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普通的PCR大多数是定性实验，而实时荧光定量PCR则定量和定性都可以做。应用领域也不一样，普通PCR一般应用于基因组克隆、DNA测序、RNA反转录等，而实时荧光定量PCR一般应用于mRNA表达量分析、绝对定量、蛋白表达、SNP分析、阴阳性解析等领域。不是定量PCR比PCR好，而是两者应用与不同的领域，起到了不同的作用。荧光定量PCR较普通PCR不同的一点就是可以实时检测PCR扩增产物，从而可进行绝对定量或者相对定量。
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