- Specification
- Product Description:
- FOXO1 Split CISH Probe is designed for the qualitative detection of translocations involving the human FOXO1 gene at 13q14.11 in formalin-fixed, paraffin-embedded specimens by chromogenic in situ hybridization (CISH).
- Recommend Usage:
- The product is ready-to-use. No reconstitution, mixing, or dilution is required. Bring probe to room temperature (18-25°C) and mix briefly before use.
- Supplied Product:
- Reagent Provided:This Probe is composed of:1. Digoxigenin-labeled polynucleotides, which target sequences mapping in 13q14.11* (chr13:40,908,021-41,132,595) proximal to the FOXO1 breakpoint region.2. Dinitrophenyl-labeled polynucleotides, which target sequences mapping in 13q14.11* (chr13:41,246,897-41,654,419) distal to the FOXO1 breakpoint region. 3. Formamide based hybridization buffer.*according to Human Genome Assembly GRCh37/hg19
- Storage Instruction:
- Store at 2-8°C in an upright position. Return to storage conditions immediately after use.
- Note:
- The probe is intended to be used in combination with the CISH Implementation Kit 2 (Catalog #: KA5366), which provides necessary reagents for specimen pretreatment and post-hybridization processing.Interpretation of results:Using the CISH Implementation Kit 2 (Cat # KA5366), hybridization signals of Digoxigenin-labeled polynucleotides appear as dark green colored distinct dots (proximal to the FOXO1 breakpoint region), and Dinitrophenyllabeled polynucleotides appear as bright red colored distinct dots (distal to the FOXO1 breakpoint region).Normal situation: In interphases of normal cells or cells without a translocation involving the FOXO1 gene region, two red/green fusion signals appear.Aberrant situation: One FOXO1 gene region affected by a translocation is indicated by one separate green signal and one separate red signal.Overlapping signals may appear as brown signals. Genomic aberrations due to small deletions, duplications or inversions might result in inconspicuous signal patterns. Other signal patterns than those described above may be observed in some abnormal samples. These unexpected signal patterns should be further investigated.
- Probe Position:
- Regulatory Status:
- For research use only (RUO)
- Interpretation of Result:
- Datasheet:
Download
- Applications
- Chromogenic In Situ Hybridization (Cells)
- FOXO1 Split CISH Probe hybridized to normal interphase cells as indicated by two red/green fusion signals per nucleus.
- Application Image
- Chromogenic In Situ Hybridization (Cells)
- enlarge
- Gene Information
- Entrez GeneID:
- 2308
- Gene Name:
- FOXO1
- Gene Alias:
- FKH1,FKHR,FOXO1A
- Gene Description:
- forkhead box O1
- Omim ID:
