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- Autophagy induction in atrophic muscle cells requires ULK1 activation by TRIM32 through unanchored K63-linked polyubiquitin chainsAuthors: M Di Rienzo, M Antonioli, C Fusco, Y Liu, M Mari, I Orhon, G Refolo, F Germani, M Corazzari, A Romagnoli, F Ciccosanti, B Mandriani, MT Pellico, R De La Torr, H Ding, M Dentice, M Neri, A Ferlini, F Reggiori, M Kulesz-Mar, M Piacentini, G Merla, GM FimiaSci Adv, 2019;5(5):eaau8857.2019
- The mammalian CTLH complex is an E3 ubiquitin ligase that targets its subunit muskelin for degradationAuthors: MER Maitland, G Onea, CA Chiasson, X Wang, J Ma, SE Moor, KR Barber, GA Lajoie, GS Shaw, C Schild-PouSci Rep, 2019;9(1):9864.2019
- HSPA5 negatively regulates lysosomal activity through ubiquitination of MUL1 in head and neck cancerAuthors: SY Kim, HJ Kim, HJ Kim, DH Kim, CH Kim, JH Han, HK Byeon, K LeeAutophagy, 2017;0(0):1-89.2017
- C. elegans ring finger protein RNF-113 is involved in interstrand DNA crosslink repair and interacts with a RAD51C homolog.Authors: Lee, Hyojin, Alpi, Arno F, Park, Mi So, Rose, Ann, Koo, Hyeon-SoPLoS ONE, 2013;8(3):e60071.2013
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人们已经发现:HIV的Rev蛋白募集细胞转运因子Crm1来转运HIV-1的一些必须mRNA。而宿主mRNA的转运主要依赖另一个转运因子:theTap–Nxt1dimer。另外宿主mRNA的转运还需要另一个的酶——Dbp5的参与。Dbp5是含DEAD-box的解旋酶家族的一个成员。DEAD-box解旋酶利用ATP释放的能量来伸展RNA结构,游离RNA-蛋白质复合体。这个蛋白家族被认为和RNA的每一个步骤都有关系包括:前mRNA的剪切,mRNA的转运,核糖体的组装,mRNA的翻译等。Dbp5首先再酵母中被鉴定发现——积聚的核边缘的胞浆蛋白,对核mRNA的转运是必须的。后来的研究还发现其与核孔复合体(NPCs)有特异的association。最近的实验还发现Dbp5在核和胞浆之间穿梭。
给青蛙卵注射突变的Dbp5(不能利用ATP)可以阻断细胞mRNA的转运,而不影响Rev-Crm1介导的HIV-1的mRNA的转运!这有两种可能性:1,Rev-Crm1介导的mRNA不需要remodelling;2,它依赖其他的解旋酶。
Yedavalli等发现DEAD家族的另一个成员:DDX3,证实了后一种假设。——过表达的DDX3可以特异的增强Rev-Crm1依赖的核mRNA转录;抑制DDX3则相反。且DDX3可以与Crm1和Rev在体内特异的结合。所以作者认为这可能是HIV治疗的又一靶点。但这仍存有疑问:进化中DDX3不可能只为了HIVmRNA的转运而存在,抑制它可能会有不可预测或有害的后果。
cell上Yedavalli等发表的该文章的全文:http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSN-4DN8MNH-9&_coverDate=10%2F29%2F2004&_alid=235528316&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_qd=1&_cdi=7051&_sort=d&view=c&_acct=C000053666&_version=1&_urlVersion=0&_userid=1553337&md5=7cf4d401bba6145b024a32f3309cc453
Nature上对该文章的一篇评述:NuclearRNAexportunwound——ThewaysinwhichHIVcansubvertcellularprocessesforitsownendsseemboundless.Thelatestdiscovery—acellularenzymethathelpstoexportHIVRNAfromthenucleus—revealsapossIBLedrugtarget。
要收集临床病人的血清做mRNA,每天收集然后集中检测,问题来了:保存的EP管要用DEPC处理过的吗,就算保存时用的无RNA酶的管子,可是抽血的真空管也没处理过啊。我现在就用普通的管子冻在-70了,请教大家这样行不行啊?
