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5月2日,国际权威学术期刊《自然》在线发表了来自中科院上海生物化学与细胞生物学研究所徐国良院士联合复旦大学唐惠儒教授和中科院武汉水生生物研究所黄开耀研究员等多个课题组合作完成的研究成果“A vitamin-C-derived DNA modification catalysed by an algal TET homologue”。该研究首次在莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)这种单细胞真核生物中鉴定到一种新... 查看更多>
RNA剪接(RNA splicing):从DNA模板链转录出的最初转录产物中除去内含子,并将外显子连接起来形成一个连续的RNA分子的过程。... 查看更多>
路德维希癌症研究科学家在当前的Nature Biotechnology杂志上报道了一种新的改进方法,用于检测DNA的化学修饰。这些修饰或“表观遗传”标记有助于控制基因表达及其在基因组中的异常分布。在牛津大学路德维希癌症研究所助理成员Chunxiao Song和Benjamin Schuster-Boeckler的带领下,该研究表明他们的方法,称为TET辅助吡啶硼烷测序,或TAPS,是一种损害较小,效率更高的替代品。亚硫酸氢盐测序,目前用于绘制DNA 表观遗传修饰 查看更多>
埃默里科学家已经确定了果蝇大脑发育中神秘DNA修饰的功能,这可能会提示其在人类中的作用。结果计划在Molecular Cell上发表。表观遗传学可能意味着“高于基因”,但该领域的许多重点是DNA甲基化,DNA本身的化学修饰。甲基化不会改变实际的DNA字母(A,C,G和T),但它确实改变了细胞处理DNA的方式。通常,它关闭基因并且对于细胞分化是必需的。最常研究的DNA甲基化形式出现在DNA字母C(胞嘧啶)上。果蝇尽管是一种有用的遗传发育模型,却几乎没有这种形式的DNA甲基化 查看更多>
核酶(ribozyme)是具有催化功能的RNA分子,是生物催化剂,可降解特异的mRNA序列。核酶又称核酸类酶、酶RNA、 核酶类酶RNA。 它的发现打破了酶是蛋白质的传统观念。有一些RNA分子同样具有催化功能。核酶(ribozyme)是一类具有催化活性的RNA分子,通过催化靶位点RNA链中磷酸二酯键的断裂,特异性地剪切... 查看更多>
DNA活性可以改变而不改变DNA片段本身的序列。基因激活和失活可以是物种如何产生独特个体的基础。在模式物种的背景下,很好地理解了一些改变基因活性的过程。然而,科学家仍在努力解决一些过程,如DNA甲基化,如何改变许多不同生物体中的基因活性。考虑到地球上的自然变异量,适用于所有物种的更广泛的理论已被证明是难以捉摸的。现在,一组科学家发表了一项关于自然生态学和进化的研究,比较和关联40种不同真菌物种的DNA甲基化。该论文是开发统一DNA甲基化理论的一项更大努力的一部分,开始填补与DNA甲基化 查看更多>
合成服务介绍: DNA修饰标记探针是分子生物学实验中常用的工具型产品,广泛应用于基因分型、疾病分子诊断、基因表达检测、食品安全DNA检验等实验项目。目前我们可以提供包括:LNA、稀有碱基、磷酸、巯基、硫代、氨基、间臂Spacer、生物素、di高辛、荧光标记、淬灭基团等修饰。可根据客户的个性化需求在引物5’端、3’端或特别指定的任一位置标记不同的荧光基团,如FAM、HEX、CY3、CY5、VIC、ROX等。除了单荧光基团修饰,我们也提供MGB、BHQ、Dabcyl、TAMRA、ecl 查看更多>
埃默里大学的科学家们发现了一个函数,一个神秘的DNA修饰在果蝇的大脑发育,这可能为它的作用在人类提供线索。研究结果将发表在分子细胞。表观遗传学可能意味着“以上基因”,但很多领域的焦点是DNA甲基化,DNA本身的化学改性。DNA甲基化并不改变实际的字母(A、C、G和T),但它确实改变细胞DNA是如何处理的。一般来说,基因关闭,对细胞分化至关重要。最常见形式的DNA甲基化的研究出现在DNA字母C(胞嘧啶)。果蝇,尽管是一个有用的遗传模型的发展,很少有这种形式的DNA 查看更多>
埃默里科学家已经确定了果蝇大脑发育中神秘DNA修饰的功能,这可能会提示其在人类中的作用。结果计划在Molecular Cell上发表。表观遗传学可能意味着“高于基因”,但该领域的许多重点是DNA甲基化,DNA本身的化学修饰。甲基化不会改变实际的DNA字母(A,C,G和T),但它确实改变了细胞处理DNA的方式。通常,它会关闭基因并对细胞分化至关重要。 最常研究的DNA甲基化形式出现在DNA字母C(胞嘧啶)上。果蝇尽管是一种有用的遗传发育模型,却几乎没有这种形式的D 查看更多>
聚合酶(polymerase)又称DNA聚合酶。是专门生物催化合成脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)的一类酶的统称。1957年,美国科学家阿瑟·科恩伯格(Arthur Kornberg)发现。... 查看更多>
埃默里科学家已经确定了果蝇大脑发育中神秘DNA修饰的功能,这可能会提示其在人类中的作用。结果计划在Molecular Cell上发表。表观遗传学可能意味着“高于基因”,但该领域的许多重点是DNA甲基化,DNA本身的化学修饰。甲基化不会改变实际的DNA字母(A,C,G和T),但它确实改变了细胞处理DNA的方式。通常,它关闭基因并且对于细胞分化是必需的。最常研究的DNA甲基化形式出现在DNA字母C(胞嘧啶)上。果蝇尽管是一种有用的遗传发育模型,却几乎没有这种形式的DNA甲基化 查看更多>
昆士兰大学的研究人员发现了DNA修饰,增强了我们消除恐惧的能力。该研究结果发表在“ 自然神经科学 ”杂志上,可以帮助指导恐惧相关焦虑症新疗法的开发。昆士兰大学昆士兰脑研究所(QBI)的Timothy Bredy教授说,虽然恐惧是一种重要的生存机制,它利用环境中的线索来促使某些反应,但是当不再需要恐惧时,抑制恐惧的能力也是如此。“你仍然希望记住那里有危险的东西,我要小心,但你不希望它损害你正常运作的能力,”布雷迪教授说。恐惧灭绝可以起到抵抗 查看更多>
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RNA提取后有没有必要用DNA酶处理主要和你的用途有关。如果仅仅是扩某个基因,那就无所谓。如果是定量RT-PCR,则最好DNA酶处理一下,或者引物需跨exon.
比如用QIAGEN的RNase-free的DNase处理的,不是加了DNase就结束了,为了去除DNase(蛋白)和buffer等可能影响到后期操作的因素,所以酶解了DNA后必须纯化RNA(QIAGEN的纯化柱),这样得到的RNA才用于定量实验。即使这样,在做real-time PCR时都要加一管仅加RNA的作为阴性对照(排除DNA的污染)。
DNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
RNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
DNA解旋酶的作用位点:DNA中互补碱基之间的氢键
RNA酶抑制剂的分类 123
潇潇2糶2017-11-27
1、焦碳酸二乙酯(DEPC):是一种强烈但不彻底的RNA酶抑制剂,他通过和RNA酶的活性基因团组氨酸的咪唑环结合使蛋白质变性,从而抑制酶的活性。
2、异硫氰酸胍:目前认为是最有效的RNA酶抑制剂,它在裂解组织的同时也使RNA酶失活,它既可破坏细胞结构使核酸从核蛋白中解离出来,又对RNA酶有强烈的变性作用。
3、氧钒核糖核苷复合物:由氧化钒离子和核苷形成的复合物,它和RNA酶结合形式过渡类物质,几乎能完全抑制RNA酶的活性。
4、RNA酶的蛋白质抑制剂(RNasin):从大鼠肝或人胚盘中提取得来的酸性糖蛋白.Rnasin是RNA酶的一种非竞争性抑制剂,可以和多种RNA酶结合,使其失活。
5、其他:SDS、尿素、硅藻土等对RNA酶也有一定的抑制作用。
2015年6月15日,北京大学生命科学学院伊成器研究组在《NatureChemicalBIOLOGy》杂志在线发表题为“Chemicalpulldownrevealsdynamicpseudouridylationofthemammaliantranscriptome”的研究论文(DOI:10.1038/nchembio.1836)。文章报道了一种通过化学标记和富集手段实现全转录组水平上假尿嘧啶RNA修饰的单碱基分辨率测序技术CeU-Seq,并绘制了人和小鼠细胞转录组中假尿嘧啶RNA修饰的谱图。

