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AG Scientific/Cyclosporin C/C-1664-
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AG Scientific/Cyclosporin C/C-1664-
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AG-scientific
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Alternate Name/Synonyms
Thr2-cyclosporin; 7-Threonine-cyclosporin A
SKU
C-1664
CAS #
59787-61-0
Chemical Name
Cyclo[L-alanyl-D-alanyl-N-methyl-L-leucyl-N-methyl-L-leucyl-N-methyl-L-valyl-3-hydroxy-N,4-dimethyl-L-2-amino-6-octenoyl-L-threonyl-N-methylglycyl-N-methyl-L-leucyl-L-valyl-N-methyl-L-leucyl]
Chemical Formula
C62H111N11O13
Molecular Weight
1218.61 Da
Appearance
White to off-white solid
Purity
>95% (HPLC)
Solubility
Soluble in 100% ethanol, acetone or ethyl acetate. Insoluble in water.
Melting Point
N/A
Preparation
N/A
Storage Temp
-20°C
THERAPEUTIC AREA
Autoimmune diseases
USE
Cyclosporin C is an immunosuppressive cyclic polypeptide drug commonly used post-transplant to prevent graft rejection from the cytotoxic effects of T-cells. For laboratory and research purposes only.
MDL NUMBER
MFCD06410945
CHEMACX
X1407180-0
INCHI
InChI=1S/C62H111N11O13/c1-25-26-39(14)52(76)51-56(80)66-50(42(17)74)61(85)67(18)32-48(75)68(19)43(27-33(2)3)55(79)65-49(38(12)13)62(86)69(20)44(28-34(4)5)54(78)63-40(15)53(77)64-41(16)57(81)70(21)45(29-35(6)7)58(82)71(22)46(30-36(8)9)59(83)72(23)47(31-37(10)11)60(84)73(51)24/h25-26,33-47,49-52,74,76H,27-32H2,1-24H3,(H,63,78)(H,64,77)(H,65,79)(H,66,80)/b26-25+/t39-,40+,41-,42?,43-,44-,45+,46-,47+,49+,50-,51+,52+/m0/s1
SMILES
C/C=C/[C@H](C)[C@H]([C@@H]1C(=O)N[C@H](C(=O)N(CC(=O)N([C@H](C(=O)N[C@@H](C(=O)N([C@H](C(=O)N[C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N([C@@H](C(=O)N([C@H](C(=O)N([C@@H](C(=O)N1C)CC(C)C)C)CC(C)C)C)CC(C)C)C)C)C)CC(C)C)C)C(C)C)CC(C)C)C)C)C(C)O)O
Handling
Toxic. May be carcinogenic. Read MSDS prior to handling. Handling by trained professionals only. Handle in accordance with good industrial hygiene and safety practice.

AGScientific,Inc.成立于1997年,专注于创新生化制剂以及用于诊断测试开发的定制原材料,以推进临床前研究药物开发。产品涉及抗生素,生物洗涤剂,缓冲液,诊断,酶,医疗设备试剂,蛋白酶K,还原剂,RNaseA等。


CHAPS是一种两性离子洗涤剂,广泛应用于蛋白质纯化过程。作为这类洗涤剂的一部分,CHAPS含有一个正电荷和一个负电荷,但没有一个净的总电荷。CHAPS的生物膜亲和力相对较低,但在特定的浓度范围内可以有效地诱导溶血和蛋白溶解。CHAPS被归类为一种临界胶束浓度为6-10mM的非变性表面活性剂

CHAPS的应用:在实验室中,CHAPS和其他两性离子洗涤剂可用于在分离蛋白之前诱导细胞裂解。它也可以用作二维凝胶电泳过程中的缓冲液,在某些情况下,它比SDS等阴离子洗涤剂更受欢迎。在蛋白质分析之前,可以通过透析从溶液中去除CHAPS。另一种技术利用专门的树脂和旋转柱也可以用来有效地去除皲裂用于监测化学反应或蛋白质结合的紫外/可见光谱学•用于离子交换色谱和等电色谱•用于细胞的膜渗透•以酶特性作为变性缓冲液的成分


