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2021-09-08
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2021-09-11
全球首个检测HIV耐药性的新一代测序试剂获欧盟批准用于临床 查看更多
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2021-09-22
This Protocol allows for TRAFO with any Yeast cell sourceReferenece; Gietz, R.D. and R.A. Woods. (2002) TRANSFORMATION OF YEAST BY THE Liac/SS CARRIER DNA/PEG 查看更多
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2021-09-16
For amplification of cognate sequences from different organisms, or for "evolutionary PCR", one may increase the chances of getting product by designing 查看更多
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2021-08-26
Beta-gal AssayAdapted from Current Protocols in Molecular Biology1. Grow 5ml YEPD cultures to mid-log phase.2. Centrifuge and resuspend cells in 5ml Z-buffer, 查看更多
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2021-08-31
Rather Rapid Genomic PrepHoffman and Winston, Gene, 19871. Grow 5 ml yeast cultures to saturation.2. Collect cells by centrifugation and resuspend in 0.5 ml of 查看更多
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2021-09-07
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2021-08-30
based on M.D. Rose, F. Winston, and P. Hieter (1990) Methods in Yeast Genetics: A Laboratory Course Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Ha 查看更多
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2021-09-03
中技国际招标有限公司受中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所委托，根据《中华人民共和国政府采购法》等有关规定，现对高通量测序试剂采购项目进行公开招标，欢迎合格的供应商前来投标。项目名称：高通量测序试剂采购项目项目编号：0701-194160100379项目联系方式：项目联系人：黄佶项目联系电话：63348529 采购单位联系方式：采购单位：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所 地址：北京市昌平区 查看更多
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Tymora Analytical公司产品介绍【代理商整理|部分现货】 查看更多
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2021-08-29