CeU-Seq绘制人及小鼠全转录组假尿嘧啶RNA修饰谱图。
(a)CeU-seq流程图;(b)人细胞系及小鼠大脑和肝脏组织全转录组水平假尿嘧啶修饰分布;(c)转录组中假尿嘧啶修饰呈现出“刺激条件特异性”的特点。
转录后修饰在生命体中广泛存在(已发现100多种),而假尿嘧啶RNA修饰就是其中最主要的一种。假尿嘧啶在多种非编码RNA(tRNA、rRNA、snRNA等)上的功能与机制已有较多研究;然而,对于信使RNA(messengerRNA,mRNA)上假尿嘧啶的分布和潜在生物学功能,目前知之甚少。最主要的难题,就是如何实现假尿嘧啶在mRNA上的精准定位。
为了研究哺乳动物转录组中的假尿嘧啶修饰,伊成器课题组首先利用高分辨质谱对mRNA中的假尿嘧啶修饰进行定量,发现其广泛存在于各种细胞系及小鼠的组织当中,并且在哺乳动物mRNA中丰度相当高。该研究继而通过化学生物学、高通量测序等手段,发展了“CeU-Seq”—一种利用小分子化合物实现特异性标记与富集的假尿嘧啶高通量测序技术。利用这一技术,该研究成功实现了人细胞系以及小鼠(大脑与肝脏组织)全转录组水平的单碱基分辨率假尿嘧啶检测,发现在数千个mRNA与长非编码RNA(lncRNA)上都含有假尿嘧啶修饰。该研究进一步确定了多个可以作用于mRNA上的假尿嘧啶合成酶(其中PUS1、DKC1两种酶之前被发现与线粒体肌病、先天性角化不良等人类疾病相关),并且发现转录组中假尿嘧啶的含量与分布均会受到各种环境刺激的调控,呈现出“刺激条件特异性”的诱导修饰。因此,该研究不但揭示了假尿嘧啶的广泛存在、绘制了转录组中假尿嘧啶RNA修饰的高清谱图,也为这一转录后修饰参与基因表达调控的研究提供了重要工具、为近年来兴起的“RNA表观遗传学”领域提供了崭新的研究方向。
北京大学生科院博士生李笑雨(PTN-BBS联合培养项目)、生命中心博士生朱平、博士生马士清是这篇论文的并列第一作者,生命科学学院伊成器研究员是该论文的通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、科技部973计划和北大清华生命科学联合中心的资助。
原文链接:http://www.nature.com/nchembio/journal/vaop/ncurrent/full/nchembio.1836.html
般来讲是可以的.
不过这种类似的RNA酶清除剂是一种广泛的蛋白灭活剂,如果你配置处理的溶液要用于类似一些酶蛋白的溶液体系,那就不可以用RNA酶清除剂来处理了,否则会影响需要用到的酶的活性
于生命起源的各种假说中,至今日仍无有力的结果可说明功能是如何在不同的系统间进行传承。然而,利用活体外演化技术将RNA酶(ribozyme)转换成DNA酶(deoxyribozyme),研究人员不但证明两种相似序列的巨分子系统间功能转移的可能性,也为难解的生命起源之谜提供了些许的线索。