嘌呤霉素盐酸盐是从阿氏链霉菌中分离得到的氨基糖苷类抗生素。嘌呤霉素是一种蛋白质合成抑制剂,它将自己整合到一个正在生长的多肽链中,导致其提前终止。嘌呤霉素的主要应用是作为基因选择抗生素,在CRISPR/Cas9基因编辑中发挥重要作用。这种以盐酸盐形式存在的嘌呤霉素试剂具有抗肿瘤、抗锥虫和抗菌的特性。重要的是要将嘌呤霉素盐酸盐储存在一个密闭的容器中,并置于通风干燥的地方。


盐酸贝斯他汀是氨基肽酶,氨基肽酶B,氨基肽酶M(CD13),和链霉菌来源的亮氨酸氨基肽酶(LAP3)的一种金属蛋白酶抑制剂。这些蛋白的抑制作用是由于肿瘤细胞的凋亡诱导。Bestatin在抗癌化疗、免疫调节、镇痛等方面表现出良好的疗效。


蛋白酶K(又称内肽酶K)是一种从真菌Tritirachiumalbumlimber培养滤液中分离出的胞外内肽酶。这种独特的真菌可以降解角蛋白(因此蛋白酶“K”),并可以利用其副产品作为碳和氮的唯一来源来生长。该酶在较宽的温度和pH范围内是稳定的,在55-65℃和pH8.0时是最佳活性。它在高盐浓度下也很稳定,在强洗涤剂如SDS的存在下也很活跃。其分子量为28.5kDa,对其多肽靶点的特异性较低。


AG蛋白酶K应用于下一代测序(NGS)和微阵列技术•核酸纯化,当从酵母、细菌、哺乳动物细胞和植物细胞裂解物中提取DNA和RNA时,通过灭活核酸酶来纯化核酸•提高PCR产物的克隆效率•使用加速器质谱法对DNA加合物水平进行定量的样品准备•核糖核酸酶保护试验中鸡尾酒酶的失活•添加到提取程序,以优化微阵列研究的原始乳腺肿瘤的RNA产量应用于蛋白质•检测具有独特抗蛋白降解能力的牛海绵状脑病蛋白。•组织消解作为另一种样品制备方法,用于液相色谱-串联质谱定量分析•特异性修饰细胞表面蛋白,分析膜结构进行蛋白定位•生成用于功能研究表征的蛋白片段




