
Description:
10X41bpPrimerPremixonlyKAPAhgDNAQuantificationandQCKit
Qualitymatters.
KAPAhgDNAQuantificationandQCKitscontainallthereagentsneededfortheqPCR-basedquantificationandqualityassessmentofhumangenomicDNAsamplespriortoNGSlibraryconstruction.
KitscontainKAPASYBR®FASTqPCRMasterMix,optimizedforhigh-performanceSYBRGreenI-basedqPCR,aswellasapre-dilutedsetofDNAstandardsandprimerpremixestargetingdifferentportionsofahighlyconservedsingle-copyhumanlocus.Absolutequantificationisachievedwiththeprimerpairdefiningtheshortestfragment,whereastheadditionalprimersareusedtoderiveinformationabouttheamountofamplifiabletemplateintheDNAsample.Qualityscores(orQ-ratios)generatedwiththekitmaybeusedtopredicttheoutcomeoflibraryconstruction,ortailorworkflowsforsamplesofvariablequality,particularlyFFPEDNA.
ThemethodiseasytoautomateandcanbeappliedtoanyprocessorworkflowthatrequiresaccuratequantificationofdiluteDNAsamples,orsamplesthatmaycontainahighproportionofDNAthatisrecalcitranttoPCRamplification.
Downloadour KAPAhgDNAQuantificationandQCDataAnalysisTemplate.
ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.
ProductHighlights

Obtainconcentrationandqualityinformationwithasingleassay
- AllowsforaccuratequantificationofdiluteDNAsamples
- QuantificationwithanadditionalprimerpairprovidesaQ-ratiothatisindicativeofsamplequality

Employqualityscores intheanalysisofNGSlibraryconstructionworkflows
- Q-ratioscanprovidevaluableinsightsintothebottlenecksinNGSlibraryconstructionworkflows
- ForFFPEsamples,libraryandsequencequalityisprimarilylimitedbyinefficientconversionofinputDNAtoadapter-ligatedlibrary
- 0.4yieldedlibrariesthatmetminimumsequencequalityrequirements.Dataonfile.">
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Obtainactionabledataforsamplepreparation
- Q-ratioscorrelatewithkeysequencingmetricssuchasduplicationratesandmeantargetcoverage
- FFPEsampleswithaQscore>0.4yieldlibrariesofacceptablequalitywhenprocessedinstandardsamplepreparationsfortargetcapture
Applications:
Applications- FFPEsamples
- Free-circulatingDNAfromplasmaorserum
- Samplesobtainedbylaser-capturemicrodissectionoffresh,frozenorFFPEtissue
- Forensicsamples
- Cellscollectedbyflowcytometry
- Anyotherlimitingorpreciousclinicalsample
KitSpecificationsandContents/Storage:
KitSpecificationsandContents/StorageKitscanbestoredforupto12months at-20˚C.
Complete(MasterMix)kitsincludeKAPASYBRFASTqPCRMasterMix(2X),PrimerPremix(41bp,129bpand305bp,10X)andasetof5DNAStandards.PrimerPremixesandDNAStandardsarealsosoldseparately.
Components
Specifications
- SpecDescription
- CompatIBLePlatformAllNGSplatforms
- CompatibleSamplesHumangenomicDNA
- SamplesourcesFFPEtissueCellscollectedbylaser-capturemicrodissectionFlow-sortedcellsFree-circulatingDNAfromplasmaorserumForensicsamplesClinicalsamples
- Standardcurveconcentrationrange2.5ng/µL–10pg/µLor3,080–12copies
- SequencingApplicationsWholeGenomeSequencingWholeExomeSequencingTargetedSequencing(custompanels)AmpliconSequencing
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2 单细胞测序是指单个细胞水平上对基因组进行测序。
3、靶向测序步骤为 样品准备、探针/引物设计、目标序列捕获、文库制备、上机测序、数据分析。
4、单细胞的分离--DNA/RNA的提取和扩增(全基因组扩增和全转录组扩增)---测序以及后续的分析和应用。
相同:使用二代测序
不同:样本处理,文库构建,检测的区域,数据分析流程
目前,市面上质粒提取试剂盒大多数都是采取上述的碱裂解方法,不同之处在于纯化方式。目前比较常用的纯化系统是硅基质吸附材料,其原理为在高盐环境下质粒DNA能够结合到硅基质上,然后用低盐缓冲液或水将质粒DNA从硅基质上洗脱下来。得到的质粒可以用于酶切、PCR、测序、细菌转化、转染等分子生物学实验。
2.pgem-3zf (+) 双链dna对照模板 0.2g/l,试剂盒配套试剂。
3.m13(-21)引物 tgtaaaacgacggccagt,3.2μmol/l,即3.2pmol/μl,试剂盒配套试剂。
4.dna测序模板 可以是pcr产物、单链dna和质粒dna等。模板浓度应调整在pcr反应时取量1μl为宜。本实验测定的质粒dna,浓度为0.2g/l,即200ng/μl。
5.引物 需根据所要测定的dna片段设计正向或反向引物,配制成3.2μmol/l,即3.2pmol/μl。如重组质粒中含通用引物序列也可用通用引物,如m13(-21)引物,t7引物等。
6.灭菌去离子水或三蒸水。
7.0.2ml或和0.5ml的pcr管 盖体分离,pe公司产品。
8.3mol/l 醋酸钠(ph5.2) 称取40.8g naac·3h2o溶于70ml蒸馏水中,冰醋酸调ph至5.2,定容至100ml,高压灭菌后分装。
9.70%乙醇和无水乙醇。
10.naac/乙醇混合液 取37.5ml无水乙醇和2.5ml 3mol/l naac混匀,室温可保存1年。
11.pop 6测序胶 abi产品。
12.模板抑制试剂(tsr) abi产品。
13.10×电泳缓冲液 abi产品。
14.abi prism 310型全自动dna测序仪。
15.2400型或9600型pcr仪。
16.台式冷冻高速离心机。
17.台式高速离心机或袖珍离心机。向左转|向右转
亲子鉴定?
ID,promega.我们实验室主要用的是这两种,由于怕有突变还会备有凯杰的。
如果测序的话,那么就是AB的bigdye吧?
有什么问题我们可以交流。
数据分析的小白一枚,最近开始学习二代测序仪IONTORRENT出来的靶向基因检测位点的数据分析。由于完全没有涉猎过这个领域,会有很多不懂得地方,望大神们不吝赐教!
比如上面这个搜索结果,就是根据一起出来的数据,也就是一个位点的rs号进行检索出来的界面,但是完全不知道如何下手,也不是很清楚具体模块的作用,我能得到什么结果。虽然在网上能看到一些说明,但是仍然一知半解的!
最后,还是想说,大神们快快带我入门吧,非常迫切!跪谢!

