不然DNA和RNA都会被染色。
DNA连接酶:主要是连接DNA片段之间的磷酸二酯键,起连接作用,在基因工程中起作用。
DNA聚合酶:催化脱氧核苷酸之间的聚合反应。主要是脱氧核苷酸之间的磷酸二酯键,在DNA复制中起做用。
DNA聚合酶只能将单个核苷酸加到已有的核酸片段的3′末端的羟基上,形成磷酸二酯键;而DNA连接酶是在两个DNA片段之间形成磷酸二酯键,不是在单个核苷酸与DNA片段之间形成磷酸二酯键。
DNA聚合酶是以一条DNA链为模板,将单个核苷酸通过磷酸二酯键形成一条与模板链互补的DNA链;而DNA连接酶是将DNA双链上的两个缺口同时连接起来。因此DNA连接酶不需要模板。
RNA聚合酶(又称RNA复制酶、RNA合成酶)的催化活性:RNA聚合酶以完整的双链DNA为模板,转录时DNA的双链结构部分解开,转录后DNA仍然保持双链的结构。真核生物RNA聚合酶:真核生物的转录机制要复杂得多,有三种细胞核内的RNA聚合酶:RNA聚合酶I转录rRNA,RNA聚合酶Ⅱ转录mRNA,RNA聚合酶Ⅲ转录tRNA和其它小分子RNA。在RNA复制和转录中起作用。 1.模板RNA的转录合成需要DNA做模板,DNA双链中只有一股链起模板作用,指导RNA合成的一股DNA链称为模板链(template strand)或称反义链(antisense strand),与之相对的另一股链为编码链(coding strand)或称有意义链(sense strand),不对称转录有两方面含义:一是DNA链上只有部分的区段作为转录模板(反义链或模板链),二是模板链并非自始至终位于同一股DNA单链上。
2.RNA聚合酶转录需要RNA聚合酶。原核生物的RNA聚合酶由多个亚基组成:α2ββ'称为核心酶,转录延长只需核心酶即可。α2ββ'σ称为全酶,转录起始前需要σ亚基辨认起始点,所以全酶是转录起始必需的。真核生物RNA聚合酶有RNA-polⅠ、Ⅱ、Ⅲ三种,分别转录45s-rRNA; mRNA(其前体是hnRNA);以及5s-rRNA、snRNA和tRNA。
3.模板与酶的辨认结合
转录模板上有被RNA聚合酶辨认和结合的位点。在转录起始之前被RNA聚合酶结合的DNA部位称为启动子。典型的原核生物启动子序列是-35区的TTGACA序列和-10区的Pribnow盒即TATAAT序列。真核生物的转录上游调控序列统称为顺式作用元件,主要有TATA盒、、CG盒、上游活化序列(酵母细胞)、增强子等等。和顺式作用元件结合的蛋白质都有调控转录的作用,统称为反式作用因子。反式作用因子已发现数百种,能够归类的称为转录因子(TF),相应于RNA-polⅠ、Ⅱ、Ⅲ的是TFⅠ、TFⅡ、TFⅢ。TFⅡ又有A、B、C、D、E、F多种及其亚类。
基本概念:
1.不对称转录:两重含义,一是指双链DNA只有一股单链用作转录模板(模板链);二是对不同基因同一单链上某些区段作为模板链而另一些区段作为编码链,即模板链并非永远在同一单链上。
2. 编码链:DNA双链上不用作转录模板的那一段单链,因其碱基序列除由T代替U而外,其他与转录产物mRNA序列相同而得名。
3.σ(sigma)因子:原核生物RNA聚合酶全酶的成份,功能是辨认转录起始区,这种σ因子称σ70,此外还有分子量不同,功能不同的其他σ因子。
基本要求:掌握转录与复制的区别,转录的不对称性,原核生物的RNA聚合酶的组成及各亚基的功能,真核生物RNA聚合酶的分类、性质及功能,原核生物启动子的结构特点,了解真核生物RNA聚合酶的组成,研究转录起始区的方法。 1.转录起始:转录的起始就是生成由RNA聚合酶,模板和转录5'端首位核苷酸组成的起始复合物。原核生物RNA5'端是嘌呤核苷酸(A、G),而且保留三磷酸核苷的结构,所以其起始复合物是:pppG-DNA-RNA聚合酶。
真核生物起始,生成起始前复合物(PIC)。例如RNA-pol-Ⅱ转录,是由各种TFⅡ相互辨认结合,再与RNA聚合酶结合,并通过TF结合到TATA盒上。
2. 转录延长:转录的延长是以首位核苷酸的3'-OH为基础逐个加人NTP即形成磷酸二醋键,使RNA逐步从5'向3'端生长的过程。在原核生物,因为没有细胞膜的分隔,转录未完成即已开始翻译,而且在同一DNA模板上同时进行多个转录过程。电镜下看到的羽毛状图形和羽毛上的小黑点(多聚核糖体),是转录和翻译高效率的直观表现。
3.转录终止:转录的终止在原核生物分为依赖Rho因子与非依赖Rho因子两类。Rho因子有ATP酶和解螺旋酶两种活性,因此能结合转录产物的3'末端区并使转录停顿及产物RNA脱离DNA模板。非依赖Rho因子的转录终止,其RNA产物3'-端往往形成茎环结构,其后又有一串寡聚U。茎环结构可使因子聚合酶变构而不再前移,寡聚U则有利于RNA不再依附DNA模板链而脱出。因此无论哪一种转录终止都有RNA聚合酶停顿和RNA产物脱出这两个必要过程。真核生物转录终止是和加尾(mRNA的聚腺昔酸poly A)修饰同步进行的。RNA上的加尾修饰点结构特征是有AAAUAA序列。
基本概念:
1.转录起始前复合物 (pre-initiation complex,PIC):是真核生物转录因子与RNA聚合酶一同结合于转录起始前的DNA区域而成的复合物。
2.加尾修饰点:真核生物mRNA转录不是在mRNA的位置上终止,而是在数百个核苷酸之后,研究发现在编码链读码框架的3'端之后,常有一组共同序列AATAAA,再下游还有相当多GC的序列,这些序列称为加尾修饰点,转录越过修饰点后,mRNA在修饰点处被切断,随即加入polyA。
3.Rho因子:是原核生物转录终止因子,有ATP酶和解螺旋酶活性。转录终止也可不依赖Rho因子。
