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Item | Catalog # | Description | Quantity | Price (USD) | ||
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Plasmid | 121539 | Standard format: Plasmid sent in bacteria as agar stab | 1 | $75 | Add to Cart | |
AAV5 | 121539-AAV5 | Virus (100 µL at titer ≥ 7×10¹² vg/mL)and Plasmid.More Information | Add to Cart |
This material is available to academics and nonprofits only.
Backbone
- Vector backbonepOTTC1479 - pAAV SYN1 iRFP-FLAG(Search Vector Database)
- Backbone manufacturerNIDA_GEVVC
- Backbone sizew/o insert(bp)4500
- Total vector size (bp)5571
- Vector typeMammalian Expression, AAV
Growth in Bacteria
- Bacterial Resistance(s)Ampicillin
- Growth Temperature30°C
- Growth Strain(s)NEB Stable
- Copy numberLow Copy
Gene/Insert
- Gene/Insert nameHA-tagged hM3D(Gq)
- SpeciesH. sapiens (human)
- Insert Size (bp)1800
- GenBank ID1131CHRM3
- Entrez GeneCHRM3(a.k.a. EGBRS, HM3, PBS)
- PromoterSYN1
- Tag/ Fusion Protein
- HA (N terminal on insert)
Cloning Information
- Cloning methodLigation Independent Cloning
- 5′ sequencing primerhSYN1 F417 ACTCAGCGCTGCCTCAGTCT
- 3′ sequencing primerWPRE R1ATGAAAGCCATACGGGAAGC (Common Sequencing Primers)
Resource Information
- Supplemental Documents
- pOTTC1596 - pAAV SYN1 HA-hM3D(Gq).ape.ape
- A portion of this plasmid was derived from a plasmid made byInsert was amplified from pOTTC1328, Addgene 89149
- Terms and Licenses
- UBMTA
- Industry Terms
- Not Available to Industry
Information for AAV5 (Catalog # 121539-AAV5)(Back to top)
Purpose
Ready-to-use AAV5 particles produced from pOTTC1596 - pAAV SYN1 HA-hM3D(Gq) (#121539). In addition to the viral particles, you will also receive purified pOTTC1596 - pAAV SYN1 HA-hM3D(Gq) plasmid DNA.
Synapsin-driven, HA-tagged hM3D(Gq) for neuronal activation. These AAV preparations are suitable purity for injection into animals.Delivery
- Volume100 µL
- Titer≥ 7×10¹² vg/mL
- Pricing$350 USD for preparation of 100 µL virus + $30 USD for plasmid.
- StorageStore at -80℃. Thaw just before use and keep on ice.
- ShipmentViral particles are shipped frozen on dry ice. Plasmid DNA (≥ 200ng) will also be included in the shipment.
Viral Production & Use
- Packaging Plasmidsencode adenoviral helper sequences and AAV rep gene, AAV5 cap gene
- BufferPBS + 0.001% Pluronic F-68 + 200 mM NaCl
- SerotypeAAV5
- PurificationIodixanol gradient ultracentrifugation
- Reporter GeneHA
Biosafety
Requestor is responsible for compliance withtheir institution"s biosafety regulations.Lentivirus is generally considered BSL-2. AAV isgenerally considered BSL-1, but may requireBSL-2 handling depending on the insert.Biosafety Guide
Resource Information
- Terms and Licenses
- Terms of Use for Viral Vectors
- Industry Terms
- Not Available to Industry
Viral Quality Control
- Addgene ensures high quality viral vectors by optimizing and standardizing production protocols and performing rigorous quality control (QC) (see a list of our QC assays). Thespecific QC assays performed varies for each viral lot. To learn which specific QC assays were performed on your lot, please contact us.
- Titer: the exact titer of your sample will be reported on the tube. The titer you see listed on this page is the guaranteed minimum titer. See how titers are measured.
Visit our viral production page for moreinformation.
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本是小菜鸟,目前研究某个比较新的蛋白对内质网应激的影响,需要抑制这个蛋白的表达看下游信号的表达情况,但是无论如何夜找不到抑制剂,做RNA干扰的话经费就超出预算了!急求各位大神,帮忙出个解决方案吧!非常感谢!