Yeast Chromosomal DNA Prepuse 25 ml cells per timepoint / sample add cells to 25 ml 100 % Ethanol (at -20 °C), add 1 ml 0.5 M EDTA store at -20 °C thaw cells, 查看更多
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2021-09-04
agilent national diagnostics biotium illumina invitrogen bioo scientific evrogen zymo research 供应DuRed(效果同GelRed)核酸染料(10,000× DMSO溶液) 300... 查看更多
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2015年基因测序领域产业格局分析123
liuygi2015-09-23
来源：高特佳投资/李新颜2015-09-2310:10
2015年将成为我国精准医疗的元年，基因测序作为精准医疗的前端，行业面临爆发性的增长机遇，同时在实际操作中也面临一定的挑战。
第一部分：基因测序被关注的原因
测序技术和大数据分析能力的发展使得精准医学成为可能。精准医学是以患者的个人基因组信息为基础为病人量身设计出最佳治疗方案，和传统的循证医学相比，精准医学有望成为治疗效果最大化和副作用最小化的一门定制医疗模式。
1.1基因测序的价格以超摩尔定律下降，使得基因测序经济性推广成为可能
现在人类全基因组测序成本已经降到1000美元以下，未来这一数字还将继续下降；
2008年，二代测序技术NGS的出现和推广，让测序成本开始加速下降，并明显超过摩尔定律的预测。
基因测序技术成本迅速下降（每兆碱基）
针对大量基因组数据，大数据处理能力提升也为分析和解读基因数据提供支持，测序技术及大数据分析能力的不断提升将会推动精准医学进入快速增长的轨道。
1.3传统医学需要突破，精准医疗的政策风口助推基因测序发展
政策风口：2015年2月，习近平总书记批示科技部和国家卫生计生委，要求国家成立中国精准医学战略专家组。
2015年3月11日，科技部召开国家首次精准医学战略专家会议，并决定在2030年前在精准医疗领域投入600亿元。2015年1月，国家公布了产前筛查与诊断高通量测序试点单位，4月公布了肿瘤诊断与治疗高通量基因测序试点单位，表明了政府推动精准医疗发展的决心。
5月14日，国务院颁布《关于取消非行政许可审批事项的决定》，再取消49项非行政许可审批事项，不再保留“非行政许可审批”这一审批类别。与医药相关的包括：第31项：第三类医疗技术临床应用准入审批；第52项：国家食品药品监督管理总局负责的药品行政保护证书的核发。取消非行政许可审批，松绑第三类医疗技术临床应用，变事前审批为事中事后监管。预计未来，由省级卫生计生行政部门负责的第二类医疗技术实施准入审批也将逐步取消。轻审批，重监管的趋势明确。
第二部分：基因测序的特点及发展趋势
目前基因测序技术已经发展到第三代（也有把纳米孔外切酶测序成为第四代）。
第一代DNA测序技术用的主要是1975年由桑格（Sanger）和考尔森（Coulson）开创的链终止法。
第二代DNA测序技术（NGS）目前使用最为广泛，以Roche公司的454技术、Illumina公司的Solexa，Hiseq技术和Life公司的Solid技术为标志。
第三代DNA技术（TGS）以PacBio公司的SMRT和OxfordNanoporeTechnologies的纳米孔单分子测序技术为代表，测序过程无需进行PCR扩增。
二代测序在5-10年内仍然是基因测序的主流方法
二代测序技术凭借其高通量、低成本和高准确度取代第一代测序技术成为测序市场的主流。由于第三代DNA测序技术目前面临测序成本高和测序结果准确度相对较低的市场化瓶颈，因此TGS仪器大规模商业化仍然需要较长的时间。
NGS各环节对测序结果有重要影响：NGS测序流程包括样本收集、基因提取、文库构建、基因测序和数据分析，各环节的准确性对测序结果有重要影响，比对数据库的规模直接影响数据分析结果的准确性。
二代测序技术兼具通量和准确度优势，有望引领分子诊断方法革新
常用的分子诊断技术包括聚合酶链式反应（PCR）、转录介导的扩增（TMA）、荧光原位杂交（FISH）、基因测序、以及基因芯片技术。
