Recombinant Human Di-Ub (K63-linked) FRET TAMRA Pos3, CF Summary
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Carrier Free
CF stands for Carrier Free (CF). We typically add Bovine Serum Albumin (BSA) as a carrier protein to our recombinant proteins.Adding a carrier protein enhances protein stability, increases shelf-life, and allows the recombinant protein to be stored at a more dilute concentration.The carrier free version does not contain BSA.
In general, we advise purchasing the recombinant protein with BSA for use in cell or tissue culture, or as an ELISA standard.In contrast, the carrier free protein is recommended for applications, in which the presence of BSA could interfere.
UF-330
| Formulation | X mg/ml (X µM) in 50 mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 2 mM DTT |
| Shipping | The product is shipped with dry ice or equivalent. Upon receipt, store it immediately at the temperature recommended below. |
| Stability & Storage: | Protect from light. Use a manual defrost freezer and avoid repeated freeze-thaw cycles.
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Reconstitution Calculator
Background: Di-Ubiquitin
With a predicted molecular weight of 17 kDa, Di-Ubiquitin is composed of two Ubiquitin monomers that are covalently linked through an isopeptide bond, which typically form between a lysine residue of one Ubiquitin molecule and the C-terminal glycine residue of another Ubiquitin molecule (1). Each human Ubiquitin monomer is 76 amino acids (aa) in length and shares 96% and 100% aa identity with yeast andmouse Ubiquitin, respectively (2). Ubiquitin has seven lysine residues that can participate in the formation of poly-Ubiquitin chains. The specific lysine residue used in Ubiquitin conjugation is thought to determine the function of poly-ubiquitination in cellular processes such as protein degradation, signaling, and trafficking (3-8).
Linkage specific di-Ubiquitin is a substrate for enzymes that cleave the isopeptide linkage between two Ubiquitin molecules. These FRET-based DUB substrates with isopeptide bonds between Ubiquitin moieties are superior to gel densitometry assays. Since DUBs recognize and cleave substrates with specific steric conditions, each substrate varies in the position of the fluorophore and quencher and must be empirically tested for individual enzymes.
