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所谓同型对照，就是因为担心抗体会有非特异性的结合而设置的一种对照。选用和特异性抗体同种亚型的，同样荧光素标记的抗体，采用同样的染色步骤染同样浓度的细胞。然后上机检测。如果细胞有非特异性的结合，那同型对照的荧光强度可能会比未染色的阴性对照要高一些。同型对照只用于那种阳性和阴性之间没有明确分解的情况。如果阳性细胞群非常清楚，是不需要同型对照的。另外，在多色同染的情况下，也不采用同型对照，而是采用FMO（fluorensence minus one）对照。另外，对于同型对照的使用，也有很多反对意见。就算是同型抗体，也可能会有不同的亲和力，并不一定就能真实反应非特异性的结合。
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