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在定量PCR时，我们常常纠结一个问题，究竟是相对定量还是绝对定量呢？如今，你无需纠结了，因为数字PCR（digital PCR）来了。尽管这两种技术有些类似，都是估计起始样品中的核酸量，但它们有一个重要的区别。定量PCR是依靠标准曲线或参照基因来测定核酸量，而数字PCR则让你能够直接数出DNA分子的个数，是对起始样品的绝对定量。因此特别适用于依靠Ct值不能很好分辨的应用领域：拷贝数变异、突变检测、基因相对表达研究（如等位基因不平衡表达）、二代测序结果验证、miRNA表达分析、单细胞基因表达分析等。向左转|向右转

参考体系
酶切体系（参考）：
质粒17ul
buffer2ul
酶1ul
－－－－－－－－－－37度，过夜。

酶切位点
在质粒上，所选的两个酶的酶切位点不可以靠的太近，如6bp
建议载体质粒不要用双酶切,用两次单酶切之后切胶回收.另外建议加多以下两个个步骤:
1.PCR产物的酶切片断做TA克隆,之后再酶切回收,与载体相连.
2.目的片段与载体连接之后建议先转化DH5α这些容易转化的菌株.然后筛选到的阳性克隆测序之后,提质粒,用质粒转化BL21,转化率很高.质粒不一定要新鲜提取,我的质粒放在-20度冻了大半年,作为载体完全没问题,只要确定不降解.

酶切的量、小提的质粒浓度和纯度
浓度:
根据我的实验，OD值0.5左右吧，不一定很准确。260：280通常是1.8左右。3ml菌过夜，进行小提,并没有对OD限定.小提的效果好不好主要决定于你的溶液I，II,III的质量以及你的操作手法，
特别是加溶液II时最为关键。现在有很多试剂盒既便宜效果又好，条件允许的话可以考虑购买。
琼脂糖电泳目测,不一定测OD,连接比例更重要.
质粒表达载体不用测序的，通常都是跑电泳看一下质量，然后再根据图谱选择适当的酶，看能不能够切开，如果能够切开，基本上就可以采用了。
纯度:
酶切对质粒的纯度要求高，如果蛋白和RNA去的不干净会影响酶切；
我们用于酶切的质粒的ratio值一般在1.8左右。
酶量；
在量上最好不超过酶的酶切能力，一般酶都为10U/ul,就是说酶切体系里加
1ul的酶可以在合适的温度下，1小时内消化10ugDNA，但在实际操作当中
一般酶都是过量的，而且延长了酶的作用时间，比如作用6小时。
因为酶切产物用于连接，所以我们酶切时质粒的用量尽量多，用20ul的体系
时可以如下加样，我们也有用50ul的体系切过。

回收目的片段与阳标一起进行酶切:
PCR后，电泳回收目的片断（比如玻璃奶或者一次性回收柱回收），再进行酶切。除非产物非常特异，直接酶切PCR产物效果有时不是很好，还有一般PCR体系里过量得dNTPs会影响酶切效果。酶切后，可以用标准得乙醇沉淀法沉淀酶切产物，获得高纯度得酶切产物，也即是你的黏性目断片断供后边得试验。而DNA的纯度对酶切效果是有很大的影响的。而酶切时应加个阳标(如含相应酶切位点的质粒载体)来确定酶和酶切体系是不是work的。如果这两步没问题，你的酶切肯定能顺利的。如果有阳标一起来切，容易找出问题的所在。

酶切不下
酶切这一步，本来问题不大，你严格按说明书上的要求进行就行了，包括酶量，酶切体系以及DNA的量也要按要求加入。而DNA的纯度和浓度是有必要测定的，最好OD260/280要接近2.0。DNA的量过大或是纯度太低都会影响酶切效果。万一如果无法充分酶切，但有所需要的片段，就可以根据Markers的位置回收所需片段。
因为基因组大部分是甲基化的，酶切不下来的原因一可能是内切酶活性低，或者是基因组杂质含量较高，或者盐离子浓度太高(不同的酶有不同的盐浓度).还有就是基因组酶切酶的量要求比较多，大概1ugDNA/10u酶，如果不行还可以加大量，酶量不能超过酶切体系的1/10，浓度过高里面的甘油会影响酶的活性。接头5-端是去磷酸化的，这样就可以避免接头自连，pcr结果就会有东西出来。

连接酶反应温度
空掉开低一点,一般16度连接2-3小时;
放进4度冰箱中，连接过夜，16小时

多片段连接:
将三个片断放在一起连的,效果的确不好.还是应该一个一个地连接.