基因检测主要技术的细分市场增速概况（全球）
不同发展阶段的分子诊断技术都有其特定的应用场景，随着NGS成本的下降，商业模式的丰富，传统的分子诊断方法将受到挑战。二代测序技术兼具通量和准确度优势，更为快速、低廉，极大地拓宽了基因测序的应用范围，尤其促进了分子诊断方法的革新。
第三部分：基因测序产业格局投资机会及挑战分析
3.1基因测序产业格局概览
基因测序市场的细分领域，包括了仪器、耗材、测序服务、数据处理、终端应用等多个方面，如下图所示。
中游：测序服务（样品制备、检测和分析），信息分析（大数据存储、解读、共享）
下游：终端用户（应用场景）
3.2上游：仪器技术壁垒最高且形成寡头垄断格局，试剂耗材国内企业有一定机会
二代测序市场主流测序平台主要是四大家：Illumina、IonTorrent/LifeTechnologies(2014年被ThermoFisher收购)、454LifeSciences/Roche、PacificBiosciences。
Genomeweb2013度年全球测序仪器市场调查显示：Illumina占据了全球测序仪器市场71%的份额，Lifetechnologies则排名第二分得16%的市场份额，罗氏和PacBio则以10%和3%分列第三和第四位。前两家测序仪公司的全球市场占有率接近90%，基因测序仪行业已经形成寡头垄断的格局。
国内的三大家华大基因、达安基因、贝瑞和康和仪器供应商合作，已经在仪器和试剂层面均获得注册证。从盈利模式角度看，仪器未来不排除出现免费赠送，主要赢利点从试剂耗材及服务端获得，因此国内企业在试剂和服务端突破的可能性最大。
测序试剂、耗材、检测项目的开发，国内企业已经开始有所布局。
2014年7月，华大基因的新一代测序产品也获得了CFDA的批准，包括BGISEQ-100、BGISEQ-1000，以及胎儿染色体非整倍体（T21、T18和T13）检测试剂盒。
2014年11月5日，国家食品药品监督管理总局批准了达安基因的基因测序仪和胎儿染色体非整倍体21三体、18三体和13三体检测试剂盒（半导体测序法）医疗器械注册。
2015年4月，贝瑞和康的基因测序仪（NextSeqCN500），以及胎儿染色体非整倍体（T13/T18/T21）检测试剂盒已通过国家食品药品监督管理总局（CFDA）的批准。NextSeqCN500基因测序仪是贝瑞和康与Illumina公司合作，为满足中国临床需求而设计制造的一款新型高通量的基因测序仪。
3.3中游：第三方测序服务机构和生物信息分析（数据分析），数据分析是目前行业发展的瓶颈环节
Illumina推出HiSeq系列高通量测序仪后，终端的数据分析成为行业发展的瓶颈。由于数据库是决定检测比对结果准确度和精确度的重要因素之一，因此是数据分析软件提供商主要的竞争壁垒之一。
测序服务——中国成为全球“测序工厂”
测序服务技术壁垒较低，主要面向科研市场，国家缺乏准入标准和质量控制规范，众多碎片化的小企业呈现疯狂生长的状态，仅提供一代测序服务的企业就有上百家。
在二代测序方面，2010年高通量测序平台中国拥有量仅次于美国，如今二者的差距很可能已经非常小。
全世界规模最大的基因组研究中心有多个在中国，其中华大基因（BGI）拥有世界上最多的新一代测序仪，产能约占全球的10%-20%（按illumina，Life等销总量计算）。
国内主要第三方基因测序机构覆盖的基因检测相关服务
科技服务仅约10亿元的外包市场，企业未来转型的出口是健康管理、医院、独立体检中心。因此有越来越多的科技服务测序公司在转向做第三方医学检验所。
临床测序有三个主体，第三方医学检验所、医院和体检中心，前者更加市场化，未来发展空间较大。
生物信息分析——挑战与机遇并存
基因测序所生成的原始数据并不能反映任何有价值的信息，必须通过专业人员进行分析和解读。现今的生物信息分析涉及的数据存储、解读、及共享是整个基因测序行业目前面临的最大难题，主要原因一是来自于数据量的庞大，二是源于数据的复杂性。
目前这一市场份额基数较小，蕴含着巨大的市场潜力。关注国内企业在这方面的的机会。
数据解读已被全球公认为是比测序还要重要的环节，分析和解读可能会成为中国企业的优势。但短期只能烧钱看不到回报，门槛是数据库，这是限制企业数量和规模的主要原因。
生物信息的所有权和应用领域，目前仍以科研为主，商业化应用瓶颈在于伦理和政策，但随着市场培育的加快，政府和保险的参与，基因组信息未来将归个人所有，政府负责建立数据中心和安全中心，授权个人对数据的使用权。