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上海杰美基因医药科技有限公司在发布的琼脂糖凝胶法蛋白质西方杂交免疫印迹ECL化学发光检测试剂盒供应信息,浏览与琼脂糖凝胶法蛋白质西方杂交免疫印迹ECL化学发光检测试剂盒相关的产品或在搜索更多与琼脂糖凝胶法蛋白质西方杂交免疫印迹ECL化学发光检测试剂盒相关的内容。 查看更多>
2021-09-01
技术参数 10 × Loading Buffer 1 ml × 10 支 SDS 0.90% Glycerol 50% Bromophenol Blue 0.05% 产品描述   用于琼脂糖凝胶电泳的Loading Buffer。本制品与Takara常规限制酶中附带的10×Loading buffer组成相同。   保存:室温。   应用:琼脂糖凝胶凝胶电泳。 使用说明   向酶促反应液中加入多于1/10体积量的本制品,即可终止反应,此溶液可直接用于琼脂糖凝胶电泳。室温保存时, 查看更多>
镍-琼脂糖凝胶HP/NI-SepharoseHPNI-SepharoseHP270316浙江爱因斯生物科技有限公司镍-琼脂糖凝胶 HP/NI-Sepharose HP 查看更多>
Product Size: 100 g Melting Point: Standard Melting Point Separation Range: 100 bp to >30 kb Validated Application: Gel Electrophoresis Regulatory Statement: For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures. Shipping Condition: Room T 查看更多>
凝胶成像分析系统:可以应用在蛋白电泳凝胶,DNA凝胶,样品进行图象采集并进行定性和定量分析,样品包括:EB、SYBR Green、SYBR Gold、Texas Red、GelStar、Fluoroscecin、 Radiant Red等染色的核酸监测;以及Coomassie Blue、SYPRO Orange、各种染色的蛋白质凝胶如考染等。(或UV,EB和有色及可见样品成像) 查看更多>
免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation)是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。注意:在准备做磷酸(酯)酶实验的时候,不加磷酸酯酶抑制剂。工作液配制配制 100 ml 的 modified RIPA buffe:1. 称取 790 mg 的 Tris-Base,加到 75 ml 去离子水中,加入 900 mg 的 NaCl,搅拌,直到全部溶解,用 HC 查看更多>
随着生物技术的不断发展,基因工程表达体系的生产能力大幅度增加,不少基因工程药物的生产规模已达数千甚至万升级发酵罐。细胞表达量可达数g/L甚至10g/L。种类丰富的高表达量上游产品对下游纯化提出了挑战,尤其是目前的纯化工艺中多采用琼脂糖基质的微球作为层析填料,该基质微球虽生物相容性好,但骨架刚性低,在较高的压力下容易出现变形或者孔道的改变,影响纯化效率。很多企业只能以牺牲高流速的形式来保证纯化效率,无形中拉长了蛋白的纯化时间,使蛋白质变性... 查看更多>
本产品为基于三甘醇(16原子间隔臂)的谷胱甘肽琼脂糖,可快速、温和, 特异性地纯化包含谷胱甘肽结合序列的非变性蛋白质,如谷胱甘肽- S -转移酶(GST)、谷胱甘肽过氧化物酶等。该填料具有很好的物理和化学稳定性,使用寿命长,使用方便,可一步分离得到纯度较高的目标蛋白,纯化条件温和,可以保证蛋白的活性。 查看更多>
琼脂糖凝胶CL-6B/SepharoseCL-6BSepharoseCL-6B270316浙江爱因斯生物科技有限公司琼脂糖凝胶 CL-6B/Sepharose CL-6B 查看更多>
琼脂(Agar),又名琼胶、菜燕、冻粉,是一类从石花菜及其它红藻类(Rhodophyceae)植物提取出来的藻胶(phycocottoid),在我国及日本已有三百多年(1658年)的历史。琼脂糖Agarose,缩写为AG,是琼脂中不带电荷的中性组成成份,也译为琼胶素或琼胶糖。 性状:   条状琼脂为类白色或淡黄色半透明细长条状;粉状琼脂为鳞片状无色或淡黄色粉末。琼脂糖一般为白色粉末。在沸水中极易分解成溶胶;在冷水中不溶,但能吸水膨胀成... 查看更多>
本试剂盒采用独特的缓冲液系统,溶胶后转入吸附柱直接离心即可专一性吸附DNA,去除其它杂质。可从TAE或TBE琼脂糖凝胶上回收DNA片段。 可回收20bp-40kb大小的片段,回收率可高达85以上。是最快速高效的选择。... 查看更多>
美国vivantis : 限制性内切酶,快切酶,核酸提取试剂盒,Taq酶,琼脂糖,诚招全国各级代理商。产品优势:限制性内切酶:1.种类多,一共有136种。2.交货及时,132种内切酶在中国分公司-上海凯斯泰尔生物科技有限公司备有现货。3.快切反应:超过100种内切酶可以在5分钟内完成酶切反应。4.双切:所有的vivantis限制性内切酶都可以做双切,并提供通用缓冲液。5.质量稳定:室温放置几天后可以有同样的酶切效果。6.质量保证:100... 查看更多>
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最近在跑琼脂糖凝胶电泳的时候,经常出现如下图所示的问题:

我用的是1%的琼脂糖,0.5XTBE缓冲液,上样体系是5ulRNA样本+1ul6*loADIngbuffer,跑胶电压110V,时间30min。想请教各位大神为什么会出现这样的拖带现象?

谢谢!