连接比例
我用T载体连接PCR产物，请问片段和载体的摩尔比怎么选择连接效率好？根据什么因素来调节？有没有经验值？
一般片段：载体＝3～8：1。根据片段的大小、连接时间、温度、感受态细胞等因素来调节。经验值就是3～8：1。4度连接过夜，用新鲜制备的感受态细胞，一般可以得到很好的克隆效率。
补充一句：如果PCR产物片段比较大(>1kb)的话一般用3：1的比例，如果比较小就几百bp的话用>3：1的比例连接效率能高一些。3-10：1一般没问题.
建议仔细参看Teasy的说明书

接头处理
接头的处理和连接这一步其实是挺头疼的。建议先制备和接头两粘端连接的线性质粒分子。因为这对于你接头是否完成了磷酸化和退火处理提供了一个评价体系。你接头处理完，并通过评价，你就可以放心用了。退火时的处理一般要使用专门的annealingbuffer，否则效果不好。而对于粘端连接来说，应该问题不大，唯一担心的是能进行连接的片段太少了，影响下面的PCR扩增，所以酶切这一步是很关键的。
最后一步是高保真PCR，首先建议用Taq酶进行扩增，然后再用Pfu酶扩增，因为后者效率比较低。其实你用Taq酶如果扩出来，测序经blast/n后，如果有突变，你也完全可以根据正确的序列重新设计引物将之调出来。

注意感受态

如果还是不行，建议检查一下感受态菌的质量。
我的感觉是感受态很重要，你可以转化连接产物的同时用纯质粒转化进行感受态活性的验证，后者取1ul转化，10ul涂板，好的感受态一般要长50个菌落以上。其次是连接体系，目的片断与载体的摩尔比为3-10：1，除此，连接酶也很重要，最好不要使用储存太久的酶，建议你下次做的时候用别人的酶试一下。
转化要用空质粒作对照，保证感受态没问题，细菌一般长12到16小时就形成可见的菌落，转化后的菌落一般比为转化的菌落小一些。

实时荧光定量PCR技术，是指在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。
PCR(聚合酶链式反应）是利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链，低温（经常是60°C左右）时引物与单链按碱基互补配对的原则结合，再调温度至DNA聚合酶最适反应温度（72°C左右），DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。
恒温PCR和实时荧光定量PCR的不同，是不同在实时荧光定量PCR的系统中加入了荧光染料（SYBR Green 或Taqman 探针等等）。以SYBR Green为例，这种染料可以结合在双链的DNA上，当PCR不断进行时，每一次退火生成的双链DNA也在增加，荧光染料结合也越多，荧光也越强。在机器中有一个探测荧光的探头，可以定量检测荧光的强度，转换成数值。这样就可以实时记录反映体系中DNA的反应情况。
荧光PCR更有优势，因为荧光PCR灵敏度高于恒温PCR，同样价格也高一些。

请教有没有人知道哪里可以做数字PCR(dd-PCR)的公司，急求！

跪谢！

组织用Trizol法提取总RNA浓度、纯度都很好，但逆转录后跑PCR，CT值偏高，内参的在22-27之间，目的基因在30-36之间，不知道是怎么回事，如何来解决，求高手赐教。我用的Takara的试剂盒。

荧光定量PCR是400什么意思

实时荧光定量PCR即
Real time PCR(也称实时定量PCR)
定量PCR已经从基于凝胶的低通量分析发展到高通量的荧光分析技术，即实时定量PCR。实时荧光定量PCR技术于1996年由美国Applied Biosystems公司推出，由于该技术不仅实现了PCR从定性到定量的飞跃，而且与常规PCR相比，它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度高等特点。实时定量PCR (real-time quantitative PCR)是指在PCR指数扩增期间通过连续监测荧光信号强弱的变化来即时测定特异性产物的量，并据此推断目的基因的初始量，不需要取出PCR产物进行分离。目前实时定量PCR作为一个极有效的实验方法，已被广泛地应用于分子生物学研究的各个领域。
实时荧光定量PCR 技术的主要应用：
1. DNA 或RNA 的绝对定量分析：包括病原微生物或病毒含量的检测,转基因动植物转基因拷贝数的检测，RNAi 基因失活率的检测等
2. 基因表达差异分析：例如比较经过不同处理样本之间特定基因的表达差异(如药物处理、物理处理、化学处理等 )，特定基因在不同时相的表达差异以及cDNA 芯片或差显结果的确证
3. 基因分型：例如SNP 检测，甲基化检测等
Realtime PCR 常用的两种方法分别为：Sybr green（荧光染料掺入法） 和Taqman probe （探针法）
SYBR green
在PCR反应体系中，加入过量SYBR荧光染料，SYBR荧光染料特异性地掺入DNA双链后，发射荧光信号，而不掺入链中的SYBR染料分子不会发射任何荧光信号，从而保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步。
此方法适用：
1、灵敏度高：使用SYBR可使荧光效果增强到1000倍以上
2、通用性好,不需要设计探针,方法简便,省时,价格低廉。
3、通用型方法，在国内外科研中普遍使用。
4、高通量大规模的定量PCR检测
5、专一性要求不高的定量PCR检测。
Taqman Probe
PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收；PCR扩增时，Taq酶的5’-3’外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，从而荧光监测系统可接收到荧光信号，即每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步
此方法适用：
1、具有高适应性和可靠性，实验结果稳定重复性好，特异性更高。
2、适用于扩增序列专一的体系的检测。
3、样品中靶基因含量过低的定量PCR检测。
4、靶基因的特异序列较短，无论怎样优化引物设计条件都不能解决。
5、存在与靶基因同源的序列，在PCR中容易出现非特异性扩增，对特异性要求较高的定量。
6、广泛用于人类传染病的诊断和病原定量,在动物病原体基因的检测,畜禽产品的检验检疫,生物制品的鉴定。