- 136533, 268220
- Gene Ontology:
- Hyperlink
- Gene Summary:
- This gene belongs to the forkhead family of transcription factors which are characterized by a distinct forkhead domain.The specific function of this gene has not yet been determined; however, it may play a role in myogenic growth and differentiation. Translocation of this gene with PAX3 has been associated with alveolar rhabdomyosarcoma. [provided by RefSeq
- Other Designations:
- OTTHUMP00000018301,forkhead box O1A (rhabdomyosarcoma),forkhead homolog in rhabdomyosarcoma,forkhead, Drosophila, homolog of, in rhabdomyosarcoma
- Gene Pathway
- Insulin signaling pathway
- Pathways in cancer
- Prostate cancer
- Related Disease
- Atherosclerosis
- Attention Deficit Disorder with Hyperactivity
- Autistic Disorder
- Calcinosis
- Coronary Artery Disease
- Diabetes Mellitus
- Diabetes Mellitus, Type 2
- Genetic Predisposition to Disease
- Glucose Intolerance
- Head and Neck Neoplasms
- NARP
- Neoplasm Recurrence, Local
- Neoplasms, Second Primary
- Obesity
- Obesity
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前一阵子实验室开始使用一种新的核酸染料-goldview,取代原先用的溴化乙锭-EB.goldview现在是由赛百盛出售.以下摘自官方网站:
GoldViewTM核酸染料——使用说明
概述
GoldViewTM是一种可代替溴化乙锭（EB）的新型核酸染料，采用琼脂糖电泳检测DNA时，GoldViewTM与核酸结合后能产生很强的荧光信号，其灵敏度与EB相当，使用方法与之完全相同。在紫外透射光下双链DNA呈现绿色荧光，而单链DNA呈红色荧光。GoldView不仅能染DNA，也可用于染RNA。
通过Ames试验、小鼠骨髓嗜多染红细胞微核试验、小鼠睾丸精母细胞染色体畸变试验，致突变性结果均为阴性；而溴化乙锭（EB）是一种强致癌剂。因此用GoldviewTM代替EB不失为一种明智的选择。
使用方法
1.将100ml琼脂糖凝胶溶液（浓度一般为0.8%~2%）在微波炉中融化。
2.加入5µlGoldView，轻轻摇匀，避免产生气泡。
3.冷却至不烫手时倒胶，待琼脂糖凝胶完全凝固后上样电泳。
4.电泳完毕在紫外灯下观察。若使用数码相机照像记录，则关闭相机的闪光灯，放在自动档即可；若使用凝胶成像系统照相，通过调节光圈、曝光时间，选择合适的滤光片，可得到成像清晰、背景较低的照片。
注意事项
1.胶厚度不宜超过0.5cm，胶太厚会影响检测的灵敏度。
2.加入GoldView的琼脂糖凝胶反复融化可能会对核酸检测的灵敏度产生一定影响，但不明显。
3.通过凝胶电泳回收DNA片段时，建议使用GoldView染色，在自然光下切割DNA条带，避免紫外线与EB对目的DNA产生的损伤，可明显提高克隆、转化、转录等分子生物学下游操作的效率。
4.虽然未发现GoldView有致癌作用，但对皮肤、眼睛会有一定的刺激，操作时应戴上手套。
电泳结果显示GV灵敏度与EB相当
问题1.Goldview到底是不是丫啶橙？
2.赛百盛不公布其成分的原因是害怕其为丫啶橙还是出于技术保密？
分子生物学实验的染料主要涉及到核酸染料和蛋白质染料.核酸染料主要有EB（溴化乙锭,高致癌性）,goldview,sybr green（实时定量PCR时常用染料）.这些染料可以和核酸双链分子特异性结合发出强荧光而被检测到.蛋白质染料最常用的是考马斯亮蓝 R-250,硝酸银.其中硝酸银有时也用于核酸染色.
染料分为天然染料和人工染料两种。天然染料有胭脂虫红、地衣素、石蕊和苏木素等，它们多从植物体中提取得到，其成分复杂，有些至今还未搞清楚。目前主要采用人工染料，也称煤焦油染料，多从煤焦油中提取获得，是苯的衍生物。多数染料为带色的有机酸或碱类，难溶于水，而易溶于有机溶剂中。为使它们易溶于水，通常制成盐类。
染料可按其电离后染料离子所带电荷的性质，分为酸性染料、碱性染料、中性（复合）染料和单纯染料四大类。 标本干燥后即进行固定，固定的目的有三个：
1）杀死微生物，固定细胞结构。
2）保证菌体能更牢的粘附在载玻片上，防止标本被水冲洗掉。
3）改变染料对细胞的通透性，因为死的原生质比活的原生质易于染色。
碘化丙啶(propiolium iodide,PI)能嵌入DNA双螺旋中,可使荧光强度增加约20倍,以488nm波长激发,DNA/PI复合物最大的发射波长约为615nm.
1.小鼠Lewis肺癌细胞DNA含量测定方法
(1).从C57BL/6小鼠上切除肿块,在培养皿内用PBS冲洗.
(2).去除结缔组织及脂肪,剪碎肿块.
(3).小碎片移入1.20×38mm注射针,加压使其通过,于4℃条件下重悬细胞于HBSS中.
(4).将200～300μL细胞悬液(5×105细胞/mL)中加入3mL PI(50μg/mL),染色3LL细胞,于4℃存放20～30分钟.
(5).测定580～750nm之间的发射荧光,以去除末结合PI产生的激发光与发射光谱线之间的重叠部分.
