
Overview:
AMPK is a heterotrimer protein kinase consisting of a α catalytic subunit, and non-catalytic β and γ subunits. AMPK is an important energy-sensing enzyme that monitors cellular energy status (1). In response to cellular metabolic stresses, AMPK is activated and phosphorylates and inactivates acetyl-CoA carboxylase (ACC) and beta-hydroxy beta-methylglutaryl-CoA reductase (HMGCR), key enzymes involved in regulating biosynthesis of fatty acid and cholesterol (2).
Gene Aliases:
Subunit A1: PRKAA1, MGC33776, MGC57364Subunit B1: PRKAB1, AMPK, HAMPKb, MGC17785Subunit G1: PRKAG1, AMPKG, MGC8666
Genbank Number:
NM_006251NM_006253NM_002733
References:
1. Minokoshi, Y. et al:AMP-kinase regulates food intake by responding to hormonal and nutrient signals in the hypothalamus. Nature 428: 569-574, 2004.2. Hardie, D G. et al: The AMP-activated protein kinase--fuel gauge of the mammalian cells Eur J Biochem. 1997 Jun 1;246(2):259-73.
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在进行RT反应之前,应考虑以下几个方面:
1、RNA
成功的cDNA合成来自高质量的RNA,高质量的RNA至少应保证全长并且不含逆转录酶的抑制剂,如EDTA或SDS。在提取RNA的过程中,要特别防止RNase的污染,同时在逆转录反应中经常加入RNase抑制剂以增加cDNA合成的长度和产量。RNase抑制剂要在第一链cDNA合成反应中,在缓冲液和还原剂(如DTT)存在的条件下加入,因为cDNA合成前的过程会使抑制剂变性,从而释放结合的可以降解RNA的RNase。蛋白RNase抑制剂仅防止RNaseA,B,C对RNA的降解,并不能防止皮肤上的RNase,因此尽管使用了这些抑制剂,也要小心不要从手指上引入RNase,实验过程中经常更换新手套。
2、引物的选择
OligodT
选择OligodT时,要求RNA必须有PolyA,所以真核生物的mRNA都适用。适合长链甚至全长mRNA的RT,所以对RNA样品的质量要求较高,最好不要有明显的DNA污染、RNA降解和RNA断裂。假如想探索新的mRNA进行RT反应,建议推荐使用OligodT引物。使用OligodT引物要比随机引物和特异性引物的稳定性要好。
随机引物
适合各种RNA的RT,尤其适合模板丰度很低的情况(比如某个gene表达量很低)。选择随机引物时,第一链cDNA合成反应中就是以所有的RNA为模板,然后进行PCR反应时设计引物进行特异性扩增。同时要注意随机引物的量和总RNA量之间的关系,一般建议每5μg总RNA的随机引物的用量为50ng,如果每5μg总RNA的随机引物的用量超过250ng,可能会导致小片段产物(<500bp)的增加和长片断、全长产物产物的降低。
特异性引物
特异性引物只能用你设计引物时的下游引物做RT,引物设计质量影响RT的结果,而且不同引物退火温度本来就不相同,所以按照说明书按照一个温度做不是最佳选择,一般不推荐。向左转|向右转
没有序列识别的功能,他就是简单的催化相邻DNA链的5-P末端和3'-OH末端以磷酸二酯键结合的反应,需ATP作辅酶。 不仅可以催化粘性末端之间或平滑末端之间的DNA的连接,也催化DNA与RNA之间以及少数RNA之间的连接。
反转录酶(Reversetranscripatase)是以RNA为模板指导三磷酸脱氧核苷酸合成互补DNA(cDNA)的酶。哺乳类C型病毒的反转录酶和鼠类B型病毒的反转录酶都是一条多肽链。鸟类RNA病毒的反转录酶则由两上亚基结构。真核生物中也都分离出具有不同结构的反转录酶。
各位大侠:小弟最近做个长片段的CDNA与T载体的连接,片段大小6.4K,载体选用的是pUC19和pGEMT-easy,反转录酶用的是RevertAidTirstStrandcDNASynthesisKit(#K1621),CDNA第二链的扩增用的是LATaq。我是用纯病毒的RNA做模板,操作步骤严格按照说明做的,也曾经有一次获得过电泳图清晰显示的是全长6.4KB左右的片段,与载体连接,结果筛选到的几个克隆,插入的片段仅有2KB左右,奈何?可最近几次再用此反转录试剂盒却不能得到所需片段。在此,小弟想问问大家,你们是否遇到同样的问题,是如何解决的?所用的试剂(载体和酶的选择)和方法是什么,可以告诉后来者,共同进步吧。