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Citations for Recombinant Human Di-Ub (K63-linked) FRET TAMRA Pos3, CF
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- The AMSH3 ESCRT-III-Associated Deubiquitinase Is Essential for Plant ImmunityAuthors: T Schultz-La, A Lenk, K Kalinowska, LK Vestergaar, C Pedersen, E Isono, H Thordal-ChCell Rep, 2018;25(9):2329-2338.e5.Species: Plant - Arabidopsis thalianaSample Types: Recombinant ProteinApplications: Ubiquitination
- Arabidopsis SH3P2 is an ubiquitin-binding protein that functions together with ESCRT-I and the deubiquitylating enzyme AMSH3Authors: MK Nagel, K Kalinowska, K Vogel, GD Reynolds, Z Wu, F Anzenberge, M Ichikawa, C Tsutsumi, MH Sato, B Kuster, SY Bednarek, E IsonoProc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2017;0(0):.Species: N/ASample Types: Recombinant ProteinApplications: Bioassay
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比如用QIAGEN的RNase-free的DNase处理的，不是加了DNase就结束了，为了去除DNase（蛋白）和buffer等可能影响到后期操作的因素，所以酶解了DNA后必须纯化RNA（QIAGEN的纯化柱），这样得到的RNA才用于定量实验。即使这样，在做real-time PCR时都要加一管仅加RNA的作为阴性对照（排除DNA的污染）。
https://www.nature.com/articles/ni.3830.epdf?referrer_access_token=-Pjl2rt1nZv_1Z8JIoznz9RgN0jAjWel9jnR3ZoTv0PyprITrhfI0J5ucCRfVO-aui0xL-EVR7N2JR4xNKbXmYtj4yXphjh43zAiP6r70OSxNUbkTgT9CKdP6rhb181-RAaL3nGfbbFavHe89R525v6eyOP-tI8-8kcwVAVmKJT1UwT0dPSmOENdZt03DCnok55kvZGMawTEwNU1ehYjDg%3D%3D&tracking_referrer=news.sciencenet.cn
针对DDX家族成员在RNA识别和代谢及其在调控抗病毒天然免疫应答中发挥的重要功能，通过筛选多种DDX家族成员在病毒感染巨噬细胞天然免疫应答中的作用，发现了DDX46能显著抑制病毒感染诱导的干扰素表达
DDX46能结合到抗病毒效应分子mRNA的CCGGUU保守基序上，当病毒感染时DDX46与m6A去甲基化酶ALKBH5结合增加，使得与DDX46结合的抗病毒效应分子mRNA发生去甲基化修饰而导致其核滞留，阻滞了这些抗病毒效应分子的蛋白表达从而降低干扰素产生，最终抑制了抗病毒天然免疫应答反应
真核生物中有3种依赖DNA的RNA聚合酶，即RNA聚合酶I 、II、 III。RNA聚合酶I主要负责转录rRNA，RNA聚合酶II负责催化合成mRNA。
遗传信息从DNA分子转录到RNA分子中的过程称为转录(transcription)。在真核生物中，最初转录生成的RNA称为不均一核RNA(heterogeneous nuclear RNA,hnRNA)。核内不均一RNA 为存在于真核生物细胞核中的不稳定、大小不均的一组高分子RNA(分子量约为105~2×107，沉降系数约为30-100S)之总称。占细胞全部RNA之百分之几，在核内主要存在于核仁的外侧。认为hnRNA多属信使RNA(messenger ribonucleic acid，mRNA)之前体，包括各种基因的转录产物及其成为mRNA前的各中间阶段的分子，在5'末端多附有间隙结构，而3'的末端附有多聚腺苷酸聚合酶分子。这些hn-RNA在受到加工之后，移至细胞质，作为mRNA而发挥其功能。大部分的hnRNA在核内与各种特异的蛋白质形成复合体而存在着。