作为盐,它可以液化凝胶。凝胶都是氢键盐键等次级键交联成的,会被离液序列高的盐破坏掉,加盐酸胍也能起到这个作用,不一定是碘化钠。
其实加入碘化钠最主要的作用是高离序盐,让DNA和它结合以后和柱子里的凝胶充分充分地,结合起来!!
洗涤那步很重要,如果洗不干净高离序盐,会抑制酶切,有些酶很敏感的。
什么是琼脂糖,由什么构成
琼脂糖凝胶电泳是常用的分离和检测方法,琼脂是最常用的载体支持物,核酸分子具有电荷效应和分子筛效应,利用此特性可达到分离检测的目的。
一、琼脂糖凝胶的特点
天然琼脂(agar)是一种多聚糖,主要由琼脂糖(agarose,约占80%)及琼脂胶(agaropectin)组成。琼脂糖是由半乳糖及其衍生物构成的中性物质,不带电荷,而琼脂胶是一种含硫酸根和羧基的强酸性多糖,由于这些基团带有电荷,在电场作用下能产生较强的电渗现象,加之硫酸根可与某些蛋白质作用而影响电泳速度及分离效果。因此,目前多用琼脂糖为电泳支持物进行平板电泳,其优点如下。
1. 琼脂糖凝胶电泳操作简单,电泳速度快,样品不需事先处理就可以进行电泳。
2. 琼脂糖凝胶结构均匀,含水量大(约占98%~99%),近似自由电泳,样品扩散较自由电流,对样品吸附极微,因此电泳图谱清晰,分辨率高,重复性好。
3. 琼脂糖透明无紫外吸收,电泳过程和结果可直接用紫外光灯检测及定量测定。
4. 电泳后区带易染色,样品极易洗脱,便于定量测定。制成干膜可长期保存。
目前,常用琼脂糖作为电泳支持物,分离蛋白质和同工酶。将琼脂糖电泳与免疫化学相结合,发展成免疫电泳技术,能鉴别其他方法不能鉴别的复杂体系,由于建立了超微量技术,0.1ug蛋白质就可检出。
琼脂糖凝胶电泳也常用于分离、鉴定核酸,如DNA鉴定,DNA限制性内切核酸酶图谱制作等。由于这种方法操作方便,设备简单,需样品量少,分辨能力高,已成为基因工程研究中常用实验方法之一。
二、DNA的琼脂糖凝胶电泳
琼脂糖凝胶电泳对核酸的分离作用主要是依据它们的相对分子量质量及分子构型,同时与凝胶的浓度也有密切关系。
1、核酸分子大小与琼脂糖浓度的关系
① DNA分子的大小 在凝胶中,DNA片段迁移距离(迁移率)与碱基对的对数成反比,因此通过已知大小的标准物移动的距离与未知片段的移动距离时行比较,便可测出未知片段的大小。但是当DNA分子大小超过20kb时,普通琼脂糖凝胶就很难将它们分开。此时电泳的迁移率不再依赖于分子大小,因此,就用琼脂糖凝胶电泳分离DNA时,分子大小不宜超过此值。
② 琼脂脂糖的浓度 如下表所示,不同大小的DNA需要用不同浓度的琼脂糖凝胶进行电泳分离。
表 琼脂糖浓度与DNA分离范围琼脂糖浓度/%0.30.60.70.91.21.52.0线状DNA大小/kb60-520-110-0.87-0.56-0.44-0.23-0.1
2、核酸构型与琼脂糖凝胶电泳分离的关系
不同构型DNA的移动速度次序为:供价闭环DNA(covalently closed circular,cccDNA)>直线DNA>开环的双链环状DNA。当琼脂糖浓度太高时,环状DNA(一般为球形)不能进入胶中,相对迁移率为0(Rm=0),而同等大小的直线双链DNA(刚性棒状)则可以长轴方向前进(Rm>0),由此可见,这三种构型的相对迁移率主要取决于凝胶浓度,但同时,也受到电流强度、缓冲液离子强度等的影响。
3、电泳方法
① 凝胶类型
用于分离核酸的琼脂糖凝胶电泳可分为垂直型及水平型(平板型)。水平型电泳时,凝胶板完全浸泡在电极缓冲液下1-2mm,故又称为潜水式。目前更多用的是后者,因为它制胶和加样比较方便,电泳槽简单,易于制作,又可以根据需要制备不同规格的凝胶板,节约凝胶,因而较受欢迎。
② 缓冲液系统
缺少离子时,电流太小,DNA迁移慢;相反,高离子强度的缓冲液由于电流太大会大量产热,严重时,会造成胶熔化和DNA的变性。
常用的电泳缓冲液有EDTA(pH8.0)和Tris-乙酸(TEA),Tris-硼酸(TBE)或Tris-磷酸(TPE)等,浓度约为50mmol/L(pH7.5~7.8)。电泳缓冲液一般都配制成浓的贮备液,临用时稀释到所需倍数。
TAE缓冲能力较低,后两者有足够高的缓冲能力,因此更常用。TBE浓溶液长期贮存会出现沉淀,为避免此缺点,室温下贮存5×溶液,用时稀释10倍0.5×工作溶液即能提供足够缓冲能力。
③ 凝胶的制备
以稀释的电极缓冲液为溶剂,用沸水浴或微波炉配制一定浓度的溶胶,灌入水平胶框或垂直胶膜,插入梳子,自然冷却。
④ 样品配制与加样
DNA样品用适量Tris-EDTA缓冲液溶解,缓冲液内含有0.25%溴酚蓝或其他指示染料,含有10%-15%蔗糖或5%~10%甘油,以增加其比重,使样品集中。为避免蔗糖或甘油可能使电泳结果产生U形条带,可改用2.5%Ficoll(聚蔗糖)代替蔗糖或甘油。
⑤ 电泳
琼脂糖凝胶分离大分子DNA实验条件的研究结果表明,在低浓度、低电压下,分离效果较好。在低电压条件下,线性DNA分子的电泳迁移率与所用的电压呈正比。但是,在电场强度增加时,较大的DNA片段迁移率的增加相对较小。因此随着电压的增高,电泳分辨率反而下降,为了获得电泳分离DNA片段的最大分辨率,电场强度不宜高于5V/cm。
电泳系统的温度对于DNA在琼脂糖凝胶中的电泳行为没有显著的影响。通常在室温下进行电泳,只有当凝胶浓度低于0.5%时,为增加凝胶硬度,可在4℃进行电泳。
⑥ 染色和拍照
常用荧光染料溴乙锭(EB)染色,在紫外光下观察DNA条带,用紫外分析仪拍照,或用凝胶成像系统输出照片,并进行有关的数据分析。
注意事项:电泳中所使用的染料EB是致癌物质,一定要小心,避免其接触皮肤等,进行电泳操作的时候一定要带手套,手套要及时更换,现在也除了一些EB的替代物,如Goldview等。
区别是:
biowest agarose 指的是西班牙琼脂糖。
agarose指的是琼脂糖。
琼脂糖 的分子量 630.5471