大家都知道,提取RNA的时候,去除RNA酶污染,有时候是非常关键的。好多情况下,我们都是在用DEPC,但是DEPC有毒,又容易和Tris试剂中的巯基反应,没办法配制Tris试剂。
我看到过一些资料好像是说氢氧化钠配制的溶液也可以去除RNA酶,按照道理来讲,高浓度的碱可以使得蛋白变性,自然也可以使得RNA酶变性。
然后我试了试,我配制1Mol/L的氢氧化钠,这个浓度已经很高了,用配制的氢氧化钠去处理了一些吸管,烧杯,提取过程中要用到的东西。然后我又用无RNA酶水(这个实验室以前配制了不少)泡了泡这些氢氧化钠处理过的吸管烧杯之类的东西。自然,我也提取RNA试了试,似乎却没有成功。我发现最后提取的RNA浓度低,仅仅为20纳克/微升。虽然A260/A280,比值能到1.98,还不错。但是浓度很低。我跑电泳就能够猜到,没有看出来有条带。自然我后面做pcr的actin也没有结果。
虽然我这次用到的组织样,可能很少,只有小指甲的三分之一,但对于是否提取出来了RNA,我依然产生了怀疑。
幸亏我是做一个植物标本,我还有无限制的样本可以让我折腾。因此我想问的是,NaOH到底能不能去除RNA酶污染。
如果可以,该怎么用。该怎么用,该怎么用。
https://www.nature.com/articles/ni.3830.epdf?referrer_access_token=-Pjl2rt1nZv_1Z8JIoznz9RgN0jAjWel9jnR3ZoTv0PyprITrhfI0J5ucCRfVO-aui0xL-EVR7N2JR4xNKbXmYtj4yXphjh43zAiP6r70OSxNUbkTgT9CKdP6rhb181-RAaL3nGfbbFavHe89R525v6eyOP-tI8-8kcwVAVmKJT1UwT0dPSmOENdZt03DCnok55kvZGMawTEwNU1ehYjDg%3D%3D&tracking_referrer=news.sciencenet.cn
针对DDX家族成员在RNA识别和代谢及其在调控抗病毒天然免疫应答中发挥的重要功能,通过筛选多种DDX家族成员在病毒感染巨噬细胞天然免疫应答中的作用,发现了DDX46能显著抑制病毒感染诱导的干扰素表达
DDX46能结合到抗病毒效应分子mRNA的CCGGUU保守基序上,当病毒感染时DDX46与m6A去甲基化酶ALKBH5结合增加,使得与DDX46结合的抗病毒效应分子mRNA发生去甲基化修饰而导致其核滞留,阻滞了这些抗病毒效应分子的蛋白表达从而降低干扰素产生,最终抑制了抗病毒天然免疫应答反应
详情:http://www.bioku.cn/201212/science-cirp-circADIan-gene-clip-posttranscriptional-modification-fibroblast/
在哺乳动物组织中,节律基因的表达受到局部的振荡器或视交叉上核中生物钟主钟控制的系统信号的调控。本研究发现是受刺激的体温循环而不是外周振荡器,控制纤维母细胞中的冷诱导RNA结合蛋白(CIRP)的节律性表达。反过来,功能缺失性实验表明CIRP是高振幅的节奏基因表达所需的。利用基于生物素-链亲和素的交联和免疫沉淀反应(CLIP),本研究对CIRP结合的RNA进行了全转录组分析,发现了一些编码昼夜节律振荡器蛋白的转录物,包括CLOCK蛋白。此外,在CIRP缺失的纤维母细胞中,CLOCK的含量大大减少。因为在这些细胞中,CLOCK的异位表达提高了节律基因的表达水平,因此我们猜测CIRP通过调节CLOCK的表达水平赋予了昼夜节奏振荡器的健壮性。
RNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
DNA解旋酶的作用位点:DNA中互补碱基之间的氢键
从地球形成之初的一片混沌到第一个生命的出现,期间究竟发生了哪些事情一直是许多科学家想知道的事情。藉由巴斯德对于自然发生说的驳斥到达尔文的天择说,我们对于生命的起源这个大问题(BigQuestion)的答案也慢慢有越来越多的认识,而透过具有催化功能之RNA的发现,“RNA世界(RNAworld)”的假说也渐渐成为目前解释生命起源里最主流的说法。
尽管RNA同时具有可携带遗传讯息与催化的能力,使其被认为最适合作为早期的生命物质,但在RNA之前的生命物质为何、RNA如何将携带遗传讯息的能力传给目前的DNA及如何将酶催化等功能移转给蛋白质等问题却一直缺乏有力的假说。特别是功能(例如酶活性),由于其系取决于三度空间之排列方式,功能并无法如遗传讯息般,可经由配对(base-pairing)方式有效地在DNA与RNA之间以线性方式传递,造成生物分子间的功能传递机制始终不明。
藉由活体外演化的技术,来自ScrippsResearchInstitute的研究人员成功证明了两种系统间除了遗传讯息可透过一对一对应之方式转移,在一定次数的突变下,功能也有可能在两系统间进行转移。于其实验中,研究人员以R3CRNA连接(由57个核酸所组成的RNA酶)为基础先合成了相对应的DNA序列,如所预期,初合成之DNA序列并不具任何催化活性。然而,在透过一定循环的活体外演化技术后,科学家成功地在试管中发现了一段具有和原始之RNA连接?活性相当的DNA序列,这证明了以核酸为基础之遗传讯息系统之间,除了遗传讯息可透过线性的方式进行传递,在一定次数的突变之下,功能也可以同样的方式在两系统间进行转移。
原学术论文:
NatashaPaul,GregSpringsteen,andGeraldF.Joyce,2006,ConversionofaRibozymetoaDeoxyribozymethroughInVitroEvolution,Chemistry&BIOLOGy,13,p.329–338