你所说的PCR应该就是最常规的PCR，以DNA为模板，通过上下游引物，实现DNA的扩增RT-PCR一般情况下是指反转录PCR（reversetranscription），尽管有些资料上说实时荧光定量PCR也（realtimefluores-cencequantitativePCR）也简称RT-PCR，但是我觉得这是不对的，不推荐。基本操作过程是将所提取的RNA进行反转录，然后将所获得的cDNA作为模板，设计引物进行扩增，是一种检测基因表达的常用方法。实时荧光定量PCR也就是Real-TimePCR，原理有点多，请自行百度百科，其最大的作用是检测样品中的初始DNA浓度。至于三者的关系，RT-PCR和实时定量PCR应该都属于PCR，在RNA实验中，这二者都会应用到。例如你要比较2个组织中的某基因的表达差异，首先你要提取2个组织的总RNA，然后通过RT-PCR检测该基因是否在2个组织中有表达，然后通过实时定量PCR测定该基因在2个组织中的表达量是否具有显著性差异。

有人知道交叉引物核酸恒温扩增(CPA)的扩增原理吗？希望高手不吝赐教，最好是图文并茂的那种，谢谢了先！

第一次做这方面的实验，这张图的右半个不会选，希望大家帮帮忙

PCR（Polymerase Chain Reaction）技术，即聚合酶连反应，是一种扩大和复制目的片段DNA的技术，其发现对于生命科学的发展具有重要的意义。而3D数字PCR到底是什么鬼？它其实是最新出现的一款PCR仪，其具有对目的DNA分子做出绝对定量的优点，进而提供无与伦比的准确性、灵敏度。原理3D数字PCR是基于纳米流体芯片进行检测，通过一次检测，将样品分到数千个单独的PCR，检测结果部分为阳性，部分为阴性，之后进行绝对分子数统计，不需做标曲。目前可检测到2万个0.8nL的液滴（样品），能够精确的进行靶位点进行绝对定量研究。应用前景基因表达的绝对定量应用该技术，实现对DNA进行精确绝对定量，精确度可通过复制次数实现。通过准确性的进行定量检测基因，有助于临床上在治疗癌症、病毒感染等疾病作参考。同时，其具有高通量，检测速度快，成本相对低等优点，为后期精准治疗奠定基础。罕见基因的检测对于临床上的罕见的基因进行检测，不依靠参考标准，节约样本与试剂，并具有一定的精确度。3D数字PCR为液体活检提供技术支持液体活检是一种非侵入性的检测肿瘤基因及临床治疗效果的一种方法，目前可能正在开展有关3D数字PCR在在液体活检中的疗效，为后期临床提供更多可靠的指导作用。最新报道称“无创伤性肺癌检测技术即将登陆中国”。随着基因检测技术，如类似3D数字PCR技术的发展，推动我们将进入了“DNA的应用商城”这样的新时代，如23 and me、华大基因等专业的检测服务机构，提供更加专业的基因检测结果，经基因报告解读师或遗传咨询师进行通俗的解读，让我们每一个人都能够了解自己的基因，拥有自己的“生命之书”，让我们更加健康的生活。精准医疗其实本质是应用生物学信息与大数据科学的交叉发展的新型医学概念与医疗模式。对于精准医疗，重点在于“精准”，不仅仅是简单的基因测序如此简单，更需要精准的诊断与精准的治疗。

请问一下，目前环介导等温扩增技术在临床上的应用怎么样？