中文名称:琼脂糖中文别名:琼脂糖ME英文名称:Agarose英文别名:Agarose, medium EEO, Molecular Biology Grade; agarose, mixture; Agaroseforelectrophoresisofmacromolecules;agarose for molecular biology; agarose 6 B for chromatography; Agarose LE; sepharose(R) 4B for chromatography;CAS:9012-36-6;62610-50-8EINECS:232-731-8分子式:C24H38O19分子量:630.5471安全术语:S24/25:Avoid contact with skin and eyes.;

望采纳

大家好,本人是实验新手一枚,目前在学做琼脂糖电泳,我是提取基因组DNA,然后以500ngDNA为模板,按照以下反应体系PCR:Q5高保真热启动2Xmastermix12.5UL;上下游引物终浓度0.5uM,DNA模板500ng,加水补支总体积25ul,反应程序,98℃30s,98℃5S,62℃10s,72℃20s,35或者40个循环,72℃2min,4℃保存,PCR产物取5UL行2%琼脂糖电泳,EB染色,50ul琼脂糖胶加入10mg/mlEB染液5ul,但是结果几乎看不到条带,但是Marker很清晰。最后我把PCR产物用分光光度计测量浓度,发现浓度在400-600ng/ul之间,260/280接近1.80,我想知道我哪里做错了,才导致看不到条带呢?请园子里的老师指教,在此,我首先感谢大家了!

