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Biosearchtech/Stellaris® FISH Probes, Human DDSR1 with CAL Fluor® Orange 560/VSMF-20328-5/1
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Biosearchtech/Stellaris® FISH Probes, Human DDSR1 with CAL Fluor® Orange 560/VSMF-20328-5/1
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Stellaris®FISHProbes,HumanDDSR1withCALFluor®Orange560consistsofasetofdye-labeledoligosmixedandpooledintoafinaldeliveredamountof5nmol,whichyieldsapproximately200-400hybridizationsunderstandardconditions.DesignedtodetectDDSR1transcriptsinspecimensusingfluorescenceinsituhybridization(FISH).DesignCriteria:ProductwasdesignedagainstDNAdamage?sensitiveRNA1DDSR1a.k.a.N/A(NCBIgeneID:N/A)andnucleotides1-1616ofKT318134.1.N/ATheprobesethasnotbeentestedforpotentialcross-hybridizationtoRNA(s)ofparalogousandorthologousgene(s)inthesameorotherspecies.

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近日,中科院大连化学物理研究所杨凌团队探索出酶特异性探针底物的研发新策略,该团队采用计算机辅助筛选及酶催化位点局部改造的策略成功设计研发了首个细胞色素P450 1A1亚酶的高特异性荧光探针底物。相关研究成果以“A practical strategy to design and develop an isoform-specific fluorescent probe for a target enzyme: CYP1A1 as a c 查看更多>
分子诊断是指应用分子生物学方法检测患者体内遗传物质的结构或表达水平的变化而做出诊断的技术。分子诊断是预测诊断的主要方法,既可以进行个体遗传病的诊断,也可以进行产前诊断。分子诊断主要是指编码与疾病相关的各种结构蛋白、酶、抗原抗体、免疫活性分子基因的检测。... 查看更多>
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基因探针,即核酸探针,是一段带有检测标记,且顺序已知的,与目的基因互补的核酸序列(DNA或RNA)。基因探针通过分子杂交与目的基因结合,产生杂交信号,能从浩翰的基因组中把目的基因显示出来。根据杂交原理,作为探针的核酸序列至少必须具备以下两个条件:①应是单链,若为双链,必须先行变性处理。②应带有容易被检测的标记。它可以包括整个基因,也可以仅仅是基因的一部分;可以是DNA本身,也可以是由之转录而来的RNA。

引物,又名引子。是一小段单链DNA或RNA,作为DNA复制的起始点,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链,之所以需要引物是因为在DNA合成中DNA聚合酶仅仅可以把新的核苷酸加到已有的DNA链上。
各位大侠,本人纯属门外汉,领导安排了任务要设计新的PCR引物或者探针的检验方法,由于本人专业不是很对口,所以希望各位可以给点意见或者具体的方法,感激不尽!!!
引物探针设计要求123
凉白开2021-08-04
AlleleID.
It is designed to address the challenge of pathogen detection, species identification and taxa discrimination using TaqMan and molecular beacon assays. With ClustalW multiple sequence alignment at its core, AlleleID can help design universal or taxa/species specific primers and probes. All major qPCR assays including molecular beacons, TaqMan, FRET or SYBR Green are supported. It uses BLAST search to assure specificity. To assure assay success, AlleleID uses template folding to avoid locating primers in the secondary structures of the template.

With AlleleID, you can avoid gDNA by designing primers/probes across exon/exon boundaries. The intron exon regions are identified by interpreting GenBank annotations or by specifying them manually.

To get started quickly with AlleleID, please download and listen to the multi-media tutorial:
http://www.PremierBiosoft.com/DATAFILES/AL100Tour.exe.

Then please download the demo version of the program from:
http://www.premierbiosoft.com/DATAFILES/AlleleIDTour.exe

上面较高的是样本曲线,下面较低的是未加样本(茎环引物和引物、探针都加入)

一个qpcr反应中是不是只需要一个探针引物就可以了
一般来讲,进行real-time qPCR MasterMix都是2×的浓缩液,只需要加入模板和引物就可以。由于real-time qPCR灵敏度高,所以每个样品至少要做3个平行孔,以防在后面的数据分析中,由于Ct相差较多或者SD太大,无法进行统计分析。通常来讲,反应体系的引 物终浓度为100-400mM;模板如果是总RNA一般是10ng-500,如果cDNA,通常情况下是1ul或者1ul的10倍稀释液,要根据目的基因 的表达丰度进行调整。当然这些都是经验值,在操作过程中,还需要根据所用MasterMix,模板和引物的不同进行优化,达到一个最佳反应体系。在反应体 系配置过程中,有下面几点需要注意:

1. MasterMix不要反复冻融,如果经常使用,最好溶解后放在4度。

2. 更多的配制Mix进行,减少加样误差。最好能在冰上操作。

3. 每管或每孔都要换新枪头!不要连续用同一个枪头加样!

4. 所有成分加完后,离心去除气泡。

5. 每个样品至少3个平行孔。
miRNA引物设计(茎环法+染料法检测)

设计方法:通用茎环后端加miRNA后面6个碱基的反向互补序列为反转录引物,正向引物为miRNA去除后面6个碱基的序列,反向引物在茎环上。

反转录茎环通用序列:

GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGAC

miRNA序列:

>mmu-miR-99b-5p
MIMAT0000132 Mus musculus miR-99b-5p

CACCCGUAGAACCGACCUUGCG

mmu-miR-99b-5p反转录颈环引物为:

GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGACCGCAAG

定量PCR反向引物为:TGTCGTGGAGTCGGC

正向引物为:CACCCGTAGAACCGAC
主要看你的产物大小,如果你的PCR产物在80-250bp之间,且用的是SYBR法或有合适的探针,那还是通用的
本人做荧光定量PCR,参照基因选择的GAPDH,望好心人能告知GAPDH基因的引物和探针序列,谢谢
大学知识即可,不要网上摘的
本人在上海基康合成了一个病毒检测的引物和Taqman探针,第一次合成的引物、探针已经用完了,体系也已经都是优化好的,但用第二批合成的引物、探针时发现问题很多,首先是之前的平台都是在60W的荧光增量,而现在变成了20W,引物、探针还是按照合成单上给的信息溶解的。测了引物、探针的核酸浓度后发现,第二次合成后溶解到10μM的探针和第一次溶解成10μM的探针的核酸浓度差异较大,引物也是如此。我就按照浓度差异,换算成相同的用量进行配制,结果仍然很差,不知道怎么解释。
哪位站友遇到过这类问题,还请给个答案呐!!在此先谢了!
在普通探针基础上MGB修饰的探针,它的杂交能力更强,更稳定。