从地球形成之初的一片混沌到第一个生命的出现,期间究竟发生了哪些事情一直是许多科学家想知道的事情。藉由巴斯德对于自然发生说的驳斥到达尔文的天择说,我们对于生命的起源这个大问题(BigQuestion)的答案也慢慢有越来越多的认识,而透过具有催化功能之RNA的发现,“RNA世界(RNAworld)”的假说也渐渐成为目前解释生命起源里最主流的说法。

尽管RNA同时具有可携带遗传讯息与催化的能力,使其被认为最适合作为早期的生命物质,但在RNA之前的生命物质为何、RNA如何将携带遗传讯息的能力传给目前的DNA及如何将酶催化等功能移转给蛋白质等问题却一直缺乏有力的假说。特别是功能(例如酶活性),由于其系取决于三度空间之排列方式,功能并无法如遗传讯息般,可经由配对(base-pairing)方式有效地在DNA与RNA之间以线性方式传递,造成生物分子间的功能传递机制始终不明。

藉由活体外演化的技术,来自ScrippsResearchInstitute的研究人员成功证明了两种系统间除了遗传讯息可透过一对一对应之方式转移,在一定次数的突变下,功能也有可能在两系统间进行转移。于其实验中,研究人员以R3CRNA连接(由57个核酸所组成的RNA酶)为基础先合成了相对应的DNA序列,如所预期,初合成之DNA序列并不具任何催化活性。然而,在透过一定循环的活体外演化技术后,科学家成功地在试管中发现了一段具有和原始之RNA连接?活性相当的DNA序列,这证明了以核酸为基础之遗传讯息系统之间,除了遗传讯息可透过线性的方式进行传递,在一定次数的突变之下,功能也可以同样的方式在两系统间进行转移。

原学术论文:
NatashaPaul,GregSpringsteen,andGeraldF.Joyce,2006,ConversionofaRibozymetoaDeoxyribozymethroughInVitroEvolution,Chemistry&BIOLOGy,13,p.329–338

https://www.nature.com/articles/ni.3830.epdf?referrer_access_token=-Pjl2rt1nZv_1Z8JIoznz9RgN0jAjWel9jnR3ZoTv0PyprITrhfI0J5ucCRfVO-aui0xL-EVR7N2JR4xNKbXmYtj4yXphjh43zAiP6r70OSxNUbkTgT9CKdP6rhb181-RAaL3nGfbbFavHe89R525v6eyOP-tI8-8kcwVAVmKJT1UwT0dPSmOENdZt03DCnok55kvZGMawTEwNU1ehYjDg%3D%3D&tracking_referrer=news.sciencenet.cn