1倍或者0.5倍的TBE溶解,TBE成分为:Tris、硼酸、EDTA的缩写。
TBE作为电泳缓冲液,其中的离子可以导电。并且TE作为DNA的储存液,可以保证DNA免受DNA酶的降解,其中的离子也可以稳定DNA的存在。

最近在做小鼠基因型鉴定,之前做出来的效果很好,没有杂带,只有明显的目的条带,但是最近几次老是出现很多杂带,但是还是看得清目的条带,不影响判断。想请问一下有经验的朋友,这可能是什么原因引起的呢?该怎么避免?谢谢!


琼脂和琼脂糖的区别 123
琳姐5422017-10-03
琼脂,在固体培养时琼脂是最好的固体剂,琼脂本身并不提供任何营养,它是一种高分子的碳水化合物,从红藻等海藻中提取,仅溶解于热水,成为溶胶,冷后(40°C以下)即凝固为固体状成凝胶。通常所说的“煮”培养基,就是使琼脂溶解于热水(90°C以上)中。
琼脂糖 从琼脂中提取的、由不同类型吡喃半乳糖聚合而成的多糖。在生物化学和分子生物学研究中用于凝胶过滤、凝胶电泳和凝胶扩散实验
应该是交联度吧。对不同分子量得蛋白质进行凝胶色谱柱时,要选择不同的交联度。固定化细胞,根据细胞大小也要选择。

琼脂糖凝胶电泳的时候不同的样品电流电压设置怎么设置呢?

电流电压设置值的依据是什么呢?如何确定电泳的电压电压值?

电泳仪是恒压还是恒流呢?设置电压和电流了,不应该功率就定了没,怎么还要设置功率?

跑电泳的时候起初电压还基本满足设定值,但是随后就一直降低,这是怎么回事?