数据解读服务的市场格局将分为两大阵营：（1）、自行解读，有仪器研发和实力较强的大企业或科研机构会自己解读；（2）外包解读，中小企业、科研人员、医生个人则会交由第三方公司进行数据分析，因此市场对差异化的个性化的服务需求会增加，此类公司会越来越多。外包解读将催化产业不断涌现出各种创新服务模式。
至于数据库的建设，更看好通过市场化的竞争，由企业投资整合资源来积累数据的途径。
解读服务发展的催化剂在需求，落脚点在市场教育。数据库如果不用那就只是个数据库而已，没有附加价值。而医生和患者认识的基因越多，到更大平台去解读和挖掘数据的需求就越大，想要发现已知或未知疾病机理的欲望就越强烈，未来买单的将是保险公司。
3.4下游：二代基因测序的应用领域及其挑战
3.4.1未来市场容量
其中，肿瘤学120亿美元、生命科学50亿美元（包括生命科学工具、复杂病症，农业基因以及影响因子和宏基因组）、生育和基因健康20亿美元（孕妇和新生儿童的检测，以及基因健康）、其他应用10亿美元。
目前，我国基因测序市场中，产前基因检测较为著名，如以国家规定的3500元/次的费用计，按照我国每年2000万左右的新生儿计算，产前基因检测市场能达到七百亿元人民币。
具体来看：
生育健康领域（应用相对成熟）
新生儿出生缺陷不仅给家庭带来了沉重的复单，而且已经成为严重影响我国经济发展和人口素质的重要问题。一些特定的遗传性疾病往往在出生一定时间后才会表现出明显症状，因此初生儿早期的基因筛查能够帮助尽快在医学上进行早期干预，达到及早发现、及早治疗的效果。目前新一代测序技术在生育健康领域主要应用在以下方面。
●无创产前检测（NIPT）
无创产前检测即胎儿染色体非整倍体无创基因检测，是一种基于大规模平行基因组测序技术的高科技检测手段。这种检测只需抽取孕妇少量静脉血，分离其中的胎儿游离DNA，通过高通量二代测序技术平台测序，并对测序结果进行生物信息学分析，即可判断胎儿是否换染色体非整倍体疾病。该技术是国际人类基因组学研究成果被成功孵化的应用技术之一，在欧美等发达国家普遍开展。该法操作简单，易行，安全，准确，孕妇早期就可进行，更具有无创的特点，不会导至流产、胎儿宫内感染等不良后果。
无创产前检查不仅可以筛查唐氏综合症（21三体），还可以筛查爱德华氏综合症(18三体)、帕特氏综合症（13三体）以及提示其他非整倍体型遗传病。
●胚胎植入前遗传学诊断（PGD）
也就是第三代“试管婴儿”，主要用于检查胚胎是否携带具有遗传缺陷的基因。它是在试管婴儿技术基础上出现的，精子卵子在体外结合形成受精卵并发育成胚胎后，在其植入子宫前进行基因检测，以便使试管婴儿避免一些遗传疾病。通过DNA检测技术对胚胎的染色体异常或者遗传性疾病进行诊断，选择无异常的胚胎植入母体，从根本上提高“试管婴儿”的妊娠成功率，降低自然流产率，提高妊娠质量，并且可大大提高出生后婴儿的质量。
●新生儿单基因遗传病检测
单基因病是指由一对等位基因控制的疾病或病理性状。常见的单基因病有短指症、地中海贫血症、白化病、苯丙酮尿症、色盲、血友病、C6PD（葡萄糖-6-磷酸脱氢酶）缺乏症等。已知的单基因病的致病基因及遗传方式大部分已经明确，早起单基因遗传病大部分通过染色体核型分析进行检测，染色体和性分析不可避免的缺点是分辨率低，对技术人员的经验依赖度高，对于微小缺失或者基因突变导至的遗传病不能进行检测。现在通过先进的二代高通量测序技术可以对上千种由于基因变异（基因突变、平衡异位、微缺失等）导至的遗传病进行检测，并且可以在早期通过胎儿的脱落细胞或者绒毛膜进行检测，在产前确认胎儿是否患有遗传病，为遗传病携带者或者已经生育遗传儿的家庭提供明确的遗传咨询和产前检测，从而做到优生，提高人口素质。
肿瘤的个体化治疗
肿瘤的发生发展中，基因的改变在其中居于中心地位，致癌基因的异常表达和抑癌基因失活，是肿瘤细胞无限制生长的分子基础。肿瘤临床表现多种多样，且发病率逐年升高，迄今尚无简单的治疗方法或使用单一药物能治愈所有的肿瘤。询证医学、诊疗规范化和个体化已经成为肿瘤治疗的公认趋向。
基因测序技术对于肿瘤个体化治疗主要有两方面应用：一是检测患者携带的肿瘤基因，二是检测肿瘤靶向药的靶点。
药物研发领域应用（CRO及医药公司）
新一代测序技术早期主要应用在肿瘤和传染病治疗领域，现在越来越多的使用在新兴生物药的开发和疫苗生产。目前药物研发部门使用的各种高通量技术，例如基因芯片、代谢组学建模、酵母双杂、蛋白质组学、高通量化学筛选、电子杂交定位，有望被新一代测序技术替代或作为补充。