三.真核RNA的转录后加工
1.mRNA转录后加工
真核生物转录生成的RNA,多需经加工后才具备活性,这一过程称为转录后修饰,mRNA转录后修饰包括首、尾修饰和剪接。加尾修饰是和转录终止同步的,5'端修饰主要是指生成帽子结构,即把5'-pppG转变为5'-pmGpppG。其过程需磷酸解、磷酸化和碱基的甲基化。mRNA由hRNA加工而成。真核生物基因由内含子隔断编码序列的外显子,是断裂基因。内含子一般也出现在转录初级产物hRNA。切除内含子,把外显子连结在一起,就是剪接加工。在电镜下看到加工过程,内含子往往被弯曲成套索状,因此称为套索RNA。知道剪接加工中,需要由多种Sn-RNA与蛋白质共同组成的并接体。并接体和hnRNA上的内含子边界序列辨认结合。剪接过程先由含鸟苷酸的酶提供3'-OH对其中内含子5'-端的磷酸二酯键作亲电子攻击使其断裂。断裂的外显子3'-OH对内含子3'-端的磷酸二酯键作亲电子攻击,使刚断出的外显子完全置换了内含子,两个外显子就相连起来,因此这个过程称二次转酯反应。
2.tRNA转录后加工
tRNA的转录后修饰,除了剪接加工外,还包括tRNA链上稀有碱基的形成,以及加上3'端的CCA序列。
3.rRNA的转录后加工
rRNA加工多采用自我剪接的形式。自我剪接的RNA本身形成一种特别的二级结构,称为锤头结构。锤头结构是指复合的茎环组成形态,但其中某些序列上必需是特定的碱基所占据。这种RNA结构,不需要任何蛋白质,就可以水解RNA链上某一特定位点的磷酸二酯键。也就是说,这是一种起催化作用的RNA,现称为核酶。核酶的发现,对酶学、分子生物学,进化生物学都是重要的理论更新,而且,医学上已开始利用人工设计的核酶,去消灭一些作为病原体的RNA病毒或消除一些不利于生命活动的细胞内RNA。
基本概念:
1.剪接修饰:RNA转录初级产物含有非编码组分,通过剪接除去非编码组分,把编码组份连接起来。剪接修饰最常见的是靠并接体协助的二次转酯反应,此外还可有自我剪接及需酶的剪接等剪接方式。
2.外显子:定义为断裂基因上及其转录初级产物上可表达的序列。或转录初级产物上通过拼接作用而保留于成熟的RNA中的核苷酸序列或基因中与成熟RNA相对应的DNA序列.
3.内含子:早期定义为核酸上的非编码序列。随着内含子功能的被拓宽,建议用转录初级产物上通过拼接作用而被去除的RNA序列或基因中与这种RNA序列相对应的DNA序列较全面。
4.并接体:由snRNA和蛋白质组成的核糖核酸蛋白(核蛋白)复合物。其功能是结合内含子两端的边界序列,协助RNA的剪接加工。
5.核酶(ribozyme):具有催化功能(酶的作用)的RNA分子。核酶能起作用的结构,至少含有3个茎(RNA分子内配对形成的局部双链),1至3个环(RNA分子局部双链鼓出的单链)和至少有13个一致性的碱基位点。向左转|向右转
并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶,辅因子的需求切位与作用方式,可将限制酶分为三种类型,简称限制酶,分别是第一型(Type I)。根据限制酶的结构、第二型(Type II)及第三型(Type III)不能,又催化非甲基化的DNA的水解。限制酶又称限制性核酸内切酶,专一对DNA起作用。限制性核酸内切酶是可以识别特定的核苷酸序列。III型限制性内切酶同时具有修饰及认知切割的作用。Ⅰ型限制性内切酶既能催化宿主DNA的甲基化;而Ⅱ型限制性内切酶只催化非甲基化的DNA的水解
RNA提取后有没有必要用DNA酶处理主要和你的用途有关。如果仅仅是扩某个基因,那就无所谓。如果是定量RT-PCR,则最好DNA酶处理一下,或者引物需跨exon.
比如用QIAGEN的RNase-free的DNase处理的,不是加了DNase就结束了,为了去除DNase(蛋白)和buffer等可能影响到后期操作的因素,所以酶解了DNA后必须纯化RNA(QIAGEN的纯化柱),这样得到的RNA才用于定量实验。即使这样,在做real-time PCR时都要加一管仅加RNA的作为阴性对照(排除DNA的污染)。
相同点:都能以DNA为模板,从5'向3'进行核苷酸或脱氧核苷酸的聚合反应。不同点:DNA聚合酶识别脱氧核糖核苷酸,在DNA复制中起作用;而RNA聚合酶聚合的是核糖核苷酸,在转录中起作用。
来自瑞士日内瓦大学的J?rgMorf及其同事发现冷诱导的RNA结合蛋白(CIRP)的周期性积累会受到体温的调控,他们还发现CIRP赋予了昼夜节律振荡器的健壮性。
详情:
http://www.bioku.cn/201212/science-cirp-circADIan-gene-clip-posttranscriptional-modification-fibroblast/
在哺乳动物组织中,节律基因的表达受到局部的振荡器或视交叉上核中生物钟主钟控制的系统信号的调控。本研究发现是受刺激的体温循环而不是外周振荡器,控制纤维母细胞中的冷诱导RNA结合蛋白(CIRP)的节律性表达。反过来,功能缺失性实验表明CIRP是高振幅的节奏基因表达所需的。利用基于生物素-链亲和素的交联和免疫沉淀反应(CLIP),本研究对CIRP结合的RNA进行了全转录组分析,发现了一些编码昼夜节律振荡器蛋白的转录物,包括CLOCK蛋白。此外,在CIRP缺失的纤维母细胞中,CLOCK的含量大大减少。因为在这些细胞中,CLOCK的异位表达提高了节律基因的表达水平,因此我们猜测CIRP通过调节CLOCK的表达水平赋予了昼夜节奏振荡器的健壮性。