前信使RNA（英语：Precursor mRNA，简称为前mRNA）是一种未成熟的单链信使核糖核酸（mRNA）。前mRNA是从细胞核中的DNA模板通过转录而合成的。前mRNA构成了不均一核RNA（或称为核内异质RNA或核内不均一RNA，简称为hnRNA）数量上的主体。hnRNA这一术语通常被用作为前mRNA的同义词，尽管，在严格的意义上说，hnRNA可以包含那些并不最终成为胞浆中mRNA的细胞核RNA转录物。一旦前信使RNA被完全加工完成，他就被叫做“成熟信使RNA”、“成熟mRNA”或被称为“mRNA”。真核前信使RNA在其被加工成为mRNA之前仅短暂地存在。前信使RNA包含有两种片段，外显子与内含子。外显子是在最终的mRNA之中被保留下来的片段，然而内含子则在一步称为剪接的过程中被除去，这一步由剪接体实行（自剪接内含子除外）。
对于真核前信使RNA，附加了对5'与3'修饰的追加加工步骤。其中包括了加上7-甲基鸟苷的5'端帽以及多腺苷酸化。此外，由核小核糖核蛋白颗粒组成的剪接体也会切除真核前信使RNA的内含子。
当一条前信使RNA链被正确地加工为一条信使RNA序列时，它被细胞核输出并最终被翻译成为蛋白质，这是一个由核糖体协力完成的过程。
在原核细胞中，剪接是通过自身催化或内分解切割而完成的。并不涉及蛋白质的自身催化切割仅仅保留用作编码rRNA的那部分，而内分解切割针对于tRNA前体。
RNA聚合酶的作用位点:3'-5'-磷酸二酯键
DNA解旋酶的作用位点:DNA中互补碱基之间的氢键
不过这种类似的RNA酶清除剂是一种广泛的蛋白灭活剂,如果你配置处理的溶液要用于类似一些酶蛋白的溶液体系,那就不可以用RNA酶清除剂来处理了,否则会影响需要用到的酶的活性
转录后修饰在生命体中广泛存在（已发现100多种），而假尿嘧啶RNA修饰就是其中最主要的一种。假尿嘧啶在多种非编码RNA（tRNA、rRNA、snRNA等）上的功能与机制已有较多研究；然而，对于信使RNA（messengerRNA，mRNA）上假尿嘧啶的分布和潜在生物学功能，目前知之甚少。最主要的难题，就是如何实现假尿嘧啶在mRNA上的精准定位。
为了研究哺乳动物转录组中的假尿嘧啶修饰，伊成器课题组首先利用高分辨质谱对mRNA中的假尿嘧啶修饰进行定量，发现其广泛存在于各种细胞系及小鼠的组织当中，并且在哺乳动物mRNA中丰度相当高。该研究继而通过化学生物学、高通量测序等手段，发展了“CeU-Seq”—一种利用小分子化合物实现特异性标记与富集的假尿嘧啶高通量测序技术。利用这一技术，该研究成功实现了人细胞系以及小鼠（大脑与肝脏组织）全转录组水平的单碱基分辨率假尿嘧啶检测，发现在数千个mRNA与长非编码RNA（lncRNA）上都含有假尿嘧啶修饰。该研究进一步确定了多个可以作用于mRNA上的假尿嘧啶合成酶（其中PUS1、DKC1两种酶之前被发现与线粒体肌病、先天性角化不良等人类疾病相关），并且发现转录组中假尿嘧啶的含量与分布均会受到各种环境刺激的调控，呈现出“刺激条件特异性”的诱导修饰。因此，该研究不但揭示了假尿嘧啶的广泛存在、绘制了转录组中假尿嘧啶RNA修饰的高清谱图，也为这一转录后修饰参与基因表达调控的研究提供了重要工具、为近年来兴起的“RNA表观遗传学”领域提供了崭新的研究方向。
北京大学生科院博士生李笑雨（PTN-BBS联合培养项目）、生命中心博士生朱平、博士生马士清是这篇论文的并列第一作者，生命科学学院伊成器研究员是该论文的通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、科技部973计划和北大清华生命科学联合中心的资助。
原文链接:http://www.nature.com/nchembio/journal/vaop/ncurrent/full/nchembio.1836.html
2、异硫氰酸胍：目前认为是最有效的RNA酶抑制剂，它在裂解组织的同时也使RNA酶失活，它既可破坏细胞结构使核酸从核蛋白中解离出来，又对RNA酶有强烈的变性作用。
3、氧钒核糖核苷复合物：由氧化钒离子和核苷形成的复合物，它和RNA酶结合形式过渡类物质，几乎能完全抑制RNA酶的活性。
4、RNA酶的蛋白质抑制剂（RNasin）：从大鼠肝或人胚盘中提取得来的酸性糖蛋白.Rnasin是RNA酶的一种非竞争性抑制剂，可以和多种RNA酶结合，使其失活。
5、其他：SDS、尿素、硅藻土等对RNA酶也有一定的抑制作用。
有DNase、RNase、核酸酶S1等，可水解相应的DNA和RNA，核酸酶S1可降解单链DNA和RNA，用量增大也可降解双链核酸。它可用于切去ds-cDNA合成中产生的发夹环。
(2)修饰酶
有些酶可在其他酶的作用下,将酶的结构进行共价修饰，使该酶活性发生改变，
核酶的催化功能与其空间结构有密切关系。
不同的核酶可分为两类：
1 剪切型核酶：只剪不接，如M1 RNA。
2 剪接型核酶：该酶具有序列特异的内切核酸酶、RNA连接酶等多种酶活性。
加工场所在生物体细胞质（或相关实验设备中）。