个人DNA信息咨询
近几年兴起的直接面向用户（directtoconsumer）的个人DNA信息咨询产业其实是基因检测市场化产物，基本模式是利用互联网和快递寄送，将检测试剂盒送至用户手中，再由其将采集的唾液及送回公司，并从中提取用户的DNA，检测结果也可直接从网上查询获取。
3.4.2在应用领域主要趋势及挑战
业界认为，基因测序技术应用市场的先后顺序：无创产前筛查（NIPT）、癌症的个体化用药、癌症早筛、人人基因组、检测与筛查。
其中，植入前胚胎遗传学诊断（PGS/PGD）30亿市场、产前筛查与诊断（NIPT）160亿市场、肿瘤诊断与治疗千亿市场。此外，目前已经试点的方向，并不能说明技术已经很成熟，相反有些还很不成熟，需要通过很长时间的试点来积累样本和数据。未来可能的试点方向包括，免疫系统疾病、移植类疾病配型检测、传染病检测、公共卫生领域等都有可能。
生育健康领域
NIPT作为公认的第一个产业化项目，市场格局基本形成华大和贝瑞占90%的市场份额，包括108家试点单位及其他中小医院。
NIPT进入壁垒目前只是渠道
1、测序成本和客户体验，如果成本降到目前的1/10，或客户体验有颠覆性改变，都能形成替代，但短期还看不到；
2、测序服务上，主要是产科医院的渠道壁垒。
肿瘤诊断领域
目前的第二大应用，未来有可能成为第一大应用领域，个性化用药、靶向治疗、早诊是必然的发展方向，空间很大，但短期内还达不到无创的市场高度。
（1）肿瘤是多基因病，没有标准的用药方案，需要个性化治疗，并且机理尚未厘清，医院更倾向于自己做，不容易商业化。
（2）从基于组织到基于血液的肿瘤诊断，对医生而言需要有至少五年的市场培育过程，病种的增加则受制于样本量的积累。
（3）肿瘤的早诊，技术上，血液循环肿瘤细胞DNA(ctDNA)和循环肿瘤细胞（CTC）目前通过测序的检出率还很低，需求取决于人们保健意识的发展程度，未来可能成为健康保险的一个重要产品。
其他
其他应用领域主要的挑战：耳聋基因的筛查（检出率低，假阴性高）、罕见病筛查（无有效干预手段）、地中海贫血、靶向药物伴随诊断（尚无标准）。
2C端的应用的挑战，需要有一个较长的市场教育和科普过程，并且受限于伦理和法律。（生物谷Bioon.com）
二代测序过程使用哪些酶？ 生物信息学123
新天2021-07-24
高通量基因测序需要什么资质才能用于临床123
小米哥lr12017-10-05
基因解码技术
基因测序过程需要哪些试剂,各种试剂的成本?还有,测序一次可以进...123
年华26olOL502017-10-05
佳学基因测序全部使用进口高质量试剂，以保证质量。
二代测序总结 123
liuygi2021-07-25
二代测序技术给生命科学领域带来了彻底的改变，而NGS领域本身也在经历着某种意义上的变革。本文对二代测序领域的最新进展做了小结，其涉及的公司包括454LifeSciences,Illumina,LifeTechnologies,PacificBiosciences,OxfordNanopore等。
自从哈佛大学遗传学家GeorgeChurch和454LifeSciences公司JonathanRothberg掀起二代测序NGS的**以来，已经过去了将近十年。毫不夸张地说，这段时间以来NGS技术已经发生了翻天覆地的变化，在测序通量突飞猛进的同时，测序成本直线下降。
想当年454LifeSciences公司测序580-kb的细菌基因组，需要四小时的工作循环。而今年一月份Illumina公司发布的HiSeqX?Ten测序系统，能够以千元成本测序完整的人类基因组，最多每天能测序600billionbp。
如今，二代测序技术给生命科学领域带来了彻底的改变。而NGS领域本身也在经历着某种意义上的变革。正因如此，基因组学ArchonX奖（ArchonGenomicsXPrize）不得不于去年八月宣布取消，因为测序成本的直线下降已经使竞赛变得毫无意义。
Church的团队是该竞赛仅有的两只报名队伍之一，他认为参赛者们是否能够完成竞赛任务还很难预料。但无论如何，既然竞赛已经启动，总得让人家比完吧。
言归正传，二代测序领域的2013年既忙碌又喧嚣，在开年之际让我们对这一领域发生的最新进展做个小结吧。
454LifeSciences