针对DDX家族成员在RNA识别和代谢及其在调控抗病毒天然免疫应答中发挥的重要功能,通过筛选多种DDX家族成员在病毒感染巨噬细胞天然免疫应答中的作用,发现了DDX46能显著抑制病毒感染诱导的干扰素表达

DDX46能结合到抗病毒效应分子mRNA的CCGGUU保守基序上,当病毒感染时DDX46与m6A去甲基化酶ALKBH5结合增加,使得与DDX46结合的抗病毒效应分子mRNA发生去甲基化修饰而导致其核滞留,阻滞了这些抗病毒效应分子的蛋白表达从而降低干扰素产生,最终抑制了抗病毒天然免疫应答反应

DNA合成RNA需要转录酶,RNA合成DNA需要逆转录酶
在哺乳动物细胞,RNA的转录在核内,而翻译在胞质中,所以需要一个RNA从核到胞质的转运过程。这种情况同样适用于HIV——整合到宿主的病毒基因在转录后也需要这一过程。

人们已经发现:HIV的Rev蛋白募集细胞转运因子Crm1来转运HIV-1的一些必须mRNA。而宿主mRNA的转运主要依赖另一个转运因子:theTap–Nxt1dimer。另外宿主mRNA的转运还需要另一个的酶——Dbp5的参与。Dbp5是含DEAD-box的解旋酶家族的一个成员。DEAD-box解旋酶利用ATP释放的能量来伸展RNA结构,游离RNA-蛋白质复合体。这个蛋白家族被认为和RNA的每一个步骤都有关系包括:前mRNA的剪切,mRNA的转运,核糖体的组装,mRNA的翻译等。Dbp5首先再酵母中被鉴定发现——积聚的核边缘的胞浆蛋白,对核mRNA的转运是必须的。后来的研究还发现其与核孔复合体(NPCs)有特异的association。最近的实验还发现Dbp5在核和胞浆之间穿梭。

给青蛙卵注射突变的Dbp5(不能利用ATP)可以阻断细胞mRNA的转运,而不影响Rev-Crm1介导的HIV-1的mRNA的转运!这有两种可能性:1,Rev-Crm1介导的mRNA不需要remodelling;2,它依赖其他的解旋酶。

Yedavalli等发现DEAD家族的另一个成员:DDX3,证实了后一种假设。——过表达的DDX3可以特异的增强Rev-Crm1依赖的核mRNA转录;抑制DDX3则相反。且DDX3可以与Crm1和Rev在体内特异的结合。所以作者认为这可能是HIV治疗的又一靶点。但这仍存有疑问:进化中DDX3不可能只为了HIVmRNA的转运而存在,抑制它可能会有不可预测或有害的后果。

cell上Yedavalli等发表的该文章的全文:http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSN-4DN8MNH-9&_coverDate=10%2F29%2F2004&_alid=235528316&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_qd=1&_cdi=7051&_sort=d&view=c&_acct=C000053666&_version=1&_urlVersion=0&_userid=1553337&md5=7cf4d401bba6145b024a32f3309cc453
Nature上对该文章的一篇评述:NuclearRNAexportunwound——ThewaysinwhichHIVcansubvertcellularprocessesforitsownendsseemboundless.Thelatestdiscovery—acellularenzymethathelpstoexportHIVRNAfromthenucleus—revealsapossIBLedrugtarget。
相同点:都能以DNA为模板,从5'向3'进行核苷酸或脱氧核苷酸的聚合反应。不同点:DNA聚合酶识别脱氧核糖核苷酸,在DNA复制中起作用;而RNA聚合酶聚合的是核糖核苷酸,在转录中起作用。
这是因为做细胞周期的时候要用荧光染料染DNA,一次判断细胞DNA的相对含量。这些荧光染料,比如PI,可以染核酸,无法特异性的分别DNA和RNA。只有用RNA酶消化掉RNA后,才能消除RNA的干扰。不然DNA和RNA都会被染色。
并在每条链中特定部位的两个核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶,辅因子的需求切位与作用方式,可将限制酶分为三种类型,简称限制酶,分别是第一型(Type I)。根据限制酶的结构、第二型(Type II)及第三型(Type III)不能,又催化非甲基化的DNA的水解。限制酶又称限制性核酸内切酶,专一对DNA起作用。限制性核酸内切酶是可以识别特定的核苷酸序列。III型限制性内切酶同时具有修饰及认知切割的作用。Ⅰ型限制性内切酶既能催化宿主DNA的甲基化;而Ⅱ型限制性内切酶只催化非甲基化的DNA的水解
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