要收集临床病人的血清做mRNA,每天收集然后集中检测,问题来了:保存的EP管要用DEPC处理过的吗,就算保存时用的无RNA酶的管子,可是抽血的真空管也没处理过啊。我现在就用普通的管子冻在-70了,请教大家这样行不行啊?

DNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
RNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
DNA解旋酶的作用位点:DNA中互补碱基之间的氢键

https://www.nature.com/articles/ni.3830.epdf?referrer_access_token=-Pjl2rt1nZv_1Z8JIoznz9RgN0jAjWel9jnR3ZoTv0PyprITrhfI0J5ucCRfVO-aui0xL-EVR7N2JR4xNKbXmYtj4yXphjh43zAiP6r70OSxNUbkTgT9CKdP6rhb181-RAaL3nGfbbFavHe89R525v6eyOP-tI8-8kcwVAVmKJT1UwT0dPSmOENdZt03DCnok55kvZGMawTEwNU1ehYjDg%3D%3D&tracking_referrer=news.sciencenet.cn

针对DDX家族成员在RNA识别和代谢及其在调控抗病毒天然免疫应答中发挥的重要功能,通过筛选多种DDX家族成员在病毒感染巨噬细胞天然免疫应答中的作用,发现了DDX46能显著抑制病毒感染诱导的干扰素表达

DDX46能结合到抗病毒效应分子mRNA的CCGGUU保守基序上,当病毒感染时DDX46与m6A去甲基化酶ALKBH5结合增加,使得与DDX46结合的抗病毒效应分子mRNA发生去甲基化修饰而导致其核滞留,阻滞了这些抗病毒效应分子的蛋白表达从而降低干扰素产生,最终抑制了抗病毒天然免疫应答反应

相关疾病:肿瘤类癌综合征癌症卵巢癌文章来源:http://www.impactjournals.com/oncotarget/index.php?journal=oncotarget&page=article&op=view&path[]=5029&pubmed-linkout=1Keywords:
般来讲是可以的.
不过这种类似的RNA酶清除剂是一种广泛的蛋白灭活剂,如果你配置处理的溶液要用于类似一些酶蛋白的溶液体系,那就不可以用RNA酶清除剂来处理了,否则会影响需要用到的酶的活性
酶主要属于蛋白质,少量为RNA,RNA水解酶就属于蛋白质.目的在于说明RNA水解酶带“RNA”但其实质是蛋白质而不能理解为是RNA.