健那绿染液是一种活体染液，实验对象必须是活细胞，健那绿可以使活细胞中的线粒体呈现蓝绿色，而细胞质接近无色。
随着免疫荧光技术的不断发展，荧光染料及其标记的抗体偶联物也被广泛的应用于生物学实验中。目前，市场上抗体及蛋白标记的荧光染料主要有CFTM系列(Biotium,USA);AlexaFluor®系列(Lifetechnology,USA);DyLight系列;Cy系列;IRDye系列等等。使用最多的为AlexaFluor®系列和CFTM系列。
一、CFTM系列染料的核心对比AlexaFluor®系列具有以下几点优势：
1、新型罗丹明核心
罗丹明染料以优异的耐光性和良好的荧光量子产量著称。因此很多AlexaFluor®染料具有罗丹明核心结构，但是，传统罗丹明的化学结构很难从长波长的荧光染料延伸至远红外区域甚至是更具挑战性的近红外区域，而且生物偶联后其水溶性并不理想。Biotium科学家发现从绿色到近红外多色荧光的罗丹明染料的新型化学方法。该方法被有效的应用于CF染料的产品中，尤其是远红外CF染料，而且通过这种方法制备的染料不仅水溶性极佳而且耐光性极好。
2、特异性高的近红外染料
近红外染料最大的特点是比可见光范围要大很多，大滴的染料常会导致染料水溶性低、染料聚合体多、荧光量子产量差等问题。为了解决这些问题，许多商用的近红外染料比如AlexaFluor®、DyLight®dyes和IRDyes®近红外染料，在制备时吸附了大量的带负电荷的磺化基团，其磺化作用可以在一定程度上会提高染料的溶解性和荧光性，但这样也带来了另一些更加严重的问题，经这种染料标记的生物耦联物的非特异性结合。Biotium的科学家用**性的方法设计出近红外染料CF，在避免引入大量负电荷的情况下，极大的保证了染料优异的理化特性。Biotium近红外的CF染料以花青或罗丹明染料为核心结构，该核心结构的特殊化学修饰限制了染料的分子内位移，从而获得染料的高量子产率和更好的水溶性。因此，近红外CF染料比其他近红外染料荧光强度更高，光稳定性好。最重要的是，在免疫印迹实验上应用近红外CF染料标记蛋白质样品相对于其他商业用近红外染料制备的抗体偶联物，最大限度的提高了信噪比。
3、优异的标记效率
生物偶联后的活性染料一般很容易水解，会在运输，操作及储存中带来诸多不便，最终致染料结合效率低下。像AlexaFluor®dyes,DyLight™dyesandIRDyes®等严重的磺化作用有较强的吸湿性，恶化水解作用等问题。所有Biotium的CF染料具有相对稳定的胺活性的SE基团型，这比大部分AlexaFluor染料的SE更耐水解。总体来说，CF染料SE产品一贯的给出更高的标记效率，提供给用户更好的使用价值。
二、选择方案：
1、蓝色（350-450nm处激发）
CF350、AlexaFluor350、AMCA等----亮蓝和紫外光激发。
CF350是类似于AlexaFluor350和传统荧光染料AMCA的蓝色荧光染料，CF350的荧光强度高于AlexaFluor350、AMCA，吸附在蛋白上的荧光超过50%，水溶性更好，耐光性非常优秀亮，更容易与现有的绿色荧光基团区分。
CF405S/CF405M、AlexaFluor405----近乎完美的匹配蓝色二极管激光器。
CF405S/CF405M、AlexaFluor405与近来使用的荧光显微镜和流式细胞仪405nm;谱线的蓝色二极管激光器完美的匹配。在流式细胞仪上的分析结果显示CF405S/CF405M荧光信号强度高于AlexaFluor405染料1.7倍。
2、绿色（488nm处激发）
CF488A、AlexaFluor488、FITC、FAM、DyLight488、Cy2等----针对488nm氩离子激光器的绿色荧光染料。
以上染料其标记的抗体蛋白适用于所有配备488nm氩离子激光器的流式细胞仪，流式细胞仪的FL1通道检测，或者可用于荧光显微镜技术。
CF488A最低限度的带电量降低了与抗体耦联物的非特异性结合，在红色通道溢出少于AlexaFluor488，耐光性好、水溶性好和pH不敏感，良好的稳定性和活性染料的标记率。
AlexaFluor488在较宽的PH值范围内保持稳定（PH4~10）；
FITC激发波长488nm，最大发射波长525nm，缺点：荧光强度易受PH值影响，PH值降低时其荧光强度减弱。
3、橙红色（543-555nm处激发）
