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제품특징
□ 특징
● CRISPR/Cas9, ZFNs, TALENs을 이용한 genome editing 이후 변이 도입 확인에
● Genome에 도입된 삽입 (Insertion), 결실 (Deletion)을 PCR법으로 쉽게 검출
● 세포로부터 직접 PCR 증폭이 가능하여 신속하고 높은 효율
● Mutation detection에 필요한 모든 제품이 구성된 complete kit
□ 제품설명
Guide-itMutation Detection Kit는 zinc-finger nucleases (ZFNs),transcription-activator-like effector nucleases (TALENs), or CRISPR/Cas9으로처리된 cell genome으로부터 PCR 방법으로 삽입또는 결실 변이 (Insertions or deletions: Indel)를 확인할 수 있는 제품이다. 본 제품은 Terra PCR Direct Polymerase Mix(Code 639269)를 사용하여 별도의 DNA 추출 과정 없이 세포로부터target sequence를 증폭할 수 있다. 증폭 산물은 Guide-it Resolvase에 의해 mismatch 서열이 절단되며, 이를 전기영동으로 검출함으로써 유전자 변이을 쉽게 확인할 수 있다. 
그림 1. TheGuide-it Mutation Detection Kit is used to confirm the presence of mutations ingenomic DNA. In the first step your target sequence is amplifieddirectly from your target cells using the Terra PCR Direct Polymerase includedin the kit, so there is no need to extract and purify genomic DNA from yourcell population prior to amplification of your target sequence. The amplicon isthen melted and hybridized to form the mismatched targets that can be cleaved by the Guide-it Resolvase.
그림 2. Comparisonof the Guide-it and Surveyor assays for detecting mutations in mammalian cells. 293T cells weretransfected with plasmids encoding Cas9 and a sgRNA specific for the AAVS1 locus. Transfected cells were harvested 48 hr post-transfection and mixed withuntransfected cells at varying ratios. An amplicon containing the targeted AAVS1 locus was generated using Terra Direct Polymerase Mix and the PCR products werepurified and cleaved using either Guide-it Resolvase or the Cel1 enzyme(Surveyor assay). Mutations were easily discernable when using the Guide-itkit. In contrast, the Surveyor Assay showed considerable smearing, making itdifficult to determine cleavage efficiency and reducing the ability to detectlow levels of mutation.
□ 적용
● Confirmation of mutations caused by Cas9/CRISPR, TALENs, or zinc-finger nucleases
● Detecting insertions and deletions in mammalian genomic DNA
□ 구성품
● Extraction Buffer 1
● Extraction Buffer 2
● Guide-it Resolvase
● Terra PCR Direct Polymerase Mix (1.25 U/μl)
● 2X Terra PCR Direct Buffer (with Mg2+, dNTP)
● PCR-Grade Water
● Positive Control DNA for Resolvase
□ 보존
-20℃
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当面对某个基因表达调控研究时，第一个想到的研究对象是什么？没错，就是基因的启动子。通过启动子区域对基因表达进行调控是最直接有效的手段，所以也是研究基因表达调控的重点。现在的基因数据库信息丰富，拿到基因及其启动子序列非常简单。那么问题又来了，拿到启动子序列以后，下一步怎么找相关的调控蛋白/转录因子呢？生物信息学方法预测？你会得到很多可能的目标调控蛋白/转录因子，还要做实验一个一个验证。凝胶迁移（EMSA），染色质免疫共沉淀（ChIP）？只能针对已知能与启动子结合的调控蛋白/转录因子，而且还需要相应探针/抗体，对于大量筛选无能为力。