去年十月，454LifeSciences宣布将于2016年中旬逐步淘汰其焦磷酸测序仪器，GSJunior和GSFLX+。据该公司介绍，从扩展性和成本角度看，454平台作为首个商业化的NGS系统已经基本上走到尽头，很难再对其进行升级和改良。Roche的BethButton指出，公司正在寻求新的测序合作伙伴。2013年9月，该公司宣布与昔日的竞争对手PacificBiosciences合作，拟基于PacBio公司的SMRT技术进行诊断产品的开发。
Illumina
今年一月Illumina公司发布了两个以Solexa测序技术为基础的新测序平台，HiSeqXTen和NextSeq?500。
据该公司的新闻稿介绍，定价$250,000的台式NextSeq500兼具了样品制备和测序功能。“它按钮式的操作，可以在许多常见测序应用之间切换。该系统能够在一天内测序整个人类基因组和多达16个外显子组。”NextSeq500运行75个测序循环只需12小时。
HiSeqXTen系统以10台仪器为单位销售，据称可以实现千元成本的人类基因组测序。该系统现定价1000万美元，能够在三天时间内生成1.8terabases的数据，相当于每天约600Gb，比HiSeq2500强十倍。
华盛顿大学的ElaineMardis表示，HiSeqXTen系统针对的应该是提供人类基因组测序的服务产业，因为很少有研究机构能用到如此高的通量。“要想实现千元成本，就需要正确的样本量，”她说。当然，高通量还意味着更为复杂的数据分析。
Mardis的团队曾作过计算，为了跟上HiSeqXTen他们可能需要花费八百万美元在信息学设施上。此外，实现千元成本意味着每年需要测序18,000到20,000个基因组。“我要测序许多肿瘤基因组，”她说。“但数量还远远不够。”
LifeTechnologies
已被ThermoFisher收购的LifeTechnologies拥有两款NGS平台，SOLiD和IonTorrent。据Thermo的AndyFelton介绍，公司已经将工作的重心放在后者身上。“绝大多数研发工作已经转移到Ion上，”他说。
目前的IonPGM系统可使用最新的Ion318芯片，产出多达6million400bp的读取，也就是说四小时运行的产量能达到2Gb。而新IonProton?使用IonPI?芯片，能够产出80million200bp的读取，即每次运行产量达到10Gb至14Gb。
据介绍，今年公司将会推出用于转录组测序的新IonPII芯片，每张这样的芯片可产出300million100bp的读取，随着系统改良甚至可能达到200bp。
此外，LifeTechnologies公司正在研发一种新的聚合酶，Hi-Q。据Felton介绍，Hi-Q能“显著提高精确性”，减少90%的插入/缺失误差。这种酶将于今年的中旬实现全面商业化。
PacificBiosciences
PacificBiosciences公司以长读取的二代测序技术著称。据该公司的创始人SteveTurner介绍，在新测序化学P5-C3的帮助下，如今PacificBio的测序读长已经达到了8.5kb。P5-C3“提供了一个保护性的支架”，可以阻止酶和荧光团之间发生身体接触，避免酶受到潜在的光学损伤。
“我们已经很大程度上减少了系统中的光学损伤，我们相信现在测序读长受到的限制，只来自于样品本身，”Turner说。样品本身的限制是指，读长越长就越难生成不含损伤位点或缺口的测序模板，而这样的缺口会导致测序过早中止。
目前PacBio®RSII和SMRTCell系统，每次运行可产出50,000个读取（约400millionbp）。这一数字会在接下来的一年中继续增涨，Turner说。“我们预计在2014年内，令测序读长再增加50%，并于2015年达到20,000bp。”
最近研究人员发表文章向人们展示，在新装配方法HGAP的帮助下（hierarchicalgenome-assemblyprocess），可以实现只利用PacBio化学法对真核基因组进行从头装配。一月份，该公司公布了对黑腹果蝇（Drosophilamelanogaster）进行的完整二倍体基因组装配，生成了长达24.6Mb的重叠群（contigs），N50值为15.2Mb（N50值反映了重叠群的长度）。就在上周，PacBio公司又公布了一个54x覆盖度的单倍体人类基因组装配，生成了“3.25Gb的基因组装配，重叠群N50值为4.38Mb，其中最长的重叠群达到44Mb。”
OxfordNanopore