CF543、AlexaFluor546、ATTO550,Cy3,DyLight549,Rhodamine(TRITC)匹配543nm的橙色荧光染料；
CF™543荧光条带明亮，耐光，水溶性好，确保了CF543染料与抗体的耦联物保持优异的水溶性，为该波段最亮的橙色荧光染料。例如：同等的标记程度下，CF543标记的羊抗鼠IgG抗体的亮度高于用AlexaFluor546标记的2~10倍。
CF555、AlexaFluor555、Tetramethylrhodamine(TAMRA)等匹配Cy3滤光片的橙色荧光染料。
4、红色（568-594nm处激发）
CF568、AlexaFluor®568,ATTO565,RhodamineRed等568nm处红色荧光染料。
CF568染料耐光性最好；高效水溶性；比AlexaFluor568标记的抗体亮度更亮。
CF594、AlexaFluor®594,ATTO™594,DyLight™594,TexasRed等最亮红色荧光染料。
CF594由于其高量子产量和优异的水溶性而比AlexaFluor594明亮2~4倍。同时CF594对光极其稳定，使它能被理想地应用于诸如共聚焦显微镜和单分子显像条件苛刻的应用中去。
5、远红外（620-660nm处激发）
CF620R、LightCyclerRed640等620nm处。
CF™620R是以红色荧光染料罗若丹（rhodamine）为基础的远红外的荧光染料，该染料有高荧光亮度和极度的耐光性。它的吸收和发射光谱为617和639nm，该染料能被用于荧光能量共振转移中高能量的接收者，或者在激发和发射窗口能和该染料的光谱特性匹配的条件下，被应用于多色检测中的最高荧光量采集。染料的卓越的水溶性有利于生物耦合在水介质中，更好的保持耦联物的生物特异性结合。
CF633、AlexaFluor633,AlexaFluor647,Cy5,DyLight633,DyLight649等633/635nm激光线的最佳染料荧光染料。
CF633染料的优点：当被633nm氦氖激光或635nm红色二极管激光激发时，产生最亮的抗体耦联物，光稳定性远高于AlexaFluor647，高效的水溶性。
CF640、AlexaFluor647,ATTO647N,Cy5,DyLight649等远红外荧光染料。
CF640R的优点：以红色染料罗丹明（rhodamine）为基础，吸收和发射峰类似Cy5、AlexaFluor647；但以罗丹明（rhodamine）为基础的红色染料CF640R它最大的优点就是对光稳定性，Cy5和AlexaFluor647以花青素为基础，因此有着和花青素一样的特点即耐光性较差。极好的亮度和耐光性使CF™640R被理想的用于共聚焦显微镜和单分子成像等条件苛刻的检测中。
CF647、AlexaFluor647,ATTO647N,DyLight649等远红外荧光染料。
以花青素为基础的远红外荧光染料CF647比Cy5、AlexaFluor647明亮。
CF660、AlexaFluor®660,Allophycocyanin(APC)等介于远红外近红外之间的荧光染料。
6、近红外（680-790nm处激发）
CF680R/680、AlexaFluor680,Cy5.5,IRDye680等近红外荧光染料。
CF680是高水溶性的以花青素为基础的染料，分子量大约为3000。该染料标记抗体极佳，发出最亮的荧光和在免疫染色光谱相似的染料中产生最高的信噪比。
CF680R分子量约为900，更适合标记核酸或者相对小的生物分子。CF680R是新型的以罗丹明（rhodamine）为基础的高荧光亮度,极度耐光性染料，这使它可被理想地用于共聚焦显微镜，单分子成像等条件要求苛刻的应用中。
CF750、CF™770andCF™790等近红外荧光染料。
CF750、CF770、CF790是领域内真正具有突破性的长波长的新型染料代表。其他近红外染由于受到染料聚集和稳定性差等因素的影响而导致荧光亮度有限。基于Biotium科学家研制的新型分子工程技术，近红外CF染料克服了这些问题。即使在633nm被激发，CF750也会比APC-AlexaFluor750拥有足够的亮度来在流式细胞仪检测中带来更好的信噪比，而且不存在串联染料的低稳定性等问题。另外，近红外CF染料高度水溶性，没有会增加抗体耦联物非特异性结合的过剩的负电荷，也代表了该产品的优秀性能。