美国Signosis的转录因子(结合启动子)微孔板芯片检测试剂可以方便、高效地解决这一问题。该方法专门用于筛查与特定DNA序列（通常是含有转录因子结合位点的启动子序列）相互作用的调控蛋白/转录因子，获得目的基因的启动子序列后，使用该方法可以筛查48/96种常见的调控蛋白/转录因子与启动子序列结合情况。该方法利用转录因子与特定DNA序列结合的特点，针对每一种转录因子设计相应的生物素标记探针；当混合探针与核蛋白样本共同孵育时，探针与相应的转录因子结合形成转录因子/探针复合物；除去游离的探针，收集转录因子/探针复合物；分离复合物中的DNA探针，探针的量与探针的量与转录因子含量呈正相关。在探针混合物中同时加入启动子片段，如果DNA序列中含有转录因子结合位点，就会与生物素标记的探针竞争性结合转录因子，转录因子与相应探针形成的复合物减少。通过比较有无目的基因启动子片段中转录因子探针检测差异，可以分析出与无目的基因启动子片段相互作用的转录因子种类。
这种方法可以简单、快速地在48/96种常见转录因子筛选出与目的启动子片段相互作用的调控蛋白/转录因子，从而进一步探索目的基因的表达调控。待筛选的调控蛋白/转录因子都是在生命活动中起重要通的调控蛋白/转录因子，大大方便了后续的基因表调控、信号通路及其它方面的研究。
http://www.biomart.cn/infosupply/17197307.htm
转录因子（启动子结合）微孔板阵列检测试剂I（FA-2001_Promoter-binding_TF_profiling_assay_I）.pdf(91.72k)
基因表达(gene expression)是指细胞在生命过程中，把储存在DNA顺序中遗传信息经过转录和翻译，转变成具有生物活性的蛋白质分子。即表达=转录+翻译
转录量和拷贝数是相等的（产生的RNA），但和表达量（蛋白质，最终产物）不同意思，只是表达的第一步，只有转录的也都同样顺利翻译成蛋白质才有同时满足的可能。
转录增加 不等于 表达增加表达增加 也不等于 转录增加成功转录 不代表 成功表达成功表达 说明 成功转录
生命活动丰富多彩、千变万化。但是万变不离其宗，不管如何变化都围绕着中心法则展开。核酸作为遗传物质指导蛋白质的表达，表达产生的一些特殊蛋白（如转录因子、调控蛋白）反过来又对DNA指导合成蛋白质的过程进行调控。对基因表达调控的研究一直是生物学研究热点，涉及到生命活动的各个过程，也是各类信号通路研究无法绕过的部分。
当面对某个基因表达调控研究时，第一个想到的研究对象是什么？没错，就是基因的启动子。通过启动子区域对基因表达进行调控是最直接有效的手段，所以也是研究基因表达调控的重点。现在的基因数据库信息丰富，拿到基因及其启动子序列非常简单。那么问题又来了，拿到启动子序列以后，下一步怎么找相关的调控蛋白/转录因子呢？生物信息学方法预测？你会得到很多可能的目标调控蛋白/转录因子，还要做实验一个一个验证。凝胶迁移（EMSA），染色质免疫共沉淀（ChIP）？只能针对已知能与启动子结合的调控蛋白/转录因子，而且还需要相应探针/抗体，对于大量筛选无能为力。
美国Signosis的转录因子(结合启动子)微孔板芯片检测试剂可以方便、高效地解决这一问题。该方法专门用于筛查与特定DNA序列（通常是含有转录因子结合位点的启动子序列）相互作用的调控蛋白/转录因子，获得目的基因的启动子序列后，使用该方法可以筛查48/96种常见的调控蛋白/转录因子与启动子序列结合情况。该方法利用转录因子与特定DNA序列结合的特点，针对每一种转录因子设计相应的生物素标记探针；当混合探针与核蛋白样本共同孵育时，探针与相应的转录因子结合形成转录因子/探针复合物；除去游离的探针，收集转录因子/探针复合物；分离复合物中的DNA探针，探针的量与转录因子含量呈正相关。在探针混合物中同时加入启动子片段，如果DNA序列中含有转录因子结合位点，就会与生物素标记的探针竞争性结合转录因子，转录因子与相应探针形成的复合物减少。通过比较有无目的基因启动子片段中转录因子探针检测差异，可以分析出与无目的基因启动子片段相互作用的转录因子种类。
这种方法可以简单、快速地在48/96种常见转录因子筛选出与目的启动子片段相互作用的调控蛋白/转录因子，从而进一步探索目的基因的表达调控。待筛选的调控蛋白/转录因子都是在生命活动中起重要通的调控蛋白/转录因子，大大方便了后续的基因表调控、信号通路及其它方面的研究。
单等位基因表达（monoallelicgeneexpression）是指在二倍体生物的细胞中一个基因的全部转录本均来自一个等位基因的现象。群体水平的细胞表达谱分析（bulkanalysis）表明，印记效应与等位基因间的相互抑制作用是产生单等位基因表达的两种可能的机制。由于群体水平的分析可能低估了单细胞内单等位基因表达的普遍程度，单细胞水平的研究可以更加全面地揭示细胞内的单等位基因表达现象。
中国科学院遗传与发育生物学研究所多个课题组以水稻叶肉细胞为对象，合作研究并揭示了植物中存在广泛的单等位基因表达。焦雨铃研究组将单细胞转录组的测定技术（single-cellRNA-seq）应用于植物细胞，并成功获得了两个水稻亚种（93-11和Nipponbare）及其正反交后代（F1）的叶肉细胞的单细胞表达谱。钱文峰和王秀杰研究组利用93-11和Nipponbare亚种之间的单核苷酸多态性估计出F1细胞中两个等位基因的表达量。通过比较等位基因的表达量，定义出细胞中单等位基因表达的基因。结果表明，单个细胞中约三分之二的基因是单等位基因表达的。进一步研究发现，等位基因表达的独立性和随机性能够很好地解释细胞中单等位基因表达的现象。该研究在单细胞水平上揭示了单等位基因表达现象的普遍性和可能的机制，为进一步研究细胞内基因表达调控规律奠定了基础。
上述研究成果于2017年9月23日在线发表于ScienceBulletin(DOI:10.1016/j.scib.2017.09.011)。焦雨铃研究组已毕业的博士生韩莹莹和钱文峰研究组的博士生楚霄为该文章的共同第一作者。焦雨铃和钱文峰为该文章的共同通讯作者。王秀杰研究员参与了课题合作。该研究得到了科技部973项目、中组部“万人计划”和植物基因组学国家重点实验室的资助。
图：水稻叶肉细胞呈现出广泛的单等位基因表达