OxfordNanopore公司无疑是纳米孔测序的领导者，这一技术也被称为第三代测序。该公司去年十月份宣布，将在2014年年初推出USB大小的MinION?测序仪，为客户提供先期体验（early-access）。
与其他类似先期体验项目不同的是，OxfordNanopore公司不会局限于传统的测序中心，而是向广大的个人用户敞开大门。该公司准备在接下来的一周发出邀请。
OxfordNanopore公司强调，不是每个MinIONAccessProgram（MAP）申请者都会在第一轮受到邀请，而且公司提供的MinION数量也可能少于申请者的要求。这些仪器将在六周内进行发送。
2012年，OxfordNanopore公司在AGBT上描述了两个测序系统，MinION就是其中之一，另一个产品是GridION?。据公司发言人称，MinION的大小使其更容易受到人们的关注，它的灵活性和测序能力将推动NGS进一步迈向普罗大众。
OxfordNanopore公司希望通过MinIONAccessProgram评估测序系统的实用性、对不同应用的适应性、数据分析、以及公司的物流运输和试剂分配等。这些数据将有助于未来开展的GridION先期体验项目，不过该公司还未公布这一项目的具体启动时间。
广泛的应用前景
在二代测序技术不断进步的同时，它的应用也越来越广泛。据Mardis介绍，二代测序在临床领域的应用快速增涨。越来越多的研究者选择二代测序的多基因panel对肿瘤进行研究，或者通过外显子测序鉴定潜在的药物靶点。在诊断儿童遗传学疾病时，人们也逐渐抛开了传统的诊断方法，转而使用全外显子组测序。
Mardis补充到，NGS检测有两大优势，它既可以帮助人们确定治疗方案，也可以为患儿父母评估他们未来子女患同样疾病的风险。实际上Church认为，用二代测序进行（致病基因）携带者筛查，是NGS的“杀手锏”。
“任何考虑使用辅助生殖手段的人…都应当知道精子捐献者是否携带与严重疾病有关的隐性等位基因，”他说。“人们已经发现了数百个能够预测疾病的基因，现在也有不少服务可以对它们进行准确的检测。”
最近，Church作为共同作者发表了一项新研究。据他介绍，这是首次发表用NGS进行携带者筛查的文章，他们的方法“充分提高了质量并且降低了成本”。研究团队使用padlock探针，在194个细胞系中抽出并测序了15个有临床意义的基因，其中55个细胞系来自于携带上述基因突变的个体。
二代测序的另一个新兴的应用领域是单细胞RNA测序。“单细胞RNA测序能向我们展示，相同细胞中RNA表达的天然随机性，这一点非常吸引人。”Mardis说。
Church介绍到，他即将发表的一篇文章描述了一种新的测序方案，称为荧光原位测序（fluorescentinsitusequencing）。这一技术将荧光原位杂交和RNA-Seq结合起来，能够计数并确定不同转录本在组织切片中的空间定位。
Church的团队通过荧光原位测序证实，转录本会依据伤口的愈合情况在成纤维细胞中呈不对称分布。（Science禁止透露进一步的细节）
这样的数据在十年前简直难以想象。同样，我们也很难想象NGS在未来十年又会发生怎样的翻天覆地的变化。
来源：生物探索
DNA复制的方向是从5′→3′,而RNA转录的方向也是从5′→3′。_考试...123
TMMU_NEOSUN2016-12-13
Illuminamiseq测序是不是只测DNA的5到3方向的单链，而3到5在簇单链生成的时候被去掉了？是在rd1和index测序之前只有3到5单链共价结合在flowcell上？
2020年12月_wangprince2017_wangchuang2017123
稻子04E2017-10-03
最主要的是技术的更新，另外还有一部分是市场的占有策略。
1，测序技术的改进：全基因组主要应用的是illumina的Hiseq X10的测序平台，该平台在图片信息处理和flowcell上都有很大的改进（原来是平板上长簇，现在上面有小孔），另外在扩增的技术上也有一点改进（RPA扩增技术）。以上几点使得数据的通量大大调高。所以相应的测序价格也会降低。
2，市场占有策略：这一点我个人理解比技术更新更重要，illumina的战略思路，占有测序市场。其实illumina的Hiseq X10的测序平台试剂要比其他平台的试剂便宜很多。不过这个平台签有协议，只能做人的全基因组重测序项目。
1，测序技术的改进：全基因组主要应用的是illumina的Hiseq X10的测序平台，该平台在图片信息处理和flowcell上都有很大的改进（原来是平板上长簇，现在上面有小孔），另外在扩增的技术上也有一点改进（RPA扩增技术）。以上几点使得数据的通量大大调高。所以相应的测序价格也会降低。