简单来说,Off-target效应就是指干扰shRNA序列进入了microRNA途径,通过microRNA途径,其可以不受完全互补的限制而调控大量靶基因的表达。原本需要19~23nt的RNA序列完全互补才能发生干扰作用,而如果进入microRNA途径,只需要11~15nt互补就可以产生干扰效果,这使得siRNA可能与非靶基因结合而导致非靶基因沉默,造成脱靶。 如果脱靶干扰的部分基因,正好与目的基因位于同一信号通路中,或者与目的基因的生物学功能相似,那么,如果因脱靶而干扰了其它基因,亦会造成和目的基因受到干扰后相同的细胞表型改变。而实际上,可能选择的这条shRNA序列并没有对目的基因造成有效干扰,或者虽然干扰了目的基因,但是并不会引起预期的细胞表型改变。
基于以上原因,自从Off-target效应被发现并被研究者们广泛认同后,越来越多的杂志要求研究者们在投稿时需要有相应的对照来说明Off-target效应。即您需要有相关对照或者实验来说明,您所获得的实验结果,不是由于Off-target效应而产生的。向左转|向右转
域结合到siRNA 的3’的二核苷酸突出端;一些AGO蛋白质的PIWI结构域赋予slicer以内切酶的活性。PAZ和PIWI两个结构域,对于siRNA和目标mRNA相互作用,从而导致目标mRNA的切割或者翻译抑制过程,是必不可少的。同时,不同的AGO蛋白质有着不同的生物学功能。例如,在人当中,AGO2“筹划”了RISCs对于目标mRNA的切割过程;而AGO1 和AGO3则不具备这个功能。
Core RISC:是介导目标mRNA切割过程或者翻译抑制的最小的RNA-蛋白质复合物。在人和果蝇身上发现的分子量少于200kDa的RISCs可能就是core RISC的重要代表。AGO蛋白质和Core RISC密切相关。
Dicer (DCR):是RNAase Ⅲ家族中的一员,主要切割dsRNA或者茎环结构的RNA前体成为小RNAs分子。对应地,我们将这种小RNAs分子命名为siRNAs和miRNA。Dicer有着较多的结构域,最先在果蝇中发现,并且在不同的生物体上表现出很高的保守性。
Holo RISC:是在果蝇中发现的有着RISC活性的最大的RNA-蛋白质复合物(80S)。Holo RISC的生物学活性牵涉到几乎所有的RISC的成员,RLC成员,和一些其他通路上的蛋白质分子。Holo RISC的存在,表明了RISC组装不是孤立的,同时还是一个有序的过程。以RISC为中心的RNAi和miRNA通路与一些其他的通路密切联系,很可能借此调控生物体的生长发育过程。
Microprocessor:一种核内的复合物,主要由Drosha和Pasha两者组成,在miRNA的生物合成中促使原始的miRNA成为miRNA前体。
MicroRNA (miRNA):是含有茎环结构的miRNA前体,经过Dicer加工之后的一类非编码的小RNA分子(~21-23个核苷酸)。MiRNA,以及miRISCs(RNA-蛋白质复合物)在动物和植物中广泛表达。因之具有破坏目标特异性基因的转录产物或者诱导翻译抑制的功能,miRNA被认为在调控发育过程中有重要作用。
RISC loading complex (RLC):是一种促使RISC形成的复合物。RLC有方向性地调节小RNA双螺旋,为以后的RISC组装作好铺垫。siRISC loading complexes (siRLCs)在果蝇中研究最多。有研究者认为在果蝇中的siRLCs包含DCR2-R2D2异型二聚体和siRNA双螺旋;R2D2部分是非对称性的感受器,为RISC组装调整好siRNA的方向。miRISC loading complexes (miRLCs)的研究尚未报导,因为它的过程更为复杂,而且体外研究miRLCs的方法还没有建立。
RNA-induced initiation of transcriptional gene silencing (RITS):是一种组织染色质变型的复合物。RITS复合物也包含Dicer加工形成的siRNA和AGO蛋白质,通过结合到异染色质的基因池上来促使异染色质上基因的沉默。
RNA-induced silencing complex (RISC):一种RNA-蛋白质复合物,通过与目标mRNA完全或者部分的互补配对来实施切割或者翻译抑制功能。SiRNA组装siRISC,miRNA组装miRISC。RISCs(无论siRISC还是miRISC)包括两种类型:切割型和不切割型。研究表明,RISC当中的AGO蛋白质决定了RISC是切割型的还是不切割型的。
Slicer:在切割型RISC中的内切酶的另外一种表述方法。
Small interfering RNA (siRNA):是一种小RNA分子(~21-25核苷酸),由Dicer(RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成。SiRNA是siRISC的主要成员,激发与之互补的目标mRNA的沉默。向左转|向右转
将EntransterTM-invivo与AmbioninvivosiRNA(作用于凝血因子VII)和阴性siRNA通过尾静脉注射成年小鼠,2天后,取动物肝脏检测。在mRNA水平和蛋白水平观察干扰效果。见上图,图中最左侧组为对照组注射阴性siRNA为3mg/kg,后边3组为每kg动物注射阳性siRNA量分别为1mg/kg,2mg/kg和3mg/kg情况。
根据推荐用量注射EntransterTM-invivo和siRNA(作用于LaminA/C)和阴性siRNA到成年小鼠。注射后2天收集相应的组织,分离RNA,用qRT-PCR分析LaminA/C基因的表达水平。图4为尾静脉结果,图5为各器官分别局部注射结果。
英格恩生物体内转染试剂,3天可完成动物体内转染实验,让动物干扰,基因敲除实验变得简单、快速有效!
