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使用计算机预测植物miRNA靶基因比较简单，因为在植物中miRNA与靶基因几乎还是以完全互补配对的方式结合，预测不需要复杂的算法。而预测动物miRNA靶基因则存在一定的困难，主要是目前已知的miRNA靶基因及其确切靶点不多，在算法编写时没有足够的已知样本可供参考。但是，miRNA与靶基因间的相互作用仍然具有一定的规律性。目前常规的算法主要遵循以下几个常用原则：（a）miRNA与靶基因的互补性；（b）miRNA靶位点在不同物种之间的保守性；（c）miRNA-mRNA双链之间的热稳定性；（d）miRNA靶位点不会有复杂的二级结构；（e）miRNA 5’端于靶基因的结合能力强于3’端。除了这些基本原则以外，不同的预测方法还会根据各自总结的规律对算法进行限制和优化。
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