2，市场占有策略：这一点我个人理解比技术更新更重要，illumina的战略思路，占有测序市场。其实illumina的Hiseq X10的测序平台试剂要比其他平台的试剂便宜很多。不过这个平台签有协议，只能做人的全基因组重测序项目。
DNA测序原理和方法 实验方法123
萌神90DZ912017-10-05
DNA测序的测序原理：
DNA测序是指分析特定DNA片段的碱基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）与鸟嘌呤的（G）排列方式。快速的DNA测序方法的出现极大地推动了生物学和医学的研究和发现。
其原理是化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。
另一个原理是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。
DNA测序是指分析特定DNA片段的碱基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）与鸟嘌呤的（G）排列方式。快速的DNA测序方法的出现极大地推动了生物学和医学的研究和发现。
其原理是化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。
另一个原理是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。
【求助】RNASEQ 测序和基因芯片 核酸基因技术讨论版论坛123
wenwen27622021-07-26
请问哪位老师了解，基因芯片和RNA-SEQ,对于想检测肿瘤细胞中的差异表达蛋白和通路，做哪种研究比较新，比较好？
Excel 怎么从表格中生成簇状柱图和堆积柱图Excel图表与图形Excel...123
七落431862021-07-23
增加一个辅助的数据列
测序有关问题123
一叶苦丁2016-05-03
本人刚接触二代测序不久，因此对于测序定量这方面存在一些问题，希望大神们能帮助解一下，谢谢！！
我们使用的仪器是Illumina公司的nextseq500。在混样前会先进行荧光定量PCR（ABI7500），我一般是将文库稀释到4ng左右，稀释10000倍进行定量
1.同一批构建的同一种类型的文库，在定量时会有个别文库定量结果不准，复孔没问题（依据是我已将文库稀释到同样的ng数进行定量，所以得到的pm数应该在一个接近的范围内，但有的样本差异比较大），这种情况我一般会根据qubit定量将定量不准的个别样本参考其他样本的浓度进行稀释，下机数据量确实与校准的结果一致，说明应该是荧光定量的问题，这种情况在几种类型的文库中都有发生，文库一般在400bp左右。想问下这种情况是属于定量的问题还是文库自身的问题。
2.按照荧光定量的结果进行混样然后上机，每次我们混合后的文库都会进行qubit定量，大概会有一个上机参考值
（前提是不含有大片段的文库），但qubit值接近的文库上机的clusterdensity却相差很大，这是什么原因造成的？不同项目的文库会有影响，但我们文库的片段大小基本一致。有什么好的办法解决么？
3.最近按照荧光定量的浓度混合的文库上机，数据量总会超过预期很多，致使Q30很低，影响数据质量，采用的是7500机器，KAPA的定量试剂盒，机器才校准过，会不会是测序仪自身的问题？如果不是我们应该如何解决？
4.我们一般采用中通量测序盒子，大概每次上机在30个文库左右，数据量分配有时差别比较大（500M-8G），这样分配数据量可以完全按照荧光定量的结果分配么，数据量大的文库会不会成簇效率更高一些，使数据量小的文库得不到相应的数据量了？
5.除了2100和荧光定量这两种方法，还有什么其他的方法可以评价文库质量么？
6.现在上机文库得到的数据量有时与预期偏差较大，问题都在定量混合这块么？还有什么其他地方可能有问题么？
RNA的测序原理及方法！^~^ 123
likaiwoba2017-10-03
麻烦问一下，RNA测序的原理和方法是什么？为什么不能直接测序，而要转成CDNA在测序呢?谢谢了~~
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