⒉特异性:Elbashir等和Brummel kamp等发现在21~23个碱基对中有1~2个碱基错配会大大降低对靶mRNA的降解效果。
⒊位置效应:Holen等根据人TF(tissue factor)不同的位置各合成了4组双链RNA来检测不同位置的双链RNA对基因沉默效率的影响。在不同浓度和不同类型的细胞中,hTF167i和hTF372i能够抑制85%~90%的基因活性,hTF562i只能抑制部分基因活性,而hTF478i则几乎没有抑制基因的活性。他们还以hTF167为中心依次相差3个碱基对在其左右各合成了几组双链RNA,有趣的是它们所能抑制该基因活性的能力以hTF167为中心依次递减。特别是hTF158i和 hTF161i只与hTF167i相距9个和6个碱基,但它们几乎没有抑制该基因活性的能力。结果还表明双链RNA对mRNA的结合部位有碱基偏好性,相对而言,GC含量较低的mRNA被沉默效果较好。
⒋竞争效应:Hoten等将10 nmol/L和30 nmol/L的hTF167i相比,两者的沉默基因效果无差异,但将20 nmol/L基因抑制效果很差的PSK314i和10 nmol/L的hTF167i相混和后,hTF167i产生的抑制效果明显降低。
⒌可传播性:在线虫中,双链RNA可以从起始位置传播到远的地方,甚至于全身。Feinberg 和Hunter在线虫细胞膜上发现一种跨膜蛋白SID1,它可以将双链RNA转运出细胞,因此系统性的RNAi包括了SID1介导的双链 RNA在细胞间的运输。但在果蝇上并未发现有此基因的同源物,因此在果蝇上通过注射产生的RNAi不能扩散。向左转|向右转
dsRNA(double-stranded RNA)介导基沉默作用dsRNA基点研究基沉默机制热点dsRNA指于30碱基RNA哺乳物细胞至少2条路径竞争双链RNA(dsRNA)其特异性路径:特殊dsRNA序列用于RNAi起始阶段dsRNA切siRNA(small interfering RNA 或short interfering RNAs)siRNARNA干扰作用赖发重要间效应能提供定信息允许特定mRNA降解siRNA义链与反义链各21碱基其19碱基配再每条链3’端都2配碱基
另条非特异性路径:要dsRNA存降解所RNA抑制所蛋白质合dsRNA激蛋白激酶PKR激PKR通系列磷酸化关闭翻译起始导致翻译抑制通激2’-5’AS 合激RNase L导致非特异RNA降解
关于特异性RNA作用机制模型包括起始阶段效应阶段起始阶段dsRNADicer酶(RNaseIII家族特异识别双链RNA员属内切核酸酶)作用加工裂解21-23核甘酸干扰RNA片断(siRNA)Dicer含解旋酶性及dsRNA结合域PAZ结构
RNAi 效应阶段siRNA双链结构解旋并形性蛋白/RNA复合物(RNA-induced silencing complex or RISC)siRNA 解双链即RISC激程需ATP由RISCsiRNA反义链与mRNA互补区域结合随切割mRNA达RNA水平干扰基表达RISC由种蛋白组包括核酸酶解旋酶同源RNA链搜索性等