琼脂糖凝胶电泳是常用的分离和检测方法,琼脂是最常用的载体支持物,核酸分子具有电荷效应和分子筛效应,利用此特性可达到分离检测的目的。
  一、琼脂糖凝胶的特点
  天然琼脂(agar)是一种多聚糖,主要由琼脂糖(agarose,约占80%)及琼脂胶(agaropectin)组成。琼脂糖是由半乳糖及其衍生物构成的中性物质,不带电荷,而琼脂胶是一种含硫酸根和羧基的强酸性多糖,由于这些基团带有电荷,在电场作用下能产生较强的电渗现象,加之硫酸根可与某些蛋白质作用而影响电泳速度及分离效果。因此,目前多用琼脂糖为电泳支持物进行平板电泳,其优点如下。
  1. 琼脂糖凝胶电泳操作简单,电泳速度快,样品不需事先处理就可以进行电泳。
  2. 琼脂糖凝胶结构均匀,含水量大(约占98%~99%),近似自由电泳,样品扩散较自由电流,对样品吸附极微,因此电泳图谱清晰,分辨率高,重复性好。
  3. 琼脂糖透明无紫外吸收,电泳过程和结果可直接用紫外光灯检测及定量测定。
  4. 电泳后区带易染色,样品极易洗脱,便于定量测定。制成干膜可长期保存。
  目前,常用琼脂糖作为电泳支持物,分离蛋白质和同工酶。将琼脂糖电泳与免疫化学相结合,发展成免疫电泳技术,能鉴别其他方法不能鉴别的复杂体系,由于建立了超微量技术,0.1ug蛋白质就可检出。
  琼脂糖凝胶电泳也常用于分离、鉴定核酸,如DNA鉴定,DNA限制性内切核酸酶图谱制作等。由于这种方法操作方便,设备简单,需样品量少,分辨能力高,已成为基因工程研究中常用实验方法之一。
  二、DNA的琼脂糖凝胶电泳
  琼脂糖凝胶电泳对核酸的分离作用主要是依据它们的相对分子量质量及分子构型,同时与凝胶的浓度也有密切关系。
  1、核酸分子大小与琼脂糖浓度的关系
  ① DNA分子的大小 在凝胶中,DNA片段迁移距离(迁移率)与碱基对的对数成反比,因此通过已知大小的标准物移动的距离与未知片段的移动距离时行比较,便可测出未知片段的大小。但是当DNA分子大小超过20kb时,普通琼脂糖凝胶就很难将它们分开。此时电泳的迁移率不再依赖于分子大小,因此,就用琼脂糖凝胶电泳分离DNA时,分子大小不宜超过此值。
  ② 琼脂脂糖的浓度 如下表所示,不同大小的DNA需要用不同浓度的琼脂糖凝胶进行电泳分离。
  表 琼脂糖浓度与DNA分离范围琼脂糖浓度/%0.30.60.70.91.21.52.0线状DNA大小/kb60-520-110-0.87-0.56-0.44-0.23-0.1
  2、核酸构型与琼脂糖凝胶电泳分离的关系
  不同构型DNA的移动速度次序为:供价闭环DNA(covalently closed circular,cccDNA)>直线DNA>开环的双链环状DNA。当琼脂糖浓度太高时,环状DNA(一般为球形)不能进入胶中,相对迁移率为0(Rm=0),而同等大小的直线双链DNA(刚性棒状)则可以长轴方向前进(Rm>0),由此可见,这三种构型的相对迁移率主要取决于凝胶浓度,但同时,也受到电流强度、缓冲液离子强度等的影响。
  3、电泳方法
  ① 凝胶类型
  用于分离核酸的琼脂糖凝胶电泳可分为垂直型及水平型(平板型)。水平型电泳时,凝胶板完全浸泡在电极缓冲液下1-2mm,故又称为潜水式。目前更多用的是后者,因为它制胶和加样比较方便,电泳槽简单,易于制作,又可以根据需要制备不同规格的凝胶板,节约凝胶,因而较受欢迎。
  ② 缓冲液系统
  缺少离子时,电流太小,DNA迁移慢;相反,高离子强度的缓冲液由于电流太大会大量产热,严重时,会造成胶熔化和DNA的变性。
  常用的电泳缓冲液有EDTA(pH8.0)和Tris-乙酸(TEA),Tris-硼酸(TBE)或Tris-磷酸(TPE)等,浓度约为50mmol/L(pH7.5~7.8)。电泳缓冲液一般都配制成浓的贮备液,临用时稀释到所需倍数。
  TAE缓冲能力较低,后两者有足够高的缓冲能力,因此更常用。TBE浓溶液长期贮存会出现沉淀,为避免此缺点,室温下贮存5×溶液,用时稀释10倍0.5×工作溶液即能提供足够缓冲能力。
  ③ 凝胶的制备
  以稀释的电极缓冲液为溶剂,用沸水浴或微波炉配制一定浓度的溶胶,灌入水平胶框或垂直胶膜,插入梳子,自然冷却。
  ④ 样品配制与加样
  DNA样品用适量Tris-EDTA缓冲液溶解,缓冲液内含有0.25%溴酚蓝或其他指示染料,含有10%-15%蔗糖或5%~10%甘油,以增加其比重,使样品集中。为避免蔗糖或甘油可能使电泳结果产生U形条带,可改用2.5%Ficoll(聚蔗糖)代替蔗糖或甘油。
  ⑤ 电泳
  琼脂糖凝胶分离大分子DNA实验条件的研究结果表明,在低浓度、低电压下,分离效果较好。在低电压条件下,线性DNA分子的电泳迁移率与所用的电压呈正比。但是,在电场强度增加时,较大的DNA片段迁移率的增加相对较小。因此随着电压的增高,电泳分辨率反而下降,为了获得电泳分离DNA片段的最大分辨率,电场强度不宜高于5V/cm。
  电泳系统的温度对于DNA在琼脂糖凝胶中的电泳行为没有显著的影响。通常在室温下进行电泳,只有当凝胶浓度低于0.5%时,为增加凝胶硬度,可在4℃进行电泳。
  ⑥ 染色和拍照
  常用荧光染料溴乙锭(EB)染色,在紫外光下观察DNA条带,用紫外分析仪拍照,或用凝胶成像系统输出照片,并进行有关的数据分析。
  注意事项:电泳中所使用的染料EB是致癌物质,一定要小心,避免其接触皮肤等,进行电泳操作的时候一定要带手套,手套要及时更换,现在也除了一些EB的替代物,如Goldview等。